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海南雷公笋的scot-PCR体系优化及有效引物筛选

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安徽农业科学 2024年第8期52卷 95-99页

作者：孙秀秀王春梅陈加利夏腾飞冯依欣郑道君海南省农业科学院三亚研究院海南三亚572025 海南省农业科学院热带园艺研究所/国家种质资源澄迈观测实验站/海南省农业科学院海南省热带特种经济植物种质资源创新利用重点实验室海南海口571100

[目的]分析DNA、引物,dNTPs、Taq DNA聚合酶4种因素对雷公笋scot-PCR扩增结果的影响,通过最优的scot-PCR反应体系筛选多态性引物,为雷公笋种质资源分子标记研究提供条件。[方法]以海南雷公笋为材料,采用单因素试验和正交试验方法。[结果... 详细信息

[目的]分析DNA、引物,dNTPs、Taq DNA聚合酶4种因素对雷公笋scot-PCR扩增结果的影响,通过最优的scot-PCR反应体系筛选多态性引物,为雷公笋种质资源分子标记研究提供条件。[方法]以海南雷公笋为材料,采用单因素试验和正交试验方法。[结果]Taq酶对雷公笋scot-PCR扩增的影响最大,其次是模板DNA和dNTPs,最后是引物;最优反应体系为20μL体系中40 ng DNA,0.30μmol/L引物,0.25 mmol/L dNTPs,3.00 U Taq酶。经验证,该体系获得的扩增产物清晰稳定;应用该体系从40条scot引物筛选出8条多态性好,且适合雷公笋扩增的引物,多态性条带占62.64%。[结论]该研究为使用scot分子标记技术对雷公笋开展深入研究提供了重要的理论基础和技术支持。

关键词：雷公笋 scot 反应体系优化有效性引物

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算法何以生成?

新闻与传播

川西北高原短芒型老芒麦种质形态变异及遗传亲缘关系分析

新闻与传播 2024年第5期

作者：何晶李瑛琦

秉持社会建构论的技术观，论文以scot分析框架对中国互联网平台企业的算法生产行为予以考察，以图揭开算法生产的“黑箱”，赋予算法规制来自底层和细节的观照。研究发现，算法的技术细节构成算法黑箱的坚硬内核，这一内核存在的原因在... 详细信息

秉持社会建构论的技术观，论文以scot分析框架对中国互联网平台企业的算法生产行为予以考察，以图揭开算法生产的“黑箱”，赋予算法规制来自底层和细节的观照。研究发现，算法的技术细节构成算法黑箱的坚硬内核，这一内核存在的原因在于算法生产在社会实践层面的复杂性。缺少自主权的算法工程师与起主导作用的产品经理、作为末端反馈的运营人员共同组成算法生产的内部闭环；社会“连接”的需求、资本的驱动和政府的规制作为整体性的外部技术框架决定了算法生产内部闭环的技术结束机制和稳定化过程。产品经理驱动逻辑、资本主导逻辑和单一的规制手段构成中国语境下算法生产的独特性。由此，对于算法的规制有必要关注微观层面上算法生产不同环节从业者的职业伦理和主体性建设，以及在平抑资本力量的同时撬动用户对于算法的反制力量。

关键词：算法生产互联网平台企业 scot 算法规制

来源：人大复印报刊资料评论

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人大复印报刊资料

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草地学报 2023年第9期31卷 2787-2795页

作者：余静菠陈仕勇桑杰多吉张昌兵叶莉姬文琴李进西南民族大学青藏高原研究院四川成都610041 西南民族大学畜牧兽医学院四川成都610041 四川省阿坝州林业和草原局四川马尔康62400 四川省草原科学研究院四川成都611731

本研究开展了短芒型老芒麦(Elymus sibiricus L.)种质的筛选和综合评价,以筛选优质种质。基于55个形态学指标和scot分子标记对川西北地区24份短芒型老芒麦种质以及两份老芒麦对照材料进行形态变异及遗传亲缘关系分析。形态学指标在26份... 详细信息

本研究开展了短芒型老芒麦(Elymus sibiricus L.)种质的筛选和综合评价,以筛选优质种质。基于55个形态学指标和scot分子标记对川西北地区24份短芒型老芒麦种质以及两份老芒麦对照材料进行形态变异及遗传亲缘关系分析。形态学指标在26份材料之间表现出丰富的遗传多样性,Shannon-Wiener’s多样性指数(H)范围为0.66~2.01;变异系数(CV)范围为4.62%~45.93%,聚类分析将26份老芒麦资源分为5个大类。基于scot分子标记,共扩增出多态性条带96条,多态性比率为67.61%。平均有效等位基因数为1.46,平均Nei’s基因多样性指数为0.27,平均Shannon’ s多样性指数为0.38,供试材料的DICE遗传相似性系数为0.67~0.87。通过遗传相似系数的聚类分析,可将26份材料分为四大类。群体遗传结构分析将供试材料划分为两个类群,Q2类群来源单一,Q1类群拥有混合来源。Esdm24,Esdm6,Esdm22这3份种质的芒等相关性状具有优异的性状,可以作为短芒型老芒麦的选育的后备材料。

关键词：老芒麦短芒型形态变异 scot 聚类分析遗传亲缘关系

香水柠檬×白花柠檬群体子代表型及遗传变异分析

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果树学报 2022年第2期39卷 169-183页

作者：葛聪聪王亚娜李鸾翔张艺琴袁小迈黄桂香植物科学国家级实验教学示范中心·广西大学农学院南宁530004

【目的】利用简单重复序列标记(simple sequence repeats,SSR)和目标起始密码子多态性(start codon targeted polymorphism,scot)标记和表型性状分析探究香水柠檬×白花柠檬群体子代遗传多样性,为后续柠檬遗传连锁图谱构建、数量性状座... 详细信息

【目的】利用简单重复序列标记(simple sequence repeats,SSR)和目标起始密码子多态性(start codon targeted polymorphism,scot)标记和表型性状分析探究香水柠檬×白花柠檬群体子代遗传多样性,为后续柠檬遗传连锁图谱构建、数量性状座位(quantitative trait locus,QTL)定位及遗传育种提供参考。【方法】对香水柠檬×白花柠檬群体子代的叶、花和果等15个表型性状进行观测描述,并结合SSR和scot标记,通过遗传多样性参数、相关性分析和非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类分析等方法进行遗传多样性分析。【结果】香水柠檬×白花柠檬群体子代表型性状遗传变异丰富,变异系数为9.76%~45.37%,其中单果质量变异系数最大;叶形指数、果形指数、单果质量等13个性状在杂种后代中符合数量性状遗传特点,各性状中均存在一定比例超亲个体;嫩叶色和花色性状分离广泛;叶、花和果实之间存在多对性状呈极显著或显著相关。20对SSR标记扩增出57个等位基因位点,多态性为100%;11个scot标记共检测到49个等位基因位点,多态性位点35个,占71.43%。基于SSR和scot标记得到的基因多样性指数均值分别为0.460 9和0.158 3,这2个标记在杂种群体间的Nei’s遗传距离均值分别为0.247 7和0.176 2;聚类结果显示,在遗传距离小于0.1时,2个标记均表现出较少杂种后代与亲本聚为一组,单株间变异丰富;Mantel检验显示,SSR和scot标记在杂种群体的遗传距离相关性不显著(r=0.302 1,p=1.000)。【结论】香水柠檬×白花柠檬群体子代表型性状分离广泛,杂种群体内存在一定的基因重组,遗传多样性丰富。

关键词：柠檬杂种群体 SSR scot 表型性状遗传多样性

Inter-and Intra-specific Genetic Diversity in Diospyros Using scot and IRAP Markers

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Horticultural Plant Journal 2020年第2期6卷 71-80页

作者： Changfei Guan Sadaruddin Chachar Pingxian Zhang Chaoqiong Hu RenziWang Yong Yang State Key Laboratory of Crop Stress Biology for Arid Areas College of HorticultureNorthwest A&F UniversityYanglingShaanxi 712100China Biotechnology Research Institute Chinese Academy of Agricultural SciencesBeijing 100081China

The genus Diospyros contains more than 500 species, among them persimmon(Diospyros kaki Thunb.) is the most economically important species. However, the inter-and intra-specific genetic diversity remains unknown due to historic cultivation, domestication and introduction in different regions of China. In this study, we investigated the genetic diversity and relationship among 268 Diospyros accessions from different regions in China using start codon-targeted(SCo T) and inter-retrotransposon-amplified polymorphism(IRAP) markers. Among 268 samples,232 accessions were D. kaki varieties and 36 were closely related species, that is, D. lotus(21), D. glaucifolia(1), D. virginiana(5), D. kaki Thunb.var. silvestris(3), D. oleifera(5) and D. deyangnsis(1). In our study, a total of 90 and 97 polymorphic alleles were obtained from nine SCo T and nine IRAP markers, respectively, and these markers displayed rich polymorphisms for evaluation of the genetic diversity among 268 samples. A study on the relationship, genetic structure and analysis of molecular variance(AMOVA) showed that inter-and intra-specific gene exchanges were frequent among/within the samples from five regions. Moreover, the genetic distance between the Southwest China(SWC) and the other regions was relatively far;the samples from North China(NC), East China(EC), South and Central China(SCC), Northwest China(NWC) regions had a relatively close relationship. The unweighted pair group method with arithmetic means(UPGMA) and population structure analysis indicated that persimmons within geographic regions were clustered together, which revealed that the samples from various regions exhibited gene exchange, and the geographical proximity of persimmons resulted in a more frequent exchange. In addition, the persimmon had a close relationship with D. kaki var. silvestris, D. deyangnsis and D. oleifera species, and exhibited a far distance with respect to D. virginiana. These SCo T and IRAP markers will be helpful for understanding of the inter-and intra-specific ge

关键词： persimmon diospyros genetic diversity population structure different regions scot IRAP

数字新闻学研究的科学技术学路径——基于行动者网络理论和技术的社会建构理论视角

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新闻界 2022年第7期 4-11,23页

作者：李玉媛佘文斌安徽大学新闻传播学院安徽合肥230601

智能化的信息传播技术催生了全球数字新闻业的兴起,新闻行动者网络的边界大为拓展。重新认识媒介的技术面向,分析新闻行动者网络中的异质性行动者以及物质敏感性等成为当下数字新闻研究的核心。科学技术学领域中的行动者网络理论和技术... 详细信息

智能化的信息传播技术催生了全球数字新闻业的兴起,新闻行动者网络的边界大为拓展。重新认识媒介的技术面向,分析新闻行动者网络中的异质性行动者以及物质敏感性等成为当下数字新闻研究的核心。科学技术学领域中的行动者网络理论和技术的社会建构理论能启发新闻学界打开数字技术的黑箱,以揭示多元新闻主体共同生产的底层逻辑,并促进诠释社群形成随机且持续的社会技术想象,以一种总体层面的方法论共同推动数字新闻学研究范式的发展。

关键词：数字新闻 STS ANT scot 民族志

基于scot分子标记的苇状羊茅品种遗传关系及指纹图谱分析

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中国草地学报 2023年第5期45卷 1-8页

作者：赵旭陈仕勇余静菠张慧丽关皓周青平西南民族大学青藏高原研究院四川成都610041 西南民族大学畜牧兽医学院四川成都610041

采用目标起始密码子多态性标记(scot)对13个苇状羊茅品种进行遗传多样性、遗传结构及指纹图谱分析,以期为苇状羊茅种质资源鉴定、野生种质资源驯化及新品种培育提供理论依据。从80个scot引物中筛选出多态性较好、条带清晰且重复性高的引... 详细信息

采用目标起始密码子多态性标记(scot)对13个苇状羊茅品种进行遗传多样性、遗传结构及指纹图谱分析,以期为苇状羊茅种质资源鉴定、野生种质资源驯化及新品种培育提供理论依据。从80个scot引物中筛选出多态性较好、条带清晰且重复性高的引物15个进行扩增,13个苇状羊茅品种共扩增出181条条带,平均每个引物扩增12.07条。其中,多态性条带共176条,不同引物扩增的多态性条带数在7~16条之间,平均每个引物扩增多态性条带为11.73条,多态性条带比率(PPB)为97.24%;有效等位基因数范围在1.311~1.642之间,平均为1.511;基因多样性指数范围在0.184~0.357之间,平均为0.294;Shannon指数范围在0.276~0.518之间,平均为0.435。供试的13个品种间的遗传距离在0.0444~0.1401之间,平均值为0.1003;基于遗传距离的UPGMA聚类分析可将13个品种分为两类,与遗传结构分析结果一致。分子方差分析结果表明,总的遗传变异中有14%发生在品种间,有86%发生在品种内。引物scot10、scot56、scot80可以完全区分供试苇状羊茅品种,采用scot10引物扩增出的7个多态性位点成功构建了13个苇状羊茅品种的指纹图谱。

关键词：苇状羊茅 scot 指纹图谱亲缘关系

青钱柳种质资源scot分子标记遗传多样性分析

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世界科学技术-中医药现代化 2022年第7期24卷 2732-2739页

作者：田慧陈宏夏黄勇封毅曾昭清梁雪叶盛连潘小姣广西中医药大学药学院南宁530200

目的采用scot分子标记技术评价青钱柳的遗传多样性。方法采集广西、湖南、湖北、江西、安徽和贵州6省22个居群共176份样本,对不同居群青钱柳的遗传多样性进行研究。结果筛选出了5条引物,并对176个样品进行PCR扩增,扩增出总条带数69条,... 详细信息

目的采用scot分子标记技术评价青钱柳的遗传多样性。方法采集广西、湖南、湖北、江西、安徽和贵州6省22个居群共176份样本,对不同居群青钱柳的遗传多样性进行研究。结果筛选出了5条引物,并对176个样品进行PCR扩增,扩增出总条带数69条,其中多态性条带数69条,多态性百分比(PPB)为100%。有效等位基因(Ne)为1.4912,Nei′s基因多样性指数(H)为0.3017,Shannon′s信息指数(Ⅰ)为0.4662,种质间基因分化系数(Gst)为0.3742,基因流(Nm)为0.8362。NTSYS聚类分析结果表明,地域和种质是影响青钱柳样品间遗传相似度的重要因素,同一种质、同一地域的样品亲缘关系更为接近。结论不同的青钱柳居群遗传多样性丰富,其中广西桂林全州县野生和广西柳州三江县栽培的遗传多样性最高,具有很高的进化潜力。地域和种质(野生或栽培)是影响青钱柳各居群间亲缘关系的重要因素,除此之外,还有海拔、土壤、气候、水质、光照、甚至微生物等因素互相叠加,共同对青钱柳产生影响,从而造成青钱柳种质资源的遗传多样性复杂多样。该结果为青钱柳良种选育及质量评价提供科学依据。

关键词：青钱柳种质资源 scot 遗传多样性

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红花scot-PCR反应体系的建立与优化

分子植物育种 2022年第3期20卷 895-901页

作者：刘新梅梁慧珍许兰杰余永亮杨红旗谭政委董薇李磊肖爱利郑州大学生命科学学院郑州450002 河南省农业科学院芝麻研究中心郑州450002 河南省农业技术推广总站郑州450002

为构建红花最佳扩增体系,为以后研究红花遗传多样性和目的基因标记提供了科学依据。本研究采用L_(16)(4^(5))正交试验和单因素试验相结合的方法对红花scot-PCR反应体系中的引物,DNA、dNTPs、PCR Buffer (含Mg^(2+))、Taq DNA聚合酶进行... 详细信息

为构建红花最佳扩增体系,为以后研究红花遗传多样性和目的基因标记提供了科学依据。本研究采用L_(16)(4^(5))正交试验和单因素试验相结合的方法对红花scot-PCR反应体系中的引物,DNA、dNTPs、PCR Buffer (含Mg^(2+))、Taq DNA聚合酶进行优化,每个因素都设为四水平。结果表明,五个影响因素中dNTPs的影响最大,红花最佳反应体系为引物0.6 mmol/L,DNA 60 ng,dNTPs 0.25 mmol/L,Taq DNA聚合酶1.5 U,PCR Buffer (含Mg^(2+)) 2μL,ddH_(2)O补足至20μL。选用引物S15对八种红花资源对扩增体系进行验证,结果显示扩增条带清晰,多态性好,表明该体系适合红花分子标记研究。

关键词： scot 体系优化红花(Carthamus tinctorius)