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Optimizing clarithromycin-containing therapy for Helicobacter pylori in the era of antibiotic resistance

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World Journal of Gastroenterology 2014年第30期20卷 10338-10347页

作者： Javier Molina-Infante Javier P Gisbert Department of Gastroenterology Hospital San Pedro de Alcantara10003 CaceresSpain Department of Gastroenterology Hospital Universitario de la PrincesaInstituto de Investigación Sanitaria Princesa and Centro de Investigación Biomédica en Red de Enfermedades Hepáticas y Digestivas28006 MadridSpain

The efficacy of triple therapy for Helicobacter pylori infection has dramatically declined over the last decade,largely related to increasing clarithromycin resistance rates.From a microbiological standpoint,bismuth quadruple therapy is the ideal replacement since it combines drugs for which resistance does not impair its efficacy.Nonetheless,several obstacles such as availability,complexity or tolerance prevent a general implementation of bismuth quadruple therapy,so nonbismuth quadruple regimens remain the best firstline treatment in clinical practice in many geographical areas.We review the rationale and efficacy of several optimization tools(increasing the length of duration,high-dose acid suppression,probiotics),which have been largely evaluated over the last 5 years to increase the effectiveness of standard triple therapy.Then,we update available evidence on the effectiveness of several non-bismuth quadruple therapies(sequential,concomitant,hybrid,miscellaneous therapy),which have gained interest lately.We also revise evidence on the efficacy of the aforementioned optimization tools for non-bismuth quadruples schemes and,finally we provide a novel regionalized therapeutic algorithm,based on novel formulas recently developed for predicting the outcome of non-bismuth quadruple regimens,upon local antibiotic resistance rates.

关键词： Helicobacter pylori Eradication Clarithromycin seq

ChIP-seq技术在全基因组范围内分析膜性肾病患者组蛋白H3K9三甲基化状态的改变

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中国现代医学杂志 2013年第32期23卷 50-56页

作者：眭维国何慧燕晏强崔甄甄张若菡戴勇解放军第181医院肾脏科(器官移植与透析治疗中心广西代谢性疾病研究重点实验室)广西桂林541002 广西师范大学生命科学学院广西桂林541004

目的膜性肾病以基底膜(GBM)弥漫性增厚以及上皮下免疫复合物沉积为特征,其发病机制目前仍不明了。H3K9三甲基化在早些年就已经发现了,但其与其他表观遗传修饰间的微妙关系以及在人类疾病中潜在的意义仍不清楚。该实验选择组蛋白H3K9三... 详细信息

目的膜性肾病以基底膜(GBM)弥漫性增厚以及上皮下免疫复合物沉积为特征,其发病机制目前仍不明了。H3K9三甲基化在早些年就已经发现了,但其与其他表观遗传修饰间的微妙关系以及在人类疾病中潜在的意义仍不清楚。该实验选择组蛋白H3K9三甲基化作为靶标,探讨H3K9三甲基化与膜性肾病发病机制的关系。方法实验采用染色质免疫沉淀-高通量测序(ChIP-seq)分析膜性肾病患者外周血单个核细胞(PBMCs)的组蛋白H3K9三甲基化状态的改变。结果与健康对照组相比,膜性肾病H3K9me3有108个差异表达基因,其中75个上调,33个表达下调。挑选5个差异最大的基因,DGCR6、SNX16、CNTN4、BIRC3和BIRC2进行讨论。结论研究结果表明膜性肾病患者的H3K9三甲基化状态有很大的变化,这些变化或许可以进一步揭示膜性肾病的发病机制,并提供潜在的治疗靶点。

关键词： ChIP seq H3K9三甲基化膜性肾病

蜜蜂球囊菌的参考转录组de novo组装及SSR分子标记开发

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昆虫学报 2017年第1期60卷 34-44页

作者：张曌楠熊翠玲徐细建黄枳腱郑燕珍骆群刘敏李汶东童新宇张琦梁勤郭睿陈大福福建农林大学蜂学学院福州350002 江西省养蜂研究所南昌330201

【目的】通过RNA seq技术对纯培养的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis孢子和球囊菌侵染的蜜蜂幼虫肠道组织进行测序,de novo组装球囊菌的参考转录组,并对其进行功能与代谢通路注释,进而基于该转录组数据开发球囊菌的SSR分子标记。【方法】首... 详细信息

【目的】通过RNA seq技术对纯培养的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis孢子和球囊菌侵染的蜜蜂幼虫肠道组织进行测序,de novo组装球囊菌的参考转录组,并对其进行功能与代谢通路注释,进而基于该转录组数据开发球囊菌的SSR分子标记。【方法】首先通过差速离心获得活化的球囊菌孢子,配制含1×107孢子/m L的饲料饲喂4,5和6日龄的意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica幼虫和中华蜜蜂Apis cerana cerana幼虫,通过Illumina Hi seqTM2500平台同时对上述蜜蜂幼虫肠道及纯化球囊菌孢子进行深度测序,原始数据过滤后通过Trinity软件组装得到unigenes,进而通过BLASTX比对NCBI Nr,Swiss-Prot,KOG和KEGG数据库对unigenes进行功能与代谢通路注释。利用MISA软件对所有unigenes进行SSR搜索,并利用Primer Premier 5软件设计SSR特异性引物,通过PCR对不同来源的球囊菌SSR位点进行扩增。【结果】本研究共获得146 135 308条高质量reads,de novo组装得到42 609个unigenes。BLASTX比对结果显示,29 316个unigenes在上述公共数据库中具有功能和代谢通路注释。注释到法夫酵母Xanthophyllomyces dendrorhous上的unigenes最多,达6 050个。KEGG注释结果显示,unigenes可注释到117个代谢通路,其中富集在核糖体(ribosome)上的unigenes数量最多(529)。所有unigenes中共预测到7 968个SSRs,通过PCR开发出5个球囊菌SSR分子标记。【结论】本研究成功组装球囊菌的参考转录组,并进行了功能与代谢通路注释,可为在分子水平深入研究球囊菌提供重要的参考信息。基于该转录组信息开发的5个SSR分子标记可推动菌株鉴定、基因图谱构建及基因定位等研究。

关键词：蜜蜂球囊菌参考转录组 RNA seq 功能与代谢通路注释 SSR

玉米自交系X178、掖478授粉前后miRNA表达差异分析

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玉米科学 2018年第5期26卷 30-36页

作者：王琳琳赵永平张从省杨海龙王宏伟谢传晓沈阳农业大学特种玉米研究所沈阳110866 中国农业科学院作物科学研究所北京100081 中国农业科学院生物技术研究所北京100081 安徽农业大学生命科学院合肥230036

基于Hiseq高通量测序技术并结合生物信息学方法对X178、掖478两种材料授粉前后两个时期穗已知miRNA及靶基因进行分析。结果发现，X178授粉前后差异表达miRNA有100个，分别属于21个miRNA家族；掖478授粉前后共筛选m98个有差异的miRNA，... 详细信息

基于Hiseq高通量测序技术并结合生物信息学方法对X178、掖478两种材料授粉前后两个时期穗已知miRNA及靶基因进行分析。结果发现，X178授粉前后差异表达miRNA有100个，分别属于21个miRNA家族；掖478授粉前后共筛选m98个有差异的miRNA，分别属于22个miRNA家族。利厢miRNA与靶基因mRNA负调控关系初步确定授粉前后miRNA可能调控的mRNA靶点，建立miRNA-靶mRNA一一对应关系。结果表明，X178中卜调表达的13个miRNA对应11个下调表达靶基因，下测表达的33个miRNA对应41个上调表达靶基因；掖478中上调表达的5个miRNAX对应7个下调表达靶基因，下渊表达的28个miRNA对应33个上调表达靶基因，其中，6个miRNA家族共靶向11种mRNA。研究结果表明，在授粉前后玉米穗中已知miRNA在不同玉米自交系中种类具有差异。

关键词：玉米 microRNA 深度测序 RNA seq 差异分析

转座元件在不同人类基因组数据库中分布情况的研究

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基因组学与应用生物学 2015年第6期34卷 1144-1148页

作者：曹单锋胡智强上海交通大学生命科学技术学院生物信息学与生物统计学系上海200240

在人类基因组中,大多数的基因都含有转座元件,但是转座元件在蛋白质编码区所占的比例大约只有1%。1%这个比例很可能是被低估的。我们系统分析了转座元件在不同的人类基因组注释数据库中的变化情况。在Ref seq数据库中,0.43%的蛋白质编... 详细信息

在人类基因组中,大多数的基因都含有转座元件,但是转座元件在蛋白质编码区所占的比例大约只有1%。1%这个比例很可能是被低估的。我们系统分析了转座元件在不同的人类基因组注释数据库中的变化情况。在Ref seq数据库中,0.43%的蛋白质编码序列被转座元件覆盖,但在Ensembl数据库中,这一比例达到了1.30%。对于Ensembl特有的蛋白质编码区,转座元件的覆盖率达到了15.3%,远远高于在Ref seq中所对应的比例(0.43%)。这些结果表明,未被识别出的蛋白质编码序列比现有的蛋白质编码序列含有更多的转座元件,这也预示着这些蛋白质编码序列将会更加难以被识别出来。

关键词：转座元件 Ref seq Ensembl

Illumina Miseq高通量测序分析核桃内生细菌多样性

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江苏农业学报 2015年第5期31卷 1129-1133页

作者：陈泽斌李冰王定康余磊徐胜光任禛靳松张永福彭声静昆明学院农学院云南昆明650214 云南省都市特色农业工程技术研究中心云南昆明650214 中国科学院昆明动物研究所云南昆明650223 昆明学院生命科学与技术系云南昆明650214

应用Illumina Mi seq高通量测序技术测定核桃内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,使用Uparse等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析内生细菌的丰度和α-多样性。获得了用于分析的有效序列63 183条,OTU数为103。稀... 详细信息

应用Illumina Mi seq高通量测序技术测定核桃内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,使用Uparse等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析内生细菌的丰度和α-多样性。获得了用于分析的有效序列63 183条,OTU数为103。稀释曲线表明测序深度充分,OTU数量接近于饱和。核桃样品的Chao1指数为105.143,Shannon多样性指数为1.823。核桃内生细菌主要分布于鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas,27.27%)、盐单胞菌属(Halomonas,27.27%)、土壤杆菌属(Agrobacterium,45.45%),这3个属是核桃内生细菌优势菌属。

关键词： Illumina Mi seq 高通量测序核桃内生细菌多样性

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并行程序设计语言OCCAM2参考手册过程

计算机工程与应用 1991年第10期 52-56页

本章描述OCCAM中的过程.OCCAM的过程定义用于定义进程的名字.考虑下例:PROC increment(INT x)x:=x+1本例把incrcmcnt定义为进程x:=x+1的名字.过程名字后圆括号中指定过程的形式参数.在本例中,x是类型为INT的形式参数.过程increment的用... 详细信息

本章描述OCCAM中的过程.OCCAM的过程定义用于定义进程的名字.考虑下例:PROC increment(INT x)x:=x+1本例把incrcmcnt定义为进程x:=x+1的名字.过程名字后圆括号中指定过程的形式参数.在本例中,x是类型为INT的形式参数.过程increment的用法如下例所示:

关键词： TNT 等价 OCCAM2 缩词 seq VAL 定义赋值

胎衣不下奶牛母体胎盘miRNA-181a异常表达分析及验证

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黑龙江畜牧兽医 2015年第8期 21-24页

作者：郑程远邹晓刘瑶张璐莹许启有李诗莹罗春海刘健莹付世新黑龙江八一农垦大学动物科技学院黑龙江大庆163319

为了对胎衣不下奶牛母体胎盘组织中差异miRNA-181a进行分析及验证,探讨miRNA-181a在奶牛胎衣不下发生中的作用,试验选取年龄、胎次、泌乳量、体重都相近并无其他疾病影响的胎衣正常排出奶牛和胎衣不下奶牛各3头作为研究对象,运用Hiseq... 详细信息

为了对胎衣不下奶牛母体胎盘组织中差异miRNA-181a进行分析及验证,探讨miRNA-181a在奶牛胎衣不下发生中的作用,试验选取年龄、胎次、泌乳量、体重都相近并无其他疾病影响的胎衣正常排出奶牛和胎衣不下奶牛各3头作为研究对象,运用Hiseq高通量测序技术,对正常和胎衣不下奶牛母体胎盘组织间miRNA-181a的差异表达情况进行分析,并进行qRT-PCR验证。结果表明:发生胎衣不下奶牛母体胎盘中miRNA-181a的相对表达量明显低于胎衣正常排出的奶牛,经SPSS19.0分析可得P=0.041 7(P<0.05),差异显著。说明发生胎衣不下的奶牛母体胎盘中miRNA-181a异常表达,提示miRNA-181a与胎衣不下的发生密切相关。

关键词：奶牛胎衣不下母体胎盘 Hi seq miRNA-181a qRT-PCR

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超抗原SEN和seq的初步晶体学研究

超抗原SEN和SEQ的初步晶体学研究

作者：刘昭鑫武汉轻工大学

学位级别：硕士

超抗原(Superantigens,SAgs)是一类特殊的抗原分子,能够引起T细胞非特异性激活,产生极强的免疫应答效应,引发如中毒性休克综合征、多器官衰竭和自身免疫性疾病等严重的临床症状。另一方面,超抗原又能刺激机体产生大量有生物活性的细胞因... 详细信息

超抗原(Superantigens,SAgs)是一类特殊的抗原分子,能够引起T细胞非特异性激活,产生极强的免疫应答效应,引发如中毒性休克综合征、多器官衰竭和自身免疫性疾病等严重的临床症状。另一方面,超抗原又能刺激机体产生大量有生物活性的细胞因子,增强机体对肿瘤的杀伤活性。金黄色葡萄球菌肠毒素N(Staphylococcus entertoxin N,SEN)和金黄色葡萄球菌肠毒素Q(Staphylococcus entertoxin Q,seq)是近年分离出的新型超抗原,在众多食物性中毒事件中扮演着重要角色。目前为止,SEN和seq引发免疫效应的作用机制尚不明确。本研究通过基因扩增方法获得sen和seq基因,分别将sen和seq基因克隆到原核表达载体pGEX-6P-1中,构建得到重组表达质粒pGEX-6P-1-sen和pGEX-6P-1-seq,将重组质粒导入大肠杆菌BL21(DE3)菌株中,分别获得SEN和seq蛋白表达菌株。将SEN和seq蛋白在大肠杆菌中高效可溶表达,破碎菌体获得可溶蛋白,通过GST亲和层析、Mono Q离子交换层析、Superdex 200分子排阻层析等一系列层析方法获得高纯度SEN和seq蛋白。使用结晶试剂盒,采用坐滴结晶法对SEN和seq蛋白进行结晶条件筛选与优化,最终在2%(v/v)TacsimateMM pH 4.0,0.1 M三水合乙酸钠pH 4.5,12%(w/v)聚乙二醇3350和6%(v/v)乙二醇,0.1 M柠檬酸pH 3.5,8%(w/v)聚乙二醇6000分别获得SEN和seq蛋白的高质量晶体,并通过SDS-PAGE和Western blot验证晶体为蛋白质晶体。获得的SEN和seq晶体进行X射线衍射,得到SEN(2.0?分辨率)和seq(3.0?分辨率)衍射数据。通过HKL-2000、iMosflm、CCP4、COOT、Phenix等软件处理衍射数据,解析获得了SEN和seq蛋白结构。本研究为SEN和seq的精细结构分析及SEN/seq-MHC-TCR三元复合物结构的解析奠定了基础,有助于从结构角度阐明SEN和seq的作用机制,从而为药物设计和疾病预防提供理论支持。

关键词：超抗原 MHC TCR SEN seq 蛋白质晶体学