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Detection and characterization of Hepatitis E virus from commercial rabbit livers in Hebei, China

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Journal of Integrative Agriculture 2021年第12期20卷 3270-3276页

作者： XIAO Peng TIAN Ji-jing MAO Jing-jing GUO Zhao-jie ZHAO Yue LIU Tian-long CHEN Jian WANG Tong-tong MA Long-huan SHE Rui-ping Laboratory of Animal Pathology and Public Health/Key Laboratory of Zoonosis of Ministry of Agriculture and Rural Affairs College of Veterinary MedicineChina Agricultural UniversityBeijing 100193P.R.China Shanghai InnoStar Bio-Tech Co. Shanghai 201203P.R.China Institute of Laboratory Animal Science Jinan UniversityGuangzhou 510632P.R.China

Rabbit hepatitis E virus(HEV)has been reported for years and is thought to have the potential for zoonotic transmission from rabbits to *** reported,HEV genotype 3(gt3)is the most prevalent form of HEV in *** determine the prevalence of HEV in commercial rabbit livers,176 liver samples were collected from an abattoir in Hebei Province,***(1.7%)samples tested positive for RNA of HEV-0RF2(open reading frames-2).Sequence analysis showed that the three isolates shared high identities with each other(94.08-98.85%).Further analysis showed that all the rabbit strains clustered together in the branch of HEV *** study by immunohistochemistry(IHC)assays showed that 131(74.4%)liver samples were positive for HEV ORF2 *** changes including cell degeneration,inflammatory cell infiltration and bile duct epithelial cell hyperplasia were observed under *** findings indicated the presence of HEV in commercial livers of *** studies should be conducted to investigate the infectivity of rabbit HEV(rHEV)and the potential risks of zoonotic transmission of rHEV from rabbits to human beings.

关键词： hepatitis E virus IHC rt-npcr commercial rabbits livers

江西部分地区猪粪便戊型肝炎病毒核酸检测及序列分析

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中国兽医杂志 2009年第1期45卷 12-14页

作者：谢宝东何后军潘金发江西农业大学动物科技学院江西南昌330045 宝鸡市动物疫病预防与控制中心陕西宝鸡721001

采集江西省A猪场2-3月龄猪粪便40份,B猪场2-3月龄猪粪便40份,利用反转录套式聚合酶链方法（rt-npcr）,检测戊型肝炎病毒（hepatitis E virus,HEV）RNA,结果表明,A猪场7份样品为阳性,阳性率17.5%。B猪场10份样品为阳性,阳性率25.0%。总... 详细信息

采集江西省A猪场2-3月龄猪粪便40份,B猪场2-3月龄猪粪便40份,利用反转录套式聚合酶链方法（rt-npcr）,检测戊型肝炎病毒（hepatitis E virus,HEV）RNA,结果表明,A猪场7份样品为阳性,阳性率17.5%。B猪场10份样品为阳性,阳性率25.0%。总阳性率21.3%。对4份PCR扩增阳性产物进行纯化并测序,利用生物学软件进行序列分析和进化树绘制,4个分离株ORF2 348 bp同源性为92.1%-97.5%,为同一基因型,与HEV1、HEV2、HEV3同源性分别为70.7%-77.4%、72.5%-75.7%和71.6%-76.8%,与HEV4型的同源性79.2%-83.9%。4个分离株与HEV4型的代表株T1在同一分支上,属基因4型。与中国大陆6株猪源HEV比较,同源性为79.0%-87.3%,提示中国大陆猪源HEV的基因型比较一致,同属HEV 4型。

关键词：戊型肝炎病毒 rt-npcr 基因型

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戊型肝炎患者病毒血症的研究

中华预防医学杂志 1997年第6期31卷 352-354页

作者：阮冰马亦林庄辉朱晓洁干梦九马伟杭范骏陈晓明浙江医科大学附属第一医院传染病科北京医科大学微生物学系

为了更全面地了解戊型肝炎病毒（ＨＥＶ）的感染过程，从ＨＥＶ开放读框１（ＯＲＦ１）区设计两对寡核苷酸引物，建立逆转录－套式聚合酶链反应（ＲＴ－ｎＰＣＲ），对６２例戊型肝炎患者发病后５３１份血清进行ＨＥＶＲＮＡ检测。结果... 详细信息

为了更全面地了解戊型肝炎病毒（ＨＥＶ）的感染过程，从ＨＥＶ开放读框１（ＯＲＦ１）区设计两对寡核苷酸引物，建立逆转录－套式聚合酶链反应（ＲＴ－ｎＰＣＲ），对６２例戊型肝炎患者发病后５３１份血清进行ＨＥＶＲＮＡ检测。结果显示，阳性患者占７１％。全程随访３２例患者２８８份系列血清，发现阳性２４例（７５％），其阳性率随病程延长而下降，平均持续时间为发病后２０．６天。观察４４例血清ＨＥＶＲＮＡ阳性患者，有３６例（８１．８％）在血清转氨酶和总胆红素水平开始回落时仍呈阳性；３９例（８８．６％）同时检测到抗－ＨＥＶ。ＨＥＶ血症的阳性率及阳性持续时间与血清转氨酶。

关键词：戊型肝炎病毒血症聚合酶链反应 rt-npcr

新疆羊粪便戊型肝炎病毒RNA的检测与序列分析

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微生物学报 2010年第7期50卷 937-941页

作者：王永霞马勋石河子大学动物科技学院石河子832003

【目的】为了了解新疆地区羊群中是否存在戊型肝炎的感染,我们从戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)IgG检测阳性的新疆某羊场采集54份1-3岁的羊粪便,【方法】利用逆转录套式聚合酶链方法(rt-npcr),检测HEVRNA,其中6份为阳性,阳性率11.... 详细信息

【目的】为了了解新疆地区羊群中是否存在戊型肝炎的感染,我们从戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)IgG检测阳性的新疆某羊场采集54份1-3岁的羊粪便,【方法】利用逆转录套式聚合酶链方法(rt-npcr),检测HEVRNA,其中6份为阳性,阳性率11.11%。【结果】将PCR扩增产物克隆,测序并进行序列分析,结果表明,6株羊源HEV检测株在HEV ORF2 189bp 99.38%-100%,为同一基因型;与HEVⅠ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型的同源性分别为78.67%-85.33%、81.33%-82.67%、78.67%-84.00%和84.67%-95.36%,与Ⅳ型最高同源性达94.04%-95.36%。以该189bp片段绘制进化树,发现与新疆牛源分离株、中国大陆猪源分离株(FJ610232)和中国大陆人源分离株(AJ272108)在同一分枝上,同属基因Ⅳ型;【结论】提示新疆羊群中可能存在HEV感染,并且羊可能是人类HEV传染源中除猪之外的新宿主。

关键词：戊型肝炎病毒基因型 rt-npcr 羊

猪瘟病毒实时荧光定量rt-PCR的建立及其对人工感染猪体内猪瘟病毒的检测

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畜牧兽医学报 2007年第7期38卷 685-693页

作者：赵建军成丹李娜史子学孙元赵和平朱庆虎涂长春仇华吉中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室猪传染病研究室哈尔滨150001 军事医学科学院军事兽医研究所长春130062

本研究应用猪瘟病毒通用引物和野毒特异性TaqMan探针,并以质粒作为阳性标准品,结合Corbett公司的RotorGene3000荧光定量PCR仪,建立了一种敏感、特异、重复性好的快速检测猪瘟病毒核酸载量的TaqMan荧光定量rt-PCR方法。该方法在10^8-10^... 详细信息

本研究应用猪瘟病毒通用引物和野毒特异性TaqMan探针,并以质粒作为阳性标准品,结合Corbett公司的RotorGene3000荧光定量PCR仪,建立了一种敏感、特异、重复性好的快速检测猪瘟病毒核酸载量的TaqMan荧光定量rt-PCR方法。该方法在10^8-10^1范围内具有良好的线性关系,可检测到初始模板中10拷贝/μL的病毒核酸,与本实验室建立的rt-套式PCR（rt-npcr）具有相近的敏感性,二者对152份不同样品检测符合率达94.7%。应用本方法对人工感染10^6TCID50猪瘟石门强毒的猪只感染后0-14 d全血中猪瘟病毒RNA进行了定量检测,揭示了猪瘟病毒在猪体内复制的动态变化,证实了感染猪临床表现与病毒滴度存在明显的时间相关性。此外发现,在同居感染猪出现猪瘟临床症状前3-4 d可从其全血中检出病毒RNA。

关键词：猪瘟病毒荧光定量rt-PCR TaqMan荧光探针 rt-npcr

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猪源戊型肝炎病毒上海株全基因组序列分析

中国人兽共患病学报 2009年第2期25卷 165-168页

作者：曾容愚刘佩红周锦萍张维谊张苏华陆承平上海市动物疫病预防控制中心上海201103 南京农业大学南京200095

目的分析猪源戊型肝炎病毒(HEV)上海株swChinash与已知其它HEV基因型的差异和人源HEV的关系。方法设计22对PCR引物,分片段进行扩增,两末端采用快速扩增方法(RACE)扩增,扩增产物克隆到pMD18-T载体并测序,用DNASTAR软件与53株人源和猪源HE... 详细信息

目的分析猪源戊型肝炎病毒(HEV)上海株swChinash与已知其它HEV基因型的差异和人源HEV的关系。方法设计22对PCR引物,分片段进行扩增,两末端采用快速扩增方法(RACE)扩增,扩增产物克隆到pMD18-T载体并测序,用DNASTAR软件与53株人源和猪源HEV的基因组进行同源性分析,用Clustalx和Mega3.0软件绘制基因进化树。结果swChinash全序列除去poly(A)尾,由7235个核苷酸组成,ORF1～3分别编码1707,660,122个氨基酸。全基因序列与Ⅳ型的核苷酸同源性为83.4%～84.7%,与其他三型为73.3%～76.3%,其中与中国人源长春株最高,为84.7%。结论基于ORF1～3和全长基因组的进化树,猪源HEV上海株swChinash属于基因Ⅳ型,与其他Ⅳ型HEV亲缘关系较远,单独在一个进化分支上。

关键词：戊型肝炎病毒 rt-npcr 序列分析基因型

O型、A型及Asia1型3个型口蹄疫病毒通用套式rt-PCR检测方法的建立

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中国预防兽医学报 2014年第10期36卷 784-787页

作者：李金海李兴玉曹三杰陈斌文心田张毅四川省动物疫病预防控制中心四川成都610041 四川农业大学动物医学学院/猪病研究中心四川雅安625014 四川省畜牧科学研究院四川成都610066 不详

为了建立针对流行于我国及周边国家主要口蹄疫病毒(FMDV)血清型的检测方法,本实验设计2对特异性引物,通过对反应条件的优化,建立了能够同时扩增O型、A型及Asia1型FMDV VP1全基因的套式rt-PCR(rt-npcr)方法。该方法能特异性检测O型、A型... 详细信息

为了建立针对流行于我国及周边国家主要口蹄疫病毒(FMDV)血清型的检测方法,本实验设计2对特异性引物,通过对反应条件的优化,建立了能够同时扩增O型、A型及Asia1型FMDV VP1全基因的套式rt-PCR(rt-npcr)方法。该方法能特异性检测O型、A型和Asia1型FMDV,对其它相关动物病毒的检测结果均为阴性;比FMDV多重rt-PCR商品试剂盒敏感约1 000倍。利用该方法对10份FMDV样品进行扩增检测,结合扩增产物的克隆测序技术,对所检样品进行了准确定型。实验结果表明,该方法通用型强,可用于3个血清型FMDV的检测和分子流行病学调查。

关键词：口蹄疫病毒 rt-npcr VP1基因

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中国五省市甲型肝炎病毒基因分型的研究

病毒学报 2000年第4期16卷 309-312页

作者：陈勇洪艳杨连华倪崖陈念良凌志强愈为群毛江森浙江省医学科学院杭州310013

为了解甲型肝炎 (甲肝 )病毒 (HAV)在中国几个城市的基因型分布 ,选择浙江杭州、江苏启东、安徽铜陵、云南昆明和上海市等的甲肝病人粪便标本或血清标本 ,以逆转录 -套式聚合酶链反应 (rt npcr)扩增合成HAVVP1/2A交接区基因区 ,并进行... 详细信息

为了解甲型肝炎 (甲肝 )病毒 (HAV)在中国几个城市的基因型分布 ,选择浙江杭州、江苏启东、安徽铜陵、云南昆明和上海市等的甲肝病人粪便标本或血清标本 ,以逆转录 -套式聚合酶链反应 (rt npcr)扩增合成HAVVP1/2A交接区基因区 ,并进行直接核苷酸序列分析和差异比较。结果表明 ,从这些城市甲肝病人分离到的 17株HAV株均属基因Ⅰ型 ,为IA和IB亚型 ;所有HAV株间核苷酸差异均小于 15 % ,但约 5 0 %HAV株株间核苷酸差异大于 7 5 % ,说明中国流行或散发的HAV株可能有基因IA、IB亚型同时存在。该项研究结果将为HAV的分子流行病学追踪调查提供方法和依据。

关键词：地区分布甲型肝炎病毒基因型 rt-npcr 分型

2018—2020年福建地区猪瘟病毒E0基因遗传变异分析

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中国动物传染病学报 2024年第2期32卷 201-207页

作者：戴爱玲张鑫杰林楚云尹会方薛少华刘建奎杨小燕龙岩学院生命科学学院龙岩364000 福建省生猪疫病防控工程技术研究中心龙岩364000 福建省家畜传染病防治与生物技术重点实验室龙岩364000

为了了解2018—2020年福建地区猪瘟病毒流行及遗传变异情况,收集福建省不同地区临床发病猪的血液和肺脏、脾脏、淋巴结等组织样本1464份,采用rt-npcr的方法对样品进行CSFV检测,对部分CSFV阳性样品E0基因进行克隆测序。结果显示,CSFV总... 详细信息

为了了解2018—2020年福建地区猪瘟病毒流行及遗传变异情况,收集福建省不同地区临床发病猪的血液和肺脏、脾脏、淋巴结等组织样本1464份,采用rt-npcr的方法对样品进行CSFV检测,对部分CSFV阳性样品E0基因进行克隆测序。结果显示,CSFV总体阳性率为1.9%(29/1464),并获得13株CSFV E0基因序列。同源性分析发现所得13株CSFV E0基因之间的同源性在82.2%-99.7%,其中11株CSFV E0基因与1.1亚型代表毒株HCLV的核苷酸同源性为99.0%~99.9%,与Shimen株的核苷酸同源性94.1%~95.0%;1株与2.1c型参考毒株HNSD-2012核苷酸同源性为98.2%;1株与2.1d亚型毒株CSFV/JPN/2018核苷酸同源性为99.6%。遗传进化分析发现,10株CSFV与HCLV、C-ZJ-2008、Shimen和Brescia处于同一分支,属于1.1亚型;1株CSFV与HNSD-2012等位于同一分支,属于2.1c亚亚型;1株与CSFV/JPN/2018等位于同一分支,属于2.1d亚亚型。氨基酸序列分析发现,13株毒株与HCLV等代表毒株在重要的Rnase活性位点高度保守,其中2株2.1亚型毒株与HCLV毒株相比,其在第35位非关键氨基酸残基上发生由G→E的突变。结果表明福建地区CSFV流行情况趋向多样化,提示仍需加强对CSFV流行及遗传变异的持续监测,为猪瘟的诊断及有效防控奠定基础。

关键词：猪瘟病毒 rt-npcr E0基因遗传变异

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