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Molecular Characterization of Two Divergent Variants of sugarcane bacilliform viruses Infecting sugarcane in China

Molecular Characterization of Two Divergent Variants of Suga...

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中国植物病理学会2016年学术年会

作者： SUN Sheng-ren DAMAJ Mona B ALABI Olufemi J WU Xiao-bin MIRKOV T.Erik FU Hua-ying CHEN Ru-kai GAO San-ji Key Laboratory of sugarcane Biology and Genetic Breeding Ministry of AgricultureFujian Agriculture and Forestry University Department of Plant Pathology and Microbiology Texas A&M AgriLife Research and Extension Center

sugarcane bacilliform viruses（SCBV;genus Badnavirus,family Caulimoviridae） are considered economically important pathogens of sugarcane,limiting the exchange of its germplasm *** to other badnaviruses,SCBV are genetically diverse and highly complex,hence the need for a thorough analysis of its genetic structure and *** the present study,we report the molecular characterization of two new SCBV isolates（SCBV-CHN1 and SCBV-CHN2） from China and their genetic variation and phylogenetic relationship with 10 global SCBV *** complete genomes of SCBVCHN1 and SCBV-CHN2 were determined to be 7 764 and 7 629 nucleotides（nt） in size,*** isolates displayed a typical Badnavirus genome organization with three open reading frames（ORFs） but differed in their predicted sizes and putative scanning model for P2（ORF2-encoded） and P3（ORF3-encoded） protein *** analysis revealed the segregation of complete genomes,individual ORFs,and the RT/RNase H region of the 12 SCBV isolates（two from this study and10 from the GenBank） into nine ***-CHN1 was more closely aligned with SCBV-BB in the SCBV-H clade with both isolates sharing 83%nt sequence identity and low genetic distance（0.19）,based on analysis of the RT/RNase H *** contrast,SCBV-CHN2 clustered with SCBVBT into a distinct clade designated as *** analysis identified SCBV-CHN1 and SCBV-CHN2 as putative new recombinant variants arising from putative inter- and intra-specific recombination *** findings provide evidence for the presence of distinct genotypic variants of SCBV affecting sugarcane in China and contribute to the understanding of genetic diversity and evolution of sugarcane badnaviruses.

关键词： Badnavirus Genetic variant Recombination Sequence analysis sugarcane sugarcane bacilliform viruses

来源： cnki会议评论

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