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Identifying scientific Project-generated data Citation from Full-text Articles: An Investigation of TCGA data Citation

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Journal of data and Information Science 2016年第2期1卷 32-44页

作者： Jiao Li Si Zheng Hongyu Kang Zhen Hou Qing Qian Institute of Medical Information and Library Chinese Academy of Medical Sciences

Purpose： In the open science era, it is typical to share project-generated scientific data by depositing it in an open and accessible database. Moreover, scientific publications are preserved in a digital library archive. It is challenging to identify the data usage that is mentioned in literature and associate it with its source. Here, we investigated the data usage of a government-funded cancer genomics project, The Cancer Genome Atlas（TCGA）, via a full-text literature analysis.Design/methodology/approach： We focused on identifying articles using the TCGA dataset and constructing linkages between the articles and the specific TCGA dataset. First, we collected 5,372 TCGA-related articles from Pub Med Central（PMC）. Second, we constructed a benchmark set with 25 full-text articles that truly used the TCGA data in their studies, and we summarized the key features of the benchmark set. Third, the key features were applied to the remaining PMC full-text articles that were collected from PMC.Findings： The amount of publications that use TCGA data has increased significantly since 2011, although the TCGA project was launched in 2005. Additionally, we found that the critical areas of focus in the studies that use the TCGA data were glioblastoma multiforme, lung cancer, and breast cancer; meanwhile, data from the RNA-sequencing（RNA-seq） platform is the most preferable for use.Research limitations： The current workflow to identify articles that truly used TCGA data is labor-intensive. An automatic method is expected to improve the performance.Practical implications： This study will help cancer genomics researchers determine the latest advancements in cancer molecular therapy, and it will promote data sharing and data-intensive scientific discovery.Originality/value： Few studies have been conducted to investigate data usage by governmentfunded projects/programs since their launch. In this preliminary study, we extracted articles that use TCGA data from PMC, and we created a link between the full-text articles and the sourc

关键词： scientific data Full-text literature Open access PubMed Central data citation

scientific data:Preserving, Archiving and Sharing

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Journal of Northeast Agricultural University(English Edition) 2006年第2期13卷 174-177页

作者： MENG Xianxue YANG Congke Agricultural Information Institute CAAS Beijing 100081 PRC

scientific data refers to the data or data sets generated from scientific research process through observations, experiments, calculations and analyses. These data are fundamental components for developing new knowledge, advancing technological progress, and creating wealth. In recent years, scientific data has been attracting more and more attention for its preserving, archiving and sharing.

关键词： scientific data preserving archiving and sharing

A feature representation method for biomedical scientific data based on composite text description

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Chinese Journal of Library and Information Science 2009年第4期2卷 43-53页

作者： SUN Wei National Science Library Chinese Academy of Sciences Graduate School Chinese Academy of Sciences

Feature representation is one of the key issues in data clustering. The existing feature representation of scientific data is not sufficient, which to some extent affects the result of scientific data clustering. Therefore, the paper proposes a concept of composite text description(CTD) and a CTD-based feature representation method for biomedical scientific data. The method mainly uses different feature weight algorisms to represent candidate features based on two types of data sources respectively, combines and finally strengthens the two feature sets. Experiments show that comparing with traditional methods, the feature representation method is more effective than traditional methods and can significantly improve the performance of biomedcial data clustering.

关键词： Composite text description scientific data Feature representation Weight algorism

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科学数据引用：前提、挑战与实现机制

图书馆学情报学 2024年第3期

作者：桂婕杨波屈宝强刘蔚陈晓文

[目的/意义]研究科学数据引用的重要前提、现实挑战与实现机制，对于在科研活动中推广科学数据引用、保护科学数据知识产权具有重要意义。[方法/过程]基于全生命周期管理、利益相关者分析等理论，分析科学数据引用的发生条件、影响因素... 详细信息

[目的/意义]研究科学数据引用的重要前提、现实挑战与实现机制，对于在科研活动中推广科学数据引用、保护科学数据知识产权具有重要意义。[方法/过程]基于全生命周期管理、利益相关者分析等理论，分析科学数据引用的发生条件、影响因素等，开展对比与差距分析，提出相关工作建议。[结果/结论]科学数据引用要求把科学数据作为重要产出，并记录其在科研过程中利用情况。当前科学数据引用实施中存在引用不清晰、溯源不稳定、关联不准确、追踪不便捷等问题，科学数据引用实现依赖于各利益相关者协同推进政策体系、著录标准、技术基础设施建设，当前我国需重点推广引用标准、探索科学数据评价、强化基础设施建设。

关键词：科学数据数据引用著录标准 scientific data data citation Description standards

Not Ready for Convergence in data Infrastructures

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data Intelligence 2021年第1期3卷 116-135页

作者： Keith Jeffery Peter Wittenburg Larry Lannom George Strawn Claudia Biniossek Dirk Betz Christophe Blanchi Keith G Jeffery Consultants 71 Gilligans WayFaringdon SN77FXUK Max Planck Computing and data Facility Gießenbachstraße 285748 GarchingGermany Corporation for National Research Initiatives(CNRI) RestonVirginia 20191USA US National Academy of Sciences Washington DC 20418USA GESIS-Leibniz Institute for the Social Sciences Unter Sachsenhausen 6-850667CologneGermany Corporation for National Research Initiatives RestonVirginia 20191USA

Much research is dependent on Information and Communication Technologies(ICT).Researchers in different research domains have set up their own ICT systems(data labs)to support their research,from data collection(observation,experiment,simulation)through analysis(analytics,visualisation)to publication.However,too frequently the Digital Objects(DOs)upon which the research results are based are not curated and thus neither available for reproduction of the research nor utilization for other(e.g.,multidisciplinary)research purposes.The key to curation is rich metadata recording not only a description of the DO and the conditions of its use but also the provenance-the trail of actions performed on the DO along the research workflow.There are increasing real-world requirements for multidisciplinary research.With DOs in domain-specific ICT systems(silos),commonly with inadequate metadata,such research is hindered.Despite wide agreement on principles for achieving FAIR(findable,accessible,interoperable,and reusable)utilization of research data,current practices fall short.FAIR DOs offer a way forward.The paradoxes,barriers and possible solutions are examined.The key is persuading the researcher to adopt best practices which implies decreasing the cost(easy to use autonomic tools)and increasing the benefit(incentives such as acknowledgement and citation)while maintaining researcher independence and flexibility.

关键词： scientific process Workflow Metadata FAIR scientific data data wrangling

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多学科科学数据仓储元数据方案比较研究

档案学 2022年第6期

作者：贾欢李泽锋刘越男

科学数据的元数据是开展数据描述组织、加工、出版、利用与服务的重要基础，因而是科学数据仓储建设的核心环节之一。从多学科的角度，参考国际数据仓储认证机构re3data，选取5种科学数据仓储的元数据标准，在概述各种元数据标准的基础... 详细信息

科学数据的元数据是开展数据描述组织、加工、出版、利用与服务的重要基础，因而是科学数据仓储建设的核心环节之一。从多学科的角度，参考国际数据仓储认证机构re3data，选取5种科学数据仓储的元数据标准，在概述各种元数据标准的基础上，分别对元数据的基础信息、元数据元素、元数据应用举例以及元数据标准的映射四个方面进行调查及比较分析，以期为我国的科学数据仓储元数据标准的构建及应用提供借鉴。

关键词：科学数据数据仓储元数据 scientific data data repository Metadata

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科学软件共享的FAIR原则

图书馆学情报学 2023年第7期

作者：翟军程义婷王统左李剑锋沈立新

[目的/意义]联合国教科文组织《开放科学建议书》将“FAIR原则”确立为值得推广的基本原则，该原则的适用范围已从“数据”扩展到“软件”，对于开放科学的可持续发展具有重要的推动作用。[方法/过程]文章采用文献分析和网络调查方法，... 详细信息

[目的/意义]联合国教科文组织《开放科学建议书》将“FAIR原则”确立为值得推广的基本原则，该原则的适用范围已从“数据”扩展到“软件”，对于开放科学的可持续发展具有重要的推动作用。[方法/过程]文章采用文献分析和网络调查方法，梳理“FAIR软件原则”的产生背景和开发历程，介绍其主要内容和实践进展情况。[结果/结论]科学软件的重要性和独特性催生了“FAIR软件原则”，已落实到政策制定、基础设施建设和人员培训等领域，能够保障数据与软件的“携手”开放共享，促进开放科学的全面、均衡、协同和深入发展。

关键词：开放科学科学软件科学数据 FAIR原则开放共享　　open science scientific software scientific data FAIR principles open and sharing

科研人员视角下科学数据安全影响因素仿真分析

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图书馆学情报学 2022年第6期

作者：阮冰颖刘桂锋刘琼

[目的/意义]科学数据已经成为科学研究的重要资源，科研人员面临保护科学数据安全的新挑战。[方法/过程]第一步，从政策、资金、设备、平台、科学数据价值、科研人员专业素养的角度设计问卷；第二步，基于问卷回收数据构建SEM模型；第... 详细信息

[目的/意义]科学数据已经成为科学研究的重要资源，科研人员面临保护科学数据安全的新挑战。[方法/过程]第一步，从政策、资金、设备、平台、科学数据价值、科研人员专业素养的角度设计问卷；第二步，基于问卷回收数据构建SEM模型；第三步，构建SD模型并对6个维度变化进行动态仿真，探究科学数据安全系统中各因素之间的相互作用关系。[结果/结论]政策、资金、设备、平台、科学数据价值、科研人员专业素养对科学数据安全具有影响，其中政策、平台、科学数据价值对科学数据安全的作用较明显。[局限]考虑的科学安全影响因素尚不全面，还需要进一步优化SD模型。

关键词：科研人员科学数据数据安全数据隐私系统动力学影响因素　　scientific research personnel scientific data data security data privacy System dynamics Influencing factor

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面向永久学术记录的科学数据开放共享研究

出版业

出版业 2023年第5期

作者：张娜许洁

[目的]探讨永久学术记录视角下的科学数据开放共享的内涵、作用以及实践进展。[方法]依托2022年欧洲学术出版会议与会专家主旨发言和研讨的视频、音频和文字记录等资料，系统综述面向永久学术记录的科学数据开放共享研究，并通过网络调... 详细信息

[目的]探讨永久学术记录视角下的科学数据开放共享的内涵、作用以及实践进展。[方法]依托2022年欧洲学术出版会议与会专家主旨发言和研讨的视频、音频和文字记录等资料，系统综述面向永久学术记录的科学数据开放共享研究，并通过网络调研法与文献调查法梳理相关实践。[结果]科学数据开放共享对维护永久学术记录系统的科研诚信和丰富其类型具有重要作用，国内外已有围绕科学数据注册、科学数据引用、科学数据评估、科学数据仓储4个方面的相关实践。[结论]面向永久学术记录的科学数据开放共享仍面临挑战，要加快统一的政策、标准与规范建设，建立健全围绕科学数据开放共享的奖励系统与质量控制体系，探索科技期刊数据出版新模式。

关键词：科学数据学术记录开放共享实践进展 scientific data Academic record Open sharing Practical progress