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Model the solvent-excluded surface of 3D Protein Molecular Structures Using Geometric PDE-Based Level-Set Method

Communications in Computational Physics 2009年第9期6卷 777-792页

作者： Qing Pan Xue-Cheng Tai College of Mathematics and Computer Science Hunan Normal UniversityChangsha410081China Division of Mathematical Sciences School of Physical and Mathematical SciencesNanyang Technological UniversitySingapore Department of Mathematics University of BergenNorway

This paper presents an approach to model the solvent-excluded surface(SES)of 3D protein molecular structures using the geometric PDE-based level-set *** level-set method embeds the shape of 3D molecular objects as an isosurface or level set corresponding to some isovalue of a scattered dense scalar field,which is saved as a discretely-sampled,rectilinear grid,i.e.,a volumetric *** level-set model is described as a class of tri-cubic tensor product B-spline implicit surface with control point values that are the signed distance *** geometric PDE is evolved in the discrete *** geometric PDE we use is the mean curvature specified flow,which coincides with the definition of the SES and is geometrically *** technique of speeding up is achieved by use of the narrow band strategy incorporated with a good initial approximate construction for the *** get a very desirable approximate surface for the SES.

关键词： solvent-excluded surface implicit surface mean curvature specified flow level-set method

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