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不同树龄茶树根际土壤细菌多样性的T-RFLP分析

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应用与环境生物学报 2018年第4期24卷 775-782页

作者：王海斌陈晓婷丁力邱丰艳叶江华贾小丽孔祥海龙岩学院生命科学学院龙岩364012 福建农林大学福建省农业生态过程与安全监控重点实验室福州350002 武夷学院武夷山354300

以不同树龄铁观音茶树根际土壤为研究对象,采用末端限制性片段长度多样性（T-RFLP）技术分析茶树不同树龄对土壤细菌多样性的影响.结果显示,茶树根际土壤细菌Hae III和Msp I酶切产物的t-RFs片段数量及辛普森指数、香农威纳指数均随着茶... 详细信息

以不同树龄铁观音茶树根际土壤为研究对象,采用末端限制性片段长度多样性（T-RFLP）技术分析茶树不同树龄对土壤细菌多样性的影响.结果显示,茶树根际土壤细菌Hae III和Msp I酶切产物的t-RFs片段数量及辛普森指数、香农威纳指数均随着茶树树龄增加呈现下降趋势.相关性分析结果表明,与茶树树龄呈显著或极显著正相关的细菌t-RFs片段9个,共34种细菌,由10个纲组成,按照功能可分成病原菌及与改善土壤质地、抑制病原菌、碳素循环、氮素循环、硫素循环等相关的微生物6大类,其中病原菌占比达58.82%.与茶树树龄呈显著或极显著负相关的细菌t-RFs片段17个,共38种细菌,由12个纲组成,按照功能可分成病原菌及与氮素循环、碳素循环、抑制病原菌、改善土壤质地等相关的细菌共5大类,其中除病原菌外,其余细菌占比达78.95%.综上所述,随着茶树树龄增加,茶树根际土壤细菌多样性及其功能发生了显著的变化,结果可为后期细菌群落互作效应研究提供一定理论基础.

关键词：茶树树龄根际土壤细菌多样性 T-RFLP

T-RFLP方法分析城市污水处理厂中细菌群落的动态变化

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环境科学 2010年第5期31卷 1307-1312页

作者：王晓慧文湘华丁鵾张辉周军清华大学环境科学与工程系北京100084 北京排水集团北京100044

采用基于16SrRNA基因的末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP),分析了功能稳定的2个城市污水处理系统中(系统A及系统B),细菌群落结构在105d中的动态变化.在研究中,系统A和系统B功能稳定,BOD出水浓度均在8mg/L左右,总氮(tN)出水浓度分别... 详细信息

采用基于16SrRNA基因的末端限制性片段长度多态性技术(T-RFLP),分析了功能稳定的2个城市污水处理系统中(系统A及系统B),细菌群落结构在105d中的动态变化.在研究中,系统A和系统B功能稳定,BOD出水浓度均在8mg/L左右,总氮(tN)出水浓度分别在25mg/L和23mg/L之下.T-RFLP图谱分析表明,系统A中,115、118、123、471、482和835bp等t-RFs的相对丰度变化显著,系统B中,123、471、750和835bp等t-RFs的相对丰度变化显著.移动窗口分析表明,系统A中细菌群落的平均变化率Δt(15d)为21.5%±5.7%,系统B的平均变化率Δt(15d)为22.6%±5.0%.洛伦兹曲线分析表明,系统A中20%的微生物的累积相对丰度为43%～50%;系统B中20%的微生物的累积相对丰度为47%～52%.结果表明,在城市污水处理厂中,稳定的功能并没有藕联着稳定的细菌群落结构.

关键词：细菌群落动态变化 T-RFLP 移动窗口分析洛伦兹曲线城市污水处理厂

利用T-RFLP技术在施用解磷菌剂土壤中微生物群落多样性分析

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安徽农业大学学报 2017年第3期44卷 471-477页

作者：柯春亮戴嘉欣周登博张锡炎广东石油化工学院茂名525000 中国热带农业科学院热带生物技术研究所海口571101

为探讨解磷微生物菌肥对香蕉土壤根际微生态的影响,利用T-RFLP(terminal restriction fragment length polymorphism)技术分析土壤均匀度指数、香农指数和优势种群等分析微生物多样性,研究高效解磷菌剂与化学磷肥的不同组合施用方式对... 详细信息

为探讨解磷微生物菌肥对香蕉土壤根际微生态的影响,利用T-RFLP(terminal restriction fragment length polymorphism)技术分析土壤均匀度指数、香农指数和优势种群等分析微生物多样性,研究高效解磷菌剂与化学磷肥的不同组合施用方式对香蕉植株的生长情况和根际土壤微生物物量和群落结构的影响。结果显示,与对照CK相比,t处理组香蕉苗较CK组生长健壮,地上部分鲜重平均值为42.2 cm,明显比CK高出35.2%。接M-3-01解磷细菌处理组t1、t3生长势最为显著(Pt3株高和茎围分别是CK的1.26、1.16倍。T-RFLP技术分析微生物多样性表明,t1、t3多样性指数和均匀度指数指标分别为2.12/2.11和0.93/0.88,与CCK差异性不明显,但略微高于CK。同时,分析土壤优势种群,处理组t1、t3处理组土壤优势微生物种群数分别为12和14,数目基本与处理前土壤CCK的一致,而t2略低于CK。拟柱孢藻(Cylindrospermopsis)和北里孢菌(Kitasatospora)只存在于CK和施用解磷菌剂t1、t3处理土壤中。土壤种植香蕉苗后,不同施用方式对土壤微生物群落丰富度和多样性的稳定具有积极影响。因此,施用高效解磷菌剂对维持土壤微生物群落丰富度和均匀度效果较好。

关键词： T-RFLP 解磷菌剂土壤微生物多样性

利用T-RFLP解析生物强化去除吡啶过程中微生物种群动态变化

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环境科学学报 2012年第5期32卷 1025-1032页

作者：乔琳王建龙清华大学核能与新能源技术研究院北京100084 北京未名凯拓农业生物技术有限公司北京100085

在接种活性污泥处理含吡啶废水的序批式反应器中,引入吡啶降解菌Paracoccus sp.Kt-5构成生物强化反应器,研究了对吡啶的生物强化去除特性及效果,利用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)手段解析了微生物种群结构的动态变化.结果表明,投... 详细信息

在接种活性污泥处理含吡啶废水的序批式反应器中,引入吡啶降解菌Paracoccus sp.Kt-5构成生物强化反应器,研究了对吡啶的生物强化去除特性及效果,利用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)手段解析了微生物种群结构的动态变化.结果表明,投加高效降解菌株Kt-5可以加速反应器的启动,但随着反应器的运行,当吡啶初始浓度增加至195.6mg·L-1以后,生物强化反应器对吡啶降解的促进作用已不再明显;当吡啶初始浓度在293.4～586.8mg·L-1变化时,起初强化反应器对吡啶的去除速率出现了波动,尽管随后逐渐恢复,但仍然没有表现出明显的强化作用.T-RFLP的分析结果表明,当吡啶初始浓度达到978mg·L-1以后,生物强化反应器中已检测不到Kt-5,表明生物强化作用的消失可能是因为引入的高效降解菌株Kt-5的流失造成的.

关键词：吡啶生物降解生物强化序批式反应器活性污泥 T-RFLP

不同条件下连作杭白菊内生菌群的T-RFLP分析

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中国中药杂志 2014年第24期39卷 4763-4768页

作者：彭三妹王博林徐建中丁志山袁小凤浙江中医药大学生命科学学院浙江杭州310053 浙江省中药研究所浙江杭州310023

通过研究轮作以及有机肥处理对连作杭白菊各器官内生细菌多样性和优势菌属的影响,揭示轮作和有机肥在缓解杭白菊连作障碍中的作用,筛选能够增强连作白菊抗病能力的有益内生菌。实验共设4个处理组,分别为连作处理、轮作处理、连作后施自... 详细信息

通过研究轮作以及有机肥处理对连作杭白菊各器官内生细菌多样性和优势菌属的影响,揭示轮作和有机肥在缓解杭白菊连作障碍中的作用,筛选能够增强连作白菊抗病能力的有益内生菌。实验共设4个处理组,分别为连作处理、轮作处理、连作后施自制蚕沙发酵有机肥处理以及连作后施市售菌肥处理,通过基于16S r DNA的末端标记限制性片段长度多态性技术(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)分析这些处理对杭白菊各器官内生细菌多样性及优势菌属的影响。结果显示,HaeⅢ内切酶能产生更多的tRFs数,比Hinf I酶更适合用来分析杭白菊内生菌多样性。有机肥和菌肥处理组的内生菌Simpson指数与轮作组相近,均高于连作,说明土壤外源微生物的添加导致植物内生菌多样性提高。实验共筛选出18种优势菌属,包括3种厚壁菌、4种放线菌和11种变形菌,其中节杆菌属、链霉菌属、黄杆菌属和分支杆菌属等优势菌属均在轮作组和菌肥组中检测到,而连作组中缺乏,说明添加外源微生物与轮作处理对杭白菊的内生菌群的影响基本类似,同时也说明这些菌的增加可能会通过影响连作白术的生长来缓解连作障碍。此外,比较不同器官中的内生菌的多样性及优势菌数量发现,根中最高,茎次之,叶中最少,这与内生菌侵入植株方式有关。总之,连作导致杭白菊内生细菌多样性降低,而轮作和菌肥处理后均能通过增加土壤微生物的多样性水平从而使连作杭白菊内生细菌多样性提高,最终达到缓解白菊连作障碍的目的。

关键词：杭白菊内生细菌连作障碍 T-RFLP 益生菌

利用T-RFLP技术对温榆河微生物群落结构研究

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中国环境科学 2011年第4期31卷 631-636页

作者：董萍孙寓姣王红旗陈利顶张辉北京师范大学水科学研究院北京100875 中国科学院生态环境研究中心北京100085

利用T-RFLP技术(综合运用PCR技术、DNA限制性酶切技术和DNA序列自动分析技术)对温榆河不同尺度、不同时期的微生物群落结构进行了研究.从微生物的种类数、物种丰度、优势菌落、群落结构稳定性等方面特征着手,找出其优势群落;利用两种多... 详细信息

利用T-RFLP技术(综合运用PCR技术、DNA限制性酶切技术和DNA序列自动分析技术)对温榆河不同尺度、不同时期的微生物群落结构进行了研究.从微生物的种类数、物种丰度、优势菌落、群落结构稳定性等方面特征着手,找出其优势群落;利用两种多样性指数(香侬一威勒多样性指数、辛普森多样性指数)探讨各种微生物群落结构的多样性以及同一群落随时间而发生的变化;比较了微生物指标与水质指标COD之间的变化关系.结果表明,温榆河不同尺度、不同时期的微生物具有明显变化,说明季节性变化对水体中微生物群落产生了明显的影响;t-RF67bp、151bp、440bp、481bp、488bp所代表的微生物群落体现其为优势种群;t-RF为135bp、151bp、440bp的微生物群落对于外界反映最敏感,验证其有可能能作为环境变化的指示性生物;微生物指标与COD呈现明显的正相关.

关键词： T-RFLP 微生态系统群落结构 16SrRNA基因

Bacterial and cyanobacterial diversities determined by T-RFLP analyses in the Jiaozhou Bay

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Acta Oceanologica Sinica 2006年第4期25卷 113-123页

作者： REN Jing DANG Hongyue SONG Linsheng SUN Song AN Liguo College of Life Science Shandong Normal University Jinan 250014 China Institute of Oceanology Chinese Academy of Sciences Qingdao 266071 China

the methods of DAPI staining epifluorescence microscopy and T-RFLP analysis were used to analyze the microbial abundance and diversity in surface seawater sampled from 12 stations inside and outside of the Jiaozhou Bay during a survey on 12 and 13 September 2004. the abundance of total microbes is in the range of 10^6～ 10^7 cells/cm^3, similar to those of most semi-enclosed bays in the temperate areas in the world. the highest microbial densities occur in the northeastern part of the Jiaozhou Bay, around the mouths of Loushan and Licun Rivers and the Hongdao aquacultural farming areas, suggesting that the degree and characteristics of pollutions, along with geographical and hydrological effects, may be important determinants affecting the abundance and distribution of bacteria in the Jiaozhou Bay. Bacterial communities inside and outside of the Jiaozhou Bay can be grouped into three classes based on T-RFLP patterns and cluster analyses. Stations at the water channel of the bay mouth and outside, such as D1, D3, D5, D6 and D7, are grouped together to stand for the outside bacterial community interacting with the environment outside of the Jiaozhou Bay. Stations of the innermost side of the Jiaozhou Bay, such as A3, A5, B2 and Y1, are grouped together to stand for the residential bacteria community. Stations C1, C3 and CA are grouped together and may stand for the transitional bacterial assemblage between the residential community and the outside community. However, there is no such a defined relationship for the case of cyanobacterial diversity, indicating the fact that cyanobacteria are more flexible and adaptable to all kinds of conditions.

关键词： bacterial diversity cyanobacteria 16S rDNA T-RFLP Jiaozhou Bay

T-RFLP技术检测结直肠癌患者肠道黏膜相关菌群改变

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中国微生态学杂志 2017年第10期29卷 1140-1144页

作者：薛林云周旋光黄中华陈伟莆田市第一医院消化内科福建莆田351100

目的研究结直肠癌患者肠道黏膜相关菌群组成差异,探索肠道菌群在结直肠癌发生发展中的作用。方法用末端限制片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)技术分析50例结直肠癌患者癌组织、癌旁正常黏膜... 详细信息

目的研究结直肠癌患者肠道黏膜相关菌群组成差异,探索肠道菌群在结直肠癌发生发展中的作用。方法用末端限制片段长度多态性(terminal restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)技术分析50例结直肠癌患者癌组织、癌旁正常黏膜与健康对照组肠道黏膜相关细菌组成差异。结果与健康对照组相比,结直肠癌患者肠道黏膜相关细菌丰度显著增加(Pt-RF片段在结直肠癌患者癌组织及癌旁正常黏膜中为优势片段,而在健康对照组中缺失。相反,MspI酶切的66bp、74bp、141bp的t-RF片段在健康对照组为优势片段,但在结直肠癌癌组织及癌旁正常黏膜中缺失。结论肠道菌群失调与结直肠癌的发生发展密切相关。MspI酶切的66bp、74bp、141bp、160bp、560bp的t-RF片段所代表的细菌可能在结直肠癌的发生发展中起重要作用。

关键词：结直肠癌肠道菌群 T-RFLP

连作烟草对土壤微生物区系影响的T-RFLP分析

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中国烟草学报 2012年第1期18卷 40-45页

作者：杨宇虹陈冬梅晋艳王海斌段玉琪徐照丽尤垂淮郭徐魁林文雄云南省烟草农业科学研究院玉溪653100 福建农林大学农业生态研究所福州350002

应用T-RFLP技术研究连作烟草根际土壤微生物的区系变化。结果表明:与对照相比,烟草连作导致38种微生物数量显著下降,其中与碳素循环相关的12种,与氮素循环相关的9种,与改善土壤质地相关的4种,益生菌5种,病原菌8种;而烟草连作造成35种微... 详细信息

应用T-RFLP技术研究连作烟草根际土壤微生物的区系变化。结果表明:与对照相比,烟草连作导致38种微生物数量显著下降,其中与碳素循环相关的12种,与氮素循环相关的9种,与改善土壤质地相关的4种,益生菌5种,病原菌8种;而烟草连作造成35种微生物数量显著上升,其中病原菌23种,占总体的65.71%。可见烟草连作导致土壤营养元素循环相关微生物数量显著下降,而病原菌数量显著上升,并最终导致烟草连作障碍的形成。

关键词：烟草连作障碍微生物多样性 T-RFLP