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Next generation sequencing under de novo genome assembly

International Journal of Biomathematics 2015年第5期8卷 1-29页

作者： Sonia Farhana Nimmy M. S. Kamal Department of Computer Science and Engineering BGC Trust University BGC Biddha Nagar Chandanaish Chittagong Bangladesh

The next generation sequencing （NGS） is an important process which assures inexpen- sive organization of vast size of raw sequence dataset over any traditional sequencing systems or methods. Various aspects of NGS such as template preparation, sequencing imaging and genome alignment and assembly outline the genome sequencing and align- ment. Consequently, de Bruijn graph （dBG） is an important mathematical tool that graphically analyzes how the orientations are constructed in groups of nucleotides. Basi- cally, dBG describes the formation of the genome segments in circular iterative fashions. Some pivotal dBG-based de novo algorithms and software packages such as T-IDBA, Oases, IDBA-tran, Euler, Velvet, ABYSS, AllPaths, soapde novo and soapde novo2 are illustrated in this paper. Consequently, overlap layout consensus （OLC） graph-based algorithms also play vital role in NGS assembly. Some important OLC-based algorithms such as MIRA3, CABOG, Newbler, Edena, Mosaik and SHORTY are portrayed in this paper. It has been experimented that greedy graph-based algorithms and software pack- ages are also vital for proper genome dataset assembly. A few algorithms named SSAKE, SHARCGS and VCAKE help to perform proper genome sequencing.

关键词： Next generation sequencing (NGS) short read sequence (SRS) de Bruijngraph (dBG) soap denovo2 overlap layout consensus.

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