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基于rcv-GroupLasso的基因群筛选——以厦门大学红壳皱纹盘鲍鱼基因数据为例

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基于RCV-GroupLasso的基因群筛选——以厦门大学红壳皱纹盘鲍鱼基...

作者：卫青霞厦门大学

学位级别：硕士

鲍鱼以其丰富而又高价值的营养而著称,但目前我们国家的野生鲍鱼资源几乎被捕获殆尽,就连海产品的养殖业也受到了品种逐渐退化的威胁,所以改良鲍鱼的品种、培育优良鲍鱼至关重要。因而研究影响鲍鱼性状表现的基因便是选育优良鲍鱼必要... 详细信息

鲍鱼以其丰富而又高价值的营养而著称,但目前我们国家的野生鲍鱼资源几乎被捕获殆尽,就连海产品的养殖业也受到了品种逐渐退化的威胁,所以改良鲍鱼的品种、培育优良鲍鱼至关重要。因而研究影响鲍鱼性状表现的基因便是选育优良鲍鱼必要之举。本文研究数据是由厦门大学海洋底栖生物实验室提供的红壳皱纹盘鲍鱼基因数据,由于生物的性状表现型通常是由基因群而非单个基因控制的,这启示我们考虑对基因变量进行聚类的必要性。而本文主要研究影响红壳皱纹盘鲍鱼热应激脱落时间的基因群,旨在通过使用前沿且具有创新性的变量筛选方法,以鲍鱼热应激脱落时间作为典型性状,分析鲍鱼基因对性状的影响,从而对鲍鱼品种选育提供重要的参考。基因变量筛选在生物学研究中具有重大意义,而基因等生物学数据作为超高维数据,其数据特点是变量数目p很大,而样本数量n相对较小,并且超高维变量往往会导致变量之间的伪相关(Spurious Correlation),这一特点决定了传统的回归模型不适合研究该种数据类型,比如经典的Group Lasso方法会低估误差项水平,导致筛选出过多的无关变量。因此本文结合了 Fan(2012)的rcv(Refitted cross-validation)方法和 Group Lasso 的方法,形成 rcv-GroupLasso 方法,该方法首先将数据随机分为两部分:在第一阶段,用变量筛选模型对两部分的数据分别进行变量的选择;第二阶段,将第一阶段中第一部分的筛选出的变量集合,运用到第二部分的数据当中,并据此计算方差,然后反过来将第一步中第二部分数据筛选的变量结合,运用到第一部分数据中,并计算出方差,最终取两个方差的期望值作为模型的方差。以此得到精确的AIC,从而选择更加精确的模型。最终筛选出影响鲍鱼性状的重要基因。本文先通过模拟对比了传统的Group Lasso方法和rcv-GroupLasso的方法,得出rcv-GroupLasso在解决变量之间伪相关性(Spurious Correlation)有很好的效果。并在参考Buhlmann(2012)关于超高维数据类筛选步骤与方法的基础上,将原始数据通过 CSIS(Conditional Sure Independence Screening)方法进行粗筛选,其次对粗筛选后的位点信息进行聚类,分别再对聚出的类使用rcv-GroupLasso进行类筛选,最终根据筛选结果分析得出鲍鱼基因群对热应激脱落时间的影响。并由此可以得到影响红壳皱纹盘鲍鱼热应激脱落时间的重要基因群,为生物学研究节省了进一步基因研究的成本,帮助选育更加优良的红壳皱纹盘鲍鱼。

关键词： Group Lasso 特征筛选 rcv 变量伪相关鲍鱼基因群

SV，Reo-3，MHV，MAd，rcv病毒免疫血清制备及ELISA等检测方法的研究

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SV，Reo-3，MHV，MAd，RCV病毒免疫血清制备及ELISA等检测方法的...

作者：侯丽波中国协和医科大学

学位级别：硕士

实验动物是生命科学研究中不可缺少的实验材料,实验动物质量控制是动物实验成功重要保证,其中病毒学检测是非常重要的内容。为进一步完善大、小鼠病毒检测结果的准确性和稳定性,本课题选择SPF级大、小鼠必检的五种病毒:仙台病毒(SendaiV... 详细信息

实验动物是生命科学研究中不可缺少的实验材料,实验动物质量控制是动物实验成功重要保证,其中病毒学检测是非常重要的内容。为进一步完善大、小鼠病毒检测结果的准确性和稳定性,本课题选择SPF级大、小鼠必检的五种病毒:仙台病毒(SendaiVirus,SV)、呼肠孤Ⅲ型病毒(Reovirus type 3,Reo-3)、小鼠肝炎病毒(Mouse HepatitisVirus,MHV)、小鼠腺病毒(Mouse Adenovirus,MAd)、大鼠冠状病毒(RatCoronaviruses,rcv),从质量控制血清制备着手,并针对仙台病毒和呼肠孤Ⅲ型病毒做ELISA试剂盒的研制,同时尝试建立病原学检测方法,为实现一种病原,多种检测方法以及不同方法比较、丰富检测资源做出努力,同时为利用病毒表达抗原、替代抗原等建立更敏感检测方法提供基础比对方法体系。制备多价病毒抗血清,建立标准化质控血清。采用分离自动物组织的病毒,选择SPF级BALB/c小鼠和Wistar大鼠,定期攻毒方式模拟自然感染使其带毒或患病,待抗体滴度达到一定要求时,收集血清。本实验共制备Mouse anti-SV(IFA 1:640)18 mL,Mouse anti-Reo-3(IFA 1:640)18 mL,Mouse anti-MHV(IFA 1:320)25 mL,Mouseanti-MAd(IFA 1:320)18 mL,Mouse anti-rcv(IFA 1:160)15 mL。制备的抗血清间无交叉反应,血清特异性强、重复性稳定、保存质量高,可以做为标准化检测体系中稳定可靠的质控标准血清。着重建立了SV ELISA体系和Reo-3 ELISA体系。细胞培养大量扩增病毒抗原,并以正常细胞上清作为对照,所制备的对照血清为质控标准,确定抗原工作浓度和判定标准建立ELISA体系,评价其重复性,特异性、灵敏度、稳定性等指标,进行病毒ELISA试剂盒的研制,并以IFA、IEA等方法进行比对。 SV ELISA抗原和标准化小鼠SV血清最佳工作浓度分别为2.5ug/mL和1:6000,酶标二抗工作浓度1:10000;该ELISA检测体系SV特异抗原批内变异系数为7.4%,批间变异系数为4.9%;ELISA检测灵敏度为1:25600;与Reo-3、MHV、MAd、Vaccinia Virus、POLY均无交叉反应;经37℃破坏性试验,2d稳定性试验相对偏差＜20%,均达到质量控制标准要求。 Reo-3 ELISA抗原和标准化小鼠Reo-3血清最佳工作浓度分别为5μg/mL和1:2400;该ELISA检测体系Reo-3特异抗原批内变异系数为3.8%,批间变异系数为4.0%;ELISA检测灵敏度为1:4400:与SV、MHV、MAd、Vaccinia Virus、POLY均无交叉反应。经37℃破坏性试验,2d稳定性试验相对偏差＜27%,均达到质量控制标准要求。建立病原学RT-PCR检测方法。提取病毒培养上清或组织来源病毒液RNA,反转录后优化扩增条件,扩增SV、MHV、Reo-3和rcv获得相应特异性目的条带。针对IFA方法确定为阳性的SV送检血清样本进行的检测中,未获得特异性扩增。本实验制备的病毒抗血清特异性强,滴度高,批量稳定,可作为长期稳定的检测对照,并为大小鼠病毒检测体系的标准化打下基础。而针对SV和Reo-3病毒建立的间接ELISA检测试剂盒,其特异性强、灵敏度高、稳定性好。针对检测病原的RT-PCR方法在实际应用中,不适宜常规检测,但可用于病原跟踪调查和探讨病原抗原抗体检出关系的研究。本研究批量制备了免疫血清并通过质量控制作为阳性对照血清,避免了常规使用感染动物来源血清作为对照血清的缺陷,为标准化检测试剂的建立提供了质量保证。同时,在实验室已有检测条件(IFA,IEA检测体系成熟)上,建立标准规范的ELISA检测体系,并探索病原学PCR检测方法,为实现一种病原,多种检测方法以及不同方法比较迈出重要一步。

关键词：标准化血清 ELISA试剂盒 SV Reo-3 MHV MAd rcv

EPR机组rcv系统热交换器设备射线检测的工艺应用

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无损检测 2016年第12期38卷 15-19页

作者：吴绍炳朱从斌汪为庆王宏印中广核工程有限公司深圳518124

对法国供应商承制的第三代压水堆核电站(EPR)的核岛化学和容积控制系统(rcv)热交换器射线检测(RT)工艺的应用进行分析,识别出rcv热交换器制造过程中射线检测的难点及采取的措施,并总结了检测中的注意事项,为后续其余类型设备的设计、检... 详细信息

对法国供应商承制的第三代压水堆核电站(EPR)的核岛化学和容积控制系统(rcv)热交换器射线检测(RT)工艺的应用进行分析,识别出rcv热交换器制造过程中射线检测的难点及采取的措施,并总结了检测中的注意事项,为后续其余类型设备的设计、检测及质量监督提供参考和借鉴。

关键词： rcv 射线检测暗盒黑度

四行程立式转缸机rcv．91—CD（曲轴输出型）

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航空模型 2009年第5期 68-70页

作者：李培智(编译)

本文介绍的这款立式四行程发动机，大多数航模爱好者不太熟悉，对其具体结构也鲜有了解，甚至少数人还错把这种转缸发动机误认为是旺克尔（Wankel）转子发动机。其实，四行程立式转缸发动机的历史已长达70年。

关键词：四行程发动机转缸立式 rcv 输出曲轴 CD 转子发动机

停堆余热冷却系统-化学容积控制系统热工水力特性分析

维普期刊数据库评论

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核动力工程 2000年第5期21卷 393-397页

作者：彭云康许厚明罗志远倪永君刘莉中国核动力研究设计院成都610041

广东大亚湾核电站 1号机组在维修或冷停堆换料期间，停堆余热冷却系统的化学容积控制系统净化流量严重不足，远远低于设计要求。而该净化流量在电站维修或冷停堆期间起着非常大的作用，改进停堆余热冷却系统，提高化学容积控制系统净化... 详细信息

广东大亚湾核电站 1号机组在维修或冷停堆换料期间，停堆余热冷却系统的化学容积控制系统净化流量严重不足，远远低于设计要求。而该净化流量在电站维修或冷停堆期间起着非常大的作用，改进停堆余热冷却系统，提高化学容积控制系统净化流量成了当务之急。为了确保改进后的停堆余热冷却系统-化学容积控制系统能提供满足系统手册要求的净化流量，本文用 RELAP5/MOD3程序计算分析了大亚湾核电站 1号机组停堆余热冷却系统-化学容积控制系统改进前后的热工水力特性，为制定停堆余热冷却系统-化学容积控制系统的改进方案提供了依据。

关键词：大亚湾电站热工水力特性净化系统 RRA rcv

主泵密封流量分配对化学和容积控制系统设计的影响分析

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核动力工程 2011年第2期32卷 112-115页

作者：王志刚李军李丽娟刘江王晓江中国核电工程有限公司北京100840

讨论了压水堆核电厂冷却剂泵密封流量分配对化学和容积控制系统(rcv)设计可能产生的影响,并对其根本原因进行了探讨。定量计算了不同主泵密封流量分配导致rcv再生热交换器出口温度的改变,指出了rcv进行适应性更改的方向。采用热工-水力... 详细信息

讨论了压水堆核电厂冷却剂泵密封流量分配对化学和容积控制系统(rcv)设计可能产生的影响,并对其根本原因进行了探讨。定量计算了不同主泵密封流量分配导致rcv再生热交换器出口温度的改变,指出了rcv进行适应性更改的方向。采用热工-水力软件(Flowmaster)对上充泵在不同主泵密封流量需求下的能力进行了验证。

关键词：主冷却剂系统主泵上充泵密封 rcv

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偏最小二乘模型不确定的估计及应用

偏最小二乘模型不确定的估计及应用

作者：席冰冰桂林电子科技大学

学位级别：硕士

进入大数据时代,移动智能设备、云端、物联网等收集到海量数据,这些海量数据隐藏着许多有用的信息,对这些海量数据进行存储、分析、计算等是非常有必要的。建模是对数据进行深度分析的一种方式,但是当建立的模型与数据拟合时,数据的有... 详细信息

进入大数据时代,移动智能设备、云端、物联网等收集到海量数据,这些海量数据隐藏着许多有用的信息,对这些海量数据进行存储、分析、计算等是非常有必要的。建模是对数据进行深度分析的一种方式,但是当建立的模型与数据拟合时,数据的有限性会给拟合的模型引入抽样误差,因此,现实生活中假设拟合数据而建立的模型是代表数据的“真实”模型都没有表示出由这种采样误差引起的模型不确定性。这种模型不确定性会影响输出分析,可能会导致重大错误和次优决策,因此,本文研究了模型不确定性的量化问题。误差方差估计是量化模型不确定的主要形式,本文通过误差方差估计研究高维数据下的模型不确定性问题。众所周知高维数据中存在高虚假相关性,因此,现有的估计误差方差方法中的拟合交叉验证(rcv)很好的解决高维数据中的高虚假相关性,使得所产生的误差方差估计与oracle估计器的性能一样好,用它来量化高维数据下的模型不确定性是非常不错的选择。但是rcv不能在非稀疏的条件下进行建模,且它的变量选择部分所使用的Lasso模型也不能将高相关的变量引入模型中,因此,本文基于rcv的思想提出了两种改进方法:基于稀疏偏最小二乘的rcv方法和基于偏最小二乘的rcv方法,很好的解决了rcv中出现的问题。本文将基于rcv思想所提出的两种改进方法以及rcv方法应用在高维数据中的误差方差估计和预测区间的构造。通过模拟研究表明,改进的方法所产生的误差方差估计要比rcv方法更接近于真实的误差方差且与oracle估计器的性能一样好。将改进的方法和rcv方法估计的误差方差应用在预测区间的构造中,通过实证分析表明,在置信水平相同的情况下,改进的方法不仅放松了rcv估计器中的假设条件,而且得到的预测区间和覆盖率都有非常不错的表现,达到了预期效果,从而说明本文提出的方法更好一些。

关键词：模型不确定性 rcv 偏最小二乘稀疏偏最小二乘误差方差估计预测区间

超高维线性回归模型中基于3×2交叉验证的方差估计

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超高维线性回归模型中基于3×2交叉验证的方差估计

作者：闫文楠山西大学

学位级别：硕士

回归模型中的方差估计是回归分析中的基本统计推断问题之一。良好的方差估计是回归系数的置信区间、假设检验以及变量选择中的调节参数的选择的基础。对于一般的线性模型,方差估计的传统估计方法分为两步:首先用AIC,BIC等准则进行模型... 详细信息

回归模型中的方差估计是回归分析中的基本统计推断问题之一。良好的方差估计是回归系数的置信区间、假设检验以及变量选择中的调节参数的选择的基础。对于一般的线性模型,方差估计的传统估计方法分为两步:首先用AIC,BIC等准则进行模型的变量选择,而后用最小二乘法对所选变量的回归系数进行估计,用残差平方和除以剩余自由度得到方差的估计,一般称该种估计为最小二乘估计(以下简称LSE)。在典型的线性回归模型下,方差的最小二乘估计是一致最小方差无偏估计。但是,在超高维线性回归中,即协变量的个数远大于样本量的情况下,Fan et al.(2012)发现LSE将会产生很大的偏差,回归变量的维数越高偏差越大。为此,Fan et al.提出了一种基于2折交叉验证的方差的rcv(refitted cross validation)估计方法,即将数据的一半用于模型的变量选择,另一半用于回归系数和方差的估计,大量的模拟实验验证了rcv能有效纠正LSE方法的偏差。然而,我们发现rcv的方差估计主要依赖于变量选择的好坏,若开始用一半的数据选到的变量集不包含全部真实变量,则用另一半估计方差时效果就会差。虽然Fan et al.也提出可以采用多组2折交叉验证,以多组rcv的平均来提高方差估计的精度,但只要有一组变量选择的结果不好,多组rcv估计也不会好。因此,变量选择的好坏是方差估计的关键。事实上,在超高维线性回归中,变量是稀疏的,通常先用SIS方法选择变量个数到适当维度,再去参数估计。但rcv方法在使用SIS选变量时,往往丢掉一些真实变量,即使用多组rcv也没能改善变量选择的结果,导致多组rcv估计的结果也不能得到较大的改进。本文提出了用组块3×2交叉验证方法估计超高维线性回归模型的方差。组块3×2交叉验证是将数据等分为4分,任选两份作为训练集,其余两份为测试集,这样构成3组2折交叉验证。Wang et al.(2014)证明组块3×2交叉验证有良好的性质.具体的估计方法是,以组块3×2交叉验证的6次单独选变量的结果,按变量被选中的次数从大到小来选择最终的变量,确定变量集后再去估计方差。我们将该方法称为方差的投票-组块3×2交叉验证估计(简记为V-B3×2 CV估计)。本论文通过大量的模拟实验对比了V-B3×2CV方法和rcv方法,实验结果表明,VB3×2CV估计的偏度小于rcv估计,且V-B3×2 CV具有更小的方差,同时V-B3×2 CV方法对真实模型的大小不敏感。另外,对真实数据(取自于UCI数据库的白酒数据)也使用V-B3×2 CV方法进行了分析,进一步证明了V-B3×2CV方法的优良性。最后,本文从理论上证明了V-B3×2CV估计的渐近正态性。

关键词：超高维线性回归 rcv 组块3×2交叉验证变量选择投票-组块3×2交叉验证方差估计

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海洋科学调查中使用的水下光学设备

海洋技术 1980年第2期 66-74页

作者：许祖美

海洋开发事业的蓬勃兴起,促使水下照相机、电视机、照明设备等的相应发展。深海照相机、微光电视等能够将海底的未知世界揭示出来。海洋环境对水下照相机、电视机的要求人们通常都是在一个大气压下生活的。当潜入海水中时,每下潜10米压... 详细信息

海洋开发事业的蓬勃兴起,促使水下照相机、电视机、照明设备等的相应发展。深海照相机、微光电视等能够将海底的未知世界揭示出来。海洋环境对水下照相机、电视机的要求人们通常都是在一个大气压下生活的。当潜入海水中时,每下潜10米压力就增大一个大

关键词：照相机系统观察距离水下照相机潜水器潜水装备彩色边缘电视机电视接收机图像增强器 rcv 水下电视监测器隔行扫描视场角