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Evaluation of 10 plant barcodes in Bryophyta (Mosses)

Journal of Systematics and Evolution 2010年第1期48卷 36-46页

作者： 1,2 Yan LIU 3 Hai-Fei YAN 4 Tong CAO 3 Xue-Jun GE 1(Institute of Applied Ecology, Chinese Academy of Sciences, Shenyang 110016, China) 2(Graduate University of the Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China) 3(Key Laboratory of Plant Resources Conservation and Sustainable Utilization, South China Botanical Garden, Chinese Academy of Sciences, Guangzhou 510650, China) 4(College of Life & Environment Sciences, Shanghai Normal University, Shanghai 200234, China) (Institute of Applied Ecology Chinese Academy of Sciences Shenyang 110016 China) (Graduate University of the Chinese Academy of Sciences Beijing 100049 China) (Key Laboratory of Plant Resources Conservation and Sustainable Utilization South China Botanical Garden Chinese Academy of Sciences Guangzhou 510650 China) (College of Life & Environment Sciences Shanghai Normal University Shanghai 200234 China)

DNA barcoding is a molecular tool that uses a standardized DNA region to identify *** preliminary study reported here is the first attempt to specifically focus on universality and attributes of candidate barcodes across a wide systematic range of *** tested eight previously proposed plant barcoding regions(atpF-atpH, ITS2, matK, psbK-psbI, rbcL, rpoB, rpoC1, and trnH-psbA) and two popular phylogenetic markers(rps4 and trnL-trnF of cpDNA) in 49 moss species and 9 liverwort species, representing half of the orders in moss *** ITS2, rbcL, rpoC1, rps4, trnH-psbA and trnL-trnF regions showed good universality, and therefore the efficacy of these loci as DNA barcodes was further evaluated in 36 mosses and 2 liverworts, each of which included two to three individuals per *** five loci, ***, rpoC1, rps4, trnH-psbA and trnL-trnF, were easy to amplify and sequence and showed significant inter-specific genetic variability, making them potentially useful DNA barcodes for *** best performing single loci were the rbcL and rpoC1 coding *** loci showed equivalent performance and combinations of them did not greatly increase their discrimination *** addition, phylogenies generated from each of the separate regions and multi-locus combinations by using best-fit and Kimura 2-parameter models were compared, but no significant difference was found.

关键词： Bryophyta DNA barcoding rbcL rpoC1 rps4 trnH-psbA trnL-trnF.

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The BZR1-EDS1 module regulates plant growth-defense coordination

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Molecular Plant 2021年第12期14卷 2072-2087页

作者： Guang Qi Huan Chen Dian Wang Hongyuan Zheng Xianfeng Tang Zhengzheng Guo Jiayu Cheng Jian Chen Yiping Wang Ming-yi Bai Fengquan Liu Daowen Wang Zheng Qing Fu State Key Laboratory of Wheat and Maize Crop Science College of Agronomyand Center for Crop Genome EngineeringHenan Agricultural UniversityZhengzhou 450002China Department of Biological Sciences University of South CarolinaColumbiaSC 29208USA Institute of Plant Protection Jiangsu Academy of Agricultural SciencesNanjing210014China College of Agronomy Qingdao Agricultural UniversityQingdao 266109China Qingdao Institute of BioEnergy and Bioprocess Technology Chinese Academy of SciencesQingdao 266109China Key Laboratory of Plant Development and Environment Adaptation Biology Ministry of EducationSchool of Life SciencesShandong University266237 QingdaoChina

Plants have developed sophisticated strategies to coordinate growth and immunity,but our understanding of the underlying mechanism remains *** this study,we identified a novel molecular module that reg-ulates plant growth and defense in both compatible and incompatible *** module consisted of BZR1,a key transcription factor in brassinosteroid(BR)signaling,and EDS1,an essential positive regulator of plant innate *** found that EDS1 interacts with BZR1 and suppresses its transcriptional ***,upregulation of EDS1 function by a virulent Pseudomonas syringae strain or salicylic acid treatment inhibited BZR1-regulated expression of BR-responsive genes and BR-promoted ***,we showed that the cytoplasmic fraction of BZR1 positively regulates effector-triggered im-munity(ETI)controlled by the TIR-NB-LRR protein rps4,which is attenuated by BZR1's nuclear ***,cytoplasmic BZR1 facilitated Avrrps4-triggered dissociation of EDS1 and rps4 by binding to EDS1,thus leading to efficient activation of rps4-controlled ***,transgenic expression of a mutant BZR1 that accumulates exclusively in the cytoplasm improved pathogen resistance without compromising plant ***,these results shed new light on plant growth-defense coordina-tion and reveal a previously unknown function for the cytoplasmic fraction of *** BZR1-EDS1 mod-ule may be harnessed for the simultaneous improvement of crop productivity and pathogen resistance.

关键词： brassinosteroid BZR1 salicylic acid EDS1 basal resistance effector-triggered immunity TIR-NB-LRR resistance protein rps4

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内蒙古灰藓科（Hypnaceae）系统分类及区系研究

内蒙古灰藓科（Hypnaceae）系统分类及区系研究

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作者：李琴琴内蒙古大学

学位级别：硕士

灰藓科是侧蒴藓类中较大的科,约60属,分布世界各地,习见于多种基质上。灰藓科是最具多样化的一个藓类类群,对于灰藓科的界定、划分和科下关系有很多观点。对内蒙古灰藓科植物进行系统整理研究,一方面可以了解本区灰藓科植物种类和区系成... 详细信息

灰藓科是侧蒴藓类中较大的科,约60属,分布世界各地,习见于多种基质上。灰藓科是最具多样化的一个藓类类群,对于灰藓科的界定、划分和科下关系有很多观点。对内蒙古灰藓科植物进行系统整理研究,一方面可以了解本区灰藓科植物种类和区系成分,丰富中国苔藓植物区系研究资料;另一方面可为灰藓科植物的系统演化研究提供基本资料;同时也是内蒙古植物生物多样性研究的重要组成部分和植物资源开发利用的重要依据。通过对馆藏标本以及野外采集的新鲜标本的观察,依据国内及国外的专科、专属资料,研究发现内蒙古有灰藓科植物15属,33种(包括1变种和2变型),其中中国新记录属1个,新记录种3个,内蒙古新记录属1个,新记录种4个。对分类群进行了形态描述,对新记录种绘图。通过物种丰富度、属种相似性系数、区系谱主成分分析(PCA)、区系地理成分比较等多种方法与云南、横断山、秦岭、河北、西藏、东北、新疆、山东,河南的灰藓科植物区系进行了比较,分析结果可以看出内蒙古灰藓科植物区系成分中北温带成分为主体,占63.636%。其次为温带亚洲成分,占18.75%,说明该地区灰藓科植物属温带性质,这与其所处地理位置和该地区种子植物分布规律基本相符。发现内蒙古与河北的共有属和共有种最多,这与它们的地理位置、气候条件是一致的。根据内蒙古灰藓科植物研究现今取得的研究成果,对大兴安岭北部山地州、大兴安岭东麓州、燕山北部州、辽河平原州、西辽河平原州、大兴安岭南部山地州、大兴安岭西麓州、蒙古高原东部州、辽西黄土丘陵州、阴山州、阴南黄土丘陵州、贺兰山州12个植物州的灰藓科植物进行比较分析。随着近几年苔藓分子系统研究的开展、分支系统学理论的日趋完善和相应的生物学软件的发展,以传统分类为基础,结合分子资料和分支分类的资料对探讨灰藓科内各属的系统发生关系有重要意义。本研究对内蒙古灰藓科植物的ITS和rps4基因序列,采用简约法(maximum parsimony method,MP)和邻接法(neighbor-joining method,NJ)对获得的序列进行分析,并构建分子系统树,通过形态性状加权对灰藓科植物进行分支分析,将分子资料和分支分类的资料与灰藓科植物形态学特征有机结合起来,探讨灰藓科内各属的系统发生关系,结果表明:以rps4和ITS序列构建的系统树均支持灰藓科为并系类群;分子证据和分支资料都支持灰藓属Hypnum Hedw为并系类群;分子证据和分支资料都支持毛灰藓属Homomallium(Scjimp.)Loesk.为并系类群,毛灰藓属和金灰藓属Pylaisiella *** Grout.有密切的联系,我同意Fleischer的观点将毛灰藓属置于亚科Pylaisioideae中;分子证据和分支资料都支持粗枝藓属Gollania Broth.的几个种为姐妹类群,这一属也可能是单系发生的类群,以ITS序列构建的MP树(100%)和分支资料都很好地支持金灰藓属的几个种为姐妹类群,该属可能是单系发生的,分支分析表明鳞叶藓Taxiphyllum taxiramenu和陕西鳞叶藓Taxphyllumgiraldii构成姐妹类群,鳞叶藓属Taxiphyllum Fleisch.有可能是单系发生的,对于这三个属是否为单系发生这一问题的探讨需进一步补充足够的分子证据;分子资料表明属Breidleria Loeske、Pseudostereodon(Broth.)Fleisch.、Ptilium De Not.、Ctenidium(Schimp.)Mitt.、Eurohypnum Ando与Hypnum Hedw的一些种有密切的联系;以rps4序列构建的MP树(75%)和NJ树(82%)都支持鳞叶藓Taxiphyllum taxiramenu和拟灰藓Hondaella caperata构成姐妹类群;以ITS序列构建的MP树(66%)和NJ树(78%)都表明美丽拟同叶藓Isopterygiopsis pulchella和鳞叶藓Taxiphyllum taxiramenu组成姐妹类群,分支资料也支持美丽拟同叶藓和鳞叶藓有一定的联系;rps4和ITS序列、分支资料在讨论藓类植物科内属间的系统发育关系时有一定价值,从中得到的部分结论和传统的系统分类能相互印证。只有将分子数据、分支资料和传统分类学取得的研究成果结合起来,才能更好地推动系统学的发展。

关键词：内蒙古灰藓科系统发生区系 rps4 ITS

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绒癌相关基因片段T26的克隆和测序

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解剖学报 2001年第3期32卷 264-267页

作者：史桂芝高英茂顾晓松刘梅王宝恒山东医科大学组织学胚胎学教研室济南250012 南通医学院神经科学研究所山东省高级人民法院技术室

目的　对绒癌相关基因片段T2 6进行克隆和测序分析。　方法　利用T A克隆将绒癌相关基因片段T2 6连接入PGEM T载体 ,酶切鉴定并测序 ,测序结果与GenBank比较 ,分析所得到的片段。　结果　绒癌相关基因片段T2 6的核苷酸序列与scar、rps4... 详细信息

目的　对绒癌相关基因片段T2 6进行克隆和测序分析。　方法　利用T A克隆将绒癌相关基因片段T2 6连接入PGEM T载体 ,酶切鉴定并测序 ,测序结果与GenBank比较 ,分析所得到的片段。　结果　绒癌相关基因片段T2 6的核苷酸序列与scar、rps4、ccg2基因的 3’端核苷酸序列同源性达 99%以上。　结论　T2 6及scar、ccg2。

关键词：克隆绒癌绒毛 T26 sar ccg2 核糖体蛋白S4 rps4 人测序分析

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