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Molecular Plant 2021年第7期14卷 1071-1087页

作者： Chan-Juan Wu Zhen-Zhen Liu Long Wei Jin-Xing Zhou Xue-Wei Cai Yin-Na Su Lin Li She Chen Xin-Jian He College of Life Sciences Beijing Normal UniversityBeijingChina National Institute of Biological Sciences Beijing 102206China Tsinghua Institute of Multidisciplinary Biomedical Research Tsinghua UniversityBeijing 10084China

The saga(Spt-Ada-Gcn5 acetyltransferase)complex is an evolutionarily conserved histone acetyltransferase complex that has a critical role in histone acetylation,gene expression,and various developmental processes in eukaryotes.However,little is known about the composition and function of the saga complex in plants.In this study,we found that the saga complex in Arabidopsis thaliana contains not only conserved subunits but also four plant-specific subunits:three functionally redundant paralogs,SCSI,SCS2A,and SCS2B(SCS1/2A/2B),and a TAF-like subunit,TAFL.Mutations in SCS1/2A/2B lead to defective phenotypes similar to those caused by mutations in the genes encoding conserved saga subunits HAG1 and ADA2B,including delayed juvenile-to-adult phase transition,late flowering,and increased trichome density.Furthermore,we demonstrated that SCS1/2A/2B are required for the function of the saga complex in histone acetylation,thereby promoting the transcription of development-related genes.These results together suggest that SCS1/2A/2B are core subunits of the saga complex in Arabidopsis.Compared with saga complexes in other eukaryotes,the saga complexes in plants have evolved unique features that are necessary for normal growth and development.

关键词： histone acetylation saga development SCSI HAG1 ADA2B

Three bona fide plant-specific saga subunits and their regulatory function

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Molecular Plant 2021年第7期14卷 1033-1035页

作者： J.S.Ramirez-Prado M.Benhamed Centre of Microbial and Plant Genetics KU Leuven3001 LeuvenBelgium lnstitute of Plant Sciences Paris-Saclay(IPS2) Universite Paris-SaclayCNRSINRAEUniv EvryOrsay 91405France Institute of Plant Sciences Paris-Saclay Universite de ParisCNRSINRAEOrsay(IPS2)91405France lnstitut Universitaire de France(IUF) ParisFrance

Nucleosomal histone tails are subject to a vast repertoire of covalent modifications that alter the physical accessibility of their associated DNA,impacting gene expression.Specifically,the acetylation of histones is associated with transcriptional activation,as it has been shown to reduce their affinity for DNA(Grant,2001).The dynamic changes on histone acetylation levels throughout development are the result of active acetylation and deacetylation processes,mediated by histone acetyltransferases(HATs)and deacetylases,respectively.

关键词： expression. saga transcriptional

Post-Collisional,Potassic Volcanism in the saga Area,Western Tibet: Implications for the Nature of the Mantle Source and Geodynamic Setting

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Journal of Earth Science 2019年第3期30卷 571-584页

作者： Hui Zhao Jingsui Yang Fei Liu Jian Huang Li Zhang Harbin Institute of Technology Southern University of Science and Technology Harbin 150001 China Department of Earth and Space Sciences Southern University of Science and TechnologyShenzhen 518055 China Key Laboratory of Deep-Earth Dynamics of Ministry of Natural Resources Institute of Geology Chinese Academy of Geological Sciences Beijing 100037 China Yunnan Tuocheng Industrial Co. Kunming 650051 China Key Laboratory of Geochemical Cycling of Carbon and Mercury in the Earth's Critical Zone Institute of Geophysical and Geochemical ExplorationChinese Academy of Geological Sciences Langfang 065000 China

Post-collisional potassic and ultrapotassic volcanic rocks are widely distributed across the Tibetan Plateau, and they are considered to be indicators of evolving mantle dynamics. A suite of potassic basalts younger than 55 Ma from the saga area of western Tibet has been reported. The geochemical characteristics of these rocks distinguish themselves from other potassicltrapotassic volcanic rocks in Tibet, such as positive Nb, Ta, and Ti anomalies and strong enrichment in large ion lithophile elements (LILE), suggesting that phlogopite, rutile and/or sphene might have originated from the mantle source. These basalts are also characterized by a very wide range of 87Sr/86Sr ratios (0.709 043-0.711 915) and relatively high 143Nd/,44Nd ratios (0.512 426-0.512 470,εNd=-4.60 to -3.87). We propose a petrogenetic model for the saga potassic rocks in which the lithospheric mantle source was infiltrated by a volatilerich (H2O, CO2) and low-degree silicate melt derived from the asthenosphere in the Middle to Late Proterozoic. After the initial Indo-Asian collision, Neo-Tethyan slab breakoff resulted in the partial melting of the previously metasomatized lithospheric mantle and the formation of the saga potassic rocks. It is likely that the eruption of these volcanic rocks lasted at least 10 Ma.

关键词： potassic volcanic rocks basalt Sr-Nd isotopes saga area western Tibet

PROXIMAL-PROXIMAL-GRADIENT METHOD

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Journal of Computational Mathematics 2019年第6期37卷 778-812页

作者： Ernest K.Ryu Wotao Yin Department of Mathematics University of CaliforniaLos AngelesCA 90095USA

In this paper,we present the proximal-proximal-gradient method(PPG),a novel optimization method that is simple to implement and simple to parallelize.PPG generalizes the proximal-gradient method and ADMM and is applicable to minimization problems written as a sum of many differentiable and many non-differentiable convex functions.The non-differentiable functions can be coupled.We furthermore present a related stochastic variation,which we call stochastic PPG(S-PPG).S-PPG can be interpreted as a generalization of Finito and MISO over to the sum of many coupled non-differentiable convex functions.We present many applications that can benefit from PPG and S-PPG and prove convergence for both methods.We demonstrate the empirical effectiveness of both methods through experiments on a CUDA GPU.A key strength of PPG and S-PPG is,compared to existing methods,their ability to directly handle a large sum of non-differentiable nonseparable functions with a constant stepsize independent of the number of functions.Such non-diminishing stepsizes allows them to be fast.

关键词： Proximal-gradient ADMM Finito MISO saga Operator splitting Firstorder methods Distributed optimization Stochastic optimization Almost sure convergence linear convergence

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无人机GPS信号反欺骗攻击设计与实现

电子测量与仪器学报 2023年

作者：陈立军潘正军蒋慧勇肖佳候燕广州软件学院软件工程系

针对GPS容易受到信号欺骗攻击，尽管存在多种欺骗检测技术，但它们无法从隐形攻击者那里得到缓解和恢复。该文设计了SAGR，这是一种单天线GPS接收机，以检测和自主恢复大多数欺骗攻击。通过仿真实验，在许多情况下，saga可以通过执行长... 详细信息

针对GPS容易受到信号欺骗攻击，尽管存在多种欺骗检测技术，但它们无法从隐形攻击者那里得到缓解和恢复。该文设计了SAGR，这是一种单天线GPS接收机，以检测和自主恢复大多数欺骗攻击。通过仿真实验，在许多情况下，saga可以通过执行长度小于100m的飞行模式识别对抗性峰值，并在0.54s内恢复真实位置，在具有15dB功率优势的攻击者情况下，即使对抗性信号引入了很多噪声，使导航比特失真，saga也可以启用本文的伪距整流器恢复正确的位置。仿真结果表明：saga能可靠地检测正在进行的欺骗攻击，有能力识别或区分欺骗信号和合法信号，在识别出欺骗信号后，能消除或减少欺骗信号对最终估算位置的影响，且无需对现有硬件进行改变。

关键词： GPS信号欺骗攻击欺骗检测 saga 干扰消除

saga复合物与组蛋白去乙酰化酶Rpd3互作的机制研究

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SAGA复合物与组蛋白去乙酰化酶Rpd3互作的机制研究

作者：齐毓青湖北大学

学位级别：硕士

组蛋白是染色质中主要的蛋白质成分,其N末端尾部拥有多种类型修饰残基,组蛋白修饰对基因表达的调控发挥着重要作用。组蛋白乙酰化是常见的组蛋白翻译后修饰之一,由组蛋白乙酰转移酶及组蛋白去乙酰化酶共同调控。组蛋白乙酰化在基因转录... 详细信息

组蛋白是染色质中主要的蛋白质成分,其N末端尾部拥有多种类型修饰残基,组蛋白修饰对基因表达的调控发挥着重要作用。组蛋白乙酰化是常见的组蛋白翻译后修饰之一,由组蛋白乙酰转移酶及组蛋白去乙酰化酶共同调控。组蛋白乙酰化在基因转录、DNA修复、细胞周期进展、应激能力、以及细胞衰老等方面发挥着不可替代的作用,近年来已逐渐成为生物学与表观遗传学等领域众多研究学者和专家攻克的重点。为了保持适当的细胞稳态和生长,细胞需要改变其转录组以适应环境中的营养变化或代谢压力,这种改变通常会受到细胞代谢及内部遗传物质的表观遗传学修饰所影响。组蛋白乙酰转移酶saga(Spt-Ada-Gcn5 acetyltransferase)复合物及组蛋白去乙酰化酶Rpd3复合物在物种间高度保守,可调控压力应激相关基因的表达。越来越多的研究表明saga及Rpd3复合物在基因的转录调控和细胞的生长发育及衰老过程中占据着重要的地位。目前已有的研究多是关注于两大复合物在基因转录过程中单独发挥作用,关于Rpd3复合物与saga复合物两者间是否存在相互调控以影响细胞生命进程的研究还未有报道。我们实验室之前的工作指出,当细胞生长在蔗糖代谢压力即以蔗糖为主要碳源的培养基里,saga会催化自身亚基Ada3的乙酰化,这种乙酰化可由组蛋白去乙酰化酶Rpd3可逆调控。乙酰化的Ada3赖氨酸残基与saga亚基Gcn5和Spt7内的溴结构域结合,协同促进saga同源二聚体的形成,增强saga催化核小体乙酰化的酶活性,同时促进细胞内蔗糖水解酶基因SUC2的表达,将蔗糖转化为可直接利用的葡萄糖,增强细胞对压力的抵抗力。然而,组蛋白去乙酰化酶Rpd3如何与saga相互作用进而影响Ada3乙酰化的具体机制尚不清楚。在本论文中,我们以酿酒酵母为研究对象,首先运用蛋白质免疫共沉淀技术检测了Rpd3复合物中Rpd3亚基与saga复合物中Ada3亚基之间的结合情况,发现二者存在相互作用,接着我们对含有Ada3的蛋白样品进行了质谱分析鉴定,发现与Ada3存在相互作用的主要是Rpd3L复合物中的蛋白,说明saga复合物主要与Rpd3L复合物相互作用。经过敲除saga复合物亚基及Rpd3L复合物亚基,使用Co-IP的实验手段我们确定了在saga复合物与Rpd3L复合物中分别通过Sgf73、Ubp8以及Ash1、Cti6、Dep1、Rxt2这些亚基介导两者间的相互作用。因为蔗糖处理会影响Ada3的乙酰化水平,所以我们检测了蔗糖压力下saga复合物及Rpd3复合物的完整性,发现二者完整性均不受损。但与糖代谢相关的c AMP-PKA通路会导致Rpd3复合物磷酸化水平升高,进一步检测发现连接亚基Ash1的磷酸化水平升高会导致Rpd3与saga复合物相互作用减弱。我们的结果初步说明蔗糖通过激活PKA家族使Rpd3复合物中连接亚基Ash1磷酸化,导致与saga复合物相互作用减弱而影响saga的自身乙酰化。具体研究结果如下:1.组蛋白乙酰转移酶saga复合物与组蛋白去乙酰化酶Rpd3复合物存在相互作用。使用蛋白质免疫共沉淀技术检测Rpd3与saga复合物亚基Ada3间的结合情况,发现二者之间存在相互作用,对Ada3蛋白样品进行质谱分析,数据显示Rpd3L复合物中多个蛋白与Ada3有结合,说明saga复合物与Rpd3L复合物存在相互作用。2.Rpd3L复合物通过Ash1、Cti6、Dep1、Rxt2亚基与saga复合物结合。为筛选Rpd3L复合物中与saga复合物结合的亚基,通过敲除Rpd3L复合物的亚基,并使用Co-IP的技术手段检测Rpd3与Ada3间的结合情况。经过筛选发现在ASH1、CTI6、DEP1、RXT2敲除突变体中,Rpd3与Ada3的结合显著降低,说明在Rpd3L复合物中,Ash1、Cti6、Dep1、Rxt2这四个亚基介导了其与saga的相互作用。3.saga复合物通过Sgf73、Ubp8亚基与Rpd3复合物结合。通过敲除saga复合物的亚基,并使用Co-IP技术检测Ada3与Rpd3间的结合来筛选saga复合物中介导与Rpd3复合物相互作用的亚基。结果发现在SGF73、UBP8敲除突变体中Rpd3与Ada3的结合显著降低,说明在saga复合物是由Sgf73、Ubp8这两个亚基介导其与Rpd3复合物间的相互作用。4.蔗糖压力不影响saga复合物与Rpd3复合物的完整性。分别使用葡萄糖和蔗糖处理细胞,通过Co-IP的技术手段发现蔗糖处理不改变saga复合物内部Ada3与Ubp8及Sgf73间的结合。蔗糖处理也不影响Rpd3的蛋白水平及复合物的完整性,说明蔗糖压力不会导致saga发生解离,也不影响Rpd3复合物的完整性。5.蔗糖压力使Rpd3复合物中连接亚基Ash1的磷酸化升高并减弱其与saga复合物的结合。分别使用葡萄糖和蔗糖处理细胞,我们发现蔗糖处理会导致saga复合物与Rpd3复合物结合减弱。同时蔗糖处理会

关键词：代谢压力组蛋白去乙酰化酶Rpd3 saga 磷酸化相互作用

新型肽聚糖水解酶抑制剂二苯脲化合物抗多重耐药屎肠球菌的作用机制研究

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新型肽聚糖水解酶抑制剂二苯脲化合物抗多重耐药屎肠球菌的作用机...

作者：谢云凤安徽理工大学

学位级别：硕士

肠球菌(Enterococci)是寄居在人和动物肠道内的条件致病菌,能够造成严重的腹腔感染、尿路感染和血液感染等。肠球菌耐药性现象日益加重,并通过食物、环境等进行传播感染。已成为院内感染的主要病原体。生物膜的形成是增强肠球菌耐药性... 详细信息

肠球菌(Enterococci)是寄居在人和动物肠道内的条件致病菌,能够造成严重的腹腔感染、尿路感染和血液感染等。肠球菌耐药性现象日益加重,并通过食物、环境等进行传播感染。已成为院内感染的主要病原体。生物膜的形成是增强肠球菌耐药性的重要原因之一,寻找消除生物膜的新型药物已成为治疗临床多药耐药肠球菌的新热点。目的明确二苯脲类化合物、屎肠球菌(Enterococcus faecium)细胞壁肽聚糖水解酶和生物膜三者之间的关系。为屎肠球菌肽聚糖水解酶抑制剂的研究提供新的理论依据,为临床治疗多重耐药菌提供新思路。方法1.化合物的合成和抗菌筛选:化学合成12个二苯脲类衍生物,选择革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌和白色念珠菌进行抗菌筛选,测定最小抑菌浓度(MIC)。细胞毒实验测定对人肝癌细胞株Hep G-2的细胞毒性,筛选出活性最好、毒性较低的二苯脲化合物。2.筛选临床分离株成膜能力强弱菌株:从9株临床分离的屎肠球菌株中,通过结晶紫法(CV)检测9株屎肠球菌菌株的成膜能力。3.检测二苯脲化合物抗屎肠球菌生物膜活性:用CV法和XTT法(二苯基四氮唑溴盐)定量检测化合物ZJ-2的最低生物膜清除浓度(MBEC),扫描电镜观察化合物ZJ-2作用下的生物膜的清除情况,透射电镜观察化合物ZJ-2对屎肠球菌细胞壁的作用。4.化合物ZJ-2诱导耐药实验:采用肉汤稀释连续传代抗性诱导实验研究化合物ZJ-2的耐药倾向性。5.肽聚糖水解酶及生物膜聚集相关基因检测:通过q RT-PCR试验观察化合物ZJ-2对屎肠球菌肽聚糖水解酶及生物膜粘附聚集相关基因的调控能力。6.抑制肠道模型中炎症因子IL-6和TNF-α的实验研究:建立体外模拟的肠道模型检测屎肠球菌诱导后的Caco-2细胞中细胞因子IL-6和TNF-α的水平,观察阳性对照与化合物ZJ-2处理后的炎症因子表达水平。7.化合物ZJ-2的体内抗菌治疗研究:建立屎肠球菌诱导建立的的小鼠腹膜炎/败血症模型,2小时后皮下给予化合物ZJ-2、万古霉素及利奈唑胺给药治疗,并在不同时间段取小鼠眼眶后丛静脉血,测试小鼠细菌载量和血液炎症因子表达,观察肝脏组织的病理变化,评价化合物ZJ-2体内抗菌效果。结果1.二苯脲类衍生物均表现出良好的窄谱抗菌活性,仅对革兰氏阳性菌有效,其中化合物ZJ-2抗耐药屎肠球菌活性最好(MIC为0.78μmol/L),并且对肝癌细胞株Hep G-2的生存影响小,毒性低。2.筛选出具有形成生物膜能力高的的屎肠球菌菌株E3101,对红霉素、氯霉素和庆大霉素等均耐药。3.诱导耐药实验结果显示:与利奈唑胺相比,化合物ZJ-2在屎肠球菌传代第18代后不再改变,化合物ZJ-2对屎肠球菌表现出更低的抗性诱导倾向。4.化合物ZJ-2抗E3101菌株的MBEC为0.78-1.56μmol/L,优于利奈唑胺。XTT法显示细菌以代谢活性呈剂量依赖降低。扫描电镜显示化合物ZJ-2能抑制并清除屎肠球菌生物膜,透视电镜显示化合物ZJ-2可以破坏细胞壁,细胞内容物外溢,使得细菌死亡。5.化合物ZJ-2作用下E3101菌株肽聚糖水解酶sag A和atl A的基因表达量分别显著下降到17.0%和28.5%,生物膜聚集相关基因agg和esp的表达量分别降低了82.0%和81.9%,分子对接显示化合物ZJ-2能与Sag A的特异性结合,靶标明确。6.体外模拟肠道模型中,炎症因子IL-6和TNF-α呈剂量依赖性的下降,表明化合物ZJ-2能抑制屎肠球菌引起的炎症反应,有效的保护肠道上皮的完整性。7.小鼠腹腔感染模型的实验数据表明,化合物ZJ-2能显著降低小鼠血液中屎肠球菌E3101的载量和细胞因子的水平,减轻小鼠肝脏组织细胞坏死以及炎症细胞浸润情况,药效作用优于临床抗生素利奈唑胺。结论本研究阐明肽聚糖水解酶抑制剂ZJ-2靶向屎肠球菌细胞壁靶蛋白Sag A的作用机制,为清除生物膜药物的研制提供新思路,为临床联合治疗屎肠球菌感染提供一种新策略。图[14]表[6]参[52]

关键词：屎肠球菌二苯脲生物膜肽聚糖水解酶 saga

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裂殖酵母saga各亚基亚细胞荧光定位分析

遗传 2014年第2期36卷 169-180页

作者：周幸周楠余壵吕红复旦大学生命科学学院遗传工程国家重点实验室上海200433

saga(Spt-Ada-Gcn5 Acetyltransferase complex)是一个多亚基保守的转录复合物,在裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)里由19个亚基组成,调控体内10%基因的转录。文章通过构建原位整合荧光菌株,完整地分析了saga所有亚基的亚细胞荧光... 详细信息

saga(Spt-Ada-Gcn5 Acetyltransferase complex)是一个多亚基保守的转录复合物,在裂殖酵母(Schizosaccharomyces pombe)里由19个亚基组成,调控体内10%基因的转录。文章通过构建原位整合荧光菌株,完整地分析了saga所有亚基的亚细胞荧光定位。荧光数据显示这些亚基的定位可分为4种类型,提示saga亚基除共同参与转录调控之外,可能还有其他功能。saga亚基Sgf73是联系去泛素化模块与saga其他模块的桥梁,它的缺失不仅明显减少了去泛素化亚基Ubp8、Sgf11、Sus1核内的定位,同时也影响了乙酰化亚基Gcn5、Sgf29、Ngg1以及核心结构亚基Spt7在细胞核内的定位,这提示Sgf73对维持saga的酶学功能和稳定性至关重要。另外,sgf73+的缺失还造成了胞质分裂的缺陷,导致细胞出现多核多膈膜表型。在△sgf73里过量表达膈膜降解途径中的关键基因ace2+和mid2+的回补结果表明,ace2+不能回补sgf73+缺失造成的缺陷,而mid2+也仅能部分回补,提示Sgf73可能还通过其他途径影响了胞质分裂。

关键词： saga 荧光定位 Sgf73 胞质分裂

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基于反地形坡长地表汇流模拟逼近算法

安徽农学通报 2023年第17期29卷 116-122页

作者：桑云云罗明良杨慧白雷超姜佳艳刘维明西华师范大学生命科学学院四川南充637009 西华师范大学地理科学学院四川南充637009 西华师范大学四川省干旱河谷土壤侵蚀检测与控制工程实验室四川南充637009 中国科学院水利部、成都山地灾害与环境研究所四川成都610000

坡长是土壤侵蚀领域中重要的地形因子之一。为寻找一种逼近真实坡长的算法,本文提出了一种基于反地形的地表汇流模拟近似算法来进行模拟演算,并与LS_TOOL和saga工具中的坡长计算方法进行比较,以验证该新算法的有效性。本研究基于5 m分... 详细信息

坡长是土壤侵蚀领域中重要的地形因子之一。为寻找一种逼近真实坡长的算法,本文提出了一种基于反地形的地表汇流模拟近似算法来进行模拟演算,并与LS_TOOL和saga工具中的坡长计算方法进行比较,以验证该新算法的有效性。本研究基于5 m分辨率的DEM数据,利用LS_TOOL、saga工具中的坡长算法以及本文提出的坡长逼近算法分别提取陕西黄土高原甘泉和延川2个典型样区的坡长结果,利用相对差异系数和线性回归来对3种算法的结果进行相关性分析。结果表明,3种算法的计算结果整体差异较小,每2种算法间的相对差异系数以及线性回归R2值均在0.9以上,表明近似算法与其他2种算法的结果吻合度较高。本研究为估计土壤侵蚀状况中坡长计算提供了借鉴,为获取更高精度的坡长结果,可以计算上述3种方法的坡长平均值作为最逼近真实的坡长结果,以此来提高土壤侵蚀研究的效率。

关键词：坡长逼近算法土壤侵蚀反地形相关性分析 LS_TOOL saga

saga世家表 2022闪耀时刻,始于腕间

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钟表 2022年第1期53卷 106-107页

当2022壬寅虎年的秒针启动,属于万兽之王的能量也会降临在每个人身上,这些能量将被分成不同的色彩,有带来勇气的红色,有"贵"气满满的银色,有"财"气横溢的金色,还有爱"桃"气的玫瑰金……传说中有小老虎守护的色彩,将在时光机中慢慢蒸发... 详细信息

当2022壬寅虎年的秒针启动,属于万兽之王的能量也会降临在每个人身上,这些能量将被分成不同的色彩,有带来勇气的红色,有"贵"气满满的银色,有"财"气横溢的金色,还有爱"桃"气的玫瑰金……传说中有小老虎守护的色彩,将在时光机中慢慢蒸发成看得见的愿望。

关键词：玫瑰金时光机 saga