检索结果-南通市图书馆

属特异性t-rflp技术在双歧杆菌群落分析中的应用

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微生物学通报 2014年第12期41卷 2538-2546页

作者：熊婧张思璐魏霜许梦庭张静怡唐书泽吴希阳暨南大学理工学院食品科学与工程系广东广州510632 无限极(中国)有限公司广东广州510632 汕头出入境检验检疫局广东汕头515041

【目的】以双歧杆菌标准菌株为材料,构建双歧杆菌属特异性末端限制性片段长度多态性分析(t-rflp)技术,用于微生物群落中双歧杆菌的特异性分析。【方法】采用16S rRNA基因的双歧杆菌属特异性引物,5′-端用HEX荧光标记,结合通用引物1510r... 详细信息

【目的】以双歧杆菌标准菌株为材料,构建双歧杆菌属特异性末端限制性片段长度多态性分析(t-rflp)技术,用于微生物群落中双歧杆菌的特异性分析。【方法】采用16S rRNA基因的双歧杆菌属特异性引物,5′-端用HEX荧光标记,结合通用引物1510r进行双歧杆菌特异性PCR扩增,软件模拟酶切后选取Hae III和Alu I进行限制性酶切,对酶切消化产物的荧光标记末端测序得到t-rflp峰谱图。同时将该技术与实验室已建立的乳酸杆菌属特异性t-rflp技术相结合,建立多相t-rflp技术应用于对市面上益生菌产品的时效性检测。【结果】建立的方法能够快速准确地对不同种的双歧杆菌及合生元产品中的益生菌进行定性或半定量分析。【结论】据此,成功搭建t-rflp技术用于微生态环境中双歧杆菌的检测,并成功将多相t-rflp技术用于市售益生菌产品的时效性检测。

关键词：双歧杆菌 t-rflp技术属特异性引物

应用t-rflp技术分析不同土壤温度和施肥方式下设施土壤细菌群落结构

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土壤 2019年第3期51卷 495-501页

作者：董飞闫秋艳李汛段增强邢鹏山西省农业科学院小麦研究所山西临汾041000 土壤与农业可持续发展国家重点实验室(中国科学院南京土壤研究所) 南京210008 中国科学院南京地理与湖泊研究所南京210008

采用末端限制性片段长度多态性分析(t-rflp)和荧光定量PCR技术,研究了两种土壤温度(对照不增温,10°C ±2°C;增温,20°C ±2°C)和两种施肥方式(对照不施肥;鸡粪有机肥底肥+尿素追肥)对土壤细菌群落结构及其多样性和数量特征的影响。... 详细信息

采用末端限制性片段长度多态性分析(t-rflp)和荧光定量PCR技术,研究了两种土壤温度(对照不增温,10°C ±2°C;增温,20°C ±2°C)和两种施肥方式(对照不施肥;鸡粪有机肥底肥+尿素追肥)对土壤细菌群落结构及其多样性和数量特征的影响。结果表明:相同施肥方式下,土壤增温增加土壤速效养分含量,尤其在施肥时增加幅度更明显。分析显示施肥对土壤细菌群落结构的影响在不同土壤温度条件下表现不同。土壤不增温条件下,施肥增加细菌Pielou均匀度指数和Shannon-Weiner多样性指数,Simpson优势度指数降低;土壤增温条件下,则效果相反。与不增温比,增温使土壤细菌Pielou均匀度指数和Shannon-Weiner多样性指数降低,但物种个体数和Simpson优势度指数增加明显。增温改变了土壤细菌群落结构,62 bp和93 bp两种限制性末端片段在土壤增温条件下优势度提高,主要包括共生菌和杆菌。

关键词：设施土壤 t-rflp技术施肥方式土壤温度细菌群落和丰度

属特异性t-rflp技术用于乳酸杆菌的群落分析

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微生物学通报 2012年第8期39卷 1179-1189页

作者：张思璐刘云霄张浩琪 CHIN James 吴希阳暨南大学食品科学与工程系广东广州510632 Immunology and Microbiology Elizabeth Macarthur Agriculture InstituteNSW Department of Primary IndustriesCamdenNSW 2570Australia

【目的】设计乳酸杆菌属特异性t-rflp技术(末端限制性片段长度多态性分析)对14株乳酸杆菌进行分型。【方法】采用源于16S-23S rRNA基因间隔区序列的乳酸杆菌属特异性引物LAB-rev,乳酸杆菌的属特异性引物,6-FAM荧光标记后结合16S上游通... 详细信息

【目的】设计乳酸杆菌属特异性t-rflp技术(末端限制性片段长度多态性分析)对14株乳酸杆菌进行分型。【方法】采用源于16S-23S rRNA基因间隔区序列的乳酸杆菌属特异性引物LAB-rev,乳酸杆菌的属特异性引物,6-FAM荧光标记后结合16S上游通用引物7f用于乳酸杆菌的PCR扩增。【结果】选取HaeⅢ和HhaⅠ进行限制性酶切,最后对酶切后的产物末端测序得到t-rflp峰谱图,该图谱能够快速准确地对不同种的乳酸杆菌进行定性、定量的分析。【结论】实验成功搭建t-rflp技术用于微生态环境中乳酸杆菌检测的平台,对于在功能性食品、乳酸饮料和药物对肠道微生态的影响及菌种鉴定等领域有重大意义。

关键词：乳酸杆菌 t-rflp技术属特异性引物

t-rflp技术及其在微生物群落结构研究中的应用

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海洋科学 2004年第3期28卷 64-68页

作者：贾俊涛宋林生李筠中国海洋大学海洋生命学院山东青岛266003 中国科学院海洋研究所山东青岛266003

微生物是生态系统的重要组成部分，在各种元素的生物地化循环中起关键作用。因此研究微生物的群落结构，借此了解微生物和环境的关系就尤为重要。长久以来微生物群落结构的调查方法一直是建立在分离和培养的方法上。这种方法不但费时费... 详细信息

微生物是生态系统的重要组成部分，在各种元素的生物地化循环中起关键作用。因此研究微生物的群落结构，借此了解微生物和环境的关系就尤为重要。长久以来微生物群落结构的调查方法一直是建立在分离和培养的方法上。这种方法不但费时费力，而且不够准确。这反映在如下几个方面：(1)微生物群落组成极度复杂，有报道称，每30 g土壤中含有4 000多种微生物~[1]，因而采用传统方法工作量巨大。(2)反应结果的阳性阴性有时不好判断，容易产生偏差。(3)培养的方法对菌有选择性。4．环境中的绝大多数微生物是不可培养的，可培养的微生物只占总量的0．1％～10％~[2]。因此用传统培养方法所得出的调查结果不能准确反映微生物群落组成情况，建立和发展一种不依赖微生物培养的方法来进行微生物群落结构调查是非常必要的。

关键词： t-rflp技术微生物群落结构分子生物学技术原理

微生物生态学中分子生物学方法及t-rflp技术研究

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中国生物工程杂志 2004年第8期24卷 42-47页

作者：王洪媛管华诗江晓路中国海洋大学海洋药物与食品研究所青岛266003

根据微生物基因 (DNA)多态性来研究微生物的多样性 ,是建立在多聚酶链式反应 (PCR)基础之上分子生物学的新方法 ,克服了传统微生物培养方法的限制。从理论、实验及应用角度出发 ,介绍了几种在微生物生态学中应用较为广泛的分子生物学技... 详细信息

根据微生物基因 (DNA)多态性来研究微生物的多样性 ,是建立在多聚酶链式反应 (PCR)基础之上分子生物学的新方法 ,克服了传统微生物培养方法的限制。从理论、实验及应用角度出发 ,介绍了几种在微生物生态学中应用较为广泛的分子生物学技术 ;详细阐述了微生物生态学中分子生物学的一种新研究方法———末端限制性片段长度多态性 (t -rflp)技术 ,该技术作为一种研究微生物群落特征的理想方法已经越来越受到人们的重视。

关键词：微生物生态学分子生物学 t-rflp技术多样性多聚酶链式反应

洪泽湖3种沉水植物附着细菌群落结构及多样性

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湖泊科学 2016年第4期28卷 852-858页

作者：马杰范婤王国祥韩睿明董彬冀峰彭云南京师范大学地理科学学院江苏省环境演变与生态建设重点实验室江苏省地理信息资源开发与利用协同创新中心南京210023 临沂大学资源环境学院临沂276000

沉水植物茎叶表面附着的藻、菌及其他物质,不仅影响沉水植物自身生长,而且影响水体物质循环过程,附着藻类的研究已经有不少报道,但附着细菌的报道相对较少.采用末端限制性片段长度多态性(t-rflp)技术,研究洪泽湖典型沉水植物——菹草(Po... 详细信息

沉水植物茎叶表面附着的藻、菌及其他物质,不仅影响沉水植物自身生长,而且影响水体物质循环过程,附着藻类的研究已经有不少报道,但附着细菌的报道相对较少.采用末端限制性片段长度多态性(t-rflp)技术,研究洪泽湖典型沉水植物——菹草(Potamogeton crispus)、篦齿眼子菜(Potamogeton pectinatus)、金鱼藻(Ceratophyllum demersum)在生长旺盛期叶表面附着细菌的群落结构及多样性特征,并采用冗余分析法探讨环境因子对附着细菌丰度的影响.结果表明,(1)3种沉水植物附着细菌群落结构有明显的差异性.143 bp t-RF在菹草和篦齿眼子菜中的相对丰度平均达到了20%和11%,而在金鱼藻中的相对丰度小于1%;89 bp t-RF在金鱼藻中的相对丰度平均约为13%,而在菹草和篦齿眼子菜中相对丰度小于5%.94 bp t-RF在菹草样品中相对丰度超过15%,而在其他样品中未被检测出.(2)从多样性角度分析,3种沉水植物附着细菌多样性大小依次为篦齿眼子菜>菹草>金鱼藻.(3)部分限制性片段的丰度受环境因子的影响较大,如89、94、143和227 bp t-RFs.而如167 bp t-RFs在3种沉水植物中的相对丰度分布较为稳定,受上述环境因子的限制较小.根据细菌比对结果,洪泽湖附着细菌的优势菌群可能属于拟杆菌门(Bacteroides)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)3个门类.

关键词：附着细菌 t-rflp技术沉水植物群落结构群落多样性洪泽湖

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渭河浮游细菌群落结构特征及其关键驱动因子

环境科学学报 2017年第3期37卷 934-944页

作者：刘睿吴巍周孝德岳泽滢赵平歌西安理工大学西北旱区生态水利工程国家重点实验室西安710048 中国建筑西北设计研究院有限公司西安710018 西安工业大学建筑工程学院西安710021

基于t-rflp技术和高通量测序技术,分析了渭河在平水期、枯水期和丰水期的浮游细菌群落变化特征,并采用冗余分析和典范对应分析识别了不同水文时期影响细菌群落的关键环境因子.结果表明,渭河水体浮游细菌群落空间和季节差异明显,且季节... 详细信息

基于t-rflp技术和高通量测序技术,分析了渭河在平水期、枯水期和丰水期的浮游细菌群落变化特征,并采用冗余分析和典范对应分析识别了不同水文时期影响细菌群落的关键环境因子.结果表明,渭河水体浮游细菌群落空间和季节差异明显,且季节性差异比空间差异更加显著.平水期、枯水期和丰水期渭河(陕西段)干流浮游细菌群落Shannon多样性指数分别在2.13~2.82、2.05~2.84和2.61~2.91之间.平水期浮游细菌多样性指数空间差异最大(RSD=16.75%),样点间群落结构相似度最低(26.8%),流域优势t-RF片段数最多(23种);丰水期浮游细菌Shannon指数空间差异最小(RSD=9.27%),样点间群落相似度最高(62.6%),且检出的优势片段数最少(12种).咸阳-西安段是浮游细菌群落多样性最低、优势菌群结构最单一的河段.河流水体细菌群落在不同时期的关键环境驱动因子不同,而其中悬浮颗粒物(tSS)浓度是不同水文时期都不可忽视的关键影响因子.高通量分析结果表明,丰水期渭河水体浮游细菌物种涉及21个已知细菌门类和26个候选门类,其中,变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)共同的相对丰度占比达到75%以上,是最主要的细菌类群.汛期渭河干流各样点浮游细菌群落特征趋于一致,物种结构与泾河相似而与黑河存在明显差异.

关键词：渭河微生物多样性 16S rDNA t-rflp技术高通量测序

太湖梅梁湾不同深度沉积物中细菌群落结构组成

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河海大学学报（自然科学版） 2013年第4期41卷 283-287页

作者：赵大勇孙一萌方超刘鹏曾巾王猛黄睿河海大学水文水资源学院江苏南京210098 中国科学院南京地理与湖泊研究所湖泊与环境国家重点实验室江苏南京210008

为研究湖泊沉积物不同深度处的细菌群落结构组成和多样性,选取太湖梅梁湾作为采样点,应用末端限制性片段长度多态性(t-rflp)技术比较湖泊不同深度沉积物样品中细菌群落的结构组成及其多样性。结果表明:太湖沉积物中细菌具有丰富的多样性... 详细信息

为研究湖泊沉积物不同深度处的细菌群落结构组成和多样性,选取太湖梅梁湾作为采样点,应用末端限制性片段长度多态性(t-rflp)技术比较湖泊不同深度沉积物样品中细菌群落的结构组成及其多样性。结果表明:太湖沉积物中细菌具有丰富的多样性,细菌种类和相对丰度与当前已有的可培养细菌研究结果一致。细菌群落结构随着沉积物深度的增加呈现一定的变化规律,相邻近的沉积物分层中细菌群落结构的相似度较高;随着沉积物深度的增加,沉积物中优势菌属发生了一定的变化;表层沉积物与底层沉积物的细菌群落结构相差较大。鉴于氧含量随着沉积物深度的增加而逐渐减少,可以推断氧含量的变化是造成湖泊沉积物中细菌群落结构与多样性差异的主要原因。另外,表层沉积物中的生物扰动也是可能的原因。

关键词：湖泊沉积物沉积物深度细菌群落结构 t-rflp技术太湖梅梁湾

五氯苯酚厌氧生物降解及降解体系中细菌种群结构分析

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微生物学通报 2008年第8期35卷 1203-1208页

作者：张黎谭贵良堵国成陈坚刘和江南大学环境与土木工程学院环境生物技术研究室无锡214122 江南大学工业生物技术教育部重点实验室

研究了不同外加碳源作为共代谢基质及氢气作为电子供体条件下PCP的厌氧生物降解特性,并借助末端限制性片段长度多态性技术(t-rflp)分析了PCP降解菌群的微生物群落结构。结果表明,添加外加碳源及以氢气作为电子供体均对PCP降解有显著促... 详细信息

研究了不同外加碳源作为共代谢基质及氢气作为电子供体条件下PCP的厌氧生物降解特性,并借助末端限制性片段长度多态性技术(t-rflp)分析了PCP降解菌群的微生物群落结构。结果表明,添加外加碳源及以氢气作为电子供体均对PCP降解有显著促进作用。添加葡萄糖、丙酮酸、酵母膏和氢气时的降解率分别为71%、56%、51%和74%。微生物群落结构分析表明,不同处理条件下PCP降解菌群微生物群落结构不同。PCP降解菌群中可能存在Clostridium、Frankia和Desulfitobacterium等属的微生物。

关键词：五氯苯酚厌氧降解共代谢 t-rflp技术