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RNA recognition motif (rrm) RNA-binding proteins from Bombyx mori

RNA recognition motif (RRM) RNA-binding proteins from Bombyx...

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华东六省一市生物化学与分子生物学学会2006年学术交流会

作者： Lin-Ling Wang,Ke-Ping Chen,Gui-Tian Gao,Zhi-Gang Hu, Hui-Qing Chen,Hong-Liang Zhou,Qin Yao (Institute of Life Sciences,Jiangsu University, Jiangsu 212013,China)

RNA-binding proteins are important in many aspects of RNA processing, function, and destruction. One class of such proteins contains the RNA recognition motif (rrm), which consists of about 80 amino acid residues. 134 protein sequences of known Drosophila melanogaster rrm-containing proteins were used to query the nucleotide sequence of the B. mori genome and EST database, with a result that 123 protein sequences have obvious orthologues in the Bombyx mori genome and 89 different rrm-containing proteins were found to have obvious orthologues in EST database of B. mori. We analysed the transcription factor binding sites of 41 rrm-containing protein genes in the silkworm genome and gave a comparative analysis of their upstream regions. We performed multiple sequence alignments and plotted a cladogram of the 23 new rrm proteins having complete cds in the hope of discerning functional or evolutionary relationships. Functions of rrm proteins from silkworm are predicted based on the similarity with their Drosophila, yeast and human counterparts. This survey provides the first systematic analysis of silkworm rrm-containing proteins, which may serve as a basis for functional characterization of this important protein group in silkworm.

关键词： rrm-containing protein Bombyx mori Transcription factor binding site ALY Tsunag

来源： cnki会议评论

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