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Large‑scale transcriptomic and genomic analyses reveal a novel functional gene serpinb6 for chicken carcass traits

Journal of Animal Science and Biotechnology 2024年第4期15卷 1466-1481页

作者： Di Zhao Ranran Liu Xiaodong Tan Huimin Kang Jie Wang Zheng Ma Haiquan Zhao Hai Xiang Zhengfen Zhang Hua Li Guiping Zhao Guangdong Provincial Key Laboratory of Animal Molecular Design and Precise Breeding School of Life Science and EngineeringFoshan UniversityFoshanChina State Key Laboratory of Animal Biotech Breeding Institute of Animal SciencesChinese Academy of Agricultural SciencesBeijingChina Guangdong Tinoo’s Foods Group Co. Ltd.QingyuanChina

Background Carcass traits are crucial indicators of meat production ***,the molecular regulatory mechanisms associated with these traits remain *** In this study,we conducted comprehensive transcriptomic and genomic analyses on 399 Tiannong partridge chickens to identify key genes and variants associated with carcass traits and to elucidate the underlying regulatory *** on association analyses with the elastic net(EN)model,we identified 12 candidate genes(AMY1A,AP3B2,CEBPG,EEF2,EIF4EBP1,FGFR1,FOXD3,GOLM1,LOC107052698,PABPC1,serpinb6 and TBC1D16)for 4 carcass-related traits,namely live weight,dressed weight,eviscerated weight,and breast muscle ***6 was identified as the only overlapping gene by 3 analyses,EN model analysis,weighted gene co-expression network analysis and differential expression ***-level experiments confirmed that serpinb6 promotes the proliferation of chicken DF1 cells and primary *** expression genome-wide association study and association analysis indicated that rs317934171 is the critical site that enhances serpinb6 ***,a dual-luciferase reporter assay proved that gga-miR-1615 targets the 3′UTR of *** Collectively,our findings reveal that serpinb6 serves as a novel gene for chicken carcass traits by promoting fibroblast and myoblast ***,the downstream variant rs317934171 regulates serpinb6 *** results identify a new target gene and molecular marker for the molecular mechanisms of chicken carcass traits.

关键词： Carcass traits Chicken Genome serpinb6 Transcriptome

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serpinb6基因表达降低对CNE-1细胞增殖、侵袭及迁移的影响

SERPINB6基因表达降低对CNE-1细胞增殖、侵袭及迁移的影响

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作者：万俊南华大学

学位级别：硕士

目的:本课题的研究目的在于通过干扰serpinb6基因在鼻咽癌CNE-1细胞中的表达,然后观察该基因表达降低对CNE-1细胞增殖、侵袭及迁移的影响,以及对肿瘤转移蛋白MMP-2活性的影响,并分析它的表达降低在鼻咽癌发生发展过程中的作用,进一步揭... 详细信息

目的:本课题的研究目的在于通过干扰serpinb6基因在鼻咽癌CNE-1细胞中的表达,然后观察该基因表达降低对CNE-1细胞增殖、侵袭及迁移的影响,以及对肿瘤转移蛋白MMP-2活性的影响,并分析它的表达降低在鼻咽癌发生发展过程中的作用,进一步揭示鼻咽癌的发病机制,为临床诊断提供理论依据,也为以serpinb6作为潜在靶点的NPC基因治疗提供实验依据。方法:1.采用人鼻咽癌CNE-1细胞株作为研究对象进行细胞培养,首先进行预实验,预实验分五组:mock组(空白组A)、N.C-siRNA组(阴性对照组B)和siRNA-SERPNB6-1组(实验组C)、siRNA-serpinb6-2 组(实验组 D)、siRNA-serpinb6-3 组(实验组E).2.通过使用普通siRNA经济型套餐,对CNE-1细胞进行serpinb6的转染小干扰,检测转染率(NC-FAM);实时荧光定量PCR(RT-PCR)检测5组细胞中serpinb6的表达情况,并筛选出干扰效果最佳一组,作为后续的正式实验。3.正式实验分三组:mock组(空白组A)、N.C-siRNA组(阴性对照组B)和siRNA-serpinb6组(实验组C,干扰最佳)。MTT法检测被干扰后的serpinb6对NPCCNE-1细胞增殖活性的影响;划痕实验检测被干扰后的serpinb6对NPCCNE-1细胞迁移能力的影响;Transwell侵袭实验检测被干扰后的serpinb6对NPCCNE-1.细胞侵袭能力的影响。***检测肿瘤转移相关蛋白MPP-2的表达情况。结果:1.在预实验中,转染siRNA后,RT-PCR法检测实验组CDE的serpinb6相对表达量比阴性对照组和空白组明显下降(Pserpinb6,故后续实验采用实验组C的siRNA3 序列。2.在正式实验中,每隔24小时用MTT法检测实验组的增殖速度分别是 0.184±0.017、0.278土0.019、0.389±0.023,较阴性对照组和空白组细胞生长增大明显。(P6能够抑制CNE-1细胞的增殖、迁移和侵袭,可为基因治疗提供新的靶点依据。2.外源性转染si-serpinb6促进CNE-1细胞的迁移与侵袭,肿瘤转移蛋白MMP-2的活化表达水平升高,serpinb6可能是通过介导MMPS活化参与CNE-1细胞的转移调节。

关键词： NPC serpinb6 CNE-1 细胞 MMP-2

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基于转录组鉴定天农麻鸡胴体性状关键基因

基于转录组鉴定天农麻鸡胴体性状关键基因

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作者：赵迪佛山科学技术学院

学位级别：硕士

胴体性状是畜禽产肉效率的重要指标,是由微效多基因调控的复杂性状,具有中高遗传力。目前关于肉鸡胴体性状遗传基础的研究相对较少,其候选基因仍有待进一步挖掘。本研究以上市日龄天农麻母鸡为试验素材,基于转录组表达谱筛选胴体性状的... 详细信息

胴体性状是畜禽产肉效率的重要指标,是由微效多基因调控的复杂性状,具有中高遗传力。目前关于肉鸡胴体性状遗传基础的研究相对较少,其候选基因仍有待进一步挖掘。本研究以上市日龄天农麻母鸡为试验素材,基于转录组表达谱筛选胴体性状的关键基因,结合表达量与全基因组重测序鉴定关键位点,为阐明影响肉鸡胴体性状的关键功能基因和变异位点提供参考。试验一:利用转录组表达谱筛选胴体性状关键基因。以399只126日龄天农麻母鸡为研究对象,测定活重、屠体重(率)、全净膛重(率)等7个性状,采集胸肌组织进行转录组测序。通过关联分析(线性混合模型、套索算法、弹性网络和岭回归)、加权基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA)和差异表达分析筛选到全净膛重性状的关键基因丝氨酸蛋白酶抑制剂家族B成员6(Serpin family B member 6,serpinb6),全净膛率性状的关键基因ANTXR1、COL18A1、FBLN1、HHIP和OGN,通路富集分析进一步筛选到TGF-β信号通路等,这6个关键基因和通路与肌肉、骨骼生长发育显著相关。试验二:不同群体验证关键基因差异表达。基于天农麻鸡胴体性状高低组(50:50)分析发现serpinb6等5个关键基因极显著差异表达(Pserpinb6基因差异表达。当比较不同群体上市日龄全净膛重和基因表达量时,黄羽肉鸡全净膛重极显著低于白羽肉鸡,黄羽肉鸡表达量也极显著低于白羽肉鸡。该基因可作为影响全净膛重的关键基因。试验三:全净膛重性状关键基因的eQTL分析。对试验群体进行全基因组重测序,利用serpinb6基因的m RNA表达量进行eQTL分析,并提取该关键基因的全部SNP与胴体表型进行关联分析,均鉴定到2个SNPs(rs317934171和rs14200392)对全净膛重有显著影响,分别能解释遗传变异的2.09%和1.91%。仅rs317934171位点转录因子结合发生变化,且预测到gga-mi R-1615作用于该位点。进一步利用双荧光素酶报告系统检测到该位点显著增强serpinb6基因的启动子活性,表明rs317934171可作为影响全净膛重的关键变异位点。综上所述,通过转录组的差异表达分析和eQTL分析等,鉴定到全净膛重关键基因serpinb6,以及基因3'UTR区域与转录因子Adf-1结合的rs317934171位点,该位点显著增强启动子活性。

关键词：天农麻鸡全净膛重 serpinb6 eQTL

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