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我国近5年类NADC30 PRRSV毒株序列的重组及限制性片段长度多态性分析

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中国兽医学报 2023年第8期43卷 1594-1603页

作者：王彪谷尚品侯晓璇王孟月王小娟谭菲菲田克恭河南农业大学动物医学院河南郑州450046 国家兽用药品工程技术研究中心河南洛阳471000

为了解我国类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)毒株的流行和遗传变异情况,本研究利用生物信息学软件对本实验室2016-2020年获得的64条类NADC30毒株序列进行分析。Nsp2氨基酸序列比对结果表明,64株毒株均表现出与NADC30毒株一致的13... 详细信息

为了解我国类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)毒株的流行和遗传变异情况,本研究利用生物信息学软件对本实验室2016-2020年获得的64条类NADC30毒株序列进行分析。Nsp2氨基酸序列比对结果表明,64株毒株均表现出与NADC30毒株一致的131个不连续的氨基酸缺失。其中,9株在Nsp2区域除该缺失特征外,另含有额外的氨基酸缺失。基于全基因组遗传演化分析结果表明,61株分布在Sublineage 1.8(类NADC30),3株分布在Lineage 8(HP-PRRSV)。而基于ORF5序列的遗传演化分析结果则更分散,56株分布在SubLineage 1.8,5株分布在Lineage 8,2株分布在Lineage 5(类VR2332),1株分布在Sublineage 1.5(类NADC34)。经RFP4和Simplot生物学软件进行重组分析结果表明,64株毒株中可能有44株为重组毒株,共表现出5种重组模式,其中以NADC30提供骨架,HP-PRRSV提供重组片段为主要模式。重组热点分布在非结构蛋白区域5′UTR~1500 nt(Nsp1)、5374~8177 nt(Nsp4~Nsp9)和结构蛋白区域12100~13279 nt(ORF2~ORF4)。RFLP结果表明,64条ORF5序列共存在12种RFLP模式,其中与美国高致病性变异株PRRSV RFLP1-4-4 Lineage1C相同的模式RFLP 1-4-4数量最多,共31株。综上所述,本研究为了解我国类NADC30毒株的遗传演化、重组分析和防控提供借鉴意义。

关键词： PRRSV 类NADC30 遗传演化分析重组热点 RFLP

First report on molecular characterization of Leishmania species from cutaneous leishmaniasis patients in southern Khyber Pakhtunkhwa province of Pakistan

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Asian Pacific Journal of Tropical Medicine 2017年第7期10卷 785-788页

作者： Mubbashir Hussain Shahzad Munir Sultan Ayaz Bahar Ullah Khattak Taj Ali Khan Niaz Muhammad Muhammad Anees Hazir Rahman Muhammad Qasim Muhammad Ameen Jamal Irfan Ahmed Kashif Rahim Humaira Mazhar Noha Watanay Mohamed Kasbari Vector Borne Diseases Laboratory Department of MicrobiologyKohat University of Science and Technology Kohat Department of Plant Pathology Faculty of Plant ProtectionYunnan Agricultural University College of Animal Husbandry and Veterinary Sciences Abdul Wali Khan University Mardan College of Animal Science and Technology Yunnan Agricultural University Yunnan Provincial Key Laboratory of Animal Nutrition and Feed Yunnan Agricultural University Beijing Key Laboratory of Genetic Engineering Drug and Biotechnology Institute of Biochemistry and BiotechnologyCollege of Life SciencesBeijing Normal University US Naval Medical Research Unit-3 (NAMRU 3) ANSES Animal Health Laboratory

Objective: To report presence of Leishmania major in Khyber Pakhtunkhwa of Pakistan, where cutaneous leishmaniasis(CL) is endemic and was thought to be caused by Leishmania tropica only. Methods: Biopsy samples from 432 CL suspected patients were collected from 3 southern districts of Khyber Pakhtunkhwa during years 2011–2016. Microscopy on Giemsa stained slides were done followed by amplification of the ribosomal internal transcribed spacer 1 gene. Results: Leishmania amastigotes were detected by microscopy in 308 of 432 samples(71.3%) while 374 out of 432 samples(86.6%) were positive by ribosomal internal transcribed spacer 1 PCR. Subsequent restriction fragment length polymorphism confirmed Leishmania tropica in 351 and Leishmania major in 6 biopsy samples. Conclusions: This study is the first molecular characterization of Leishmania species in southern Khyber Pakhtunkhwa. It confirmed the previous assumptions that anthroponotic CL is the major CL form present in Khyber Pakhtunkhwa province. Furthermore, this is the first report of Leishmania major from a classical anthroponotic CL endemic focus identified in rural areas of Kohat district in southern Khyber Pakhtunkhwa.

关键词： Cutaneous leishmaniasis ITS-PCR RFLP Leishmania tropica Khyber Pakhtunkhwa

Genetic variability of Rhizoctonia solani Kühn and its resistance to fungicides

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Studies in Fungi 2020年第1期5卷 381-391页

作者： Castillo RF Gallegos G Flores OA Aguilar GC Rodriguez HR Hernandez CFD Saltillo Experimental Station Instituto Nacional de Investigaciones Forestales Agrícolas y Pecuarias.Carr.Saltillo-Zacatecas km 342+119No.9515Col.ExHacienda de BuenavistaSaltilloCoah.C.P.25315 Department of Agricultural Parasitology Universidad Autónoma Agraria Antonio NarroBuenavista25315SaltilloCoahuilaMéxico Food Research Department School of Chemical SciencesUniversidad Autónoma de Coahuila25000SaltilloCoahuilaMexico

The aims of this study are to determine the population genetic structure of Rhizoctonia solani,associated with potato,and to assess its resistance degree to pencycuron and thiabendazole fungicides.A total of 57 strains of R.Solani were isolated from different potato crop fields in Mexico,and were classified according to their anastomosis group(AG)using the polymerase chain reaction(PCR)and restriction fragment length polymorphism(RFLP)-based analysis.Then,the amplified fragments were digested with four different endonucleases(Mse I,Ava II,Mun I and Hinc II).The Repetitive Element Sequence-Based PCR(rep-PCR)technique was used to determine the genetic diversity in R.solani populations.Results obtained by PCR-RFLP showed that 81%of the isolates were identified as belonging to AG-3 group,14%to AG1-1B and 5%to AG-11 group.In response to fungicides inhibition,IC_(50)between 0.014-0.039 mg a.i./L for pencycuron,and 0.82 to 2.91 for thiabendazole were determined,This IC_(50)value showed that the resistance factor(RF)values ranged from 1.4 to 3.945 and 0.27 to 0.97,respectively;this tendency suggests that isolates are susceptible to thiabendazole.The AG groups showed a heterogeneous resistance to pencycuron and thiabendazole,being more tolerant to these fungicides AG1-1B and AG-11 groups.The genetic analysis shows a low genetic diversity among(P-value 0.3225)and within(P-value 0.3275)populations;this can indicate a clonal reproduction and little parasexual cycle among the analyzed isolations.

关键词： Anastomosis group genetic diversity genetic resistance Mexico PCR RFLP parasexual cycle REP PCR Wright’s statistics

基于16S-rDNA序列的核桃细菌性疫病病原菌遗传多态性分析

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河北农业大学学报 2016年第5期39卷 63-68页

作者：傅本重陈倩倩魏蜜朱洁倩杨新河李国元邹礼平汪殿蓓湖北工程学院生命科学技术学院湖北孝感432000 特色果蔬质量安全控制湖北省重点实验室湖北孝感432000 湖北省植物功能成分利用工程技术研究中心湖北孝感432000

核桃细菌性疫病(Xanthomonas arboricola pv.juglandis)是世界范围内核桃产区最主要的细菌病害,对其病原菌16S-rDNA的序列进行分析,为阐明其遗传多样性提供参考。本研究从湖北省保康县和丹江口市多个核桃园采集病样,对不同核桃病组织样... 详细信息

核桃细菌性疫病(Xanthomonas arboricola pv.juglandis)是世界范围内核桃产区最主要的细菌病害,对其病原菌16S-rDNA的序列进行分析,为阐明其遗传多样性提供参考。本研究从湖北省保康县和丹江口市多个核桃园采集病样,对不同核桃病组织样进行分离纯化,得到77个病原菌类似菌株,对部分菌株进行了接种和分子鉴定。用通用引物27F和1492R对其中有代表性的22株进行16S-rDNA的PCR扩增和测序。用软件MEGA7.0对所有测序结果进行遗传发育树分析,菌株之间平均遗传距离为0.244。用3种限制性内切酶MspI、AfeI和HinfI对16S-rDNA的PCR产物进行酶切,酶切结果用软件NTSYSpc2.1进行聚类分析。所有菌株之间相似系数大于52%,在76%的相似水平,可以将22个菌株划分为6个类群。用软件ApE对所有序列进行同样的3个酶切,RFLP分析结果与试验酶切结果相似。不同方法构建的聚类和发育树分析结果表明,湖北省不同地理来源和病组织的菌株存在一定的遗传多态性。

关键词：核桃细菌性疫病 16S-rDNA RFLP MEGA 遗传多样性

棉花细胞质雄性不育系‘07-113A’与其保持系线粒体差异基因发掘与表达分析

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中国农业大学学报 2019年第11期24卷 59-69页

作者：李斌郑杰孔祥军李敏廖小芳周步进李枝玲周瑞阳广西大学农学院南宁530004 广西高校植物遗传育种重点实验室南宁530004

为发掘棉花细胞质雄性不育相关基因,采用RFLP分子标记、Northern blot、同源克隆及RT-qPCR的方法,对离核木棉细胞质雄性不育系‘07-113A’及其保持系‘07-113B’进行线粒体差异基因发掘和表达分析。结果表明:1)以12个线粒体基因为探针,... 详细信息

为发掘棉花细胞质雄性不育相关基因,采用RFLP分子标记、Northern blot、同源克隆及RT-qPCR的方法,对离核木棉细胞质雄性不育系‘07-113A’及其保持系‘07-113B’进行线粒体差异基因发掘和表达分析。结果表明:1)以12个线粒体基因为探针,结合EcoRⅠ和HindⅢ2种限制性内切酶对不育系和保持系进行RFLP分析,发现atpA/EcoRⅠ及ccmB/EcoRⅠ2个基因/酶组合存在RFLP多态性;2)以atpA和ccmB为探针,对‘07-113A’和‘07-113B’进行Northern blot分析,检测到atpA、ccmB在不育系和保持系中转录本大小均相同;3)获得atpA的CDS全长及其部分侧翼序列,比对结果表明,不育系和保持系的atpA编码序列相同;与保持系相比,不育系5′端侧翼序列有2个碱基的变异,3′端侧翼序列有4个碱基的变异;4)RT-qPCR分析发现,不育系中atpA在败育后的表达量是保持系的0.44倍,极显著低于保持系。推测‘07-113A’花粉败育可能与atpA的异常表达相关。

关键词：棉花细胞质雄性不育 RFLP atpA 基因表达

利用RFLP分型方法鉴定牛源性链球菌和肠球菌

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中国预防兽医学报 2016年第6期38卷 467-470页

作者：蔡金山阚威赵兴绪殷宏甘肃农业大学动物医学学院甘肃兰州730070 青海省动物疫病预防控制中心青海西宁810001 中国农业科学院兰州兽医研究所甘肃兰州730046

为分离及种属鉴定引起牛乳腺炎相关的链球菌和肠球菌,本研究于兰州及周边地区采集疑似奶牛乳腺炎乳样382份,通过THB(Todd-Hewitt Broth)固体选择培养基初步分离到67株疑似链球菌或疑似肠球菌。参照已发表文献合成链球菌属16S r RNA和16S... 详细信息

为分离及种属鉴定引起牛乳腺炎相关的链球菌和肠球菌,本研究于兰州及周边地区采集疑似奶牛乳腺炎乳样382份,通过THB(Todd-Hewitt Broth)固体选择培养基初步分离到67株疑似链球菌或疑似肠球菌。参照已发表文献合成链球菌属16S r RNA和16S^23S r RNA间隔区基因引物序列,扩增分离菌株16S^23S r RNA间隔区序列,产物分别利用AluⅠ和RsaⅠ单酶切消化,并以参考菌株的16S^23S r RNA酶切图谱为参考,对分离株进行限制性片段多态性(RFLP)分类分析;再选取各RFLP类群的任一菌株,扩增其16S r RNA基因并测序,并经NCBI核酸数据库进行比对,结果显示67株疑似链球菌中有53株为粪肠球菌(79.1%)、3株为屎肠球菌(4.5%)、3株为肠道肠球菌(4.5%)、8株为无乳链球菌(11.9%)。结果表明肠球菌属细菌(粪肠球菌、肠道肠球菌、屎肠球菌)与兰州市及周边地区奶牛乳腺炎的发病紧密相关,肠球菌属细菌与链球菌属细菌16S r RNA基因同源性很高,但可以通过分子生物学方法准确区分。

关键词：奶牛乳腺炎链球菌肠球菌 16S-23S rRNA RFLP

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需求驱动的无人平台架构设计方法

需求驱动的无人平台架构设计方法

第四届体系工程学术会议——数字化转型中的体系工程

作者：马君达王宏伟鲁金直王国新阎艳北京理工大学兵器工业信息中心洛桑联邦理工学院

本文针对复杂系统中异构需求难以在系统设计过程中实现一致性表达的问题,提出一种需求驱动的基于模型的系统工程(MBSE)方法,从系统利益相关人要求出发,采用开放式生命周期服务实现异构需求数据的一致描述,通过服务化实现需求与系统模型... 详细信息

本文针对复杂系统中异构需求难以在系统设计过程中实现一致性表达的问题,提出一种需求驱动的基于模型的系统工程(MBSE)方法,从系统利益相关人要求出发,采用开放式生命周期服务实现异构需求数据的一致描述,通过服务化实现需求与系统模型的可追溯管理,同时基于多架构建模方法支持系统需求、功能、逻辑、架构的形式化表达。在此过程中采用混合状态机仿真技术实现系统的动态验证,基于可满足性模理论实现系统指标的静态验证及优化设计。最后以无人平台为研究对象对该方法的可行性和有效性进行了验证。

关键词： MBSE 无人平台 RFLP 多架构建模方法

来源： cnki会议评论

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植原体分类鉴定研究进展

植物检疫 2020年第5期34卷 13-20页

作者：杨毅姜蕾李世访中国热带农业科学院环境与植物保护研究所/农业部热带作物有害生物综合治理重点实验室/海南省热带农业有害生物监测与控制重点实验室海南海口571101 中国农业科学院植物保护研究所

植原体(Phytoplasma)是一类重要的植物病原细菌。植原体的分类鉴定是植原体研究和病害防控的基础。本文介绍植原体病原发现的历史,植原体属的系统分类地位以及种、组、亚组分类鉴定的规则,现今已正式命名的植原体种和组,植原体分类鉴定... 详细信息

植原体(Phytoplasma)是一类重要的植物病原细菌。植原体的分类鉴定是植原体研究和病害防控的基础。本文介绍植原体病原发现的历史,植原体属的系统分类地位以及种、组、亚组分类鉴定的规则,现今已正式命名的植原体种和组,植原体分类鉴定的注意事项,并对分类鉴定研究的发展趋势进行了展望。

关键词：植原体分类鉴定 16S rRNA RFLP

基于16S rDNA序列的柚喀木虱体内共生菌多样性研究

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北方园艺 2020年第3期 22-28页

作者：高娃吴丰年王妍晶徐长宝岑伊静包头市农牧业科学研究院内蒙古包头014013 韩山师范学院食品工程与生物科技学院广东潮州521041 浙江农林大学农业与食品学院浙江杭州311300 华南农业大学柑桔黄龙病研究室/广东省生物农药创制与应用重点实验室广东广州510642

柚喀木虱Cacopsylla citrisuga Yang&Li是柑桔黄龙病的传播媒介,在云南省宏德州主要为害柠檬、柚子等果树类的嫩梢及嫩叶,其成虫及若虫体内均检测到黄龙病亚洲种病原菌‘Candidates Liberibacter asiaticus’。该研究基于16S rDNA基因的... 详细信息

柚喀木虱Cacopsylla citrisuga Yang&Li是柑桔黄龙病的传播媒介,在云南省宏德州主要为害柠檬、柚子等果树类的嫩梢及嫩叶,其成虫及若虫体内均检测到黄龙病亚洲种病原菌‘Candidates Liberibacter asiaticus’。该研究基于16S rDNA基因的RFLP指纹图谱法,建立了野外柠檬和柚子上柚喀木虱成虫体内微生物的16S rDNA文库,分析了柚喀木虱体内共生菌多样性。结果表明:柚喀木虱体内存在共9种体内共生菌,木虱/喀木虱次生共生菌(secondary endosymbiont of Psylla/secondary endosymbiont of Cacopsylla)、不可培养菌(uncultured bacterium)、Arsenophonus endosymbiont、Pantoea sp.、uncultured Erwiniasp.、Pseudomonas sp.、Rahnella sp.、Enterobacter sp.、Wolbachieae bacterium。根据指纹图谱结果分析,每个文库所分布操作单元(OUT)结果均不同,表明不同寄主植物及性别的柚喀木虱成虫体内共生菌的种类及数量存在差异。

关键词：柚喀木虱 16S rDNA RFLP 体内共生菌多样性黄龙病