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草菇基因组测序及遗传连锁图构建

草菇基因组测序及遗传连锁图构建

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作者：章小寅福建农林大学

学位级别：硕士

本研究以福建主栽的草菇(volvariella volvacea)品种屏优一号(PY)的两个可亲和单孢PYd15和PYd21为实验材料,采用Solexa测序法对PYd21进行denovo sequencing(从头测序),对PYd15进行re-sequencing(重测序),并运用Soapdenovo软件对reads数据进行拼接组装。测序结果显示,草菇基因组约为37Mb,GC含量为48.52%。已拼接获得草菇基因组302个scaffolds(>1Kb)和2598个contigs,其中,scaffold N50为499679bp,contigN50为469816bp。运用针对真菌基因的软件Augustus (version2.1)预测获得11534个基因,基因序列总长度达到16.8Mb;通过Trf(Tandem Repeat Finder)软件预测串联重复序列,在基因序列上共找到了2184个Repeat区域;运用RepeatMasker和RepeatProteinMasker两种软件分别预测到1210个和1352个转座子;通过比对和预测,共获得了4个rRNA、176个 tRNA和46个snRNA。重测序结果分析显示,PYd15基因组序列相对参考序列PYd21存在着35389个SNP(single nucleotide polymorphisms,单核苷酸多态性)位点和1132个InDe(insertion and deletion,插入缺失)突变位点,共有71条scaffold存在InDel突变,其中scaffold30上分布了最多(93个)的InDel位点。利用异常的pair-end比对信息进行sv(structure variation,结构变异)检测,获得了全基因组水平上的943个sv位点,其中,scaffold 133上分布了最多的sv位点(51个)。根据PYd15和PYd21的测序结果,本研究利用sv多态性开发共显性标记——sv分子标记,对杂交种PYd15-PYd21的192个后代单孢菌株进行检测,根据连锁交换规律绘制出一张包含10个遗传连锁群、密度较高的遗传连锁图,102个标记分布于10个连锁群,总长度为411.61cM,连锁群的长度范围为3cM-118.2cM,相邻标记间的平均遗传距离为4.03cM。结合solexa测序的组装结果,将scaffold序列定位在遗传图上,获得了覆盖全基因组大小的52.8%、19.65Mb的序列,最终将草菇全基因组组装成269条scaffold序列。

关键词：基因组测序序列分析 sv分子标记遗传连锁图

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