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分子植物育种 2020年第22期18卷 7429-7435页

作者：陶鹏赵彦婷钟新民岳智臣雷娟利李必元浙江省农业科学院蔬菜研究所杭州310021

为探讨菜心极易抽薹开花的分子机制,本研究以早熟类型的‘四九菜心’为研究材料,参考大白菜基因组分析了菜心开花抑制基因BcFLC1的转录组snp情况,鉴定了3个纯合snp位点。其中一个snp定位在6号内含子(I6)的剪接供体位点"GT"上,在菜心中... 详细信息

为探讨菜心极易抽薹开花的分子机制,本研究以早熟类型的‘四九菜心’为研究材料,参考大白菜基因组分析了菜心开花抑制基因BcFLC1的转录组snp情况,鉴定了3个纯合snp位点。其中一个snp定位在6号内含子(I6)的剪接供体位点"GT"上,在菜心中突变为"AT"。研究发现菜心BcFLC1剪接位点变异导致其在pre-mRNA加工中发生了选择性剪接,产生了6种剪接异构体,并分析了每种剪接方式的频率。预测了菜心6种BcFLC1剪接异构体的蛋白产物,显示这些蛋白产物均异常,缺失6号或7号外显子以及氨基酸片段的插入。最后比较了大白菜、结球甘蓝以及菜心中FLC1的snp变异与选择性剪接。本研究分析了菜心BcFLC1的snp变异及其诱导的选择性剪接的特征,为阐释了菜心极易抽薹开花的分子机制提供了理论依据。

关键词：菜心(Brassica papachinensis) BcFLC1 snp变异选择性剪接

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利用高通量测序快速定位目标性状位点的研究

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华北农学报 2019年第6期34卷 47-53页

作者：林静赵青松张孟臣杨春燕赵团结河北省农林科学院粮油作物研究所国家大豆改良中心石家庄分中心农业部黄淮海大豆生物学与遗传育种重点实验室河北省农作物遗传育种重点实验室河北石家庄050035 南京农业大学国家大豆改良中心农业部大豆生物学与遗传育种重点实验室(综合)国家作物遗传与种质资源重点实验室江苏南京210095

为了快速鉴定目标性状遗传位点,开发与性状连锁的分子标记,用于剔除高世代选育株行中不利性状,从而加速育种进程。以大豆MS轮回群体中发生花色分离的叫株行为研究材料,利用其衍生的F6;7中20个紫花和17个白花纯合家系分别构建2个DNA混池... 详细信息

为了快速鉴定目标性状遗传位点,开发与性状连锁的分子标记,用于剔除高世代选育株行中不利性状,从而加速育种进程。以大豆MS轮回群体中发生花色分离的叫株行为研究材料,利用其衍生的F6;7中20个紫花和17个白花纯合家系分别构建2个DNA混池,通过高通量重技术获得变异信息,明确snp,并在snp富集区内开发分子标记对目标性状进行连锁分析。结果显示,在2个DNA混池间发现329992个snp位点,表明混池间的遗传背景已经非常相似,但未发现明显snp富集区,表明可能存在较多假阳性位点;进一步对高质量(Quality〉100)的snp变异位点进行筛选,并去除杂合snp位点,最终获得3371个可信位点。其中,位于13号染色上的snp变异有700个(占比20.77%),并在20-30 Mb的物理区间形成一个最大的snp富集区,推测调控花色的叼位点可能位于此区间内。利用该区间内snp信息开发出***-2分子标记,连锁分析结果显示其与叼位点紧密连锁(W1-(0.4 cM)-dCAPS-1-(2.3 cM)-dCAPS-2),表明叼位点位于snp富集区内。综上所述,通过构建高世代株行的分离群体混池,利用高通量测序方法可以快速定位控制目标性状的遗传位点,且开发的dCAPS标记可以有效剔除不状,从而加速遗传育种程。

关键词：高世代混池高通量测序 snp变异遗传定位分子标记开发

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30份工业大麻种质资源的遗传多样性分析及指纹图谱构建

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分子植物育种 2023年第24期21卷 8151-8162页

作者：陈珊宇孟思洁田燕倪海滨阮关海浙江省农业科学院作物与核技术利用研究所杭州310021 浙江省农业科学院浙江省数字旱粮重点实验室杭州310021

大麻是一种重要的经济作物,不仅可以用作纤维制品,还具有巨大的药用价值,但大麻的品种评价和鉴定工作还未系统开展。本研究通过对30个地方或栽培品种的全基因组进行重测,并开展系统发育、遗传变异、群体结构及指纹图谱构建等分析。结果... 详细信息

大麻是一种重要的经济作物,不仅可以用作纤维制品,还具有巨大的药用价值,但大麻的品种评价和鉴定工作还未系统开展。本研究通过对30个地方或栽培品种的全基因组进行重测,并开展系统发育、遗传变异、群体结构及指纹图谱构建等分析。结果显示,共获得38963175个snp位点和3629262个Indel位点,其中snp变异在全基因组上均匀分布。主成分分析中,栽培品种聚类PC1和PC2左下角,相比地方中品系散落在坐标系不同的位置,说明栽培品种的遗传基础相对接近。此外,栽培品种衰减速度更慢,栽培品系经历了强烈的人工选择。进一步发现,工业大麻的10条染色体上约有3.56%的位点存在受到人工选择的可能,并在5号染色体鉴定出一个显著分化的位点,此位点受到了强烈的人工选择。根据snp标记的多样性、杂合度及连锁不平衡等指标,筛选出1008个独立snp,其等位基因频率在0.2~0.5之间,这些snp标记在染色体上的分布相对均匀,且遗传频率适中,能够很好代表整个工业大麻基因组的变异,表明这些snp适宜绘制了工业大麻品种特异指纹图谱。本研究结果对品种的高效鉴定和保护具有重要意义。

关键词：工业大麻重测序基因组 snp变异指纹图谱

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64份白辣椒种质资源的遗传多样性分析

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浙江农业科学 2024年第5期65卷 1056-1063页

作者：方萍萍张婷韦静王雪艳李朝森刘慧琴万红建郭勤卫衢州市农业林业科学研究院浙江衢州324000 浙江省农业科学院浙江杭州310021

白辣椒是浙江省最具区域特色的辣椒类型,了解其遗传多样性是推动白辣椒新品种选育的重要依据。该研究利用Hyper-seq简化基因组测序对国内外收集的64份白辣椒高代自交系进行简化基因组测序,并进行主成分分析、聚类分析及群体结构分析。... 详细信息

白辣椒是浙江省最具区域特色的辣椒类型,了解其遗传多样性是推动白辣椒新品种选育的重要依据。该研究利用Hyper-seq简化基因组测序对国内外收集的64份白辣椒高代自交系进行简化基因组测序,并进行主成分分析、聚类分析及群体结构分析。研究结果发现,在辣椒12条染色体上,共获得3511122个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,snp)位点和922513个插入缺失标记(insertion-deletion,InDel),平均每条染色体的snp和InDel变异数量分别为292593.5和76876.0。注释结果表明,snp和InDel主要发生在基因间隔区,数量多达4000310,其次为内含子区域,数量为226301。基于snps多样性的聚类分析和群体结构分析均揭示64份地方白辣椒材料可分为2个类群,一个类群包含36份鲜食型白辣椒和1份观赏型白辣椒,另一个类群包含27份观赏型白辣椒。主成分分析中,两个类群分别聚类于PC1和PC2两个不同区域。研究结果揭示了白辣椒种质资源的群体结构和遗传多样性,为今后的白辣椒种质开发和利用奠定基础。

关键词：白辣椒 Hyper-seq snp变异遗传多样性群体结构

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