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Deep genome skimming reveals the hybrid origin of Pseudosasa gracilis (Poaceae: Bambusoideae)

Plant Diversity 2024年第3期46卷 344-352页

作者： Xiang-Zhou Hu Cen Guo Sheng-Yuan Qin De-Zhu Li Zhen-Hua Guo Germplasm Bank of Wild Species Kunming Institute of BotanyChinese Academy of SciencesKunmingYunnan 650201China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China

Pseudosasa gracilis(Poaceae:Bambusoideae)is a temperate woody bamboo species endemic to Southcentral China with a narrow *** phylogenetic studies revealed an unexpected,isolated phylogenetic position of *** we conducted phylogenomic analysis by sampling populations of *** and its sympatric species *** and sinosasa polytricha reflecting different genomic signals,by deep genome *** molecular evidence from chloroplast genes and genome-wide SNPs,we deciphered the phylogenetic relationships of *** plastid and nuclear data indicate that *** is more closely related to sinosasa,which is discordant with the taxonomic *** further explore this molecular-morphological conflict,we screened 411“perfect-copy”syntenic genes to reconstruct phylogenies using both the concatenation and coalescent *** observed extensive discordance between gene trees and the putative species tree.A significant hybridization event was detected based on 411 genes from the D subgenome,showing *** was a hybrid descendant between sinosasa longiligulata and ***,with 63.56%and 36.44%inheritance probabilities of each ***,introgression events were detected in the C subgenome between *** and *** in the same distribution *** findings suggest that sympatric hybridization and introgression play a crucial role in the origin of *** providing an empirical example of bamboo of hybrid origin using comprehensive analyses based on genomic data from different inheritance systems and morphological characters,our study represents a step forward in understanding of reticulate evolution of bamboos.

关键词： Phylogenomics Hybridization Introgression Pseudosasa gracilis Pseudosasa sinosasa

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