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Mycobacteria Interspersed Repetitive Units-Variable Number of Tandem Repeat, spoligotyping and Drug Resistance of Isolates from Pulmonary Tuberculosois Patients in Kenya

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Advances in Microbiology 2017年第3期7卷 205-216页

作者： Perpetual W. Ndungu Samuel Kariuki Gunturu Revathi Zipporah Ng’ang’a Stefan Niemann Jomo Kenyatta University of Agriculture and Technology Nairobi Kenya Kenya Medical Research Institute Nairobi Kenya Aga Khan University Hospital Nairobi Kenya National Reference Centre for Mycobacteria Forschungszentrim Borstel Germany

Background: Molecular typing allows a rapid and precise species differentiation and is essential in investigating the spread of specific genotypes and any relationship with drug resistance. Methodology: To compare the discrimination power of 24-loci Mycobacteria interspersed repetitive units-variable number of tandem repeat (MIRU-VNTR) to spoligotyping in determining the circulating genotypes of Mycobacterium tuberculosis in isolates from pulmonary tuberculosis patients in Kenya, a total of 204 isolates were typed. Results: spoligotyping identified 22 spoligo lineages;while 36(17.6%) isolates were not determined. MIRU-VNTR typing identified 12 genotypes;Kenya H37_Rv_ like, S-like that had never been reported before and which were not identified by spoligotyping were identified. Others were Uganda I and II, LAM, Beijing, TUR, EAI, Delhi/C, S and Haarlem. Only 8 (3.9%) were not defined by MIRU-VNTR. Delhi/CAS, EAI, S, S-like, LAM and Beijing had strains that showed resistance to all the five drugs tested. Two strains of EAI and 2 of S genotypes were resistant to all the five drugs tested. Beijing genotype commonly associated with drug resistance was found to be third in drug resistance (14.7%) after Delhi/CAS (28.9%) and LAM (17.6%) with the highest resistance towards isoniazid and pyrazinamide (3.9% each). MIRU-VNTR typing was more discriminative than spoligotyping;identifying 10 unique H37_Rv-like isolates designated KeniaH37_Rv_like genotype and 14 S-like genotype. Conclusion: MIRU-VNTR typing has not been reported in any other study in Kenya and its higher discrimination can help identify genotypes that cannot be determined by spoligotyping. Association of Beijing genotype drug resistance particularly isoniazid should be of concern since it may result in multidrug resistance in the patients.

关键词： Tuberculosis MIRU-VNTR Typing spoligotyping

牛分枝杆菌spoligotyping和VNTR-MIRU的基因分型研究

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中国预防兽医学报 2009年第2期31卷 114-116,126页

作者：杜艳芬林靖凯刘思国王春来刘慧芳司微王聃赵海玲中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室细菌病研究室黑龙江哈尔滨150001

为了探讨间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)和数目可变串联重复序列-结核分枝杆菌散在分布重复单元(VNTR-MIRU)基因分型法用于国内牛分枝杆菌的基因分型研究,初步了解我国牛分枝杆菌基因型种类、分布以及2种方法在我国应用的可行性。... 详细信息

为了探讨间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)和数目可变串联重复序列-结核分枝杆菌散在分布重复单元(VNTR-MIRU)基因分型法用于国内牛分枝杆菌的基因分型研究,初步了解我国牛分枝杆菌基因型种类、分布以及2种方法在我国应用的可行性。本研究收集东北、西北、华北、华南4个地区分离的10株牛分枝杆菌分离株,分别采用spoligotyping和VNTR-MIRU对这些分离株进行基因分型,比较两种方法的分型效果,评价其在牛分枝杆菌基因分型中的应用。结果表明,使用spoligotyping方法,10株牛分枝杆菌呈现出4种基因型,使用VNTR-MIRU方法,10株分离株也呈现4种基因型;当两种方法联合使用时,可以分为5种基因型,其中的2个菌株具有独特的基因型,显示来自不同地区的牛分枝杆菌存在主要的流行型为BCG家族。将spoligotyping和VNTR-MIRU联合使用,可有效提高牛结核病的分子流行病学调查和病原学的监测效果。

关键词：牛分枝杆菌 spoligotyping VNTR MIRU 基因分型

湖南省231株结核分枝杆菌spoligotyping和MLVA基因分型方法及其结果分析

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中华预防医学杂志 2010年第10期44卷 947-948页

作者：谭云洪赵秀芹刘志广吕冰谭笑易松林万康林湖南省结核病防治所长沙410013 中国疾病预防控制中心传染病防治所结核病实验室传染病预防控制国家重点实验室

随着1998年结核分枝杆菌（Mycobacteriu tuberculosis）H37Rv全基因测序工作完成[1],以及分子生物学技术的发展,人类已采用基因分型技术在分子水平上了解结核分枝杆菌的传播规律和近期传染率等.

关键词： spoligotyping 结核分枝杆菌基因分型方法 MLVA 湖南省分子生物学技术基因分型技术测序工作

结核分枝杆菌的间隔寡核苷酸分型法(spoligotyping)

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中国卫生检验杂志 2003年第5期13卷 533-535页

作者：邹佩原蒋伟利复旦医学院公共卫生学院流行病上海200032 复旦医学院公共卫生学院微生物教研室上海200032

结核分枝杆菌是引起结核病的主要病原体。近年来 ,针对结核分枝杆菌的分子生物学研究方法日臻成熟 ,spoligotyping分型就是其中的一种。它是指针对多种不同的间隔序列 (位于结核分枝杆菌染色体上DR序列之间 ) ,设计各自特异的寡核苷酸探... 详细信息

结核分枝杆菌是引起结核病的主要病原体。近年来 ,针对结核分枝杆菌的分子生物学研究方法日臻成熟 ,spoligotyping分型就是其中的一种。它是指针对多种不同的间隔序列 (位于结核分枝杆菌染色体上DR序列之间 ) ,设计各自特异的寡核苷酸探针 ,并固定在尼龙膜上 ,引物标记后的扩增产物与膜上的探针进行反向杂交。由于不同菌株的间隔序列不同 ,因此导致杂交的探针数量和种类也不同而产生多态性。这种方法在流行病学研究中可以用来调查结核病暴发流行 ,追踪和寻觅传染源 ,确定结核病及耐药结核病的传播机制 ,鉴定实验室交叉污染或院内感染和阐述结核分枝杆菌菌株分布及优势株的情况。

关键词：结核分枝杆菌间隔寡核苷酸分型法 spoligotyping 分子生物学流行病学耐药结核病

牛分枝杆菌spoligotyping和VNTR-MIRU的基因分型研究

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牛分枝杆菌Spoligotyping和VNTR-MIRU的基因分型研究

三种不同的DNA分型技术在158株结核杆菌研究中的应用

第二届全国人畜共患病学术研讨会

作者：杜艳芬林靖凯刘思国王春来刘慧芳司微王聃赵海玲中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室细菌病研究室

为了探讨间隔区寡核苷酸分型(Spacer oligotyping,spoligotyping)和数目可变串联重复序列-结核分枝杆菌散在分布重复单元(variable number tandem repeats-mycobacterial interspersed repetitive unit,VNTR-MIRU)基因分型法用于国内牛分枝杆菌的基因分型研究,初步了解我国牛分枝杆菌基因型种类、分布以及2种方法在我国应用的可行性,本研究收集东北、西北、华北、华南四个地区分离的10株牛分枝杆菌分离株,分别采用spoligotyping和VNTR-MIRU对这些分离株进行基因分型,比较两种方法的分型效果,评价其在牛分枝杆菌基因分型中的应用。结果表明,使用spoligotyping方法,10株牛分枝杆菌呈现出4种基因型,使用VNTR-MIRU方法,10株分离株也呈现4种基因型;当两种方法联合使用时,可以分为5种基因型,其中的2个菌株具有独特的基因型,显示来自不同地区的牛分枝杆菌存在主要的流行型为BCG家族。将spoligotyping和VNTR-MIRU联合使用,将有效提高牛结核病的分子流行病学调查和病原学的监测效果。

关键词：牛分枝杆菌 spoligotyping VNTR MIRU 基因分型

来源： cnki会议评论

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中华流行病学杂志 2005年第5期26卷 361-365页

作者：郭艳玲刘洋王甦民李传友北京市结核病胸部肿瘤研究所 101149

目的评价IS6110限制性片段长度多态性(RFLP)、间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)及分枝杆菌散在重复单位(MIRU)三种分型方法在结核病流行病学研究中的应用。方法对158株结核分枝杆菌临床分离株应用IS6110RFLP、spoligotyping及MIRU三... 详细信息

目的评价IS6110限制性片段长度多态性(RFLP)、间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping)及分枝杆菌散在重复单位(MIRU)三种分型方法在结核病流行病学研究中的应用。方法对158株结核分枝杆菌临床分离株应用IS6110RFLP、spoligotyping及MIRU三种分型方法进行鉴定。结果应用三种分型方法产生的类型数分别为118、20和105个。IS6110RFLP的分辨率大于spoligotyping,MIRU的分辨能力与IS6110RFLP接近。在MIRU的12个区中,重复区4、10、26、40具有较高的多态性。广东地区与其他地区成簇率和北京基因型所占比例差异有统计学意义(Pspoligotyping及MIRU三种分型方法进行结核病流行病学研究具有重要意义且非常有效,可以发现中国不同地区菌株的不同特点。

关键词： DNA分型技术 spoligotyping 结核杆菌限制性片段长度多态性流行病学研究分型方法寡核苷酸分型结核分枝杆菌广东地区临床分离株分辨能力重要意义不同地区结核病基因型间隔区分辨率统计学比例北京成簇

结核分枝杆菌散在分布重复单位基因型分型法的应用研究

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中华结核和呼吸杂志 2005年第5期28卷 292-296页

作者：沈国妙查佳徐琳孙斌桂晓红王奕峰梅建高谦复旦大学上海医学院教育部医学分子病毒学重点实验室 200032 上海市疾病预防控制中心结核病防治科

目的建立结核分枝杆菌散在分布重复单位(mycobacterialinterspersedrepetitiveunits,MIRU)基因型分型法,评估该方法在我国应用的可行性。方法采用简单数字表法随机抽取上海地区2000年至2002年保存的菌株,对其进行MIRU分型,并与间隔区寡... 详细信息

目的建立结核分枝杆菌散在分布重复单位(mycobacterialinterspersedrepetitiveunits,MIRU)基因型分型法,评估该方法在我国应用的可行性。方法采用简单数字表法随机抽取上海地区2000年至2002年保存的菌株,对其进行MIRU分型,并与间隔区寡核苷酸分型法(spoligotyping)的结果进行比较。结果用spoligotyping方法对随机抽样的91株临床菌株进行基因型分型,得到20种基因型,其中81株(89%)属于北京基因型菌株,而用MIRU分型方法可将这些菌株分为46种基因型。81株北京基因型菌株可以分为39种不同的MIRU基因型。12个MIRU位点的多态性分析表明各位点有较大的区别,其中位点26显示了较高的多态性,位点16、31、40显示了中等程度的多态性。结论MIRU分型方法简单快速,其数字化结果清晰可靠,是一种有效的结核分枝杆菌基因型分型方法。

关键词：结核分枝杆菌分型法 spoligotyping 分布分型方法 2002年 2000年基因型分型多态性分析上海地区寡核苷酸临床菌株随机抽样位点数字表间隔区数字化北京显示

上海市2000-2002年91株结核分枝杆菌分子流行病学分析

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中华流行病学杂志 2005年第9期26卷 707-710页

作者：梅建沈鑫查佳孙斌沈梅沈国妙高谦上海市疾病预防控制中心结核病防制科 200336 复旦大学医学院教育部分子病毒重点实验室

目的探讨上海地区结核病分子流行病学特点。方法对从上海市疾病预防控制中心菌株库中随机抽取的2000-2002年各50株耐药和敏感菌株进行间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping) 和分枝杆菌散在分布重复单位(MIRU)基因型分型,并结合流行病学资... 详细信息

目的探讨上海地区结核病分子流行病学特点。方法对从上海市疾病预防控制中心菌株库中随机抽取的2000-2002年各50株耐药和敏感菌株进行间隔区寡核苷酸分型(spoligotyping) 和分枝杆菌散在分布重复单位(MIRU)基因型分型,并结合流行病学资料进行分析。结果抽样菌株中,具有特异spoligotyping指纹图谱的北京基因型菌株在上海地区分布达89%(81/91)。未接种过卡介苗(BCG)的患者中北京基因型菌株占88.5%(54/61),接种过BCG的患者中北京基因型菌株占90%(27/30),差异无统计学意义。北京基因型菌株耐药率为45.7%(37/81),低于非北京基因型菌株的耐药率60.0%(6/10),差异无统计学意义。MIRU成簇菌株占所有菌株的62.6%(57/91)。结论北京基因型菌株在上海地区有广泛分布,北京基因型菌株与BCG接种和耐药无关,结核病患者中有部分是由于近期传播而引起的。

关键词：结核分枝杆菌流行病学,分子基因分型上海市疾病预防控制中心流行病学分析 spoligotyping 分子卡介苗(BCG) 基因型分型结核病患者

应用液态芯片技术建立结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸基因分型方法

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中华结核和呼吸杂志 2014年第3期37卷 214-216页

作者：谢彤王撷秀王春花巨韩芳王志锐穆成赵慧天津市疾病预防控制中心结核病参比实验室 300011

在结核病的分子流行病学研究中，间隔区寡核苷酸基因分型法（spaceroligonucleotidetyping，spoligotyping）是主要的MTB基因分型方法，其分型原理是根据MTB基因组中存在多拷贝的正向重复序列，在特定的2个正向重复序列之间的是否存在... 详细信息

在结核病的分子流行病学研究中，间隔区寡核苷酸基因分型法（spaceroligonucleotidetyping，spoligotyping）是主要的MTB基因分型方法，其分型原理是根据MTB基因组中存在多拷贝的正向重复序列，在特定的2个正向重复序列之间的是否存在非重复间隔序列，不同的菌株可能存在差别。spoligotyping分型通过分析MTB基因组中43个正向重复间隔序列存在的多态性来区分不同菌株，并根据相邻3个间隔序列的存在情况，

关键词：基因分型方法寡核苷酸结核分枝杆菌间隔区 spoligotyping 芯片技术重复序列液态