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采用rna-seq技术分析M2细胞过继输注对大鼠脊髓损伤局部基因转录表达的影响

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采用RNA-Seq技术分析M2细胞过继输注对大鼠脊髓损伤局部基因转录...

作者：吴燕蚌埠医学院

学位级别：硕士

研究背景:我们前期的研究表明:脊髓损伤(SCI)局部微环境中早期可检测到神经损害性的M1型巨噬细胞和神经保护性的M2型巨噬细胞,但损伤一周后M1细胞占绝对优势,而M2细胞比例则很少;采用M2细胞过继免疫可以提高损伤局部M2细胞的比例,发挥... 详细信息

研究背景:我们前期的研究表明:脊髓损伤(SCI)局部微环境中早期可检测到神经损害性的M1型巨噬细胞和神经保护性的M2型巨噬细胞,但损伤一周后M1细胞占绝对优势,而M2细胞比例则很少;采用M2细胞过继免疫可以提高损伤局部M2细胞的比例,发挥神经保护作用。但是,其机制尚不清楚。研究证实,SCI的一周前后是炎症反应最重的时间段,因此,本研究拟以SCI后7D为时间点,分析M2细胞过继回输对损伤局部基因转录表达的影响,为SCI的临床治疗提供新的理论和实验依据。目的:采用rna-seq技术,以SCI后7D为时间点,分析M2细胞过继回输对损伤局部基因转录表达的影响;生物信息学分析,筛选、鉴定出关键分子和信号通路。方法:(1)分离成年SD大鼠的股骨骨髓,用L929条件培养基培养出骨髓来源的巨噬细胞(即M0细胞),通过条件诱导分别得到M1和M2型巨噬细胞;(2)采用流式细胞术和免疫荧光染色法鉴定M0、M1和M2型巨噬细胞的标志;(3)rna-seq分析M0、M1、M2巨噬细胞在转录水平的表达(4)荧光定量PCR验证rna-seq结果;(5)采用纽约大学NYU重物损伤仪制备SD大鼠脊髓损伤模型,并在当天过继免疫M2型巨噬细胞;(6)SCI后7天处死各实验组SD大鼠,取出包括损伤中心在内的约1cm脊髓组织送检;(7)rna-seq检测SCI局部基因在转录水平的表达变化;(8)采用荧光定量PCR验证转录rna-seq的结果;(9)生物信息学分析,筛选、鉴定出关键分子和信号通路。结果:(1)在L929细胞条件培养基中培养的巨噬细胞表达CD68、CD45,几乎不表达Arg1和CCR7;在加入了IFN-γ和LPS的培养基中培养的巨噬细胞表达CCR7和CD68;在含有IL-4、IL-10的培养基中培养的巨噬细胞表达M2Arg1和CD68;(2)巨噬细胞转录组分析结果显示:M0与M1组相比较,总共有2535个差异基因,其中有1118个上调和1418个下调基因;M0与M2比较,总共有2129个差异基因,其中有694个上调和1436个下调基因;M1与M2比较,总共有3107个差异基因,其中有1336个上调和1772个下调基因;GO富集分析显示显著差异表达的基因集中在免疫应答,应激反应,对外界刺激的反应,炎症反应,细胞对化学刺激的反应,有丝分裂细胞周期,细胞氮复合物代谢过程,DNA代谢过程等。KEGG富集通路分析显示主要富集通路为:ECM受体相互作用、抗原加工提呈、TNF通路、p53通路、HIF-1通路、FoxO和NF-kB信号通路、果糖和甘露糖代谢、半乳糖代谢、精氨酸和脯氨酸代谢等;(3)M2细胞后用CFSE染料标记,经尾静脉注射入SCI大鼠,术后三天在SCI损伤中心及周围组织均可发现CFSE细胞;(4)M2巨噬细胞过继免疫转录组分析结果发现:与假手术组比较,M2巨噬细胞过继免疫组总共有12个差异基因,其中有5个上调和7个下调基因;SCI后7d与假手术组相比,总共有4304个差异基因,其中有2321个上调和1984个下调基因;M2细胞过继免疫组与假手术组相比,总共有2986个差异基因,其中有1824个上调和1163个下调基因;SCI损伤组与M2巨噬细胞过继免疫组相比,总共有41个差异基因,其中有31个上调和10个下调基因。GO富集分析显示显著差异表达的基因集中在ncrna代谢过程、rrna代谢过程、核糖核蛋白复合过程、核糖体、CCR2趋化因子受体结合过程等;KEGG富集通路分析显示主要富集的通路为:TNF、内质网蛋白加工、PI3K-Akt、NOD样受体、抗原加工和递呈等信号通路。结论:1.成功培养和诱导出M0、M1和M2各型巨噬细胞,细胞的纯度符合后续实验要求;2.M0、M1和M2的rna-seq结果显示:M0与M1组相比较,总共有2535个差异基因,其中有1118个上调基因和1418个下调基因;M0与M2比较,总共有2129个差异基因,其中有694个上调基因和1436个下调基因;M1与M2比较,总共有3107个差异基因,其中有1336个上调基因和1772个下调基因;ECM受体相互作用、抗原加工提呈、TNF通路、p53通路、HIF-1通路、FoxO和NF-kB信号通路、果糖和甘露糖代谢、半乳糖代谢、精氨酸和脯氨酸代谢等是典型富集的信号通路;3.经尾静脉注射过继免疫SCI大鼠后,M2型巨噬细胞可以浸润到损伤的脊髓;4.M2巨噬细胞过继免疫的rna-seq结果显示:SCI损伤组与M2巨噬细胞过继免疫组相比,总共有41个差异基因,其中有31个上调和10个下调基因;TNF、内质网蛋白加工、PI3K-Akt、NOD样受体、抗原加工和递呈等信号通路是典型富集的信号通路。

关键词：脊髓损伤 M2巨噬细胞过继免疫 rna-seq技术

基于rna-seq技术的子宫内膜异位症转录组学分析

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基于RNA-seq技术的子宫内膜异位症转录组学分析

作者：田鑫江苏大学

学位级别：硕士

目的:子宫内膜异位症是妇产科的常见病和多发病,是引起育龄期妇女不孕及慢性盆腔疼痛的主要原因之一。与细胞生长发各个阶段相关的基因表达、调控异常在EMs的发病机制中具有非常重要的作用。对转录组学研究是基因结构及其功能研究的基... 详细信息

目的:子宫内膜异位症是妇产科的常见病和多发病,是引起育龄期妇女不孕及慢性盆腔疼痛的主要原因之一。与细胞生长发各个阶段相关的基因表达、调控异常在EMs的发病机制中具有非常重要的作用。对转录组学研究是基因结构及其功能研究的基本出发点,是研究基因组具体功能的重要手段。本研究拟应用rna-seq技术全面分析EMs患者异位内膜、在位内膜以及非EMs患者的正常子宫内膜的转录组,筛选出差异表达的基因,进而分析差异表达基因之间的相互作用、涉及的信号通路,寻找可能的EMs诊断的新的分子标记物和治疗目标,为丰富EMs的诊治提供实验依据和理论基础。方法:1.收集标本后按照常规方法提取组织总rna,并构建cDNA文库。2.应用rna-seq技术全面分析EMs患者异位内膜、在位内膜和非EMs患者的正常子宫内膜的转录组,筛选出差异表达的lncrna和mrna。3.应用GO方法分析实验组与对照组之间差异表达基因的功能聚类,应用KEGG信号通路富集性方法分析这些差异表达基因相关的信号通路。分析差异表达基因之间的相互作用,筛选出重要的差异表达基因。结果:1.相对于正常内膜,异位病灶共有1200个差异表达的lncrna,其中481个表达上调,719个表达下调;共有2188个差异表达的mrna,其中971个表达上调,1217个表达下调。2.相对于在位内膜,异位病灶共有511个差异表达的lncrna,其中191个表达上调,320个表达下调;共有2223个差异表达的mrna,其中1221个表达上调,1002个表达下调。3.对比正常内膜,在位内膜共有695个差异表达的lncrna,其中368个表达上调,327个表达下调;共有2324个差异表达的mrna,其中1101个表达上调,1223个表达下调。结论:*** ENST00000464132、lncrna ENST00000488128、lncrna ENST00000509333可能在EMs的发病过程中起着重要的作用。***1、HMCN1可能在EMs细胞的迁移、侵袭及浸润中起重要的作用。

关键词：子宫内膜异位症转录组学 rna-seq技术发病机制

基于rna-seq技术的难治性根尖周炎差异表达基因的分析与验证研究及部分典型牙髓疾病病例报告

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基于RNA-seq技术的难治性根尖周炎差异表达基因的分析与验证研究...

作者：李涛大连医科大学

学位级别：硕士

背景:慢性根尖周炎是由于细菌感染引起的发生于根尖周组织的慢性炎症,难治性根尖周炎是指患牙经历过一次以上的根管治疗后仍有明显临床症状,或根尖周仍有骨组织的破坏,与未经治疗的慢性根尖周炎相比,难治性根尖周炎的病因和治疗更为复... 详细信息

背景:慢性根尖周炎是由于细菌感染引起的发生于根尖周组织的慢性炎症,难治性根尖周炎是指患牙经历过一次以上的根管治疗后仍有明显临床症状,或根尖周仍有骨组织的破坏,与未经治疗的慢性根尖周炎相比,难治性根尖周炎的病因和治疗更为复杂。转录组高通量测序(rna-sequencing,rna-seq)技术能够对所有物种的转录本进行高通量检测,从而获得编码的基因信息并准确定位目标基因。这是一种基于测序的高通量转录组测序技术,可以对各种rna进行测序,以研究其转录表达。rna-seq技术是目前深入研究转录组复杂性的强大工具,已广泛应用于生物学研究、医学研究、临床研究和药物研发等。目前在口腔医学方面,rna-seq技术已被用于研究口腔鳞状细胞癌、龋齿、牙髓病、牙周病、牙髓再生和口腔种植等领域,并取得一定的成果,但是基于rna-seq技术的难治性根尖周炎差异表达基因的分析研究较少。探讨难治性根尖周炎中的差异表达基因,对难治性根尖周炎潜在的生物标志物以及治疗靶点的研究有一定参考作用。目的:应用rna-seq技术分析难治性根尖周炎中的差异表达基因并进行验证,为难治性根尖周炎的发病机制研究提供一定的理论依据。方法:按照实验纳入标准收集临床样本,实验组为临床难治性根尖周炎组织,对照组为健康牙周膜组织。采用rna-seq技术筛选难治性根尖周炎中的差异基因,采用盒形图、热图以及火山图对于基因表达水平进行分析,采用GO富集分析以及KEGG富集分析对于基因表达功能进行分析。采用Real-Time PCR对response to protozoan生物功能中基因表达差异最大的B-细胞淋巴瘤因子3(Bcl3)、白介素6(IL-6)、鸟苷酸结合蛋白2(Gbp2)以及含V-Set域T细胞激活抑制因子1(Vtcn1)在难治性根尖周炎中的表达进行检测。1.临床样本采集本实验经过大连医科大学口腔医学院伦理委员会批准(大医伦审2021006号),获得患者知情同意后,选取2021年02月至2021年06月于大连医科大学口腔医学院附属口腔医院就诊的符合纳入标准的通过根尖手术切除的难治性根尖周炎组织和正畸拔牙患者健康的牙周膜组织各13例。2.转录组芯片测序临床选取难治性根尖周炎组织和健康牙周膜组织各13例,其中3例难治性根尖周炎组织和3例健康牙周膜组织用于转录组测序,筛选差异基因。3.分析差异基因表达情况采用盒形图,热图对于基因表达水平进行分析,采用GO富集分析以及KEGG富集分析对于基因表达功能进行分析。4.检测Bcl3、IL-6、Gbp2以及Vtcn1在难治性根尖周炎中的表达通过Real-Time PCR对转录组测序结果中基因表达差异最大的四个因子进行验证,10例难治性根尖周炎组织和10例健康牙周膜组织通过Real-Time PCR对response to protozoan生物功能中Bcl3、IL-6、Gbp2以及Vtcn1在难治性根尖周炎中的表达进行检测。使用SPSS Statistics 21.0中的T检验对实验结果进行统计学分析,P0.05。2.转录组芯片测序结果rna-seq筛选差异基因的结果显示在难治性根尖周炎中上调基因为2540个,下调基因为2195个,无差异基因为19224个。3.差异基因表达情况分析结果通过GO富集分析发现难治性根尖周炎中response to protozoan,cellular response to interferon-beta以及response to interferon-beta为前三条主要的生物功能。glycosaminoglycan binding,heparin binding以及receptor ligand activity为前三条主要的分子功能。extracellular membrane-bounded organelle,extracellular matrix以及symbiont-containing vacuole为前三条主要的细胞组分。且response to protozoan炎症通路中表达差异最大的4个因子分别为Bcl3,IL-6,Gbp2以及Vtcn1。KEGG富集分析结果显示Cytokine-cytokine receptor interaction,Complement and coagulation cascades以及Neuroactive ligand-receptor interaction为三条主要的信号通路。

关键词：难治性根尖周炎 rna-seq技术 GO富集分析 KEGG富集分析基因显微根管治疗术根管变异牙髓血运重建术

风味甜瓜中柠檬酸代谢研究进展及rna-seq技术应用现状

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长江蔬菜 2016年第24期 40-44页

作者：汤谧刘晔任俭张娜曾红霞程维舜李煜华孙玉宏武汉市农业科学技术研究院作物科学研究所 430345

随着人们生活水平的提高,兼具品质、营养和健康特征的甜瓜新品种——风味甜瓜应运而生,探索适度的风味甜瓜糖酸比非常重要,而目前对甜瓜果实中主要有机酸成分柠檬酸的代谢机制尚不清晰,因此,综述了风味甜瓜果实柠檬酸代谢特性的研究进展... 详细信息

随着人们生活水平的提高,兼具品质、营养和健康特征的甜瓜新品种——风味甜瓜应运而生,探索适度的风味甜瓜糖酸比非常重要,而目前对甜瓜果实中主要有机酸成分柠檬酸的代谢机制尚不清晰,因此,综述了风味甜瓜果实柠檬酸代谢特性的研究进展,并对利用rna-seq技术分析甜瓜果实柠檬酸代谢关键基因的挖掘提出了一些展望。

关键词：风味甜瓜柠檬酸 rna-seq技术基因挖掘研究进展

应用rna-seq技术筛选不同浓度叶酸培养的QSG-7701细胞中的差异表达基因

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应用RNA-Seq技术筛选不同浓度叶酸培养的QSG-7701细胞中的差异表...

基于rna-seq技术的不同养殖密度西伯利亚杂交鲟幼鱼转录组比较分析

第十四次全国医学遗传学学术会议

作者：张银玲薛赓张毅孙树汉第二军医大学基础部医学遗传学教研室

目的:在验证不同浓度叶酸培养影响人正常肝细胞系增殖、周期和迁移能力的基础上,应用rna-seq技术筛选差异表达基因,为进一步探讨叶酸缺乏与基因差异表达以及正常肝细胞恶性转化之间的相关性打下基础。方法:不同浓度叶酸培养(无叶酸组:0m... 详细信息

目的:在验证不同浓度叶酸培养影响人正常肝细胞系增殖、周期和迁移能力的基础上,应用rna-seq技术筛选差异表达基因,为进一步探讨叶酸缺乏与基因差异表达以及正常肝细胞恶性转化之间的相关性打下基础。方法:不同浓度叶酸培养(无叶酸组:0mg/L,正常叶酸组:40mg/L)的人正常肝细胞系QSG-7701 6个月,应用CCK-8实验检测细胞增殖、流式细胞技术检测细胞周期、Transwell小室检测细胞迁移;利用rna-seq技术对两组细胞中的mrna进行检测,筛选差异mrna;通过用实时定量PCR对rna-seq的结果进行验证,并结合统计学和生物信息学方法分析差异mrna。结果:无叶酸培养显著提高QSG-7701细胞的增殖能力,促进细胞由静止期进入分裂期,促进细胞的迁移能力;rnaseq检测得到含有1 6774条差异mrna的数据集,初步分析显示其中391条差异mrna可能与不同浓度叶酸培养相关,其中上调的115条,下调的276条;随机对其中11条进行实时定量PCR验证,72.73%(8)的结果与rna-seq一致;分析显示,差异mrna相对应的基因与细胞周期等生理过程以及多种肿瘤的发生、发展密切相关。结论:最终筛选出参与叶酸调控正常肝细胞恶性转化相关的基因,rna-seq技术能有效的用于差异基因的筛选。

关键词：叶酸 QSG-7701细胞 rna-seq技术基因表达

来源： cnki会议评论

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基于RNA-seq技术的不同养殖密度西伯利亚杂交鲟幼鱼转录组比较分析

基于转录组挖掘不同性别贵州白山羊肌肉生长发育的关键基因及PI3K/ATK信号通路分析

江西省水产学会第七次会员代表大会暨2021年学术年会

作者：程超朱敏杰李琳洁梅峰王子予简少卿赵大显南昌大学生命科学学院江西省水产动物资源与利用重点实验室

本研究以西伯利亚杂交鲟(西伯利亚鲟Acipenser baerii♀×施氏鲟Acipenser schrenckii♂)为研究对象,选取规格一致、健康无病的初始体重为(7.89±1.45)g的西伯利亚杂交鲟幼鱼,设置了低密度组(LD,0.465 kg/m)、中密度组(MD,0.694 kg/m)... 详细信息

本研究以西伯利亚杂交鲟(西伯利亚鲟Acipenser baerii♀×施氏鲟Acipenser schrenckii♂)为研究对象,选取规格一致、健康无病的初始体重为(7.89±1.45)g的西伯利亚杂交鲟幼鱼,设置了低密度组(LD,0.465 kg/m)、中密度组(MD,0.694 kg/m)和高密度组(HD,0.930 kg/m)三个不同的养殖密度进行生产试验,每个密度设置了3个重复组,实验周期为90天。通过对不同密度组肌肉组织进行rna-seq测序,共得到60.70 Gb Clean Data,各样品的Clean Data均达到6.30 Gb,Q20和Q30碱基百分比在97.45%和93.42%以上;将小体鲟(Acipenser ruthenus)的基因组作为参考基因组进行比对,比对效率在72.64%～74.38%,发掘15549个新基因;将新基因进行注释发现,12636个新基因得到注释,2913个新基因未得到注释;进一步对3个密度组两两比较进行差异表达基因分析,共得到611个非冗余差异表达基因(DEGs),其中,LD vs HD和LD vs MD比较组有33个共同DEGs,LD vs HD和MD vs HD比较组有40个共同DEGs,LD vs MD和MD vs HD比较组有31个共同DEGs,只有1个DEG是3个比较组共有;GO功能富集分析发现,这些DEGs主要富集在GTPase活性的增加、肌球蛋白复合物、肌动蛋白结合、ATP结合以及锌离子结合等二级节点中。在此基础上,通过人工筛选与生长应激相关的二级节点,获得了19条与生长应激相关的差异基因,随机选取其中4个差异表达基因进行q RT-PCR验证发现,水通道蛋白-4(AQP4)、类丝氨酸蛋白酶抑制剂H1(SERPINH1-like)、磷脂酰肌醇3-激酶调节亚基(PIK3R1)、丙酮酸激酶(PKM)基因m rna表达趋势与转录组分析中的表达趋势一致,表明本研究获得的转录组数据可靠性高,可以用于后续相关基因功能研究。

关键词：西伯利亚杂交鲟幼鱼 rna-seq技术养殖密度转录组分析

来源： cnki会议评论

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华北农学报 2022年第3期37卷 213-222页

作者：安清明王星吴震洋孟金柱赵园园宋兴超贵州省梵净山地区生物多样性保护与利用重点实验室铜仁学院农林工程与规划学院贵州铜仁554300

胴体生长发育是影响山羊养殖效益的重要评价指标,旨在通过rna-seq技术挖掘不同性别贵州白山羊生长发育的关键候选基因,为贵州白山羊生长发育研究提供理论依据,以同等饲养水平条件下贵州白山羊为研究对象,测定2周龄不同性别贵州白山羊的... 详细信息

胴体生长发育是影响山羊养殖效益的重要评价指标,旨在通过rna-seq技术挖掘不同性别贵州白山羊生长发育的关键候选基因,为贵州白山羊生长发育研究提供理论依据,以同等饲养水平条件下贵州白山羊为研究对象,测定2周龄不同性别贵州白山羊的屠宰性能指标,通过背最长肌转录组分析,筛选差异表达基因,分析相关基因的信号通路,最后通过RT-qPCR对筛选的基因进行验证。结果表明,测序得到的Raw reads进行过滤后,6个样本共得到78.99 Gb Clean Data,单个样本获得Clean reads在83030104~95739024条,各样本与参考基因组的比对效率在93.75%~94.79%,共获得25089个表达基因,筛选差异表达基因共获得1077个差异基因,其中194个为新发现转录本基因,发现的差异基因中563个在公羊背最长肌中表达显著上调,514个表达显著下调。对获得的1077个差异基因进行GO功能富集分析,其中587个为显著富集(Q-value≥0.05),主要分为三大类35个亚类。KEGG信号通路分析发现,这些差异基因共参与243条信号通路,其中参与PI3K/AKT信号通路相关的基因最为富集,共注释到32个基因,其中17个注释基因显著上调,1个显著下调,且在该通路中COL4A1和COL4A2基因编码蛋白共表达估值最高,ITGAV基因编码蛋白互作最为丰富。筛选出6个与贵州白山羊背最长肌生长发育相关的差异表达基因进行验证,其中FHL3、WFIKKN2、SOX6基因在公羊背最长肌中为上调基因,QSOX2、MYH2、LAP基因为下调基因,RT-qPCR结果显示,这6个候选基因的mrna表达趋势与转录组测序结果一致,且差异均较为显著(Prna-seq技术筛选出不同性别贵州白山羊背最长肌的差异表达基因1077个,其中194个为新发掘转录本基因,筛选的差异表达基因及PI3K/AKT信号通路与贵州白山羊背最长肌生长发育相关。

关键词：贵州白山羊 rna-seq技术不同性别生长发育差异表达基因

不同性别滩羊背最长肌中肌肉发育相关Lncrna的筛选及分析

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华北农学报 2024年第1期39卷 219-227页

作者：宋昀静田彦梅孟科尤科梅冯登侦宁夏大学动物科技学院宁夏银川750021 宁夏中卫市沙坡头区畜牧水产技术推广服务中心宁夏中卫755000

旨在从基因水平分析Lncrna对公母滩羊肌肉发育的影响,因肌肉的生长发育是养殖业经济效益的重要指标,而骨骼肌的发育与产肉性能显著相关。为初步揭示影响肌肉发育差异的分子机理,从而进行转录组测序分析,筛选与绵羊肌肉发育相关的Lncrna... 详细信息

旨在从基因水平分析Lncrna对公母滩羊肌肉发育的影响,因肌肉的生长发育是养殖业经济效益的重要指标,而骨骼肌的发育与产肉性能显著相关。为初步揭示影响肌肉发育差异的分子机理,从而进行转录组测序分析,筛选与绵羊肌肉发育相关的Lncrna。通过对公母滩羊各3头(8月龄)的背最长肌组织进行全转录组测序(rna-seq)和分析,从而筛选出可能与滩羊肌肉发育相关的Lncrna。结果显示:鉴定到的8513个Lncrnas中共筛选出45个组间差异表达Lncrnas,其中18个上调,27个下调。预测DELncrna的co_location靶基因并进行GO功能富集分析结果显示:靶基因显著富集在268个GO条目中,其中有促生长激素分泌细胞分化、典型的Wnt受体信号通路参与对细胞凋亡过程的负向调节、对生长激素分泌的正向调节、cAMP介导的信号传递等条目;KEGG通路富集分析结果表明,DEGs富集在AMPK、NF-KB、PI3K-AKT、MAPK、cAMP、FOXO等信号通路,进一步筛选出TCONS_00017263、TCONS_00147966、TCONS_00163484、TCONS_00079802、TCONS_00079803这5个可能参与肌肉发育相关的Lncrna。对随机挑选的6个DELs进行实时荧光定量PCR验证,其结果的表达趋势与转录组测序结果趋势一致,进一步验证了测序结果的准确性。研究获得的这些DELncrna可能造成了滩羊公母肌肉生长发育上的差异,同时这些相关Lncrna为调控肌肉发育提供了更多信息,并为今后宁夏地区不同性别滩羊肉用性能的分子育种提供了科学依据。

关键词：滩羊 Lncrna rna-seq技术肌肉发育 qRT-PCR

非小细胞肺癌并发肺栓塞患者差异基因lncrna MALAT1的筛选与验证

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中华肿瘤防治杂志 2023年第12期30卷 718-726页

作者：牛海文李宏何丽丽唐乐罗琴新疆医科大学第三临床医学院(新疆医科大学附属肿瘤医院)呼吸神经内科新疆乌鲁木齐830011

目的通过高通量测序(rna-seq)技术筛选非小细胞肺癌(NSCLC)并发肺血栓栓塞症(PTE)患者中差异基因表达谱,探讨长链非编码rna(lncrna)肺腺癌转移相关转录本1(MALAT1)与NSCLC并发PTE疾病的关联性。方法收集2020-01-01-2020-12-30就诊于... 详细信息

目的通过高通量测序(rna-seq)技术筛选非小细胞肺癌(NSCLC)并发肺血栓栓塞症(PTE)患者中差异基因表达谱,探讨长链非编码rna(lncrna)肺腺癌转移相关转录本1(MALAT1)与NSCLC并发PTE疾病的关联性。方法收集2020-01-01-2020-12-30就诊于新疆医科大学附属肿瘤医院确诊的NSCLC并发PTE患者、单纯NSCLC患者及同期门诊健康体检者的临床资料及其外周血样本各4例。(1)差异基因lncrna MALAT1的筛选:NSCLC并发PTE患者、单纯NSCLC患者和健康体检者的外周血各4例,应用rna-seq行差异基因lncrna表达谱测序,行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库分析差异基因相关的富集及信号通路。(2)对筛选出的lncrna MALAT1差异表达的验证:上述3组各30例,应用实时荧光定量聚合酶链反应法检测患者外周血MALAT1、缺氧反应诱导因子1α(HIF-1α)、尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化酶4(NOX4)及活性氧(ROS)的表达水平,通过单因素方差分析、LSD-t检验比较组间差异,采用简单线性回归分析MALAT1表达水平与HIF-α、NOX4及ROS表达水平之间的相关性。结果 (1)NSCLC并发PTE患者对比单纯NSCLC患者,共筛选出727个差异表达长链非编码rna(lncrna),其中327个表达上调,400个表达下调;单纯NSCLC患者与健康对照组对比,共筛选出794个差异表达lncrna,其中414个表达上调,380个表达下调。利用Excel 2019得到NSCLC并发PTE组对比单纯NSCLC组,以及单纯NSCLC组对比健康对照组患者共同的差异基因,分别为MERGE.7330.1、MALAT1、MERGE.9869.8、MERGE.11060.20、MERGE.32224.4、MERGE.27691.1、MERGE.8536.1、MERGE.3176.3等8个基因。进一步发现,共同参与的KEGG通路主要涉及HIF-1α信号通路、B细胞受体信号通路、系统性红斑狼疮等。(2)3组中MALAT1、HIF-1α、NOX4及ROS的表达水平有共同的规律,即由高到低依次为NSCLC并发PTE组、单纯NSCLC组及健康对照组,MALAT1测值分别为1.78±0.64、1.33±0.33和0.96±0.08,HIF-1α测值分别为2.29±0.48、1.60±0.34和1.01±0.06,NOX4测值分别为2.33±0.63、1.59±0.39和0.98±0.08,ROS测值分别为1.82±0.53、1.60±0.39和0.97±0.09,差异均有统计学意义,F值分别为28.936、106.716、74.699及30.648,均P<0.001。上述指标在2组中的Person相关分析显示,MALAT1与HIF-1α表达呈中度正相关(r=0.696,P<0.001),与NOX4表达呈高度正相关(r=0.785,P<0.001),与ROS表达呈中度正相关,r=0.680,P<0.001。结论 MALAT1与HIF-1α/NOX4/ROS轴相关,从而参与NSCLC并发PTE患者疾病的发生发展。

关键词：非小细胞肺癌肺栓塞 rna-seq技术转移相关肺腺癌转录本1 相关性分析