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番木瓜主栽品种scot指纹图谱构建及遗传变异分析

广东省遗传学会第九届代表大会暨学术研讨会

作者：郭雁君郭丽英蒋惠张小凤吉前华肇庆学院果树研究所

广东省肇庆地区四会市种植柑橘历史悠久,柑橘资源丰富,最早的人工栽培可追溯到汉朝。柑橘类植物,因为彼此间容易杂交和开放性传粉,并且可以通过无性方式繁殖,因此经过自然杂交、人工驯化,选择和栽培,产生大量的地方品种和变异基因型,使... 详细信息

广东省肇庆地区四会市种植柑橘历史悠久,柑橘资源丰富,最早的人工栽培可追溯到汉朝。柑橘类植物,因为彼此间容易杂交和开放性传粉,并且可以通过无性方式繁殖,因此经过自然杂交、人工驯化,选择和栽培,产生大量的地方品种和变异基因型,使柑橘植物的分类问题复杂化。本研究收集35份肇庆地区特色柑橘试材进行scot标记分析,探讨地方柑橘品种的遗传多样性和亲缘关系,并对获得的目的片段克隆测序,通过测序结果探讨其遗传变异,为育种工作提供理论依据。选用的15条scot引物具有较高的多态性,共获得126条多态性条带,平均多态性达到95%。遗传相似系数值介于0.67—1.00之间,说明选用的供试材料间的遗传差异比较大。四会柑桔品种在遗传系数0.80处聚为一类,亲缘关系较近,在一定程度上反映了试材的地理分布情况,说明地理因素对柑橘的亲缘关系研究有很大影响。采用回收特异条带进行TA克隆和测序的方法,结果显示所有样品序列相似度非常高但也存在差异,有多个单碱基突变位点,同时也有少量插入——缺失突变的位点。每一种供试材料都存一个或多个突变位点可以作为特异位点与其他供试材料区分开.因此scot分子标记技术结合特异片段测序分析在地方柑橘品种遗传多样性研究中是有效的。S19引物的scot序列上,贡柑与行柑之间有20个单碱基突变和一个三碱基的插入序列。单碱基突变中16个集中在160bp一270bp之间,频率较高。贡柑与其他几个供试材料比对结果与之相似,这个区域的碱基序列形成了该品种的该基因的突变热点区域,而且以插入突变为主,其次是颠换,再次是转换。特征条带的序列研究,以及开发的其他引物的特征条带的序列研究,可以作为四会市地方柑橘品种贡柑的分离基因的一个标记,同时也可以作为该基因的突变热点的机理研究材料,也可以用于潜在的突变热点的识别和判断分析。同源性序列比对结果推测S19引物扩增的特异序列可能是一个核糖体蛋白编码序列的一部分,序列可能来自线粒体基因组或主基因组,该核糖体蛋白可能位于线粒体上。由行柑与贡柑的叶绿体基因trnl证据表明行柑可能是贡柑的母本。但scot测序结果中贡柑序列与行柑的比较,碱基突变频率高,因此在一定程度上说明此编码核糖体蛋白的序列更有可能来自主基因组而非线粒体基因组,并且可能来自贡柑的父本-一种橙的基因组。同时,该核糖体蛋白可能参与核糖体结构和参与翻译,在植株发育中起重要作用,而蛋白质的合成起始于N端,其序列组成对其生物学功能有巨大的影响,因此通过对蛋白质及其N端序列的研究有利于分析该蛋白质的结构,揭示蛋白质的生物学功能,本试验材料的碱基突变可能导致N端氨基酸的变异。

关键词：柑橘 scot 地方种质资源序列比对

来源： cnki会议评论

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cnki会议

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西北植物学报 2013年第9期33卷 1756-1761页

作者：杨祥燕蔡元保黄秋伟陈涛覃剑峰彭靖茹广西亚热带作物研究所南宁530001

利用scot标记对中国22个番木瓜主要栽培品种进行遗传多样性分析和指纹图谱构建,为番木瓜品种资源的鉴定和杂交亲本的选配提供技术参考。结果显示：（1）scot标记有效等位基因数（Ne）平均为1.47,Nei’s基因多样性指数（H）平均为0.26,Sh... 详细信息

利用scot标记对中国22个番木瓜主要栽培品种进行遗传多样性分析和指纹图谱构建,为番木瓜品种资源的鉴定和杂交亲本的选配提供技术参考。结果显示：（1）scot标记有效等位基因数（Ne）平均为1.47,Nei’s基因多样性指数（H）平均为0.26,Shannon’s信息指数（I）平均为0.39,表明scot标记具有较高的多态性检测效率。（2）聚类分析和主坐标分析结果表明,大部分番木瓜品种间的遗传相似系数为0.79~0.90,品种间遗传多样性水平较低;在相似性系数为0.75时可将所有品种分为3个组群。（3）6个scot引物可以将22个番木瓜品种完全区分开,每个品种都各有独特的指纹图谱,置信概率达到99.976%。

关键词：番木瓜主栽品种 scot 指纹图谱遗传多样性

基于scot标记的福建茶树品种(系)遗传多样性分析

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茶叶科学 2018年第1期38卷 43-57页

作者：林伟东陈志丹孙威江杨如兴福建农林大学园艺学院福建福州350002 闽台特色作物病虫生态防控协同创新中心福建福州350002 福建省茶产业工程技术研究中心福建福州350002 福建农林大学安溪茶学院福建福州350002 福建省农业科学院茶叶研究所福建福安355015

利用scot标记对福建茶树资源进行分析,构建适用于福建茶树资源scot-PCR扩增体系。从38条scot引物中筛选出的16条多态性引物,构建了55份茶树品种(系)的scot标记指纹图谱。对55份材料共扩增出219条条带,多态性条带为216条,平均每条引物扩... 详细信息

利用scot标记对福建茶树资源进行分析,构建适用于福建茶树资源scot-PCR扩增体系。从38条scot引物中筛选出的16条多态性引物,构建了55份茶树品种(系)的scot标记指纹图谱。对55份材料共扩增出219条条带,多态性条带为216条,平均每条引物扩增出13.8条,多态性比率PPB为93.15%,55份供试材料的遗传相似系数(Genetic similarity,GS)介于0.49~0.85,平均为0.67。scot标记分析55份供试材料共两个群体的观测等位基因数Na为1.93,有效等位基因数Ne为1.54,Nei基因多样性为0.32,香农指数Shannon为0.48,遗传分化Gst为0.067,基因流Nm为7.01。在遗传相似系数为0.64处,将55份茶树资源分成2大类。

关键词：茶树 scot 遗传多样性亲缘关系

濒危植物秦岭石蝴蝶的scot遗传多样性分析

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西北植物学报 2020年第3期40卷 425-431页

作者：孙旺蒋景龙胡选萍李耘王琦陶小斌胡凤成陕西理工大学生物科学与工程学院陕西汉中723000 汉中市野生动植物保护管理站陕西汉中723000 略阳县苗圃陕西汉中724310

利用筛选到的24条scot引物,分析秦岭石蝴蝶人工繁育和野生种群60份材料的遗传多样性和遗传结构,为秦岭石蝴蝶的濒危机制和制定种群保护与修复策略提供理论依据。结果显示:(1)60份秦岭石蝴蝶供试样品的观察等位基因数平均为1.51,有效等... 详细信息

利用筛选到的24条scot引物,分析秦岭石蝴蝶人工繁育和野生种群60份材料的遗传多样性和遗传结构,为秦岭石蝴蝶的濒危机制和制定种群保护与修复策略提供理论依据。结果显示:(1)60份秦岭石蝴蝶供试样品的观察等位基因数平均为1.51,有效等位基因数平均为1.31,Nei's基因多样性平均为0.2305,Shannon指数平均为0.3703,表明供试材料种群的遗传多样性较低。(2)种群间的遗传距离与遗传相似系数分析结果表明,3个种群60份供试材料间的遗传相似系数为0.9551~0.9705,平均相似系数0.9634,进一步表明供试材料之间的遗传相似性极高,遗传背景较为狭窄。(3)秦岭石蝴蝶种群分子方差分析结果显示15%的变异来自于种群间,而85%的变异来自于种群内部。综合分析表明,秦岭石蝴蝶各种群内和种群之间的遗传多样性较低,遗传背景狭窄,这可能是秦岭石蝴蝶适应环境能力差,从而导致其濒危的重要原因之一。

关键词：濒危植物秦岭石蝴蝶遗传多样性 scot 等位基因

药用菊花scot-PCR反应体系的正交优化

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核农学报 2014年第10期28卷 1781-1789页

作者：何仁锋冯尚国陈喆高岭沈晓霞沈宇峰王志安王慧中杭州师范大学生命与环境科学学院、浙江省药用植物种质改良和质量监控重点实验室浙江杭州310036 浙江省中药研究所浙江杭州310023

为进一步开发利用药用菊花种质资源,为药用菊花的遗传多样性及分子鉴定研究提供技术支持,建立并优化药用菊花的目标起始密码子多态性-聚合酶链式反应(scot-PCR)体系,在方差分析基础上,运用L25(56)正交设计在5个水平上对影响药用菊花scot... 详细信息

为进一步开发利用药用菊花种质资源,为药用菊花的遗传多样性及分子鉴定研究提供技术支持,建立并优化药用菊花的目标起始密码子多态性-聚合酶链式反应(scot-PCR)体系,在方差分析基础上,运用L25(56)正交设计在5个水平上对影响药用菊花scot-PCR反应的模板DNA、Mg2+、dNTPs、Taq酶、引物5个因素进行优化试验,并对PCR结果进行分析。建立了药用菊花scot-PCR最佳反应体系(20μL):模板DNA 10 ng,引物0.8μmol·L-1,dNTPs 0.2 mmol·L-1,Mg2+2.0 mmol·L-1,Taq酶1.5 U,scot反应的影响因素依次为:Taq酶>引物>dNTPs>Mg2+>模板DNA。优化的scot-PCR反应体系在多个药用菊花品种遗传多样性研究中得到了验证,结果表现出良好的稳定性、重复性和多态性丰富等特点,该体系的建立为药用菊花品种遗传多样性分析、系统发育研究、遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助育种研究奠定了基础。

关键词：药用菊花 scot 优化正交设计

基于scot标记的洞庭湖区南荻种质资源的遗传多样性研究

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中国草地学报 2018年第3期40卷 14-19,48页

作者：钱茱希薛帅郭孟奇许磊杨塞湖南农业大学东方科技学院湖南长沙410128 芒属植物生态应用湖南省工程实验室湖南长沙410128

本研究利用scot标记对洞庭湖地区9个野生南荻居群的遗传多样性和遗传结构进行分析。结果表明:27条scot引物共扩增出429条清晰的带,其中多态性带为394条,多态性条带比率为91.39%,平均每条引物扩增多态性条数是14.60条,多态性信息含量(PIC... 详细信息

本研究利用scot标记对洞庭湖地区9个野生南荻居群的遗传多样性和遗传结构进行分析。结果表明:27条scot引物共扩增出429条清晰的带,其中多态性带为394条,多态性条带比率为91.39%,平均每条引物扩增多态性条数是14.60条,多态性信息含量(PIC)为0.206~0.688,平均为0.394;该地区南荻遗传多样性丰富,遗传多样性指标水平较高(PPB=91.39%、H=0.3266、I=0.4911);其野生居群具有一定程度的遗传分化(Gst=0.1141),遗传变异主要存在于居群内;居群间的基因流(Nm)为3.88;根据非加权配对类平均法(UPGMA)聚类分析,将南荻9个野生居群分为三类,同一流域的居群聚为一类;材料间的遗传距离与地理距离不存在相关性。

关键词：南荻 scot 遗传多样性

利用scot标记分析花生栽培种×***组合异源多倍化的早期基因组变化

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中国农业科学 2013年第8期46卷 1555-1563页

作者：贺梁琼熊发前钟瑞春韩柱强李忠唐秀梅蒋菁唐荣华何新华广西大学农学院广西农业科学院经济作物研究所广西农业科学院/广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室

【目的】研究花生属异源多倍化过程中基因组变化行为,揭示花生属多倍体进化的分子机制。【方法】采用scot标记对四倍体栽培种仲恺花4号和二倍体野生种***的种间杂种F1及早期多倍体世代(S0—S3)基因组变化时间、类型和频率进行分析。【... 详细信息

【目的】研究花生属异源多倍化过程中基因组变化行为,揭示花生属多倍体进化的分子机制。【方法】采用scot标记对四倍体栽培种仲恺花4号和二倍体野生种***的种间杂种F1及早期多倍体世代(S0—S3)基因组变化时间、类型和频率进行分析。【结果】18条scot引物共扩增出126个位点,其中多态性位点117个,多态性比率达92.86%,在供试材料中检测出了丰富的DNA多态性;与扩增出的109条亲本条带比较,F1—S3分别丢失亲本条带28、30、10、11和10条,其中,来自父本特异性条带为16、12、7、9和9条,各自新增条带9、3、10、14和8条,说明scot产物早在Fl即开始发生变化,变化类型包括亲本条带的丢失、跳跃式继承和新条带的产生,在丢失的亲本条带中以父本条带为主。【结论】ATG翻译起始位点及其侧翼区域在花生种间杂交异源多倍化早期迅速发生广泛而剧烈的变化,其生物学功能可能与多倍体的进化和稳定有关;scot标记作为一种简单、有效和实用的新型功能型分子标记技术,可以为花生属及其它物种多倍体进化中基因组遗传变化研究提供技术支持。

关键词： scot 花生功能型标记种间杂交异源多倍化

SRAP结合scot标记分析番木瓜种质的遗传多样性

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植物遗传资源学报 2014年第2期15卷 292-298页

作者：蔡元保杨祥燕陈豪军曾黎明庞新华孙光明广西亚热带作物研究所南宁530001 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所湛江524091 国家重要热带作物工程技术研究中心海口571101

利用SRAP和scot两种分子标记相结合对中国22个番木瓜主要栽培品种（系）进行遗传多样性研究。scot标记检测获得的遗传多样性参数值和遗传相似系数范围均高于SRAP标记检测的结果，表明scot标记检测多态性的能力高于SRAP标记。基于两种标... 详细信息

利用SRAP和scot两种分子标记相结合对中国22个番木瓜主要栽培品种（系）进行遗传多样性研究。scot标记检测获得的遗传多样性参数值和遗传相似系数范围均高于SRAP标记检测的结果，表明scot标记检测多态性的能力高于SRAP标记。基于两种标记数据合并后的UPGMA聚类结果显示，番木瓜种质间的遗传相似系数为0.65～0.90，种质间遗传多样性水平较低；在相似性系数为0.82时，将所有参试材料划分为3个类群。应用Mantel检测对SRAP和scot及两种标记合并进行相关性分析，表明三者之间具有显著的相关性，且相关性很高。聚类结果从分子水平反映出中国番木瓜主要栽培品种（系）的遗传基础狭窄。

关键词：番木瓜遗传多样性 SRAP scot

兰属植物目标起始密码子(scot)遗传多样性分析

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园艺学报 2013年第10期40卷 2026-2032页

作者：高岭冯尚国何仁锋赵妙玉王慧中杭州师范大学生命与环境科学学院、浙江省药用植物种质改良和质量监控重点实验室杭州310036

应用scot分子标记技术对兰属14个种的24个样品进行遗传多样性分析,27条引物共扩增出259条DNA条带,其中多态性条带224条,多态性百分比达86.49%,条带大小为100～2 000 bp,多数条带分布在500～1 300 bp之间。根据scot标记计算的遗传距离系... 详细信息

应用scot分子标记技术对兰属14个种的24个样品进行遗传多样性分析,27条引物共扩增出259条DNA条带,其中多态性条带224条,多态性百分比达86.49%,条带大小为100～2 000 bp,多数条带分布在500～1 300 bp之间。根据scot标记计算的遗传距离系数得到的聚类结果可知,24种兰属植物可以分为5类:A类:春兰、建兰、蕙兰、莲瓣兰;B类:墨兰、寒兰;C类:春剑;D类:兔耳兰;E类:多花兰、文山红柱兰、虎头兰、象牙白、碧玉兰、黄蝉兰,这与传统兰属分类有所区别。

关键词：兰属植物分子标记 scot 遗传多样性