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Performance Evaluation of Real Time Polymerase Reaction Assay (scoda) for Detection of SARS-CoV-2

Advances in Infectious Diseases 2023年第1期13卷 21-30页

作者： Joseph Ojonugwa Shaibu Chika Kingsley Onwuamah Azuka Patrick Okwuraiwe Rahaman A. Ahmed Akeeb O. Bola Oyefolu Babatunde Lawal Salako Rosemary Ajuma Audu Centre for Human Virology and Genomics Nigerian Institute of Medical Research Lagos Nigeria Department of Microbiology Lagos State University Ojo Nigeria Nigerian Institute of Medical Research (NIMR) Lagos Nigeria

In order to robustly detect and quantify gene expression from small amounts of RNA, amplification of the gene transcript is necessary. Real Time PCR is useful for detection and quantification of genetic constitution of pathogens. This technique amplifies a tiny DNA target million or billion times in such a way that it can be easily studied by scientists. Availability of highly sensitive and specific assay for the detection of SARS-Cov-2 and easy accessibility of such was necessary for early diagnosis and effective management of COVID-19 infection. The aim of this study was to evaluate the performance characteristic of scoda. Validation of scoda was performed using synthesized standards and clinical samples previously tested using a commercially approved COVID-19 RT-qPCR detection kit (LifeRiver). The assay showed a linearity of 98.2% on the ORF1ab target and 99.8% on the N-gene target. The sensitivity and specificity were both 100%. Analysis for the LoD95 produced 74.04 (CI: 25 - 1000) cp/μl on ORF1ab gene and 1.119 (CI: 1 - 1) cp/μl on N-gene target with a precision of CV ≤ 3%. scoda showed high comparable performance in comparison with LifeRiver and other commercial COVID-19 RT-qPCR test kits.

关键词： SARS-CoV-2 RT-qPCR Sensitivity Specificity scoda Performance

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scoda技术和磁珠法对法医生物检材抑制物去除效果比较

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刑事技术 2017年第6期42卷 463-466页

作者：张敏李甫彦萌靳小攀焦章平北京市东城区公安司法鉴定中心北京100061 北京瑞源文德科技有限公司北京100176 北京市公安司法鉴定中心北京100192

目的比较scoda技术和磁珠法对法医物证常见PCR抑制物腐植酸和黑色素的去除效果。方法将腐植酸溶液和黑色素溶液分别与两份直径为1mm的血片混合制成模拟DNA样本,采用Global Filer?试剂盒进行STR分析,比较添加较高浓度腐植酸(600μg)和黑... 详细信息

目的比较scoda技术和磁珠法对法医物证常见PCR抑制物腐植酸和黑色素的去除效果。方法将腐植酸溶液和黑色素溶液分别与两份直径为1mm的血片混合制成模拟DNA样本,采用Global Filer?试剂盒进行STR分析,比较添加较高浓度腐植酸(600μg)和黑色素(200μg)而分别经基于scoda技术的Aurora核酸纯化系统和基于磁珠法的Auto Mate Express TM自动化提取仪纯化处理的两种方法的效果,通过检出STR分型的完整性进行评估。结果含有腐植酸(600μg)和黑色素(200μg)的模拟DNA样本,经Aurora核酸纯化系统纯化后可检出所有基因座的等位基因,而经Auto Mate Express TM自动化提取仪纯化后则未检出等位基因。结论scoda技术对较高浓度的PCR抑制物腐植酸和黑色素具有更好的去除效果。

关键词：法医物证学 scoda STR分型 PCR抑制物

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疑难生物检材DNA的检验探究

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现代养生 2017年第20期 248-249页

作者：刘鑫山东警察学院

疑难生物检材根据类型的不同可分为微量DNA检材,DNA降解检材,DNA抑制剂含量超高的检材以及混合DNA检材。本文对这四种常见的疑难生物检材DNA的检验方法进行了探究,并介绍了一种新的用在DNA抑制剂含量超高的检材中的scoda电泳提取纯化技术。

关键词：疑难生物检材 DNA微量检材降解DNA检材 DNA抑制剂含量超高的检材 scoda

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