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基于rna-seq技术的罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)不同组织转录组比较分析

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海洋与湖沼 2021年第1期52卷 231-241页

作者：李喜莲顾志敏慎佩晶徐洋张宇飞高强程海华陈雪峰农业农村部淡水渔业健康养殖重点实验室浙江省淡水水产遗传育种重点实验室浙江省淡水水产研究所湖州313001

罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)是我国重要的淡水虾养殖品种,为探讨罗氏沼虾不同组织基因表达差异,本研究使用Illumina Hiseq平台分析了罗氏沼虾的7个组织(眼柄、肝脏、卵巢、鳃、心脏、肌肉、精巢)转录组,质控后获得高质量的clea... 详细信息

罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)是我国重要的淡水虾养殖品种,为探讨罗氏沼虾不同组织基因表达差异,本研究使用Illumina Hiseq平台分析了罗氏沼虾的7个组织(眼柄、肝脏、卵巢、鳃、心脏、肌肉、精巢)转录组,质控后获得高质量的clean reads 36325476、56796932、36328098、51370140、45010606、43240160、42404294条,共计46.2 Gb的clean reads数据。测序结果经denovo组装共获得95220个Unigenes,每个Unigenes的平均长度为1064.9bp。经过生物信息学方法与五个数据库(NR,GO,COG,KEGG,SWSS-PRO)比对,共注释到20368个Unigenes。其中GO功能注释将Unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3个大类50个分支;在与COG数据库比对中,共有15798条比对到了同源序列,且一共被分为25类;KEGG代谢通路包括6大类33个小类,可将Unigenes映射到330条代谢通路中。分子标记筛选后获得37751个潜在SSR位点,共发现3228575个SNP位点。本研究通过对罗氏沼虾7个不同组织进行转录组测序,数据组装及功能注释,为进一步深入挖掘和开发利用罗氏沼虾功能基因提供参考。

关键词：罗氏沼虾转录组 rna-seq技术不同组织功能基因比较分析

基于rna-seq技术筛选山羊卵泡发育相关下调基因

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西北农林科技大学学报（自然科学版） 2020年第7期48卷 9-16页

作者：孟金柱李鹏飞许勤智赵园园铜仁学院贵州铜仁554300 山西农业大学生命科学学院山西太谷030801

【目的】对山羊优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF)颗粒细胞进行高通量测序,筛选并研究与山羊卵泡发育相关的下调基因。【方法】以1岁龄贵州白山羊为供试对象,在其发情3 d后,采集第一卵泡波中的优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF),分别分离其颗粒细胞... 详细信息

【目的】对山羊优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF)颗粒细胞进行高通量测序,筛选并研究与山羊卵泡发育相关的下调基因。【方法】以1岁龄贵州白山羊为供试对象,在其发情3 d后,采集第一卵泡波中的优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF),分别分离其颗粒细胞,提取rna并进行文库构建、Illumina测序,将获得的序列与山羊的Refseq数据库进行比对后,用DEseq2软件对获得的rna进行差异表达分析,并对表达下调的基因进行GO分析和KEGG信号通路分析,最后通过Real-time PCR对筛选出的表达下调基因进行验证。【结果】将测序结果与山羊的Refseq数据库比对后,共获得了33896个基因。经DEseq2软件对获得的mrna进行差异表达分析,共获得695个差异表达m-rna,其中462个表达显著下调,233个表达则显著上调;对462个表达下调基因进行GO分析,共分为2大类39组,其中参与生物学过程(BP)的基因占48.7%;与细胞组分(CC)有关的基因占51.3%。KEGG信号通路分析发现20条通路,其中参与癌症通路基因富集最为显著。从下调基因中筛选出6个可能会抑制山羊卵泡发育的基因,分别为PTX3、LDLR、RGN、NID1、PDLIM5、PRLR。Real-time PCR结果显示,RGN、NID1、PDLIM5、PRLR在SF与DF中的表达趋势与高通量测序结果一致,且RGN在SF颗粒细胞中的表达量极显著高于DF(P<0.01),NID1、PDLIM5在SF颗粒细胞中的表达量显著高于DF(P<0.05);PTX3、LDLR在SF与DF中表达量与高通量测序结果相反。【结论】获得的6个表达下调基因在山羊卵泡发育过程中可能会抑制卵泡的发育,最终导致卵泡闭锁。

关键词：山羊卵泡发育下调基因高通量测序卵泡闭锁 rna-seq技术

基于rna-seq技术对静原鸡ADSSL1基因的筛选及其表达量的分析

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基因组学与应用生物学 2021年第7期40卷 2476-2483页

作者：郭菊邓占钊周子航王卫振王影禹保军虎红红顾亚玲辛国省张娟宁夏大学农学院银川750021 彭阳县畜牧技术推广服务中心彭阳756500 宁夏大学生命科学学院宁夏饲料工程技术研究中心银川750021

利用rna-seq技术筛选影响肉质鲜味的相关差异基因,运用实时荧光定量PCR(realtime quantita tive PCR,RT-qPCR)技术对宁夏地方品种静原鸡胸肌和腿肌组织中已筛选的与肉质鲜味相关基因的m rna表达量进行测定,结果表明:静原鸡胸肌和腿肌之... 详细信息

利用rna-seq技术筛选影响肉质鲜味的相关差异基因,运用实时荧光定量PCR(realtime quantita tive PCR,RT-qPCR)技术对宁夏地方品种静原鸡胸肌和腿肌组织中已筛选的与肉质鲜味相关基因的m rna表达量进行测定,结果表明:静原鸡胸肌和腿肌之间的显著差异表达基因为666个,其中显著上调的基因有256个(Prna表达量极显著高于腿肌(P<0.01)。本试验结果为研究肌苷酸相关候选基因的筛选提供了科学依据,同时为后续深入了解ADSSL1基因提供了理论参考。

关键词：静原鸡 rna-seq技术 ADSSL1基因 RT-qPCR

基于rna-seq技术研究枸杞多糖对环磷酰胺致雏鸡免疫抑制的拮抗机制

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畜牧兽医学报 2023年第8期54卷 3519-3532页

作者：王建东唐玉林王敏张宝锁杨富强高海慧于洋郭延生宁夏农林科学院动物科学研究所银川750002 宁夏大学农学院银川750021 宁夏银川市妇幼保健院银川750001 宁夏顺宝现代农业股份有限公司青铜峡751600

本试验旨在基于rna-seq技术研究枸杞多糖对环磷酰胺致雏鸡免疫抑制的拮抗机制,分析脾中与免疫相关差异表达基因的变化,为枸杞多糖拮抗雏鸡免疫抑制机制提供参考依据。将120只7日龄海兰褐蛋鸡随机分成3个组,分别为空白组(NC)、环磷酰胺组... 详细信息

本试验旨在基于rna-seq技术研究枸杞多糖对环磷酰胺致雏鸡免疫抑制的拮抗机制,分析脾中与免疫相关差异表达基因的变化,为枸杞多糖拮抗雏鸡免疫抑制机制提供参考依据。将120只7日龄海兰褐蛋鸡随机分成3个组,分别为空白组(NC)、环磷酰胺组(CY)及枸杞多糖组(CYLbGp),CY和CYLbGp两组连续3 d每日胸肌注射80 mg·kg^(-1)环磷酰胺建立免疫抑制雏鸡模型,NC组肌注等体积生理盐水,CYLbGp组在模型建立后通过饮水的方式每天给予5 mg·kg^(-1)枸杞多糖,连续30 d。给药结束后,每组随机选取6只雏鸡采集脾,采用rna-seq技术检测3组在给予枸杞多糖后的差异表达基因。通过KEGG通路富集分析和蛋白质互作(PPI)网络分析,筛选关键差异基因和通路。结果表明,枸杞多糖干预后共有178个差异表达基因显著回调,显著富集在线粒体自噬-动物、趋化因子信号通路、C型凝集素受体信号通路、B细胞受体信号通路、血小板活化、自然杀伤细胞介导的细胞毒性和Th1和Th2细胞分化等免疫相关通路上。PPI分析结果表明,磷酸肌醇3激酶调节亚基(PIK 3CD)、Janus激酶3(JAK 3)、GATA结合蛋白3(GATA 3)、低氧诱导因子(HIF 1A)、NK2同源异型框5(NKX 2-5)和肌醇多磷酸磷酸酶样1(INPPL 1)为其中的关键基因。RT-qPCR结果与转录组学数据变化趋势基本一致,进一步表明转录组数据有较高的可靠性。综上,枸杞多糖通过作用于PIK 3CD、JAK3、GATA3、HIF 1A、和INPPL 1等关键靶点,参与线粒体自噬、趋化因子信号通路、C型凝集素受体信号通路、B细胞受体信号通路、血小板活化、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、Th1和Th2细胞分化等信号通路的调控,进而起到缓解雏鸡免疫抑制的作用。

关键词： rna-seq技术免疫抑制枸杞多糖环磷酰胺脾

基于rna-seq技术的塔里木马鹿毛色相关差异表达基因筛选及初步分析

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畜牧兽医学报 2020年第10期51卷 2413-2424页

作者：苏比奴尔·艾力塔依尔江·麦麦提布威海丽且姆·阿巴拜科日马合木提·哈力克新疆大学生命科学与技术学院乌鲁木齐830046 新疆维吾尔医学专科学校和田848000

旨在基于rna-seq技术对塔里木马鹿毛色相关基因进行筛选及分析。采用Illumina Hi seq TM2000测序平台对塔里木马鹿和天山马鹿的皮肤组织进行转录组测序,所得序列经质控、组装后比对到NR、Swiss-Prot、COG、KOG、KEGG、GO和Pfam数据库中... 详细信息

旨在基于rna-seq技术对塔里木马鹿毛色相关基因进行筛选及分析。采用Illumina Hi seq TM2000测序平台对塔里木马鹿和天山马鹿的皮肤组织进行转录组测序,所得序列经质控、组装后比对到NR、Swiss-Prot、COG、KOG、KEGG、GO和Pfam数据库中注释,并对差异表达基因进行筛选、功能注释和富集分析。结果表明,测序获得25 038个有注释信息的Unigenes,比对分析显示,塔里木马鹿与天山马鹿有922个差异表达基因,其中上调表达基因495个,下调表达基因427个;GO功能富集分析结果显示,568个差异表达基因富集到61个GO条目上,分别参与了生物学过程、细胞组分及分子功能;KEGG代谢通路富集分析发现,在差异表达基因中富集最显著的代谢通路是ECM-受体相互作用。利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法分析与塔里木马鹿毛色相关的7个候选基因的转录水平变化来验证转录组测序结果的准确性和可靠性,这些基因的表达趋势与转录组测序结果相一致。ECM-受体相互作用、蛋白质消化与吸收、PI3K-Akt信号通路及与黑色素合成相关的酪氨酸等通路可能与塔里木马鹿的毛色有关;候选基因MITF、Ggt1、VDR、PTPRF、CIITA、ARPC5L、POMC等可能在塔里木马鹿毛色形成过程中发挥重要作用。本研究结果为今后塔里木马鹿毛色相关基因的分子调控机制方面及挖掘潜在的新基因提供了丰富的试验数据。

关键词：塔里木马鹿 rna-seq技术毛色差异表达基因 qRT-PCR

rna-seq技术分析宫颈癌与癌旁组织差异表达基因效果

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医学理论与实践 2021年第2期34卷 314-315,351页

作者：谯敏黄树峰武艳玲广东省深圳市南山区蛇口人民医院妇科 518000

目的:探讨基于rna-seq技术分析宫颈癌与癌旁组织差异表达基因的应用效果,明确宫颈癌发病机制。方法:选取2019年7月—2020年6月本院收治的3例确诊为宫颈癌的患者为分析对象,通过rna-seq技术对宫颈癌与癌旁组织予以转录组测序,应用生物信... 详细信息

目的:探讨基于rna-seq技术分析宫颈癌与癌旁组织差异表达基因的应用效果,明确宫颈癌发病机制。方法:选取2019年7月—2020年6月本院收治的3例确诊为宫颈癌的患者为分析对象,通过rna-seq技术对宫颈癌与癌旁组织予以转录组测序,应用生物信息方法分析差异基因本体及通路富集性。结果:在宫颈癌及癌旁组织中总共发现差异表达基因1746个,其中表达上调基因754个,表达下调基因992个。功能富集性分析结果显示,差异基因主要富集在DNA损伤、细胞黏附相关的信号通路上。并且在宫颈癌及癌旁组织中存在RAB22A-BCASI融合基因。结论:RAB22A-BCASI融合基因、细胞黏附信号通路同宫颈癌发病机制存在相关性,可能是导致发生宫颈癌的原因。

关键词： rna-seq技术宫颈癌癌旁组织差异表达基因细胞黏附

基于rna-seq技术挖掘贵州白山羊公羊背最长肌生长发育下调基因

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中国兽医学报 2021年第9期41卷 1848-1856页

作者：安清明王星吴震洋孟金柱赵园园铜仁学院农林工程与规划学院贵州省梵净山地区生物多样性保护与利用重点实验室贵州铜仁554300 甘肃农业大学草食动物生物技术重点实验室甘肃兰州730070

旨在探讨性别对贵州白山羊肌肉生长和肉品质影响的分子遗传机制,筛选出公羊背最长肌生长发育相关的下调基因。本研究采集6只同等饲养水平条件下、2周岁龄贵州白山羊背最长肌(公、母羊各3只),然后基于rna-seq技术分析背最长肌rna表达情况... 详细信息

旨在探讨性别对贵州白山羊肌肉生长和肉品质影响的分子遗传机制,筛选出公羊背最长肌生长发育相关的下调基因。本研究采集6只同等饲养水平条件下、2周岁龄贵州白山羊背最长肌(公、母羊各3只),然后基于rna-seq技术分析背最长肌rna表达情况,筛选出差异表达下调基因,并进行GO和KEGG信号通路分析,最后选取4个差异表达下调基因进行RT-PCR验证。结果显示,在所有山羊背最长肌样本中共检测到25089个有效基因(FPKM≥1,Prna进行GO功能富集分析,可主要分为生物学过程和细胞组分两大类,包含21个亚类。KEGG信号通路分析发现被注释的差异基因共参与145条信号通路,其中参与核糖体信号通路的基因最为富集,共有27个基因被注释到对应的25个核糖体蛋白上。对选取的4个差异表达下调候选基因KLF11、TNS1、SIK2和IGF1R进行验证,RT-PCR结果表明4个候选基因的mrna表达趋势与rna-seq检测结果一致,且差异均比较显著(Prna-seq测序结果可靠。综上,本研究基于rna-seq技术共获得贵州白山羊公羊背最长肌下调基因514个,其中100个为新发掘基因,参与核糖体信号通路的基因最为富集。初步认为筛选获得的基因可作为探究贵州白山羊肌肉生长发育的候选基因,对贵州白山羊肌肉生长发育的分子改良提供了依据。

关键词：贵州白山羊 rna-seq技术背最长肌生长发育候选基因

基于rna-seq技术鱼类转录组学研究的文献分析

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水产学杂志 2020年第1期33卷 67-72页

作者：胡安东张明洋程振涛姜海波文明贵州大学动物科学学院贵州贵阳550025 贵州大学动物疫病研究所贵州贵阳550025 贵州省动物疫病与兽医公共卫生重点实验室贵州贵阳550025

近年来转录组测序技术即rna-seq技术在鱼类研究中备受关注,为探究当前鱼类转录组领域研究热点,本文检索、处理分析了2010—2018年Web of Science核心合集数据库收录相关文献。结果发现:从2010—2018年共检索到有关鱼类转录组学研究论文... 详细信息

近年来转录组测序技术即rna-seq技术在鱼类研究中备受关注,为探究当前鱼类转录组领域研究热点,本文检索、处理分析了2010—2018年Web of Science核心合集数据库收录相关文献。结果发现:从2010—2018年共检索到有关鱼类转录组学研究论文687篇,论文发表数量快速上升;论文发表数量排名前三位的国家是中国、美国和德国,但中国发表的论文中心性偏低;鱼类转录组研究的主要内容是转录组注释、新转录本鉴定、转录后修饰(rna剪接)、单核苷酸多态性鉴定和转录水平量化。这些文献分析结果可为今后鱼类转录组研究提供有益的参考。

关键词： rna-seq技术鱼类转录组文献分析

基于rna-seq技术的干酪基质下红曲霉生长转录组初步信息分析

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中国酿造 2017年第11期36卷 118-121页

作者：焦晶凯上海乳业生物工程技术研究中心乳业生物技术国家重点实验室上海200436

采用转录组测序(rna-seq)技术,对生长在干酪基质环境下的红曲霉(Monascus)进行了转录组分析。采用第二代测序技术,基于Illumina Next seq 500测序平台进行分析,得到了序列总长度为59 935 140 bp的转录本(transcripts),22 377 414 bp长... 详细信息

采用转录组测序(rna-seq)技术,对生长在干酪基质环境下的红曲霉(Monascus)进行了转录组分析。采用第二代测序技术,基于Illumina Next seq 500测序平台进行分析,得到了序列总长度为59 935 140 bp的转录本(transcripts),22 377 414 bp长度的非重复序列基因(unigene),共18 042条。对聚类得到的Unigene与数据库NR、GO、KEGG、egg NOG和Swiss-Prot进行比对并作基因功能注释,注释到GO数据库的序列有12 186条,注释到egg NOG数据库的序列有17 777条,KEGG中有3 251条序列被注释到,涉及的pathway有42条。这些注释信息的完成在基因组学上为红曲霉应用于干酪的生产提供了重要依据。

关键词：红曲霉干酪转录组 rna-seq技术基因注释