检索结果-南通市图书馆

遗传 2017年第10期39卷 918-929页

作者：邹文超沈林林沈建国蔡伟詹家绥高芳銮福建农林大学植物病毒研究所/福建省植物病毒学重点实验室福州350002 福建出入境检验检疫局检验检疫技术中心/福建省检验检疫技术研究重点实验室福州350001 福清出入境检验检疫局综合技术服务中心福清350300 福建农林大学闽台特色作物病虫生态防控协同创新中心福州350002

为实现马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)常见株系的快速鉴定,本文以PVY的P1、HC-pro、VPg和CP 4个基因为研究对象建立了快速准确的多基因联合体系。根据基因的不同组合建立5个不同数据集,分别进行系统发育分析,并通过贝叶斯标签关联显著... 详细信息

为实现马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)常见株系的快速鉴定,本文以PVY的P1、HC-pro、VPg和CP 4个基因为研究对象建立了快速准确的多基因联合体系。根据基因的不同组合建立5个不同数据集,分别进行系统发育分析,并通过贝叶斯标签关联显著性(Bayesian tip-association significance,Ba TS)分析各数据集中代表分离物与株系的关联性,以确定实现PVY快速鉴定的最佳组合。不同数据集的系统发育及Ba TS分析结果显示,除了联合P1、VPg和CP 3个基因数据集外,其他4个数据集均无法实现PVY常见株系的准确鉴定。采用不同建树方法对联合P1、VPg和CP 3个基因数据集比较分析显示,基于ML法和NJ法的系统发育树在拓扑结构上基本一致,均优于基于贝叶斯算法的最大分支置信(maximum clade credibility,MCC)树。同时,以HLJ26分离物为研究对象,对建立的多基因联合体系进行实际应用,结果显示该分离物与PVY^(NTN-NW)株系的3个分离物syr-Ⅱ-2-8、syr-Ⅱ-Be1和syr-Ⅱ-Dr H以高置信值聚为一亚簇,表明该分离物可能属于PVY^(NTN-NW)株系(syr-ⅱ型)。重组分析显示,HLJ26基因组存在4个潜在的重组信号,分别位于P1、HC-pro/P3、VPg和CP的5￠-末端,与PVY^(NTN-NW)株系(syr-ⅱ型)的重组位点相一致,表明其属于PVYNTN-NW株系(syr-ⅱ型)。同时,应用多重RT-PCR成功扩增出约为1000 bp和400 bp的2个特异性片段,与PVY^(NTN-NW)株系(syr-ⅱ型)的特异条带大小相一致。这些结果进一步支持了多基因联合体系的鉴定结果。联合P1、VPg和CP 3个基因数据集系统发育分析,可以实现PVY常见株系的准确鉴定。

关键词：马铃薯Y病毒多基因系统发育分析系统发育与性状关联分析 syr-ⅱ型

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马铃薯Y病毒多基因系统发育分析及其株系快速鉴定方法的建立

马铃薯Y病毒多基因系统发育分析及其株系快速鉴定方法的建立

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中国植物病理学会2017年学术年会

作者：邹文超沈林林沈建国蔡伟詹家绥高芳銮福建农林大学植物病毒研究所/福建省植物病毒学重点实验室福建出入境检验检疫局检验检疫技术中心/福建省检验检疫技术研究重点实验室福清出入境检验检疫局

马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)是世界范围内为害烟草与马铃薯的重要植物病毒之一。本文旨在建立快速准确的多基因联合体系,实现PVY常见株系的快速鉴定。以PVY的P1、HC-Pro、VPg和CP 4个基因为研究对象,根据基因的不同组合建立5个不... 详细信息

马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)是世界范围内为害烟草与马铃薯的重要植物病毒之一。本文旨在建立快速准确的多基因联合体系,实现PVY常见株系的快速鉴定。以PVY的P1、HC-Pro、VPg和CP 4个基因为研究对象,根据基因的不同组合建立5个不同数据集,分别进行系统发育分析,并通过贝叶斯标签关联显著性(Bayesian tip-association significance,BaTS)分析各数据集中代表分离物与株系的关联性,以确定实现PVY快速鉴定的最佳组合。不同数据集的系统发育及BaTS分析结果显示,除了联合P1、VPg和CP 3个基因数据集外,其他4个数据集均无法实现PVY常见株系的准确鉴定。采用不同建树方法对联合P1、VPg和CP 3个基因数据集比较分析显示,基于ML法和NJ法的系统发育树在拓扑结构上基于一致,均优于基于贝叶斯算法的最大分支置信(Maximum clade credibility,MCC)树;同时以HLJ26分离物为研究对象,对建立的多基因联合体系进行实际应用,结果显示该分离物与PVY株系的3个分离物syr-Ⅱ-2-8、syr-Ⅱ-Be1和syr-Ⅱ-DrH以高置信值聚为一亚簇,表明该分离物可能属于PVY株系(syr-ⅱ型)。重组分析显示,HIJ26基因组存在4个潜在的重组信号,分别位于P1、HC-Pro/P3、VPg和CP的5′-末端,与PVY株系(syr-ⅱ型)的重组位点相一致,表明其属于PVY株系(syr-ⅱ型)。同时,应用多重RT-PCR成功扩增出约为1 000bp和400bp的2个特异性片段,与PVY株系(syr-ⅱ型)的特异条带大小相一致。这些结果进一步支持了多基因联系的鉴定结果。联合P1、VPg和CP 3个基因数据集系统发育分析,可以实现PVY常见株系的准确鉴定。HLJ26分离物属于PVY株系(syr-ⅱ型),这是PVY马铃薯上该株系syr-ⅱ型全因组序列的首次报道。

关键词：马铃薯Y病毒多基因系统发育分析系统发育与性状关联分析 syr-ⅱ型

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