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Use of species-specific pcr for the identification of 10 sea cucumber species

Chinese Journal of Oceanology and Limnology 2014年第6期32卷 1257-1263页

作者：文菁曾玲 Department of Biology Lingnan Normal University Department of Chemistry Lingnan Normal University

We developed a species-specific pcr method to identify species among dehydrated products of 10 sea cucumber *** reverse species-specific primers designed from the 16 S rRNA gene,in combination with one forward universal primer,generated pcr fragments of ca.270 bp length for each *** specificity of the pcr assay was tested with DNA of samples of 21 sea cucumber *** was observed in specific species *** species-specific pcr method we developed was successfully applied to authenticate species of commercial products of dehydrated sea cucumber,and was proven to be a useful,rapid,and low-cost technique to identify the origin of the sea cucumber product.

关键词： sea cucumber dried product basic local alignment search tool (BLAST) species-specific pcr identification

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Molecular Characterization and Prevalence of Trypanosoma species in Cattle from a Northern Livestock Area in Cote d’Ivoire

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Open Journal of Veterinary Medicine 2014年第12期4卷 314-321页

作者： Isidore Kpandji Kouadio Didier Sokouri Mathurin Koffi Ibrahim Konate Bernadin Ahouty Alain Koffi Simon Pierre N’Guetta Laboratoire de Genetique UFR BiosciencesUniversite Felix Houphouet BoignyAbidjanCote d’Ivoire Laboratoire des Interaction Hote-Microorganisme-Environnement et Evolution Universite Jean Lorougnon GuedeDaloaCote d’Ivoire Centre Suisse de Recherches Scientifiques en Cote d’Ivoire AbidjanCote d’Ivoire Institut Pierre Richet Unite de Recherche TrypanosomosesBouakeCote d’Ivoire

Background: African animal trypanosomiasis (AAT) is caused mainly by Trypanosoma congolense, T. vivax, and T. brucei brucei and is the major constraint for livestock productivity in Sub-Saharan African countries. Information about animal trypanosomiasis status in Ivory Coast is missing, especially regarding molecular epidemiology. Therefore, this study intended to apply molecular tools to identify and characterize trypanosomes in Ivory Coast for sustainable control. Methods: 363 cattle blood samples were collected from Ferkessedougou Region in northern Ivory Coast in 2012. Buffy coat technique (BCT) and species-specific pcr assays were used to detect trypanosome species. Results: Out of 363 cattle examined with BCT, 33 were found positive with all trypanosomes species accounting for an average of 9.09% prevalence whereas polymerase chain reaction (pcr) using species-specific primers showed that 81 out of 363 cattle were infected with trypanosomes with an overall prevalence of 22.31%. Trypanosoma congolense savanah type, T. Vivax and T. brucei sl. accounted for 28.39%, 49.38% and 23.45% of the infection rate respectively. No infection with T. congo forest?type was detected. T. vivax infection was the most prevalence in the area investigated compared to the two other trypanosome species. Mixed infections with different trypanosomes species were detected accounting for 7.32% of prevalence. Regarding sexrelated prevalence, male cattles were slightly more infected than female but the difference was not significant. Conclusion: Our results showed that there was a high prevalence of AAT in livestock in Ferkessedougou Area. There is therefore a need to strengthen control policies and institute measures that help prevent the spread of the parasites for sustainable control of animal trypanosome in this area.

关键词： Animal African Trypanosomiasis Molecular Diagnosis species-specific pcr Cote d’Ivoire

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中国优良酒类酒球菌的分离、鉴定

中国优良酒类酒球菌的分离、鉴定

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作者：李翠霞西北农林科技大学

学位级别：硕士

为了分离筛选出适合葡萄酒酿造的优良酒类酒球菌(Oenococcus oeni,O. oeni)菌株,用ATB分离培养基从我国新疆、河北、甘肃葡萄酒产区酒精发酵结束的干红葡萄酒中进行酒类酒球菌的分离鉴定,从中筛选出适合中国葡萄酒酿造的优良菌株。主要... 详细信息

为了分离筛选出适合葡萄酒酿造的优良酒类酒球菌(Oenococcus oeni,O. oeni)菌株,用ATB分离培养基从我国新疆、河北、甘肃葡萄酒产区酒精发酵结束的干红葡萄酒中进行酒类酒球菌的分离鉴定,从中筛选出适合中国葡萄酒酿造的优良菌株。主要研究结果如下: 1.采用ATB分离培养基从新疆、河北、甘肃葡萄酒产区酒精发酵结束的干红葡萄酒中共分离得到49株苹果酸-乳酸细菌,通过对其进行培养特征、形态学特征、苹果酸分解实验、革兰氏染色实验、过氧化氢酶实验、生理生化实验鉴定,结果表明:分离菌株均为酒类酒球菌。 2.通过对分离纯化的49株菌株进行单因子(pH、酒精、SO)耐受性实验,选出单因子抗性较好的14株菌进行复合因子(pH×酒精×SO)耐受性实验,结果表明:XJ-2a比对照菌株SD-2a有较强的适应性。XJ-2b、HB-1A、XJ-3a、HB-1B也与对照菌株SD-2a的生长量无明显差别,具有较强的酿酒适应性。 3.用种属特异性pcr(species-specific pcr)对分离菌株进行分子生物学鉴定。结果表明:14株单因子抗性较好菌株均能扩增出大小为1025bp的唯一清晰条带,说明这14株菌均为酒类酒球菌。 4.用16S rRNA序列同源性分析对分离菌株进行分子生物学验证。结果表明:14株单因子抗性较好菌株的测序结果与数据库中酒类酒球菌的同源性均达到了99%以上,进一步证明了这14株菌均为酒类酒球菌,并构建了相应的系统进化树。除此之外,通过对14株实验菌株与链球菌科中7个属中模式菌株的16S rRNA基因序列建立相似性矩阵,结果表明:14株实验菌株的基因序列与O. oeni的相似性达到100%,Leuconostoc mesenteroides与O. oeni亲源关系相对较近,相似性达到了83.5%。 5.优良菌株***-XJ-2a生长曲线的测定。结果表明:***-XJ-2a比对照菌株***-SD-2a最大菌悬液的光密度值(OD)大0.267,有较好的生长特性。本文通过形态学特征、生理生化鉴定、种属特异性pcr以及16S rRNA序列同源性分析,可将这14株菌鉴定为酒类酒球菌(O. oeni)。

关键词：酒类酒球菌分离鉴定 species-specific pcr 16S rRNA

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