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酸枣ssr-pcr反应体系优化

北方园艺 2018年第12期 50-57页

作者：常婧刘青柏刘明国沈阳农业大学林学院辽宁沈阳110866 辽宁省森林经营研究所辽宁丹东118002

以3个酸枣品系LW1、LW2、LW23为试材,以大枣品种"三星"为对照,采用L16(45)正交实验设计,研究了酸枣ssr-pcr的反应体系,以期为酸枣ssr分子标记研究提供参考依据。结果表明:酸枣ssr-pcr的最佳反应体系为,总体系为20μL,DNA模板量100ng、... 详细信息

以3个酸枣品系LW1、LW2、LW23为试材,以大枣品种"三星"为对照,采用L16(45)正交实验设计,研究了酸枣ssr-pcr的反应体系,以期为酸枣ssr分子标记研究提供参考依据。结果表明:酸枣ssr-pcr的最佳反应体系为,总体系为20μL,DNA模板量100ng、引物浓度0.5μmol·L^(-1)、Mg2+浓度1.25mmol·L^(-1)、Taq聚合酶量1.5U、dNTPs浓度0.3mmol·L^(-1)。利用该体系,选择引物Jssr250对53个酸枣品系和8个大枣品种的DNA进行扩增,酸枣的扩增产物在140~180bp,具7个等位基因,目标条带清晰,多态性良好。该体系能够应用于酸枣ssr分子标记研究。

关键词：酸枣 ssr-pcr反应体系优化正交设计

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华山松ssr-pcr反应体系优化

南方农业学报 2020年第4期51卷 879-886页

作者：高丽云徐剑李伟陈乔稳王凡董章宏瞿绍宏常晓勇辛培尧西南林业大学/西南山地森林资源保育与利用教育部重点实验室昆明650224 云南吉成园林科技股份有限公司云南弥勒652399 昆明市海口林场昆明650114

【目的】建立华山松ssr-pcr最佳反应体系,为华山松种质资源的分子标记辅助育种、遗传多样性分析及遗传图谱构建研究提供理论参考。【方法】以华山松幼嫩针叶为材料,分别采用试剂盒法、SDS法和改良CTAB法提取华山松基因组DNA,确定华山松... 详细信息

【目的】建立华山松ssr-pcr最佳反应体系,为华山松种质资源的分子标记辅助育种、遗传多样性分析及遗传图谱构建研究提供理论参考。【方法】以华山松幼嫩针叶为材料,分别采用试剂盒法、SDS法和改良CTAB法提取华山松基因组DNA,确定华山松DNA最佳的提取方法。通过L16(44)正交试验设计对华山松ssr-pcr反应体系中引物用量(A)、dNTP用量(B)、Taq DNA聚合酶用量(C)和DNA模板用量(D)进行优化,获得华山松ssr-pcr最佳反应体系。【结果】改良CTAB法提取的基因组DNA浓度为92.1~1786.3 ng/μL,OD260/OD280为1.80~2.07,OD260/OD230比值约2.0,条带明亮且清晰,无弥散现象,表明该方法提取效果最佳。正交试验极差分析结果显示,4个因素影响华山松ssr-pcr反应体系扩增效果的主次顺序为A>D>B>C,最优水平组合为A4B2C2D2。正交试验方差分析结果显示,4个因素影响华山松ssr-pcr反应体系扩增效果的主次顺序为A>D>C>B,最优水平组合为A4D2C2B2。结合正交试验16个组合的评分结果,最终确定华山松ssr-pcr最佳反应体系(20.00μL):10μmol/L引物0.35μL,50 ng/μL DNA模板1.00μL,10 mmol/L dNTP 2.00μL,5 U/μL Taq DNA聚合酶1.20μL,10×pcr Buffer(含Mg^2+15 mmol/L)2.00μL,用ddH2O补足至20.00μL。【结论】优化获得的华山松ssr-pcr最佳反应体系可应用于华山松种质资源评价及分子标记辅助育种等研究。

关键词：华山松 ssr-pcr反应体系优化 DNA提取

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芦笋ssr-pcr反应体系的优化及验证

中国瓜菜 2024年第7期37卷 100-106页

作者：白扬仪泽会山西农业大学园艺学院太原030031

以芦笋幼叶为材料,采用单因素与L1(643)正交试验相结合的方法,对影响芦笋ssr-pcr反应的3个因素(2×Taq Master Mix,模板DNA,引物)进行优化,并以此为基础通过退火温度和循环次数试验筛选引物最佳退火温度和循环次数。结果表明,芦笋基因组... 详细信息

以芦笋幼叶为材料,采用单因素与L1(643)正交试验相结合的方法,对影响芦笋ssr-pcr反应的3个因素(2×Taq Master Mix,模板DNA,引物)进行优化,并以此为基础通过退火温度和循环次数试验筛选引物最佳退火温度和循环次数。结果表明,芦笋基因组DNA的ssr-pcr最优反应体系为:10μL反应体系中,50 ng·μL^(-1) DNA模板0.125μL,10μmol·L^(-1)上下游引物各0.5μL,2×Taq pcr Mix 3μL,灭菌ddH2O 5.875μL。pcr扩增程序为:94℃预变性4 min;94℃变性30 s,60℃退火30 s,72℃延伸35 s,循环25次;72℃延伸10 min,4℃保存。经5对引物组合和5个不同芦笋品种DNA扩增验证,该体系稳定可靠,可用于芦笋遗传多样性分析、种子纯度鉴定、分子标记辅助育种及重要农艺性状的图位克隆等工作。

关键词：芦笋 ssr-pcr反应体系正交设计

正交设计优化柿属植物ssr-pcr反应体系

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经济林研究 2011年第4期29卷 17-22页

作者：梁玉琴李芳东傅建敏乌云塔娜吴硕中国林业科学研究院经济林研究开发中心河南郑州450003 中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室湖南长沙410004

为了快速有效地确定柿属植物ssr-pcr反应体系,给柿属植物遗传多样性的ssr标记研究奠定基础,采用正交设计的方法,利用2×Taq pcr Master Mix,将Taq酶、dNTPs和Mg2+3个因素作为整体,综合评价其对柿属植物ssr-pcr反应体系的影响。结果显示... 详细信息

为了快速有效地确定柿属植物ssr-pcr反应体系,给柿属植物遗传多样性的ssr标记研究奠定基础,采用正交设计的方法,利用2×Taq pcr Master Mix,将Taq酶、dNTPs和Mg2+3个因素作为整体,综合评价其对柿属植物ssr-pcr反应体系的影响。结果显示:反应各因素水平对pcr反应均具有显著影响,其中Mix影响最大,引物次之,模板DNA最小;确定柿属植物ssr-pcr反应体系为模板DNA 2μL(40～100 ng)、2×Taqpcr Master Mix 10μL、引物1μL,总体积25μL;反应体系具有较高的重复性和稳定性,筛选出20对多态性较高的柿属植物ssr引物。

关键词：柿属植物正交设计 ssr-pcr反应体系 2×Taq pcr Master Mix

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番茄ssr-pcr反应体系的优化

黑龙江农业科学 2014年第12期 15-19页

作者：赵建涛尹延旭常培培胡晓辉张静西北农林科技大学园艺学院陕西杨凌712100 西北农林科技大学园艺实验教学示范中心陕西杨凌712100

为了确定番茄的ssr-pcr的最佳反应体系,采用2×Taq pcr Master Mix,对Taq酶、Mg2+、dNTPs进行综合考虑,探究其对番茄ssr-pcr反应体系的影响,并优化出最佳的反应体系。结果表明:引物用量对结果影响最大,其次是DNA用量,Master Mix用量对... 详细信息

为了确定番茄的ssr-pcr的最佳反应体系,采用2×Taq pcr Master Mix,对Taq酶、Mg2+、dNTPs进行综合考虑,探究其对番茄ssr-pcr反应体系的影响,并优化出最佳的反应体系。结果表明:引物用量对结果影响最大,其次是DNA用量,Master Mix用量对结果影响最小。最佳反应体系为:模板(50ng·μL-1)DNA2μL,Master Mix 9μL,引物3μL。

关键词：番茄 ssr-pcr反应体系 2×Taq pcr Master Mix 正交设计

油橄榄ssr-pcr反应体系优化及引物筛选

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中国园艺文摘 2011年第4期27卷 5-7页

作者：吴文俊陈炜青赵梦炯姜成英甘肃省油橄榄丰产栽培及产业化技术创新团队甘肃兰州730020 甘肃省油橄榄工程技术研究中心甘肃兰州730020 甘肃省林业科学研究院甘肃兰州730020

设计正交试验,以油橄榄叶片DNA(CTAB法提取)为模板,对影响油橄榄ssr-pcr反应的主要影响因素进行优化,建立适合油橄榄的pcr反应和DNA多态性检测体系。试验结果表明油橄榄最佳ssr-pcr反应体系为:20μl体系中含有DNA模板20ng、dNTP0.15mmo... 详细信息

设计正交试验,以油橄榄叶片DNA(CTAB法提取)为模板,对影响油橄榄ssr-pcr反应的主要影响因素进行优化,建立适合油橄榄的pcr反应和DNA多态性检测体系。试验结果表明油橄榄最佳ssr-pcr反应体系为:20μl体系中含有DNA模板20ng、dNTP0.15mmol/L、引物0.15μmmol/L、Taq酶1.0U。同时对100对引物进行扩增试验,筛选出多态性好、条带清晰的引物24对,用于油橄榄遗传多样性分析。

关键词：油橄榄 ssr-pcr反应体系引物筛选

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沙芥ssr反应体系建立及遗传多样性分析

分子植物育种 2023年

作者：曹镇宇张晓艳庞杰秦鑫愿张凤兰杨忠仁郝丽珍内蒙古农业大学园艺与植物保护学院内蒙古自治区野生特有蔬菜种质资源与种质创新重点实验室内蒙古自治区农牧业科学院

为了探究适合中国特有沙生蔬菜——沙芥的DNA提取方法，建立ssr反应体系，分析其遗传多样性，以沙芥的叶片为材料，通过对不同提取方法的比较，探索出改良CTAB法为最适提取方法。同时，此方法也可应用于同属的斧翅沙芥的DNA提取。利用... 详细信息

为了探究适合中国特有沙生蔬菜——沙芥的DNA提取方法，建立ssr反应体系，分析其遗传多样性，以沙芥的叶片为材料，通过对不同提取方法的比较，探索出改良CTAB法为最适提取方法。同时，此方法也可应用于同属的斧翅沙芥的DNA提取。利用正交设计，建立沙芥ssr反应最佳体系为dNTPs、Mg2+和引物的最适浓度为0.2 mmol/L、1.5 mmol/L、0.2 μmol/L，Taq酶适宜加入量为0.2 U，模板DNA含量为30 ng；引物的最佳退火温度为56 ℃。利用优化体系对7个居群的沙芥样本进行扩增，结果表明：10对引物共扩增出位点40个，多态性位点为36个，多态性位点比率为90%。在沙芥7个居群中，多态性位点比率均值为50.00%；Nei’s基因多样性均值为0.156 6；香农信息指数均值为0.237 6。对比得出内蒙古自治区阿拉善居群的遗传多样性最大，内蒙古自治区乌审旗居群的遗传多样性水平最低。

关键词：沙芥斧翅沙芥 DNA提取 ssr-pcr反应体系遗传多样性

五味子EST-ssr反应体系建立及多态性引物筛选

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分子植物育种 2023年

作者：朱滨红石广丽孙丹王振兴于淼艾军吉林农业大学园艺学院

为建立并优化五味子ssr-pcr反应体系，进一步筛选具有多态性的EST-ssr引物。本研究以19份五味子种质资源为试验材料，利用L16(45)正交试验设计，对反应体系中的模板DNA、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及Mg2+5个因素进行优化。利用优化后... 详细信息

为建立并优化五味子ssr-pcr反应体系，进一步筛选具有多态性的EST-ssr引物。本研究以19份五味子种质资源为试验材料，利用L16(45)正交试验设计，对反应体系中的模板DNA、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及Mg2+5个因素进行优化。利用优化后的体系对自主挖掘的EST-ssr多态性引物进行pcr反应并筛选最适退火温度。结果表明，五味子ssr 最佳反应体系为16 μL，包括 DNA 20ng，ssr正反向引物各0.2 μmol/L，dNTP 0.3 mmol/L，Taq DNA聚合酶2U，Mg2+4mmol/L。该体系在100对引物中成功扩增出72对，扩增效率为72%，其中41对具有多态性，多态性比率为41%。试验所获得的优化体系及多态性引物为五味子种质资源鉴定、遗传多样性分析及遗传图谱构建等奠定了重要基础。

关键词：五味子 ssr-pcr反应体系正交试验设计体系优化引物筛选

薄壳山核桃ssr-pcr体系优化及引物筛选

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中南林业科技大学学报 2024年第9期44卷 138-147页

作者：罗晓蕾黄丹彭兵阳王磊彬毕慧慧何的明吕佳斌安徽农业大学林学与园林学院安徽合肥230036 安徽农业大学安徽省林木资源培育重点实验室安徽合肥230036 安徽佳烨农业有限公司安徽合肥231200

【目的】为建立薄壳山核桃ssr-pcr的最佳反应体系,筛选薄壳山核桃高多态性ssr引物,为薄壳山核桃构建指纹图谱、亲缘关系分析、品种鉴定等后续的相关研究提供有力工具。【方法】采用单因素试验与L_(16)(4^(5))正交试验设计相结合的方法,... 详细信息

【目的】为建立薄壳山核桃ssr-pcr的最佳反应体系,筛选薄壳山核桃高多态性ssr引物,为薄壳山核桃构建指纹图谱、亲缘关系分析、品种鉴定等后续的相关研究提供有力工具。【方法】采用单因素试验与L_(16)(4^(5))正交试验设计相结合的方法,以薄壳山核桃DNA作为模板,对影响薄壳山核桃ssr-pcr反应体系中的6个影响因素(DNA、Mg^(2+)、10×pcr Buffer、引物、Taq酶、dNTPs)进行单因素试验,根据单因素试验的结果确定各影响因素的适宜用量范围,再据此设计正交试验。【结果】根据正交试验扩增结果,确立薄壳山核桃的最佳反应体系(10μL)为:Taq酶0.15 U,Mg^(2+)2.0 mmol/L,dNTPs 0.1 mmol/L,引物1.0μmol/L,50 ng模板DNA 1.0μL,10×pcr Buffer 1.0μL,ddH_(2)O5.8μL。5个因素影响薄壳山核桃ssr-pcr反应体系的扩增效果,其影响程度大小依次为Taq酶>引物=DNA>Mg^(2+)>dNTPs。以8种薄壳山核桃DNA为模板,4对薄壳山核桃引物对优化后的薄壳山核桃ssr-pcr反应体系进行验证,均扩增出明亮清晰的条带,证明优化后的反应体系稳定可靠。利用优化后的反应体系在283对核桃及山核桃引物中筛选出高多态性薄壳山核桃引物12对,其多态性位点信息数均高于0.5。【结论】优化后的反应体系及筛选出的12对薄壳山核桃引物可直接用于后续的ssr分子标记试验,为薄壳山核桃亲缘关系鉴定、交配系统分析等研究奠定理论基础。

关键词：薄壳山核桃 ssr-pcr反应体系引物筛选单因素试验正交设计试验