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中国抗生素杂志 2010年第6期35卷 414-420页

作者：王芳中国人民解放军第309医院北京100091

多重耐药基因岛是指细菌染色体上一段具有典型特征的基因簇,携带有多种耐药基因,决定细菌的多重耐药性。目前已发现在沙门菌属和其它菌属的细菌中携带沙门菌多重耐药基因岛1(Salmonella multi-drug resistant genomic island 1,sgi1)。... 详细信息

多重耐药基因岛是指细菌染色体上一段具有典型特征的基因簇,携带有多种耐药基因,决定细菌的多重耐药性。目前已发现在沙门菌属和其它菌属的细菌中携带沙门菌多重耐药基因岛1(Salmonella multi-drug resistant genomic island 1,sgi1)。由于sgi1上的耐药基因具有可移动性,使其在细菌多重耐药获得与传播机制的研究中具有重要意义。

关键词： sgi1 多重耐药移动原件

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一株同时携带sgi1和SXT/R391耐药基因岛的奇异变形杆菌

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疾病监测 2019年第7期34卷 614-620页

作者：肖桃鲁炳怀代航蔡红艳黄振洲王多春中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206 中日友好医院北京100029

目的分析1株人源奇异变形杆菌CA151922的2个耐药相关基因岛sgi1和SXT/R391的基因结构和耐药基因。方法聚合酶链式反应(PCR)检测sgi1和SXT/R391基因岛特异性整合酶基因,采用二代测序方法测定CA151922基因组。分别以sgi1和SXT/R391基因岛... 详细信息

目的分析1株人源奇异变形杆菌CA151922的2个耐药相关基因岛sgi1和SXT/R391的基因结构和耐药基因。方法聚合酶链式反应(PCR)检测sgi1和SXT/R391基因岛特异性整合酶基因,采用二代测序方法测定CA151922基因组。分别以sgi1和SXT/R391基因岛的参考序列,从基因组序列中提取基因岛片段并组装。在线预测并注释开放读码框(ORFs)。基因岛的同源序列通过在线工具BLASTn获得,采用cd-hit获得非冗余的同源基因,利用R语言构建同源基因的聚类进化关系树。利用微量肉汤稀释法进行耐药表型检测。结果奇异变形杆菌CA151922同时含有sgi1(sgi1-B)和SXT/R391(ICEPmi Jpn1)2个耐药相关基因岛。sgi1-B和ICEPmi Jpn1与已知序列相似性分别为97%~99%和96%~99%。sgi1-B和ICEPmi Jpn1携带的耐药基因种类有所差异,但两者携带不同的编码β-内酰胺酶的基因。CA151922为多耐药菌株,耐药达18种,与基因岛耐药基因有关的耐药表型为氨苄西林和磺胺类药物,提示菌株耐药表型不完全由该耐药岛内的耐药基因决定。结论首次在奇异变形杆菌中发现,同时携带sgi1和SXT/R391耐药相关基因岛,增加了菌株耐药的复杂性和严重性,提示应加强对多耐药菌株耐药相关基因岛的监测。

关键词： sgi1 SXT/R391 基因岛奇异变形杆菌

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变形杆菌比较基因组学分析及耐药基因岛的研究

变形杆菌比较基因组学分析及耐药基因岛的研究

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作者：肖桃中国疾病预防控制中心

学位级别：硕士

变形杆菌属是肠杆菌科细菌,是广泛分布于自然界及人和动物肠道中的条件致病菌,可引起人及动物感染,致病因子有鞭毛、菌毛、内毒素、溶血素等,奇异变形杆菌是仅次于大肠埃希菌的尿路感染的常见病原菌之一。现有10个已命名种和3个未命名... 详细信息

变形杆菌属是肠杆菌科细菌,是广泛分布于自然界及人和动物肠道中的条件致病菌,可引起人及动物感染,致病因子有鞭毛、菌毛、内毒素、溶血素等,奇异变形杆菌是仅次于大肠埃希菌的尿路感染的常见病原菌之一。现有10个已命名种和3个未命名的基因种。随着抗生素的使用甚至滥用,变形杆菌属菌株的耐药呈现日趋严重的趋势,其耐药与其携带的耐药基因岛关系密切。随着研究的深入,耐药基因岛的类型越来越多,耐药基因岛携带的耐药基因种类及型别越来越多样化。不同国家流行菌株的耐药情况各异,但都呈现日趋严重的趋势,极大限制了临床抗生素的使用。本研究对54条测序结果进行基因组比较分析,其中本实验室二代测序变形杆菌15株,NCBI代表序列39条。结果发现:(1)变形杆菌属不同种之间基因组大小接近、基因组中编码基因长度占染色体百分比主要为80%-86%,基因岛预测数量1-15个。(2)蛋白注释中含有大量的与细菌结合到宿主、逃避机体免疫反应和移动相关蛋白。(3)奇异变形杆菌特异基因数最多,普通变形杆菌次之,奇异变形杆菌在基因上与其他种差异较大。(4)变形杆菌属预测的毒力因子主要与粘附、抗吞噬和侵袭有关。奇异变形杆菌中毒力因子与其他种有明显差异,主要体现为黏附素、血凝素、含铁细胞生物合成和T6SS。(5)变形杆菌属预测的耐药机制主要为外排泵引起耐药,且都对磷霉素耐药。奇异变形杆菌耐药种类和数量最多,其次是卡氏变形杆菌和基因种6(Proteus genomosp.6,G6)。预测的主要耐药种类为氨基糖苷类、氟喹诺酮类、磺胺类和β-内酰胺类。从288株变形杆菌中,筛选到14株菌携带(4.9%)与耐药相关的沙门菌基因岛1/变形杆菌基因岛2(sgi1/PGI2),其中1株还携带SXT/R391元件;14株菌株均为奇异变形杆菌,在奇异变形杆菌中分离率达6.7%(14/210);14株变形杆菌中鉴定出3类15种基因岛型别。包括13种sgi1s(5种己知型别和3种新型别)、1种新型别的PGI2以及1种已报道的SXT/R391。4种新型别被命名为sgi1-PmCA11、sgi1-PmCA14、sgi1-PmCA46和PGI2-PmCA72。功能注释及结构分析表明,15个基因岛中检出最多的型别是sgi1-C,新型别的耐药基因簇仅dfrA14-arr-2-blaOXA-10-aadA15在奇异变形杆菌质粒中有检出。sgi1-PmCA14还携带有重金属耐受基因。sgi1-PmCA46的整合子基因簇与非变形杆菌中质粒上非连续序列相同。PGI2-PmCA72相对于PGI2在结构上存在缺失、替换、插入及翻转突变。14株菌均为多耐药菌株,耐药种类不同。基因岛携带的耐药基因赋予细菌耐药性,增强细菌的环境适应性。因此,需加强变形杆菌耐药性和耐药基因岛的持续监测,为疾病预防和临床合理用药提供依据。

关键词：变形杆菌全基因组测序比较基因组学耐药基因岛 sgi1 PGI2 SXT/R391

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奇异变形杆菌中整合子耐药基因岛分布研究

奇异变形杆菌中整合子耐药基因岛分布研究

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作者：陈善娇广东药科大学

学位级别：硕士

本课题通过对中山市肉菜市场市售鲜肉和广州市猪场环境中分离出的995株***菌株进行研究,研究这些菌株对20种抗生素药敏试验耐药性情况,以及I、II类整合子和耐药基因盒的阳性携带率情况,移动基因岛sgi1的存在结构和携带率,探究***耐药性... 详细信息

本课题通过对中山市肉菜市场市售鲜肉和广州市猪场环境中分离出的995株***菌株进行研究,研究这些菌株对20种抗生素药敏试验耐药性情况,以及I、II类整合子和耐药基因盒的阳性携带率情况,移动基因岛sgi1的存在结构和携带率,探究***耐药性与整合子-基因盒及基因岛之间的联系。通过使用K-B纸片扩散法进行细菌抗生素耐药药敏实验,利用已建立的tuf基因的变形杆菌属PCR方法检测出I、II类整合子、耐药基因盒和基因岛的阳性携带率,最后经测序、对比,推断出基因组岛sgi1的类型,实验结果如下:1.市场569株***菌株对红霉素(99.47%)、氟苯尼考(89.63%)、甲氧苄胺嘧啶(88.05%)耐药最严重,对头孢曲松(70.47%)、恩诺沙星(55.71%)、青霉素(53.08%)最敏感;猪场环境中分离的***菌株耐药情况十分严重,特别是对大环内脂类、氯霉素类、β-内酰胺类抗生素耐药最严重。2.995株***菌株I类整合子的阳性携带率为58.89%,II类整合子携带率为44.63%,I、II类整合子同时存在的有247株,阳性率为24.82%,I类整合子携带的耐药基因盒的有67株,II类整合子携带的耐药基因盒的有57株,携带的耐药基因盒与药敏试验结果耐药谱基本相符。***1的携带率为4.0%,其中来源于市场的G4a和pb19b的sgi1结构相似,携带的耐药基因盒相同,3株***携带sgi1的变异体sgi1-O和sgi1-Z,但之前已有学者发现。综上所述,995株***菌株出现耐药谱变迁情况,头孢菌素类、喹诺酮类、氨基糖苷类可以作为治疗广州市猪场治疗***菌株感染的首选药;整合子可携带多种耐药基因盒,菌株耐药表型与携带的耐药基因盒基本一致,sgi1携带率低且存在多种结构,基因岛的移动与细菌耐药的水平传播有关。

关键词：奇异变形杆菌耐药基因盒整合子 sgi1

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沙门氏菌一类基因岛研究进展

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现代食品科技 2008年第9期24卷 956-960页

作者：常彦磊石磊华南理工大学生物科学与工程学院广东广州510640 华南理工大学轻工与食品学院广东广州510640

当前,鼠伤寒沙门菌噬菌体型104(DT104)多重耐药菌株已在全球范围内扩散,该菌株对氨苄青霉素、氯霉素/氟苯尼考、链霉素、磺胺类与四环素均具有耐药性。其抗性基因位于大小为43-kb具有转移能力的沙门氏菌一类基因岛(sgi1)上,sgi1的耐药... 详细信息

当前,鼠伤寒沙门菌噬菌体型104(DT104)多重耐药菌株已在全球范围内扩散,该菌株对氨苄青霉素、氯霉素/氟苯尼考、链霉素、磺胺类与四环素均具有耐药性。其抗性基因位于大小为43-kb具有转移能力的沙门氏菌一类基因岛(sgi1)上,sgi1的耐药性分子突变体已在多种血清型中被鉴定。sgi1携带菌株可能具有更强的毒力,并且呈现出迅速扩散之势。

关键词：抗生素耐药性 DTl04 基因岛 sgi1

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