检索结果-南通市图书馆

作者：张浦河北大学

学位级别：硕士

蝈螽属Gampsocleis隶属于直翅目Orthoptera螽斯科Tettigoniidae。蝈螽属翅型分为长翅和短翅两种,暗褐蝈螽*** Fischer von Waldheim,1846、中华蝈螽*** Walker,1869和秃毛蝈螽*** Herbst,1786均属于长翅型蝈螽。本研究对长翅型蝈螽共17... 详细信息

蝈螽属Gampsocleis隶属于直翅目Orthoptera螽斯科Tettigoniidae。蝈螽属翅型分为长翅和短翅两种,暗褐蝈螽*** Fischer von Waldheim,1846、中华蝈螽*** Walker,1869和秃毛蝈螽*** Herbst,1786均属于长翅型蝈螽。本研究对长翅型蝈螽共17个地理种群281个样本为实验材料,通过几何形态学的方法分析下生殖板腹面观、尾须背面观以及左前翅的变化情况,以及这几个部位在蝈螽属内的分类意义。并且为更好阐明蝈螽属种内的遗传分化,结合slaf-seq技术进行种群遗传学分析,主要获得以下结果:1.3种长翅型蝈螽下生殖板腹面观、尾须背面观和左前翅3个形态沿主成分分析坐标轴的正方向变化为:下生殖板纵向变长变窄,凹口变浅;尾须纵向变长变窄,端部呈现无规律变化,近基部的突出内缩;左前翅的基部内缩、端部外扩、整体变宽,R脉与M脉的变异也较大。下生殖板腹面观、尾须背面观和左前翅3个形态大小存在显著差异性。基于典型变量分析,尾须背面观和左前翅两个形态可以将3种长翅型蝈螽的样本分开,暗褐蝈螽、中华蝈螽和秃毛蝈螽种内聚在一起,种间之间没有重叠。而基于下生殖板腹面观的形态结果显示,种群大部分重叠。综上,长翅型蝈螽尾须背面观和左前翅形态特征的变化可作为种间分类特征,下生殖板腹面观形态特征变化差异较小,所以在进行种间阶元的区分时不建议仅对下生殖板腹面观形态进行分析。暗褐蝈螽下生殖板腹面观、尾须背面观和左前翅3个形态沿主成分分析坐标轴正方向的变化为:下生殖板纵向变长变窄,凹口左侧部分呈现由内缩到外扩现象;尾须纵向变长变窄,端部呈现无规律的变化,近基部的突出内缩;左前翅的基部内缩、端部外扩、整体变宽,R脉与M脉的变异也较大。下生殖板腹面观、尾须背面观和左前翅3个形态大小均存在显著差异性。基于典型变量分析,下生殖板腹面观和尾须背面观两个形态可以将不同地理种群暗褐蝈螽的大部分样本分开,而左前翅形态结果却显示不同地理种群样本大部分重叠。综上,暗褐蝈螽下生殖板腹面观和尾须背面观形态特征的变化可作为种内分类特征,但左前翅形态特征变化差异较小,所以在进行种下阶元的区分时不建议仅对左前翅形态进行分析。中华蝈螽下生殖板腹面观、尾须背面观和左前翅3个形态沿坐标轴正方向的变化为:下生殖板纵向变长变窄,凹口加深;尾须纵向变长变窄,端部呈现无规律的变化,近基部的突出内缩;左前翅的端部外扩。下生殖板腹面观、尾须背面观和左前翅3个形态大小均存在显著差异性。典型变量分析结果表明,基于下生殖板腹面观、尾须背面观和左前翅的分析,种群间呈现不同的重叠,不同种群间下生殖板腹面观、尾须背面观和左前翅形态相似。秃毛蝈螽种群内下生殖板腹面观、尾须背面观和左前翅3个形态主成分分析沿坐标轴正方向的变化为:下生殖板纵向变长变窄,凹口变浅;尾须纵向变长变窄,端部无规律变化以及尾须近基部的突出内缩;左前翅的端部外扩。2.群体遗传多样性分析结果表明,所有多态信息含量(PIC)PICslaf-seq技术的结合,虽然中华蝈螽与秃毛蝈螽亲缘关系较近,但基于几何形态学中华蝈螽和秃毛蝈螽种间形态存在显著差异,所以两者关系可能需要进行进一步的研究。暗褐蝈螽种群在下生殖板腹面观和尾须背面观形态上存在显著差异,并存在2-3个亚群,可能存在隐存种。本文为解决长翅型蝈螽种间和种下争议较多的系统学问题,提供了形态和分子方面的证据。

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三色堇与角堇重要性状的遗传分析及QTL定位

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作者：王虎河南科技学院

学位级别：硕士

三色堇(Viola tricolor)和角堇(***)是世界知名的花坛花卉,解析其重要性状的遗传基础并开发紧密连锁的分子标记对该类性状的遗传改良具有重要的指导意义。然而,目前此方面的研究较为缺乏。本研究以二倍体三色堇自交系(08H)和角堇自交系(... 详细信息

三色堇(Viola tricolor)和角堇(***)是世界知名的花坛花卉,解析其重要性状的遗传基础并开发紧密连锁的分子标记对该类性状的遗传改良具有重要的指导意义。然而,目前此方面的研究较为缺乏。本研究以二倍体三色堇自交系(08H)和角堇自交系(JB-1-1-5)及其F、F和F代群体为试验材料,采用主基因+多基因混合遗传模型解析了其重要性状的遗传规律;通过specific-locus amplified fragment sequencing(slaf-seq)简化基因组测序技术,构建了三色堇与角堇的种间高密度遗传连锁图谱;进一步采用复合区间作图法对F群体和F家系的14个重要数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)进行定位,以期为三色堇和角堇分子标记辅助选择育种奠定基础。主要研究结果如下:(1)构建了以角堇自交系(JB-1-1-5)为母本,三色堇自交系(08H)为父本的359株的F代分离群体及195个F家系。株高、株幅、节间长等14个重要性状在F群体和F家系均表现出较大的变异(变异系数8.09%～47.75%),其中花数的变异最大,花纵径的变异最小。(2)主基因+多基因混合遗传模型分析结果显示,14个重要性状在F代群体的遗传模型分为5类,其中株高和花数为A-1模型,由1对加性主基因控制;株幅、分枝角、叶长、叶宽、叶面积和叶绿素含量为B-4模型,由2对等加性主基因控制;节间长、分枝数和花梗长为B-3模型,由2对加性主基因控制;花纵径和叶柄长为B-6模型,由2对等加性-显性主基因控制;花横径为E-4模型,由2对加性主基因和加性-显性多基因控制。在F家系中,株高、株幅、分枝角、叶柄长、花横径、花纵径、花梗长和花数为A-0模型,由多基因控制;叶长、叶宽、叶面积、叶绿素、节间长和分枝数为B-1,为2对加性-显性-上位主基因控制。(3)以F群体200个单株为作图群体,利用slaf-seq技术构建了三色堇与角堇种间高密度遗传图谱,该图谱含有13个连锁群,3396个SNP标记,总图距1767.54 c M,标记间平均距离0.52 c M。卡方检验结果显示有593个标记偏分离,偏分离比为17.46%。(4)利用复合区间作图法,在F代群体中共检测到与14个性状相关的QTLs位点45个,LOD值在2.52～8.86之间,解释表型变异1.29～17.11%。获得与QTLs位点紧密连锁的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记211个。株高、花横径、花梗长和叶面积分别检测到一个主效QTL,分别解释表型变异的14.09%、10.44%、11.35%和17.11%。在F代中共检测到24个QTLs,LOD值在2.02～7.14之间,解释表型变异1.07～14.96%。株高、株幅、花纵径、花梗长和叶宽分别检测到1个主效QTL,分别解释表型的遗传变异为10.05%、11.12%、14.66%、14.96%和10.20%。获得与QTLs位点紧密连锁的SNP标记100个。本研究获得的QTLs及连锁的SNP标记可为三色堇和角堇重要性状的遗传基础解析及标记辅助选择育种奠定了基础。

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黄瓜果肉厚度QTL的精细定位及候选基因功能验证

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作者：陆璐扬州大学

学位级别：硕士

黄瓜(Cucumis sativus L.)为葫芦科甜瓜属一年生蔓生植物,是世界范围内重要的蔬菜之一。随着人们生活水平的提高,对黄瓜品质的要求日益增强,果肉厚度是黄瓜重要的质地品质,它与干物质积累及质地密切相关。分离鉴定黄瓜果肉厚度基因,利... 详细信息

黄瓜(Cucumis sativus L.)为葫芦科甜瓜属一年生蔓生植物,是世界范围内重要的蔬菜之一。随着人们生活水平的提高,对黄瓜品质的要求日益增强,果肉厚度是黄瓜重要的质地品质,它与干物质积累及质地密切相关。分离鉴定黄瓜果肉厚度基因,利用现代分子生物技术手段改良种质,选育厚果肉品种对改良黄瓜质地品质和提升消费者利益具有重要意义。本研究利用D8(厚果肉亲本)和XUE1(薄果肉亲本)构建的F2群体进行表型数据调查统计,然后在F2群体中挑出50株果肉厚的植株组成厚果肉池,50株果肉薄的植株组成薄果肉池,用高通量测序方法对黄瓜厚果肉池和薄果肉池进行简化基因组测序(slaf-seq);运用qRT-PCR对获得的QTL区域内的基因进行表达分析,并将候选基因在双亲(D8和XUE1)间进行功能验证,以及在不同果肉厚度品种中克隆候选基因并进行基因序列分析。主要研究结果如下:(1)F2群体中每个单株的果肉厚度经统计呈正态分布,说明果肉厚度性状是数量性状。(2)利用slaf-seq方法共开发了 100535个slaf标签,slaf标签亲本平均测序深度为20.10X,混池平均测序深度为44.60X。针对这些标签,根据等位基因数和基因序列之间的差异进行多态性分析,得到8232个多态性slaf标签。根据SNP标记测序深度和亲本基因型来源对得到的8232个多态性slaf标签进行标记筛选,共选定2259个slaf标签进行关联分析。(3)运用SNP index方法,对2259个候选多态性slaf标签进行关联分析,拟合后的关联阈值为0.1307,共获得23个与性状显著相关的slaf标签。对同一条染色体上多态性slaf标签的△(SNP-index)选择0.1307为阈值,定位到一个关联区域,位于2号染色体 4,412,753～4,604,081 之间,大小为 0.19Mb。(4)通过与黄瓜参考基因组比对,在上述区域内共有20个基因。20个基因中Csa2G058670表达结果与两亲本果肉厚度相关性分析均为显著,Csa2G058670含有SET蛋白保守结构域,用其与拟南芥SET家族基因做进化树分析,该基因与At2g18850基因同源性较高,At2g18850功能与细胞分裂和植物生长发育相关。(5)将Csa2G058670基因在两亲本果实发育不同时间进行qRT-PCR分析,发现该基因在两个品种中相对表达量存在差异,发育相同时间果实的果肉中的相对表达均高于果皮,并且厚果肉品系D8在0d-9d发育过程中该基因的表达均呈显著上升趋势,而薄果肉品系XUE1则是在0d呈现较高的相对表达量,之后呈现下降趋势,推测Csa2G058670基因在两个品系中的表达属于两种不同的表达模式。(6)对8个不同果肉厚的品种进行了基因Csa2G058670的克隆,经过序列分析软件得知,四个薄果肉品种的克隆基因序列在启动子区域有4bp的缺失,同时还发现薄果肉品种中在外显子编码区存在两处碱基的突变,这些结果进一步说明Csa2G058670与黄瓜厚果肉发育密切相关。

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陆地棉和野生种系帕默尔棉杂交群体产量和纤维品质QTL定位

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作者：杨乐西南大学

学位级别：硕士

棉花是我国重要的经济作物,在我国国民经济中占有不可替代的作用。目前,陆地棉种内种质资源匮乏,遗传基础相对狭窄,棉花纤维产量和品质之间存在一定的负相关,同步改良产量和品质有困难。利用远缘杂交,将陆地棉栽培品种与野生种系杂交,... 详细信息

棉花是我国重要的经济作物,在我国国民经济中占有不可替代的作用。目前,陆地棉种内种质资源匮乏,遗传基础相对狭窄,棉花纤维产量和品质之间存在一定的负相关,同步改良产量和品质有困难。利用远缘杂交,将陆地棉栽培品种与野生种系杂交,对后代进行选育,能使野生种系的有益性状转移到栽培陆地棉中,从而培育棉花新品种。本研究以高产、适应性广的陆地棉栽培品种中棉所35号为母本,以具有抗黄萎病、耐寒、耐旱等特点的陆地棉野生种系帕默尔棉TX-832为父本,构建了包含182个家系的(中棉所35号×TX-832)F重组自交系群体。利用SSR标记和slaf-seq测序获得的SNP标记构建了覆盖陆地棉全基因组的高密度遗传图谱,结合六个环境下重组自交系群体的产量性状和纤维品质表型数据,鉴定了产量和纤维品质性状QTL。主要研究结果如下:1.遗传图谱构建将slaf-seq测序获得的15765个SNP标记和亲本间具有多态性的153个SSR标记,共计15918个标记,利用作图软件进行遗传图谱构建,将共分离标记整合,最终获得一张包含3311个位点的陆地棉种内高密度遗传图谱,覆盖全长4690.73c M(A亚组2603.84 c M,D亚组2086.90 c M),位点间平均距离为1.46 c M。其中,SNP位点3158个,SSR位点153个;A亚组位点1758个(1679个SNP位点,79个SSR位点),D亚组位点1553个(1479个SNP位点,74个SSR位点);该图谱各条染色体覆盖陆地棉TM-1基因组比率均达95.97%以上。2.群体产量和纤维品质的性状表现(中棉所35号×TX-832)F重组自交系各产量性状和纤维品质变异范围较广,整体上都呈连续的正态分布。群体在铃重、籽指、衣分、衣指、纤维长度、整齐度和断裂比强度等性状中都表现出明显的超亲分离现象。相关性分析表明:籽指、衣指、铃重、纤维长度、断裂比强度、整齐度、伸长率等指标两两之间在至少一个环境下呈显著或极显著正相关;马克隆值、衣分、衣指等指标两两之间在多个环境下呈极显著正相关。3.产量、纤维品质QTL定位利用构建的高密度遗传图谱,结合多年多点产量和纤维品质性状,在26条染色体鉴定到了68个产量QTL和180个纤维品质QTL。有24个QTL有利等位基因来自帕默尔棉,其余224个QTL有利等位基因均来自中棉所35号。68个产量性状QTL中包括30个铃重QTL、10个衣指QTL、15个衣分QTL、13个籽指QTL,LOD值介于2.5-10.57,解释表型变异介于6.2%-23.5%;180个纤维品质QTL包含55个长度QTL、45个整齐度QTL、51个断裂比强度QTL、9个马克隆值QTL、20个伸长率QTL,LOD值介于2.5-15.31,解释6.1%-33.8%的表型变异。有57个QTL在三个及三个以上环境下均检测到,q LPA07.1在六个环境下都稳定存在,解释表型变异为6.4%-11.8%,中棉所35号使其表型效应值增加;q FMD03.1在四个环境下均检测到,解释10.5%-33.8%的表型变异,增效基因来自中棉所35号。有154个QTL密集分布在除A06、D02、D06外的23条染色体的42个QTL簇内。这些稳定QTL和QTL簇对候选基因克隆、功能分析等研究奠定了基础。

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三江源川西云杉亲缘关系评价及其种质利用研究

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作者：王倩青海大学

学位级别：硕士

川西云杉(Picea likiangensis ***)是云杉属中海拔分布最高的树种,是荒山造林优良树种之一,在三江源地区具有涵养水源、保持水土的重要作用。为了解川西云杉及其近缘种表型多样性与亲缘关系,应用高通量表型成像技术对四种云杉属植物的... 详细信息

川西云杉(Picea likiangensis ***)是云杉属中海拔分布最高的树种,是荒山造林优良树种之一,在三江源地区具有涵养水源、保持水土的重要作用。为了解川西云杉及其近缘种表型多样性与亲缘关系,应用高通量表型成像技术对四种云杉属植物的种子和球果表型进行测定分析;利用slaf-seq对川西云杉进行测序,研究川西云杉及其近缘种的亲缘关系。在此基础上,开展了不同生长调节剂对川西云杉播种苗根系生长的影响,调查川西云杉苗木根系部分的各项生长指标,同时也进行了不同造林密度对比试验、带状造林试验及块状造林试验等,为川西云杉的种质利用育种、造林方式和造林更新修复效果等应用研究提供理论依据。研究结果如下:(1)表型成像分析结果表明,四种云杉中二色川西云杉球果和种子表型性状较其他三种云杉变异程度大,黄果云杉球果和种子表型性状值较其他三种云杉小,将四种云杉的表型性状指标进行聚类分析后分为三大类,川西云杉和鳞皮云杉为一类;黄果云杉单独为一类,二色川西云杉单独为一类,呈现了云杉属植物的多样性。(2)slaf-seq测序结果表明,从14份云杉种质中共获得144.50 Mb Reads,测序平均Q30达到91.899%,其中获得2077449个slaf标签。14份云杉种质源自同一祖先,大致聚为三类,和表型聚类结果基本一致,说明了云杉属植物间的遗传多样性。(3)不同生长调节剂对川西云杉播种苗根系生长的影响,结果表明在原土与基质土1:1混合中使用200mg/L ABT1号处理播种时,对根系生长效果最好。(4)川西云杉造林更新修复试验阶段性结果表明,在不同造林密度间川西云杉在20m×20m的造林地内种植25株时,对川西云杉的生长效果好。在带状造林更新修复试验三个不同处理带长20m、带宽5m或带长30m、带宽5m的造林地对川西云杉生长效果好。在天然林块状造林更新修复技术三个处理10m×10m块状造林地对川西云杉生长效果好。

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甜瓜种子性状遗传特征分析

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作者：李俊凤黑龙江八一农垦大学

学位级别：硕士

种子相关性状是重要的农艺性状,是影响作物产量的关键因素之一,也是种子品质检测的重要组成部分,明确甜瓜种子性状的遗传改良机制有利于培育壮苗,对作物遗传育种研究、品种选育以及提高经济效益具有重要意义。本研究以12份甜瓜材料为亲... 详细信息

种子相关性状是重要的农艺性状,是影响作物产量的关键因素之一,也是种子品质检测的重要组成部分,明确甜瓜种子性状的遗传改良机制有利于培育壮苗,对作物遗传育种研究、品种选育以及提高经济效益具有重要意义。本研究以12份甜瓜材料为亲本,其中2份为母本(P5和No.416),10份为父本(BL-1,NO.1496,P10,ZL001,BH-5,YL020,GL-5,ZQ002,DM-68和YH-7),按NC-II设计配制20个组合,利用DPS数据处理系统对甜瓜3个种子相关性状的配合力及遗传力进行分析。通过配合力及遗传力分析筛选出最佳组合P5×P10,以此构建F分离群体和F家系,对450个F单株开展种子相关性状的遗传分析,以127个F单株开展特异性位点扩增片段测序(Specific-Locus Amplified Fragment sequencing,slaf-seq)技术,构建高密度甜瓜遗传连锁图谱,并结合F单株及F家系的表型数据,对种子相关性状开展数量性状基因座(Quantitative Trait Locus,QTL)定位分析。研究结果如下:1、12份亲本的一般配合力分析结果如下:母本P5在百粒重的一般配合力效应值大于母本No.416,因此在百粒重配合力表现上,P5为最佳母本,No.416在种子长度中的一般配合力效应值大于P5,P5和No.416在种子宽度中的表现均为0;以一般配合力效应值大小对10份父本的3个性状在一般配合力上的优劣性进行排名得到:P10>BH-5>GL-5>BL-1=NO.1496>YL020>ZL001=ZQ002=YH-7>DM-68,表明P10为最佳父本。2、20个杂交组合的特殊配合力分析结果显示:种子百粒重、种子长度和种子宽度表现为正效应的组合分别有10个、8个和12个,其中组合P5×No.416在种子长度上的效应值最高,P5×P10次之,组合P5×P10在种子百粒重和种子宽度的效应值最高,表明该组合在种子百粒重和宽度上的表现最佳。综合以上表现筛选出P5×P10组合为种子大小选配的最佳组合。3、20个杂交组合的遗传力分析结果表明:甜瓜种子百粒重的广义遗传力以及狭义遗传力均为93%,此结果说明主要是遗传变异造成了F组合间的差异,而且环境对此差异的影响较小,因此,百粒重可作为对杂交亲本进行选择的指标,与其配合力的分析是一致的。4、利用slaf测序获得一张包含12个连锁群的甜瓜高密度遗传连锁图谱,该图谱总长为1 356.49c M,标记间平均距离为0.37c M。对P5×P10的F分离群体以及F家系的种子相关性状进行遗传分析,结果显示种子长度、宽度和百粒重均呈正态分布,为数量性状。利用F群体及F家系对与种子性状相关的QTL开展初步定位,共获得10个QTL,其中5个QTL与种子百粒重相关,2020-hsw6.1位于甜瓜第6条染色体1 082 887至1 206 028之间,LOD值为2.65,解释了13.97%的表型变异;2020-hsw7.1位于甜瓜第7条染色体458 518至1 212 963之间,LOD值为2.81,解释了9.76%的表型变异;2021-hsw3.1位于甜瓜第3条染色体31 447 562至31 470 545之间,LOD值为12.69,解释了36.55%的表型变异;2021-hsw5.1位于甜瓜第5条染色体3 355 789至3 537 407之间,LOD值为7.15,解释了8.70%的表型变异;2021-hsw7.1位于甜瓜第7条染色体412 326至2 601 463之间,LOD值为2.90,解释了1.63%的表型变异。2个QTL与种子长度相关,2020-sl3.1位于甜瓜第3条染色体31 430 517至31 553 644之间,LOD值为8.31,解释了27.43%的表型变异;2021-sl3.1位于甜瓜第3条染色体31 430 517至31 659 961之间,LOD值为13.82,解释了43.73%的表型变异。3个QTL与种子宽度相关(2020-sw3.1,2020-sw12.1和2021-sw3.1),2020-sw3.1位于甜瓜第3条染色体31 447 562至31 470 545之间,LOD值为3.37,解释了16.03%的表型变异;2020-sw12.1位于甜瓜第12条染色体1 254 239至1 313 909之间,LOD值为3.38,解释了12.88%的表型变异;2021-sw3.1位于甜瓜第3条染色体31 430 517至31 659 961之间,LOD值为10.00,解释了41.25%的表型变异。5、基于slaf-QTL分析的初步结果,共定位到了10个与甜瓜种子百粒重、种子长度及种子宽度相关的QTL,其中有5个QTL定位在第3条染色体31 430 517至31

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菠菜高密度遗传图谱构建及性别决定基因X/Y的精细定位

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作者：范桂彦中国农业科学院

学位级别：硕士

菠菜(Spinacia oleracea L.),黎科菠菜属二倍体植株(2n=12),是以绿叶为主要产品的重要蔬菜作物。菠菜是典型的雌雄异株植物,少量植株表现为两性株,其雌雄性别受X/Y基因的控制,是研究雌雄异株植物性别决定及分化机制的一种理想材料。目... 详细信息

菠菜(Spinacia oleracea L.),黎科菠菜属二倍体植株(2n=12),是以绿叶为主要产品的重要蔬菜作物。菠菜是典型的雌雄异株植物,少量植株表现为两性株,其雌雄性别受X/Y基因的控制,是研究雌雄异株植物性别决定及分化机制的一种理想材料。目前国内外已构建的菠菜遗传图谱分子标记数量较少且不便于使用,缺乏高密度遗传图谱,且菠菜性别决定基因尚未精细定位及克隆,性别调控机制仍不明确。因此,本研究利用特异位点扩增片段测序(slaf-seq)技术结合HighMap软件构建了菠菜高密度遗传图,并通过SRAP-BSA及super-BSA对菠菜性别决定基因X/Y进行了精细定位,借助基因注释获得了一些菠菜激素调控和开花相关的候选基因。主要研究结果汇总如下:1、利用slaf-seq技术结合HighMap构建了菠菜高密度遗传图。该图谱包含4080个slaf标记,共划分为6个连锁群,总图距为1,125.97cM,相邻标记间的平均图距为0.31cM,这是目前研究中密度最高的菠菜遗传图谱。2、利用SRAP-BSA法对菠菜性别决定基因X/Y进行初步定位,通过雌雄基因池对1280个SRAP引物组合进行筛选,其中20个引物组合与性别基因紧密连锁。结合前人研究相关标记,利用含148个单株的BC群体构建了一个15.9cM的菠菜性别区域连锁图,平均图距为0.72 cM,将性别决定基因定位在一个0.4 cM的区间内。3、利用super-BSA法对性别决定基因X/Y进行精细定位。通过50个雌性单株和50个雄性单株测序数据混池寻找菠菜性别性状关联区域。最终有323个slaf标记与菠菜性别决定基因紧密连锁,结合菠菜高密度遗传图谱,将菠菜性别决定区域定位在LG4连锁群66.98cM-69.72cM和75.48cM-92.96cM两个区间内。4、整合slaf及SRAP等性别连锁标记,构建了一个16.7cM的性别区域连锁遗传图,将菠菜性别决定基因X/Y定位在0.2cM区间内。通过性别区域连锁遗传图,辅助菠菜基因组组装,将scaffold锚定在相应性别连锁标记上,对定位区域的基因进行了功能注释,得到166个基因位于目标性状的定位区域内,根据注释信息得到了32个基因与花发育或者激素调控网络相关。5、将SRAP27.47及SRAP30.39转化为稳定性高、特异性好的SCAR标记,将dCAPs标记D4.3转化为可高通量基因分型的KASP标记,应用于苗期雌雄株性别快速鉴定,经过143个雌雄单株的验证,该KASP标记准确率可达到100%。

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脊尾白虾性别相关SNP与INDEL标记的筛选鉴定

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作者：陆璇南京农业大学

学位级别：硕士

脊尾白虾（Exopalaemon carinicauda）是我国重要的海水养殖经济物种,具有环境适应性强、食性杂、生长速度快等优点。脊尾白虾生长性状显现性别二态性,雌性成熟个体平均体重大于雄性,在实际生产中如能建立有效的性别操控技术,将显著提... 详细信息

脊尾白虾（Exopalaemon carinicauda）是我国重要的海水养殖经济物种,具有环境适应性强、食性杂、生长速度快等优点。脊尾白虾生长性状显现性别二态性,雌性成熟个体平均体重大于雄性,在实际生产中如能建立有效的性别操控技术,将显著提高养殖效益。因此,脊尾白虾的性别决定机制及性别连锁分子标记发掘的研究具有重要意义,可为性别操控技术的开发提供理论基础。本研究利用简化基因组测序技术（slaf-seq）构建了脊尾白虾高密度遗传连锁图谱,并首次将性别QTL特异定位于LG3连锁群0-132.765cM区间;继而,结合GWAS分析方法,进一步筛选性别连锁候选分子标记,并在群体水平进行验证,研究结果如下:1.脊尾白虾高密度遗传连锁图构建及性别QTL定位利用脊尾白虾100尾子代及其亲本进行slaf测序,获得240 M reads（48.6 Gb）数据,开发得到757,920个SNP,其中可用于分型的SNP为124,662个。将上述标签依照测序深度过滤获得12,490个高质量标签用于做图,采用HighMap软件进行连锁分析,共构建45个连锁群,上图9,280个Marker,总图距为5,666.72cM,上图标记完整度为99.88%。基于高密度遗传连锁图谱,通过mapQTL6.0软件将性别QTL特异定位于LG3连锁群的0-132.765cM区间（LOD阈值为5.47）,其中LOD＞50的标记共186个。2.脊尾白虾性别连锁SNP标记的筛选及验证基于QTL定位结果,结合GWAS分析（P＜10-40）,从QTL区间中共筛选到52个性别相关候选标记,其中nnxnp类型的标记占96.2%,表明脊尾白虾性别决定类型可能为ZZ/ZW型。将候选标记在群体中进行与性别的关联分析（雌雄个体各30个）,获得7个与性别紧密连锁的SNP及INDEL标记,大多数标记类型（6/7）倾向于雌性杂合且雄性纯合。其中与性别连锁最紧密的标记为M57734,该标记为G/A突变型SNP,其在雌性中的杂合占比96.3%,雄性纯合占比84.6%（P＜0.001）,支持脊尾白虾为ZZ/ZW型性别决定物种。

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普通小麦-滨麦衍生后代的分子细胞遗传学分析及分子标记开发

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作者：冯贤波西北农林科技大学

学位级别：硕士

滨麦（Leymus mollis（Trin.）Pilger,Ns Ns Xm Xm,2n=28）是赖草属的一种多年生异源四倍体草本植物,具有大穗多花、多小穗、茎秆粗壮等特点,并且对小麦条锈病等真菌病害表现高抗或免疫,是小麦遗传改良的重要基因资源。滨麦中的优异基... 详细信息

滨麦（Leymus mollis（Trin.）Pilger,Ns Ns Xm Xm,2n=28）是赖草属的一种多年生异源四倍体草本植物,具有大穗多花、多小穗、茎秆粗壮等特点,并且对小麦条锈病等真菌病害表现高抗或免疫,是小麦遗传改良的重要基因资源。滨麦中的优异基因可利用远缘杂交和染色体工程将其转移到小麦遗传背景中,提高遗传多样性。本研究结合细胞学观察、原位杂交（GISH/FISH）、SNP芯片检测、分子标记（EST和PLUG）分析、农艺性状及条锈病抗性评估等对小麦-滨麦衍生材料开展分子细胞遗传学鉴定,期望为小麦遗传改良提供中间材料。其次,本研究基于简化基因组测序（slaf-seq）开发了滨麦的特异分子标记,加快滨麦遗传物质的追踪和检测,同时为滨麦优异基因的挖掘利用奠定基础。主要研究结果如下:（1）小麦-滨麦二体异代换系17DM48的分子细胞遗传学鉴定及标记开发细胞学结果显示,17DM48根尖体细胞含有42条染色体,花粉母细胞减数分裂中期I染色体组型为2n=21II,且在后期I均等分离。GISH和FISH结果显示17DM48中含有40条普通小麦染色体以及2条滨麦Ns染色体,缺少一对2D染色体。分子标记分析发现,位于第二部分同源群的3个EST标记及3个PLUG标记在17DM48中扩增出滨麦特异性条带。小麦55K SNP芯片分析发现,在2D染色体上,17DM48和亲本7182具有相同SNP的比例最低,而与华山新麦草具有相同SNP的比例最高,表明17DM48中的2D染色体被滨麦2Ns染色体所代换。17DM48在成株期表现为高抗条锈病,同时具有穗分枝特性。其穗长、小花数、小穗数相比于所有亲本均显著提高,且千粒重、粒长和粒宽较亲本7182均显著增加。基于简化基因组测序（slaf-seq）开发了13个滨麦2Ns染色体特异PCR标记,其在滨麦和17DM48均扩增出特异性条带。因此,17DM48是一个普通小麦-滨麦2Ns（2D）二体异代换系,可作为小麦抗条锈病和产量相关性状遗传改良的重要遗传材料,同时开发的2Ns染色体特异分子标记可以加快外源遗传物质的追踪以及优异基因的利用。（2）小麦-滨麦衍生材料M11006A后代的分子细胞遗传学分析细胞学及原位杂交结果显示,M11006A衍生后代中,M11006A1和M11006A2染色体数均为42条且无外源染色体;M11006A3含有外源易位染色体,但包含三种类型:（ⅰ）2n=43=42T.a+1T.a-L.m;（ⅱ）2n=43=41T.a+2T.a-L.m;（ⅲ）2n=44=42T.a+2T.a-L.m。其中,类型（ⅲ）包含40条普通小麦染色体,一对4BL罗伯逊易位染色体和一对滨麦的Ns L易位染色体,进一步表示为2n=44=40T.a+2（4BL·4BL）+2（4BS·1Ns L）。分子标记分析显示,分布于第一部分同源群的3个EST标记及4个PLUG标记在M11006A3扩增出滨麦特异条带,即M11006A3中含有滨麦的1Ns L易位染色体。农艺性状评价表明,相比于亲本7182,M11006A1株高无明显变化,而M11006A2和M11006A3株高均显著降低。条锈病抗性鉴定表明,M11006A1表现为高感（IT=4）,而M11006A2和M11006A3均表现为高抗（IT=1）。因此,M11006A3是一个普通小麦-滨麦T4BS·1Ns L易位材料,其株高显著降低且对条锈病表现为高抗水平,其为小麦条锈病抗性改良及抗病基因挖掘提供了重要的种质和遗传材料。

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同方学位论文库评论

六倍体小黑麦籽粒产量相关性状全基因组关联分析

引用

作者：谷海涛石河子大学

学位级别：硕士

目的:种质资源的发掘和利用是实现六倍体小黑麦籽粒产量突破的重要基础。本研究通过解析300份六倍体小黑麦种质资源的籽粒产量相关性状的遗传构成,发掘籽粒产量相关性状显著SNP位点,并对显著SNP位点相关功能基因进行预测,将为解析六倍... 详细信息

目的:种质资源的发掘和利用是实现六倍体小黑麦籽粒产量突破的重要基础。本研究通过解析300份六倍体小黑麦种质资源的籽粒产量相关性状的遗传构成,发掘籽粒产量相关性状显著SNP位点,并对显著SNP位点相关功能基因进行预测,将为解析六倍体小黑麦籽粒产量性状遗传基础以及分子标记辅助育种提供理论依据。方法:来源以国内外的300份六倍体小黑麦品种(系)为材料,经过两年的田间种植,对单株籽粒产量、千粒重、穗粒数、单株有效穗数、粒长、粒宽、穗长与株高等籽粒相关性状进行了调查。利用简化基因组测序技术对300份六倍体小黑麦种质进行了测序,分别基于硬粒小麦(AABB)和黑麦(RR)参考基因组,开发高质量的SNP标记。利用混合线性模型对六倍体籽粒产量相关性状进行全基因组关联分析,筛选出显著相关的SNP位点以及其LD范围内的候选基因,并对显著相关的SNP附近的基因的功能进行了预测。主要结果:1.单株籽粒产量、千粒重、穗粒数、单株有效穗数、粒长、粒宽、穗长和株高的变异丰富,其中单株籽粒产量和株高的变异系数高于20%。籽粒产量相关性状的遗传力均高于0.8且在两个年度中的相关性差异极显著。籽粒产量相关性状联合两个年度的方差分析表明,各性状在基因型、环境以及基因型环境互作方面表现出极显著差异,相关性分析表明单株籽粒产量与千粒重、穗粒数、单株有效穗数、穗长、粒长、粒宽、株高呈显著正相关关系。2.以硬粒小麦为参考基因组获取slaf标签874612个,开发了22105336个SNP,群体结构分析表明,群体可以分为9个亚群。以黑麦为参考基因组获取slaf标签459288个,开发了21383860个SNP,群体结构分析表明,群体可以分为6个亚群。连锁不平衡分析表明,A基因的衰减距离为0.89 kb,B基因组的衰减距离为0.73 kb,R基因组的衰减距离为0.56 kb,21条染色体的平均衰减距离约为31.25 kb。3.通过关联分析检测到253个与籽粒产量相关性状显著关联的SNP位点,其中单株籽粒产量7个,分别分布在染色体5A、1R和3R上,贡献率的范围为0.16%-17.17%,千粒重21个,分别分布在染色体4B、7A、3R和7R上,贡献率的范围为1.32%-10.73%,穗粒数28个,分别分布在染色体1A、1B、2A、2B、5A、5B、7B、3R、5R和6R上,贡献率的范围为0.78%-25.97%,单株有效穗数17个,分别分布在染色体1A、2B、3A、6B、7B、1R、4R、5R和6R上,贡献率范围为0.97%-29.96%,穗长13个,分别分布在染色体2A、3A、3B、4A和5B上,贡献率范围为0.65-30.18%,粒长123个,分别分布在染色体1A、1B、2A、3A、3B、4A、4B、5A、5B、6B和7A上,贡献率范围为0.99%-49.40%,粒宽136个,分别分布在染色体3B、4A、7B、1R、2R、3R、5R、6R和7R上,贡献率范围为1.61%-17.50%,株高10个,分别分布在染色体3A、3B、4B、5A和3R上,贡献率范围为0.56%-46.14%。74个显著SNP在两个年度和BLUE值中都能被检测到。4.本研究筛选出籽粒产量相关性状的候选基因91个,其中千粒重4个,穗粒数11个,单株有效穗数16个,穗长5个,粒长39个,粒宽13个,株高3个。基因Sc WN7R01G263000.1存在一因多效,为千粒重和粒宽的候选基因,该基因可能对籽粒产量增加有正向作用,并且可以影响籽粒大小。结论:本研究供试材料来源广泛,遗传背景复杂,籽粒产量相关性状变异丰富。籽粒产量相关性状在两个年度和BLUE值中都被检测到的74个显著SNP位点,与之有关的基因可能是稳定表达的。籽粒产量相关性状关联到87个贡献率高于15%的显著SNP位点,其中有23个与粒长相关和2个与株高相关的显著SNP位点贡献率高于40%,与其有关的基因可能是主效基因。通过对显著SNP位点附近基因的功能预测,发现多数基因的功能尚未有前人研究。

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