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Global Analysis of Non-coding Small RNAs in Arabidopsis in Response to Jasmonate Treatment by deep sequencing Technology

引用

Journal of Integrative Plant Biology 2012年第2期54卷 73-86页

作者： Bosen Zhang Zhiping Jin Daoxin Xie School of Life Sciences TsinghuaUniversityBeijing 100084China MOE Key Laboratory of Bioinformatics Tsinghua UniversityBeijing 100084China State Key Laboratory of Plant Genomics and National Center for Plant Gene Research Institute of Genetics and Developmental BiologyChinese Academy of SciencesBeijing 100101China

In plants, non-coding small RNAs play a vital role in plant development and stress responses. To explore the possible role of non-coding small RNAs in the regulation of the jasmonate （JA） pathway, we compared the non-coding small RNAs between the JA-deficient aos mutant and the JA-treated wild type Arabidopsis via high-throughput sequencing. Thirty new miRNAs and 27 new miRNA candidates were identified through bioinformatics approach. Forty-nine known miRNAs （belonging to 24 families）, 15 new miRNAs and new miRNA candidates （belonging to 11 families） and 3 tasiRNA families were induced by JA, whereas 1 new miRNA, 1 tasiRNA family and 22 known miRNAs （belonging to 9 families） were repressed by JA.

关键词： Non-coding small RNAs jasmonate Arabidopsis solexa deep sequencing

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