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海南特有极小种群植物文昌锥的scot-PCR体系建立及有效引物评价

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植物研究 2020年第1期40卷 66-72页

作者：杨立荣孙秀秀陈加利云勇陈宣郑道君海南省农业科学院热带园艺研究所海口571100 海南省热带特种经济植物种质资源创新利用重点实验室海口571100

为了应用scot分子标记研究文昌锥种质资源,通过单因素试验和正交试验2种方法,分析DNA、引物、dNTPs、Taq DNA聚合酶这4种因素对文昌锥scot-PCR扩增结果的影响,优化建立文昌锥scot-PCR体系,并对文昌锥scot标记引物进行有效性评价。结果表... 详细信息

为了应用scot分子标记研究文昌锥种质资源,通过单因素试验和正交试验2种方法,分析DNA、引物、dNTPs、Taq DNA聚合酶这4种因素对文昌锥scot-PCR扩增结果的影响,优化建立文昌锥scot-PCR体系,并对文昌锥scot标记引物进行有效性评价。结果表明:各个因子对scot-PCR扩增影响大小依次为:DNA>dNTPs>引物>Taq DNA聚合酶;最优反应体系为:总体系为20μL,DNA含量为2.5 ng,引物浓度为0.8μmol·L-1,dNTPs浓度为0.2 mmol·L-1,Taq DNA聚合酶的含量1 U;经验证,该体系获得的扩增产物清晰、稳定;应用该体系筛选出15条多态性好且适合文昌锥扩增的引物,为今后利用scot分子标记技术对文昌锥及其他壳斗科植物进行相关研究提供技术支持。

关键词：文昌锥 scot 反应体系优化有效性引物

基于SRAP和scot标记的猕猴桃种质遗传多样性分析及变异材料鉴定

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果树学报 2021年第12期38卷 2059-2071页

作者：张坤周源洁李尧刘芯伶郭玉琪夏惠梁东四川农业大学园艺学院成都611130

【目的】探明59份猕猴桃品种/种质的遗传背景及鉴定果肉全红型材料(‘H-16’)的亲缘关系。【方法】利用SRAP及scot两种分子标记进行遗传多样性分析及变异鉴定。【结果】筛选出的12对SRAP引物和16条scot引物在59份材料中分别扩增出多态... 详细信息

【目的】探明59份猕猴桃品种/种质的遗传背景及鉴定果肉全红型材料(‘H-16’)的亲缘关系。【方法】利用SRAP及scot两种分子标记进行遗传多样性分析及变异鉴定。【结果】筛选出的12对SRAP引物和16条scot引物在59份材料中分别扩增出多态性条带125条和143条,平均多态性比率为99.07%和100%,平均遗传相似系数为0.668和0.640,其中‘H-16’与红阳的遗传相似系数最高,分别为0.952和0.930,表明两者遗传背景高度一致。SRAP及scot两种分子标记分别将59份猕猴桃材料分为4组和8组,部分中华猕猴桃与多数美味猕猴桃种质聚为一类,显示中华猕猴桃与美味猕猴桃种间关系较近,存在频繁的基因交流现象。筛选出的3对SRAP引物和2条scot引物,在‘H-16’和红阳中扩增出差异条带,表明‘H-16’为红阳的变异材料,且12对SRAP引物将全部中华系红肉猕猴桃聚为一类,可作为筛选控制红色性状位点的候选SRAP引物。【结论】SRAP和scot分子标记有效地将59份猕猴桃划分成4组和8组,表明其遗传背景存在差异,且遗传多样性较为丰富,两种标记都可用,scot更高效。两种标记都可用于猕猴桃变异材料的早期鉴定,且成功鉴定‘H-16’为红阳的色泽变异品种(系),为后期开展种质资源评价和新种质选育提供技术参考和理论依据。

关键词：猕猴桃 SRAP scot 遗传多样性变异鉴定

基于scot标记的栽培栀子种质资源遗传多样性研究

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中草药 2018年第14期49卷 3376-3381页

作者：潘媛陈大霞宋旭红王钰李隆云重庆市中药研究院重庆400065 中国中医科学院中药资源中心重庆分中心重庆400065 重庆市中药良种选育与评价工程技术研究中心重庆400065

目的利用scot标记对47份栀子种质资源的亲缘关系及遗传多样性进行了研究。方法采用NTSYS version 2.1软件计算遗传相似性系数,利用UPGMA法构建聚类树状图。结果从36条引物中筛选出20条多态性丰富的引物对供试材料进行PCR扩增,共获得154... 详细信息

目的利用scot标记对47份栀子种质资源的亲缘关系及遗传多样性进行了研究。方法采用NTSYS version 2.1软件计算遗传相似性系数,利用UPGMA法构建聚类树状图。结果从36条引物中筛选出20条多态性丰富的引物对供试材料进行PCR扩增,共获得154条谱带,其中多态性条带120条,多态性条带所占的比率(PPL)达78.14%,Nei-Li相似系数(GS)在0.655 8~0.980 5,平均值为0.784 1;聚类结果显示栀子遗传多样性丰富且亲缘关系复杂。结论研究表明scot标记技术可以很好地应用于栀子种质资源的遗传多样性分析,研究结果可为栀子育种、分类、保存和利用提供可靠的理论依据。

关键词： scot 栀子遗传多样性 PCR扩增 UPGMA法

黄连属部分药用植物遗传多样性与亲缘关系的scot分析

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中国中药杂志 2017年第3期42卷 473-477页

作者：陈大霞王钰张雪潘媛李隆云重庆市中药研究院重庆400065 重庆市中药良种选育与评价工程技术研究中心重庆400065 重庆市中药资源学重点实验室重庆400065 中国中医科学院中药资源中心重庆分中心重庆400065

采用scot分子标记分析4种黄连属药用植物的遗传多样性和亲缘关系,并用POPGENE计算遗传参数,TREECONW软件进行聚类分析。结果表明:28条引物共检测到434条带,其中多态性条带430条;各遗传参数均表明黄连属药用植物种间的遗传多样性极为丰富... 详细信息

采用scot分子标记分析4种黄连属药用植物的遗传多样性和亲缘关系,并用POPGENE计算遗传参数,TREECONW软件进行聚类分析。结果表明:28条引物共检测到434条带,其中多态性条带430条;各遗传参数均表明黄连属药用植物种间的遗传多样性极为丰富(种间PPB=99.1%,N_a=1.990 6,N_e=1.329 3,H=0.212 2,I=0.337 8),但种内遗传多样性较低(种内PPB=16.8%,N_a=1.168 2,N_e=1.073 0,H=0.043 7,I=0.067 7);遗传分化系数G_(st)=0.794 0,说明79.4%的遗传变异来源于种间;同种黄连属药用植物的不同植株均聚在一起,证实scot分子标记可作为黄连属药用植物亲缘关系研究的有效方法之一。

关键词：黄连属 scot 药用植物亲缘关系

猕猴桃scot遗传多样性分析及指纹图谱的构建

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植物研究 2017年第2期37卷 259-265页

作者：张安世张中海齐秀娟刘莹骆扬焦作师范高等专科学校理工学院焦作454000 中国农业科学院郑州果树研究所郑州450009

利用scot标记对32个猕猴桃品种进行了遗传多样性分析。从47个scot引物中筛选了11个引物进行PCR扩增,共扩增出185个条带,其中多态性条带180个,多态性比率为97.30%。各引物Nei’s基因多样性指数(H)平均为0.238 4,Shannon’s信息指数(I)平... 详细信息

利用scot标记对32个猕猴桃品种进行了遗传多样性分析。从47个scot引物中筛选了11个引物进行PCR扩增,共扩增出185个条带,其中多态性条带180个,多态性比率为97.30%。各引物Nei’s基因多样性指数(H)平均为0.238 4,Shannon’s信息指数(I)平均为0.377 8。利用UPGMA构建32份猕猴桃种质资源的聚类树状图。在遗传相似系数为0.78处可将32个猕猴桃品种分为5组,聚类结果与形态学分类基本一致。利用4条引物扩增的16个多态性位点构建了32个猕猴桃品种的DNA指纹图谱,可以将32个猕猴桃品种区分并准确鉴定。

关键词：猕猴桃 scot DNA指纹图谱遗传多样性

Genetic Variation among Fragmented Populations of Atriplex halimus L. Using Start Codon Targeted (scot) and ITS1-5.8S-ITS2 Region Markers

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American Journal of Molecular Biology 2016年第2期6卷 101-115页

作者： Asmaa Elframawy Hisham Deif Ranya El-Bakatoushi Nucleic Acids Research Department Genetic Engineering & Biotechnology Research Institute (GEBRI) City for Scientific Research Borg Elarab Alexandria Egypt Botany Department Faculty of Science University of Alexandria Alexandria Egypt Biology and Geology Sciences Department Faculty of Education University of Alexandria Alexandria Egypt

Two forms of A. halimus shrubs: erect habit (A. halimus) and bushy habit shrub (A. schweinfurthii) are used naturally isolated by a considerable distance from each other and occupy the same area. To explore the effect of natural isolation on the genetic basis of the two forms, Start Codon Targeted (scot) and the phylogenetic relationships of A. halimus by sequencing ITS1-5.8S-ITS2 regions of the ribosomal DNA are used. Significant isolation-by-distance relationship was found (r = 0.62, P = 0.001). Soil factors did not influence molecular variations. The natural isolation of A. halimus habitats restricts gene flow among the populations and the observed high within-population genetic diversity (74.19%) in this species is best explained by its outcrossing behaviour, long-lived individuals and overlapping generations. The UPGMA analysis of the scot results showed that all the studied populations were divided into two discrete genetic groups with significant separation of the two forms in Burg El-Arab area (Populations 1 and 2) and insignificant separation between two forms in El-Hammam area (population 5 and 6). The sequencing of the ITS1-5.8S-ITS2 rDNA regions also showed the insignificant separation of the two A. halimus forms. We conclude that gene flow depending on habitat fragmentation was the main factor affecting the population genetic differentiation. We suggest that the two forms do not merit specific rank in presence of interference between the two forms and absence of a breeding barrier fail to separate the different populations when they become sympatric.

关键词： Atriplex halimus scot ITS1-5.8S-ITS2 rDNA Regions Atriplex schweinfurthii

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scot标记分析陕西茶树资源的遗传多样性

茶叶科学 2016年第2期36卷 131-138页

作者：陈熙张羽李佼席彦军张颜青陕西理工学院生物科学与工程学院陕西汉中723000 陕西省汉中市农业科学研究所陕西汉中723000 汉中植物研究所陕西汉中723000

选用6份有代表性的陕西茶树资源材料,从121条scot引物中筛选出38条扩增条带清晰、多态性高的引物,对陕西省50个茶树资源进行遗传多样性研究.结果表明,scot标记能够揭示材料间较高的遗传多样性,每条引物可检测到4-17个等位位点,平均为11... 详细信息

选用6份有代表性的陕西茶树资源材料,从121条scot引物中筛选出38条扩增条带清晰、多态性高的引物,对陕西省50个茶树资源进行遗传多样性研究.结果表明,scot标记能够揭示材料间较高的遗传多样性,每条引物可检测到4-17个等位位点,平均为11个,38条scot引物共扩增出414条DNA片段,其中400条具有多态性,多态性比率（PPB）为96.62%.每个scot位点的遗传多态性信息含量在0.56-0.99之间,平均为0.90.供试材料的遗传相似系数集中在0.59-0.71之间.研究表明,scot标记可以用来对茶树进行遗传基础研究,基于scot标记的陕西省主要茶树资源遗传多样性较高.

关键词：茶树 scot 多样性

Analysis of Genetic Differences among Monokaryon Strains of Flammulina velutipes Using scot and ISSR Markers

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Agricultural Biotechnology 2014年第3期3卷 46-49页

作者： Jianjun ZHANG Bin ZHANG Zhipeng WU Department of Bioengineering Sichuan University of Science and Engineering College of Forestry Southwest Forestry University/ Key Laboratory of Forest Disaster Warning and Control in Yunnan Province / Key Subject of Forestry Protection in Yunnan Province College of Resources and Environmental Sciences Sichuan Agricultural University

[Objective]This study aimed to analyze genetic differences among Flammulina velutipes monokaryon strains.[Method]Twenty F1monokaryon strains（W1-W20）of *** were separated with conventional dilution *** scot primers and nine ISSR primers were *** to amplification results,genetic similarity coefficients among various strains were calculated using NTsys 2.10e analysis software for cluster analysis.[Result]Six primers could be use to amplify clear polymorphic *** be specific,a total of 327 clear DNA fragments were amplified,including 287 polymorphic bands,accounting for 87.77%of the total number of bands *** on scot analysis,the genetic identity（GI）among 20 strains ranged from 0.187 5 to 0.937 5;to be specific,GI between W2 and W3 and that between W11 and W12 reached the maximum of 0.9375;GI between W15 and W18 was the minimum of 0.187 *** on ISSR analysis,GI among 20 strains ranged from 0.250 0 to 1.000 0;to be specific,GI between W3,W4 and W9,GI between W15 and W17,and that between W16 and W19 reached the maximum of 1.000;GI between W14 and W18 was the minimum of 0.250 *** low genetic identity fully demonstrated great genetic differences among *** *** to results of cluster analysis,at a similarity level of 0.55,20 *** monokaryons were significantly divided into three groups using scot markers;at a similarity level of 0.66,20 *** monokaryons were divided into three groups using ISSR ***,W11,W18 and W20 were invariably divided into one group;W15 and W17 were divided into one subgroup.[Conclusion]In this study,two type of markers were used for analysis of genetic diversity among *** monokaryon strains,which provided scientific and practical basis for screening high-quality monokaryon parents of ***.

关键词： scot ISSR Monokaryon Genetic differences

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鸭茅种质scot遗传变异研究

鸭茅种质SCoT遗传变异研究