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rep-pcr指纹图谱技术在乳酸菌鉴定中的应用

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中国乳品工业 2010年第5期38卷 4-6页

作者：满朝新迟涛胡博韬房玉国王旻周艳秋韩琳琳胡惠秩姜毓君东北农业大学黑龙江省乳品工业技术开发中心哈尔滨150030 东北农业大学乳品科学教育部重点实验室哈尔滨150030

采用了rep-pcr指纹图谱技术,对分离自内蒙古通辽地区的传统发酵乳中的乳酸菌进行了鉴定和多样性分析。应用rep-pcr指纹图谱技术能够对实验菌株达到非常好的分辨能力。结果表明,该地区的乳酸菌呈现出非常高的多样性,其中Lactobacillus pl... 详细信息

采用了rep-pcr指纹图谱技术,对分离自内蒙古通辽地区的传统发酵乳中的乳酸菌进行了鉴定和多样性分析。应用rep-pcr指纹图谱技术能够对实验菌株达到非常好的分辨能力。结果表明,该地区的乳酸菌呈现出非常高的多样性,其中Lactobacillus plantarum和Lactobacillus helveticus等6种菌种是这些传统发酵乳中常见的种,而植物乳杆菌Lactobacillus plantarum为优势种;而且还发现同一乳酸菌种群指纹图谱存在一些特征性的条带,这将为我们快速鉴定乳酸菌提供了理论依据。

关键词：乳酸菌 rep—pcr 传统发酵乳制品

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rep-pcr技术及其应用现状

上海畜牧兽医通讯 2014年第3期 24-26页

作者：赵燕梅张吉明许庆方山西农业大学动物科技学院山西太谷030801

本文着重介绍rep-pcr技术原理、特点及其在细菌、真菌、环境微生物遗传多样性研究方面的应用。rep-pcr目前发展迅速并被广泛应用于多种细菌基因分类,此方法操作方便,可以大样本进行,且分辨效果好,可重复性强。现在rep-pcr可自动化分型,... 详细信息

本文着重介绍rep-pcr技术原理、特点及其在细菌、真菌、环境微生物遗传多样性研究方面的应用。rep-pcr目前发展迅速并被广泛应用于多种细菌基因分类,此方法操作方便,可以大样本进行,且分辨效果好,可重复性强。现在rep-pcr可自动化分型,并可建立各种细菌rep、ERIC-pcr分型标准数据库。但rep-pcr也存在一定问题,不同来源或不同批次的引物和酶,对rep-pcr结果都有一定的影响。

关键词： rep—pcr rep—pcr技术特点 rep^pcr应用现状

福建病圃与大田稻瘟菌群体遗传谱系和毒性类型的比较

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植物保护学报 2007年第5期34卷 480-486页

作者：阮志平刘文德郑武鲁国东王宗华厦门市园林植物园福建厦门361003 福建农林大学生物农药与化学生物学教育部重点实验室福州350002

用rep-pcr方法分析了病圃和大田的稻瘟菌的遗传谱系组成,并在CO39NILs6个近等基因系品种上进行毒性类型分析。结果表明,不同群体之间的遗传谱系和毒性类型均不完全相同,福建稻瘟菌群体在年度间存在明显的优势谱系,1999、2000年的优势谱... 详细信息

用rep-pcr方法分析了病圃和大田的稻瘟菌的遗传谱系组成,并在CO39NILs6个近等基因系品种上进行毒性类型分析。结果表明,不同群体之间的遗传谱系和毒性类型均不完全相同,福建稻瘟菌群体在年度间存在明显的优势谱系,1999、2000年的优势谱系均为CFL03,2001年为CFL07;两个季节中的谱系类型组成差异小,早季病圃和大田及晚季大田优势谱系均为CFL07。年度间病圃与大田的毒性类型组成和优势类型都有很大的变化,1999年病圃的优势毒性类型为I20.1,而2000年则为I24.1和I34.1两个类型;毒性类型I1.1、I5.1、I11.1、I26.1和I35.0只在1999年出现,而毒性类型I4.1和I14.1只在2000年出现。两个季节中病圃的毒性类型组成有所差异,早季有1个毒性类型(I35.1)在晚季未出现,晚季有4个毒性类型(I10.1、I31.1、I32.1、I21.1)在早季中未出现,优势毒性类型早季的I14.1变为晚季的I20.1,毒性类型组成也有很大差异,且晚季的比早季的丰富。

关键词：稻瘟菌病圃 rep—pcr 遗传谱系毒性类型

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安徽省水稻条斑病菌群体遗传结构分析

植物病理学报 2014年第5期44卷 521-526页

作者：张立新何涛于建红檀根甲安徽农业大学植物保护学院合肥230036

水稻条斑病菌是近年来影响安徽水稻生产的主要有害生物。本研究利用rep-pcr指纹技术分析了来自安徽11个不同县市的水稻条斑病菌群体遗传结构。用引物BOX、rep和ERIC分别对94个菌株的基因组DNA进行了pcr扩增,结果表明3组引物共扩增出了4... 详细信息

水稻条斑病菌是近年来影响安徽水稻生产的主要有害生物。本研究利用rep-pcr指纹技术分析了来自安徽11个不同县市的水稻条斑病菌群体遗传结构。用引物BOX、rep和ERIC分别对94个菌株的基因组DNA进行了pcr扩增,结果表明3组引物共扩增出了49条指纹条带,且所扩增出的DNA条带均为多态带。在群体平均水平上,安徽省水稻条斑病菌群体Nei’s基因多样性指数(H)为0.32,Shannon信息指数(I)为0.49,表明安徽省水稻条斑病菌的遗传多样性丰富,但病菌的遗传多样性在地区间存在差异。UPGMA聚类分析表明,来自毗邻地区的水稻条斑病菌种群大都聚为一类,水稻条斑病菌种群遗传谱系与地理区域分布呈现一定相关性。同时,安徽省水稻条斑病菌群体存在一定的遗传分化,遗传变异主要来源于群体内部。

关键词：水稻条斑病菌遗传多样性 rep—pcr 遗传分化

来源于同一穗不同稻曲球的稻曲病菌的致病性及遗传多样性

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植物病理学报 2013年第6期43卷 561-573页

作者：俞咪娜陈志谊于俊杰胡建坤尹小乐聂亚锋刘永锋江苏省农业科学院植物保护研究所南京210014

本研究从源于6穗稻曲病穗的48个稻曲球中分离获得稻曲病菌（Ustilaginoideavirens）48株，从3个稻曲球的不同部位分离获得稻曲病菌23株。用注射接种法将菌株分别接种到水稻品种两优培九（感病品种）、淮稻5号（中抗品种）和武育粳3号（... 详细信息

本研究从源于6穗稻曲病穗的48个稻曲球中分离获得稻曲病菌（Ustilaginoideavirens）48株，从3个稻曲球的不同部位分离获得稻曲病菌23株。用注射接种法将菌株分别接种到水稻品种两优培九（感病品种）、淮稻5号（中抗品种）和武育粳3号（抗病品种）上，结果显示分离的菌株致病力分化较大，而菌株在水稻品种上的致病力强弱与已知水稻品种对稻曲病菌的感、抗性趋势基本一致。相同孢子量接种水稻，不同分离菌株之间仍有致病力分化，生长速率测定也发现菌株之间可能存在差异。利用rep—pcr（repetitiveextragenicpalindromicsequencepcr）技术进行菌株遗传多样性分析表明，同穗不同稻曲球分离的菌株中，1号穗分离的4个菌株聚在同一簇群，其余5穗的菌株分别聚在3～5个簇群；同一稻曲球不同部位分离的菌株中，一个稻曲球分离的8个病菌聚在同一簇群，而其余2个稻曲球分离的病菌则分别聚在2～3个簇群。由此推测同一稻穗上不同稻曲球可能是由来源不同的稻曲病菌侵染所形成；而一个稻曲球可以由同一稻曲病菌引起，也存在多个侵染源共同侵染的可能。

关键词：稻曲病菌致病力 rep—pcr

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广东和江西省柑橘溃疡病菌的遗传多样性分析

华南农业大学学报 2014年第4期35卷 71-76页

作者：魏楚丹丁钿叶淦刘琼光华南农业大学资源环境学院广东广州510642 江西省赣州市果业局江西赣州341000

【目的】明确来自广东和江西两省柑橘溃疡病菌菌株之间的分子水平差异.【方法】使用ERIC引物,通过rep-pcr技术,对来自我国广东和江西省12个市(县)12个柑橘品种的71个柑橘溃疡病菌株进行遗传多样性研究.根据DNA指纹特征,并用NTSYS软件聚... 详细信息

【目的】明确来自广东和江西两省柑橘溃疡病菌菌株之间的分子水平差异.【方法】使用ERIC引物,通过rep-pcr技术,对来自我国广东和江西省12个市(县)12个柑橘品种的71个柑橘溃疡病菌株进行遗传多样性研究.根据DNA指纹特征,并用NTSYS软件聚类分析.【结果和结论】71个菌株在相似值为0.64时,可以分为A、B两簇,其中来自江西赣州6个市县的所有溃疡病菌株全部聚在A簇,而来自广东有50%的菌株聚在B簇.取相似值为0.88时,A、B簇又各自分为6个遗传组.广东和江西两省柑橘溃疡病菌存在明显的遗传多样性,不同地理来源和不同柑橘品种之间的溃疡病细菌多样性差异明显.

关键词：柑橘溃疡病柑橘黄单胞柑橘亚种遗传多样性 rep—pcr ERIC—pcr

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内蒙古糖甜菜叶斑病菌的多样性分析

植物保护 2005年第6期31卷 32-36页

作者：尹燕妮张晓梅葛芸英郭坚华南京农业大学植物病理学系江苏南京210095

采用ERIC-pcr,BOX-pcr和ITS的分析方法,对分离自我国内蒙古自治区5个市的21个糖甜菜叶斑病菌菌株进行多样性分析,并与其他12种病原细菌进行比较。ERIC-pcr揭示,在相似性80%上所有参试菌株分为26簇,而BOX-pcr只得到20个簇,暗示这两种短... 详细信息

采用ERIC-pcr,BOX-pcr和ITS的分析方法,对分离自我国内蒙古自治区5个市的21个糖甜菜叶斑病菌菌株进行多样性分析,并与其他12种病原细菌进行比较。ERIC-pcr揭示,在相似性80%上所有参试菌株分为26簇,而BOX-pcr只得到20个簇,暗示这两种短重复序列在基因组中的分布不同;将两者电泳图谱结合,得到介于上述两者间的结果,分为23个簇;在相似率达87%时,ITS分析将21个糖甜菜叶斑病菌菌株分成7簇。3种分析方法相互验证,均说明内蒙古糖甜菜叶斑病菌基因组存在显著多样性。ERIC和BOX聚类证明了糖甜菜叶斑病菌与短小杆菌属(Curtobacterium)亲缘关系较近,与其他属细菌亲缘关系较远。研究证明,ERIC和BOX扩增基因组DNA指纹比ITS图谱具有更强的多样性。

关键词：植物病理学糖甜菜叶斑病菌遗传多样性 rep—pcr ITS

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稻瘟病菌REMI突变体的筛选和鉴定

扬州大学学报（农业与生命科学版） 2006年第2期27卷 91-94页

作者：熊如意刘娟周益军范永坚郑小波江苏省农业科学院植物保护研究所江苏南京210014 南京农业大学植物保护学院江苏南京210095

利用构建的含潮霉素(HygB)抗性标记的质粒pUCATPH在稻瘟病菌菌株M 131中建立一个转化体系,通过限制酶介导整合(REM I)插入诱变技术,以HygB抗性作为突变体筛选标记,获得639个转化子。对其中200个转化子进行表型和致病性测定后,通过点杂... 详细信息

利用构建的含潮霉素(HygB)抗性标记的质粒pUCATPH在稻瘟病菌菌株M 131中建立一个转化体系,通过限制酶介导整合(REM I)插入诱变技术,以HygB抗性作为突变体筛选标记,获得639个转化子。对其中200个转化子进行表型和致病性测定后,通过点杂交鉴定分别获得6个致病性突变菌株和部分表型突变菌株。对2个表型突变菌株和rep-pcr图谱差异性较大的2个致病性突变菌株进行RFLP分析,结果表明:突变体中均已插入质粒,但转化质粒在M 131中整合具有一定的随机性。

关键词：稻瘟病菌 REMI 致病性突变点杂交 rep—pcr RFLP

桑树根际硅酸盐细菌的分离鉴定及解钾能力测定

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蚕业科学 2010年第2期36卷 323-329页

作者：吴凡刘训理张楠张莎莎国辉张本峰仇念全山东农业大学林学院山东泰安271018 湖北省农业科学院经济作物研究所湖北武汉430064

利用选择性培养基,从桑树根际土样中分离获得29个具有解钾能力的细菌分离株,经rep-pcr DNA指纹分析得到24株硅酸盐细菌。通过解钾能力测定,筛选出FK2、FK3、FK8、FK11、FK4′、FK23和PK187个具有较强解钾能力的菌株,其中FK2菌株的解钾... 详细信息

利用选择性培养基,从桑树根际土样中分离获得29个具有解钾能力的细菌分离株,经rep-pcr DNA指纹分析得到24株硅酸盐细菌。通过解钾能力测定,筛选出FK2、FK3、FK8、FK11、FK4′、FK23和PK187个具有较强解钾能力的菌株,其中FK2菌株的解钾能力最强,有效态钾增长41.79%。对这7株具有较强解钾能力的细菌进行菌落形态特征观察及16S rDNA序列测定和同源性分析:FK2菌株为假单胞菌属(Pseudomonas sp.),FK3和FK23菌株为中华根瘤菌属(Sinorhizobium sp.),FK11和FK8菌株为根瘤菌属(Rhizobiumsp.),FK4′菌株为中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium sp.),PK18菌株为屈挠杆菌属(Flexibacter sp.)。

关键词：桑树硅酸盐细菌 rep—pcr DNA指纹分析解钾能力分类菌落形态 16S rDNA