检索结果-南通市图书馆

应用QSAR预测人双载蛋白Ⅰ型sh3结构域及其配体多肽的亲和力

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

计算机与应用化学 2011年第4期28卷 395-398页

作者：丁元王远强舒茂张娅林治华重庆理工大学药学与生物工程学院重庆400054

蛋白质间的相互作用在信号转导和其他许多生物进程有着至关重要的作用。从20种天然氨基酸的554个物化性质中,单变量建模方法挑选出疏水、静电、立体、氢键4个描述子表征能与人类双载蛋白sh3结构域结合的多肽,预测sh3结构域-肽亲和力。... 详细信息

蛋白质间的相互作用在信号转导和其他许多生物进程有着至关重要的作用。从20种天然氨基酸的554个物化性质中,单变量建模方法挑选出疏水、静电、立体、氢键4个描述子表征能与人类双载蛋白sh3结构域结合的多肽,预测sh3结构域-肽亲和力。所得描述子并未对变量进行主成分分析(PCA)压缩,且只对氨基酸侧链性质进行结构表征,因此应用这4个描述子并结合多元线性回归(MLR)建模方法对sh3结构域,肽体系进行定量构效关系(QSAR)研究分析域,肽亲和力。测试集的多肽用于模型的验证,内部验证复相关系数(R^2)和外部留一法交互验证相关系数(Q^2)分别为:0.682,0.650,预测均方根误差(RMSE)为0.528,从模型统计数据可知,QSAR模型预测模型稳定性高,预测能力强。说明这4个描述子物具有更为确切的物化意义,表征过程更加简洁有效且研究效率高的多重优点,并可以拓展预测不同的域,肽体系。

关键词： sh3结构域多肽定量构效关系单变量建模多元线性回归

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

PDZ、sh3结构域结合特性的研究

PDZ、SH3结构域结合特性的研究

作者：李嫄中国协和医科大学

学位级别：硕士

蛋白质在细胞的生命活动中扮演着重要角色,但是,其功能的发挥却并非依靠单个蛋白质独立的作用。它们在细胞中通常与其他蛋白质相互作用形成大的复合体,在特定的时间和空间内完成特定的功能,蛋白质之间的相互作用才是蛋白质执行其功能的... 详细信息

蛋白质在细胞的生命活动中扮演着重要角色,但是,其功能的发挥却并非依靠单个蛋白质独立的作用。它们在细胞中通常与其他蛋白质相互作用形成大的复合体,在特定的时间和空间内完成特定的功能,蛋白质之间的相互作用才是蛋白质执行其功能的途径。本论文主要研究了介导蛋白质相互作用网络的PDZ结构域和sh3结构域的结合特性。本文研究了PDLIM2蛋白中的PDZ结构域的结合特性。利用酵母双杂交技术筛选随机多肽文库,我们验证了PDLIM2-PDZ可识别x-x-W-L配体;此外还发现了K-H-K-V配体,是对PDLIM2-PDZ蛋白识别规律的补充。论文第二部分研究了PDZK2蛋白中PDZ1的结合特性。根据PDZK2 PDZ1结构域与PDZK1 PDZ1同源的性质,我们直接利用酵母双杂交技术筛选构建的PDZ配体库来研究PDZK2 PDZ1的结合特性。验证筛选方法较常规文库筛选具有高效性和针对性,可以快速研究相关结构域的结合特性。验证筛选文库相对于其他文库筛选方法可以得到除阳性配体外的阴性序列,并且阴性序列和阳性配体对比总结可以得到更全面的结合特性。论文第三部分成功构建新型非脯氨酸的随机多肽文库。我们尝试利用新型文库研究结合非脯氨酸的sh3结构域的结合特性,发现了FYN sh3结构域的一个非脯氨酸结合序列VSLVKLFF。

关键词：蛋白质相互作用结构域 PDZ结构域 sh3结构域结合特性酵母双杂交随机多肽文库验证筛选 PDLIM2蛋白 PDZK2蛋白 FYN蛋白非脯氨酸文库

人类AHI1蛋白sh3结构域的初级晶体学研究

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

人类AHI1蛋白SH3结构域的初级晶体学研究

作者：石珠亮中国科学技术大学

学位级别：硕士

AHI1(Abelson helper integration stie-1)基因是一个导致非白血性白血病和淋巴瘤的助前病毒整合位点,它与原癌基因c-myb有着十分紧密的联系。目前的研究表明AHI1基因的突变与致白血病物质生成有关,AHI1基因的突变会也是引起Joubert综... 详细信息

AHI1(Abelson helper integration stie-1)基因是一个导致非白血性白血病和淋巴瘤的助前病毒整合位点,它与原癌基因c-myb有着十分紧密的联系。目前的研究表明AHI1基因的突变与致白血病物质生成有关,AHI1基因的突变会也是引起Joubert综合症的一个主要原因。还有研究表明AHI1蛋白可以和一种在新生儿的发育及胞内运输中起重要作用的亨廷顿蛋白结合蛋白1(Huntingtin-associated protein 1, HAP1)蛋白形成稳定的复合物从而在脑部早期发育中的起重要作用。但这些过程的具体分子机制并未阐明。人的Ahi-1基因编码一个1196个氨基酸残基的蛋白质(AHI1或Jouberin),这个蛋白包含了一个氮端的coiled-coiled结构域,七个串联的WD40结构域,一个碳端的sh3结构域及一些潜在的sh3结合位点,有趣的是AHI1蛋白的sh3结构域和很多经典的sh3结构域如:Abl, Fyn,和Lck相比有很低的同一性,只有一些十分保守的氨基酸残基相同。得到AHI1的三维结构能够方便对其功能的研究,也便于寻找与其相互作用的新的配体。本文选择了涉及很多蛋白相互作用的sh3结构域作为研究对象。为了深入的了解AHI1蛋白sh3结构域的结构和功能,本实验克隆、表达、纯化了AHI1蛋白的sh3结构域,并对纯化后的蛋白作了初步的晶体学研究,也利用了GST pull down的方法对AHI1的sh3结构域与HAP1蛋白相互作用的可能性进行了验证。通过NI柱和分子筛的两步纯化,我们得到了纯度大于95%的sh3结构域,动态光散射分析表明,sh3在溶液中是以单体形式存在。通过坐滴气相扩散法在0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000条件下得到可用于衍射的晶体。一套分辨率至2.5 ?的晶体衍射数据被收集并分析,结果表明AHI1蛋白的sh3晶体属于四方晶系,空间群为P41212,晶胞参数为a=67.377, b=67.377, c=98.549?,α=β=γ=90°,经计算,晶体的Vm为1.94?3 Da-1,晶体的溶剂含量约为36.69%,一个晶体学不对称单位中含有一个sh3分子。GST pull down实验表明AHI1的sh3结构域不和HAP1蛋白的多脯氨酸区相互作用。这表明AHI1和HAP1的相互作用可能是通过其它结构域介导。

关键词： AHI1蛋白 HAP1蛋白 sh3结构域表达纯化结晶 Pull down

蛋白CMS sh3结构域溶液结构的测定及其与c-Cbl C-末端多肽相互作用的研究

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

蛋白CMS SH3结构域溶液结构的测定及其与c-Cbl C-末端多肽相互作...

作者：姚波中国科学技术大学

学位级别：硕士

本论文工作的重点是与人类疾病相关的蛋白质的结构域的克隆表达及结构、功能的研究。我们克隆，表达和纯化了人源蛋白质CMS N端的第二个sh3结构域(CMsh3)，并用NMR的方法测定了这个结构域的溶液结构。同时通过Biacore和NMR化学干扰实验... 详细信息

本论文工作的重点是与人类疾病相关的蛋白质的结构域的克隆表达及结构、功能的研究。我们克隆，表达和纯化了人源蛋白质CMS N端的第二个sh3结构域(CMsh3)，并用NMR的方法测定了这个结构域的溶液结构。同时通过Biacore和NMR化学干扰实验研究CMsh3与来自c-Cb1 C-末端多肽(Cb1-p)的结合作用。我们第一次给出了CMsh3水溶性结构，并通过NMR化学位移干扰和Biacore试验第一次确定c-Cb1 C末端肽段701-712参与了c-Cb1与CMS的相互作用。我们给出了CMsh3与Cb1-p相互作用的结合模型。所有这些结果都有利于CMS功能进一步的研究。第一章是蛋白质CMS的研究背景和功能简介。CMS(Cas ligand witn multiple Src homology 3 domians)是一种信号转导途径中的衔接蛋白质(adaptor protein)。它最初是在酵母双杂交实验中作为p130的结合蛋白质被发现的。CMS自身有很多可以与其他蛋白质相互作用的结合位点，通常可以与其他蛋白质形成更加复杂的蛋白质复合物，这就是使得CMS在信号转导途径中通常是以脚手架蛋白质(scaffolding protein)的角色出现，从而调控细胞的生长，分化，繁殖，迁移以及凋亡。这些结构特点是CMS行使生化功能的基础。在第二章中，我们使用NMR波谱技术测定了CMS3的溶液结构。CMS在N-末端有三个sh3结构域，这些结构域是CMS与其它蛋白质作用的结合区域。在这三个sh3结构域中，第二个与第三个sh3结构域序列同源性为48.2％，而第一个和第二个sh3结构域的序列同源性为42％。因此，第二个和第三个sh3结构在功能上可能更为相似。已有文献报导CMS与c-Cb1的相互作用是通过其第二个sh3结构域结合到c-Cb1的C-末端上，我们研究的重点放在CMS第二个sh3结构域上。通过分子克隆技术，编码CMsh3的基因在大肠杆菌中得到了克隆和表达。然后利用Ni离子亲和层析法，这个重组蛋白质的纯度可以达到90％以上。最后使用异核三维核磁共振的方法，CMsh3的三维溶液结构得到了精确的测

关键词： CMS蛋白质 sh3结构域溶液结构 C-末端多肽疾病相关

靶向Src蛋白sh3结构域抗肿瘤药物先导化合物的发现研究

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

靶向Src蛋白SH3结构域抗肿瘤药物先导化合物的发现研究

作者：边缘济南大学

学位级别：硕士

c-Src激酶是最大的非受体酪氨酸激酶家族Src家族(SFK)中研究最多的成员,c-Src的过度表达或过度激活与侵袭伪足的异常形成有关,这是癌细胞在转移过程中渗入血液和渗出到继发部位的关键形态结构,因此,c-Src在恶性肿瘤中过度表达和激活与... 详细信息

c-Src激酶是最大的非受体酪氨酸激酶家族Src家族(SFK)中研究最多的成员,c-Src的过度表达或过度激活与侵袭伪足的异常形成有关,这是癌细胞在转移过程中渗入血液和渗出到继发部位的关键形态结构,因此,c-Src在恶性肿瘤中过度表达和激活与癌症的发展、侵袭和转移有关。目前已有靶向c-Src蛋白的抑制剂药物上市,这些c-Src抑制剂类药物通过与ATP竞争结合位点的作用机制来抑制c-Src的活性。c-Src的sh3结构域(Src Homology 3)中广泛分布着富含脯氨酸的识别模块,这些模块可以与自身及其他蛋白质相互结合,因此sh3结构是c-Src蛋白的底物招募和超分子复合物形成的关键结构,并以此对c-Src的激酶活性进行调节。活化后的c-Src与众多负责肿瘤组织的发生、发展、血管生成、癌细胞的增殖和运动等功能的下游靶点相作用从而发挥其生理功能。目前靶向c-Src的上市药物主要为作用于c-Src结构中激酶结构域上的ATP竞争性抑制剂,但由于其靶向激酶结构域,该结构域易发生变构从而造成药物脱靶引起耐药现象,而sh3结构域作为c-Src行使激酶功能的一个重要部分尚无相关靶向抗癌药物上市,本课题旨在开发新的靶向c-Src蛋白sh3结构域的小分子先导化合物以解决ATP竞争性抑制剂类药物易发生耐药的问题。为此,我们首先取得已构建表达c-Src sh3蛋白的质粒并通过纯化得到高纯度的c-Src sh3结构域蛋白,分别通过蛋白热迁移实验及激酶实验从分子层面上对化合物库中化合物进行结合、激酶活性筛选后于细胞层面进行增殖抑制活性筛选并进一步通过迁移实验、侵袭实验、干性成球实验、周期及凋亡实验研究化合物对肿瘤细胞的作用,最后通过Western blot实验验证化合物在细胞内对c-Src的靶向性,并对上述化合物对细胞功能的影响进行初步机制探究。在本课题共发现了3种以sh3为靶点的新型抗肿瘤先导化合物,并围绕其进行相关的细胞表征实验及初步的作用机制研究,为后续靶向c-Src sh3的抗肿瘤研究奠定了重要基础,为解决临床抗肿瘤药物的耐药问题提供了新的思路。

关键词： c-Src蛋白 sh3结构域小分子先导化合物

相互作用结构域sh3和WW的蛋白质组学研究

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

基础医学与临床 2007年第2期27卷 129-133页

作者：田瑞高诗娟宋婀莉郑德先高友鹤中国医学科学院中国协和医科大学基础医学研究所蛋白质组学研究中心病理生理学系北京100005

在过去十年的研究中,发现许多蛋白质相互作用是通过相互作用结构域(如sh2,WW,sh3等)与其识别的另一个蛋白质中一段短肽序列的结合完成的,蛋白质相互作用结构域在蛋白质亚细胞定位、信号传导和蛋白复合体的组装等方面发挥重要功能。随着... 详细信息

在过去十年的研究中,发现许多蛋白质相互作用是通过相互作用结构域(如sh2,WW,sh3等)与其识别的另一个蛋白质中一段短肽序列的结合完成的,蛋白质相互作用结构域在蛋白质亚细胞定位、信号传导和蛋白复合体的组装等方面发挥重要功能。随着蛋白质组学技术的发展,高通量技术用于结构域结合特性及相互作用网络的研究。本文通过概述sh3和WW结构域的蛋白质组学研究策略的最新进展,总结结构域的几种现有研究策略。

关键词：蛋白质相互作用 sh3结构域 WW结构域高通量研究方法

ABL sh3-T79Y突变体联合伊马替尼对CML细胞增殖和凋亡的影响及机制研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

ABL SH3-T79Y突变体联合伊马替尼对CML细胞增殖和凋亡的影响及机...

作者：文良雪重庆医科大学

学位级别：硕士

慢性粒细胞白血病的特征性融合蛋白BCR-ABL通过其sh3结构域与RIN1蛋白高特异性低亲合力结合,导致酪氨酸激酶活性持续活化,促进疾病发生发展。课题组前期通过计算机药物设计技术获得ABLsh3突变体sh3-T79Y,通过其与RIN1蛋白相互作用并联... 详细信息

慢性粒细胞白血病的特征性融合蛋白BCR-ABL通过其sh3结构域与RIN1蛋白高特异性低亲合力结合,导致酪氨酸激酶活性持续活化,促进疾病发生发展。课题组前期通过计算机药物设计技术获得ABLsh3突变体sh3-T79Y,通过其与RIN1蛋白相互作用并联合伊马替尼(Imatinib, IM),可在体外有效抑制慢粒细胞株K562及KCL22细胞增殖、促进凋亡。本课题拟检测sh3-T79Y联合IM作用于慢粒耐药细胞株K562/G01引起的增殖、凋亡效应改变,并分析其发生作用的机制;构建小鼠皮下瘤和血液瘤模型,进一步探讨sh3-T79Y联合IM对KCL22细胞在动物体内的增殖能力和致病性的影响。采用的实验方法如下：1 Western Blot检测不同浓度的IM对K562/G01细胞p-BCR-ABL蛋白的影响,筛选联合用药的IM浓度;sh3-T79Y与IM联合处理细胞后,采用克隆形成实验和流式细胞术检测细胞周期分析细胞增殖,瑞氏染色观察细胞形态学变化、流式细胞术检测细胞凋亡率分析细胞凋亡效应。2 sh3-T79Y联合IM用药处理K562/G01细胞后,Western Blot检测p-BCR-ABL/BCR-ABL、p-CrkL/CrkL、p-Stat5/Stat5、p-Akt/Akt、MEK、p-Erk/Erk、Bcl-2、Bax、c-Myc、Cyclin-D1、Caspase-8、BID和Caspase-3蛋白表达水平的变化,分析联合用药作用机制。3 sh3-T79Y联合IM处理KCL22细胞后,经皮下注射于Balb/c裸鼠构建皮下实体瘤模型,经尾静脉注射于NOD-SCID小鼠构建慢性粒细胞白血病移植瘤模型,以IM单独处理和经PBS处理的KCL22细胞为对照组。通过比较小鼠一般情况,计算皮下瘤成瘤率,瑞氏染色监测血液瘤模型鼠骨髓和外周血象变化,HE染色观察肝、脾组织肿瘤细胞浸润情况,PCR检测其骨髓细胞bcr-abl基因表达水平,绘制生存曲线,探讨联合用药对KCL22细胞在实验动物体内增殖能力和致病性的影响。通过以上实验,获得如下结果和结论：1 K562/G01细胞对IM耐药,联合用药IM浓度选择为3 μM。sh3-T79Y联合IM作用使K562/G01细胞克隆形成率明显降低,细胞周期阻滞在S期;瑞氏染色见凋亡小体、核聚集、核碎裂等典型凋亡现象,细胞凋亡率显著增加。结果证实：sh3-T79Y联合IM可在体外有效抑制K562/G0 1细胞增殖、促进凋亡。2 sh3-T79Y联合IM可明显抑制K562/G01细胞BCR-ABL、CrkL磷酸化水平;抑制下游信号通路p-Stat5/Stat5、p-Akt、MEK、p-Erk/Erk蛋白表达;抑制凋亡相关蛋白Bcl-2、c-Myc,增加Bax;抑制周期蛋白Cyclin-D1;同时可促进Caspase-8、Caspase-3活化,对BID没有明显影响。结果证实：sh3-T79Y联合IM用药影响K562/G01细胞增殖和凋亡的机制与调节BCR-ABL底物水平、影响下游信号通路相关蛋白及凋亡相关蛋白等有关。3 Balb/c裸鼠皮下瘤模型中PBS对照组、IM单独处理组、联合用药组成瘤率分别为100%、33.3%、16.7%。NOD-SCID小鼠CML移植瘤模型中,PBS对照组于注射细胞后约4周开始逐渐出现反应力下降、精神萎靡、股骨肌肿大、后肢骨节出血点等体征,外周血白细胞从第5周逐渐增多,计数显著升高,血涂片可见幼稚粒细胞,肝、脾组织切片及骨髓涂片可见白血病细胞浸润,骨髓细胞高表达bcr-abl融合基因,未经治疗存活约70天。sh3-T79Y联合IM处理组小鼠一般状况良好,外周血血象正常,肝脾组织病理检查未见异常变化,骨髓几乎未表达bcr-abl基因,生存时间大于90天。IM单独处理组各项观察指标结果位于PBS对照组和联合用药处理组之间。结果证实：sh3-T79Y与IM联合用药可以显著抑制KCL22细胞在小鼠体内的增殖能力,且效果明显优于单独使用IM。

关键词：慢性粒细胞白血病 BCR-ABL蛋白 sh3结构域 RIN1蛋白

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

膜结合鸟苷酸激酶蛋白质家族的结构与功能

生物化学与生物物理进展 2001年第5期28卷 605-608页

作者：朱克毅万永奇谢维东南大学医学院分子医学研究所发育遗传学实验室南京210009

MAGUKs蛋白家族成员位于细胞表面 ,通过其PDZ、sh3 、GK结构域调节离子通道受体的聚集 ,构建细胞骨架 ,参与信号转导 ,调控细胞周期进程。

关键词： MAGUKs PDZ结构域 sh3结构域 GK结构域膜结合鸟苷酸激酶 MAGUKs蛋白质功能

多肽序列优化降低c-Src蛋白靶向药物的毒性风险

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

重庆大学学报（自然科学版） 2017年第3期40卷 34-39页

作者：任彦荣王强李晓波重庆第二师范学院生物与化学工程系重庆400067 重庆第二师范学院人事处重庆400067

避免c-Src蛋白的多肽类拮抗剂与多个蛋白发生混杂性结合,对于降低抗癌药物的毒性风险具有重要作用。本研究运用生物信息学方法对氨基酸序列进行优化设计,旨在减少混杂性结合的发生。本研究综合利用各种多肽数据库和生物信息学工具,首先... 详细信息

避免c-Src蛋白的多肽类拮抗剂与多个蛋白发生混杂性结合,对于降低抗癌药物的毒性风险具有重要作用。本研究运用生物信息学方法对氨基酸序列进行优化设计,旨在减少混杂性结合的发生。本研究综合利用各种多肽数据库和生物信息学工具,首先总结了多肽分子与多个蛋白sh3结构域之间潜在的混杂性结合,并发现了其中的内在规律。随后,根据所发现的规律,对多肽的氨基酸序列进行针对性的优化设计。结果表明,大多数多肽在经过优化后,所结合的c-Src以外的蛋白数量都有所下降,从而显著提高了多肽与c-Src蛋白之间结合的特异性(P<0.05),并降低了其潜在的毒性风险。本研究所取得的结果将为设计具有高度特异性和低毒性的靶向性多肽药物提供参考。

关键词： c-Src蛋白 sh3结构域多肽混杂性结合药物毒副作用氨基酸序列