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遗传改良“新吉富”(NEW GIFT)尼罗罗非鱼rapd-scar标记开发及其在品系鉴别中的应用(英文)

Zoological Research 2010年第2期31卷 147-153页

作者：李思发唐首杰蔡完其上海海洋大学农业部水产种质资源与利用重点开放实验室上海201306

"新吉富"(NEW GIFT)尼罗罗非鱼是以1994年引进的"吉富"(GIFT)品系尼罗罗非鱼为基础群体,经过14年9代系统选育后获得的新品种,该品种已被国家审定为良种,已在全国推广,迫切需要有效的分子遗传标记来鉴别该新品种并实施科学管理。该研究... 详细信息

"新吉富"(NEW GIFT)尼罗罗非鱼是以1994年引进的"吉富"(GIFT)品系尼罗罗非鱼为基础群体,经过14年9代系统选育后获得的新品种,该品种已被国家审定为良种,已在全国推广,迫切需要有效的分子遗传标记来鉴别该新品种并实施科学管理。该研究对良种群体开展了rapd分析,并进一步将特异性的rapd标记转化成了稳定的scar标记。通过对"新吉富"群体的rapd分析,找到了两个品种特异性的rapd条带(S304624bp和S36568bp)。对品种特异性的rapd条带进行了胶回收、克隆和序列测定。根据测序结果设计了两对位点特异性引物来扩增这两个品种特异性条带(简称scar标记Ⅰ和Ⅱ),检测这两个scar标记在"新吉富"、"吉富"以及国内外7个养殖品系中的出现频率。scar标记Ⅰ(553bp)在"新吉富"群体中的出现频率为85.7%,而在其基础群体("吉富")中的出现频率仅为16.7%;scar标记Ⅱ(558bp)在"新吉富"群体中的出现频率达到91.4%,但在其它7个养殖品系中的出现频率仅在0%～70%之间。为验证这两个标记的可靠性,检测了这两个标记在一个埃及罗非鱼野生群体中的出现频率,发现scar标记Ⅰ和scar标记Ⅱ的出现频率分别为10%和70%,远低于在"新吉富"群体中的出现频率。这两个scar标记在"新吉富"良种群体中的高出现频率,预示它们可能与生长性能相关QTL位点间存在连锁关系,显示scar标记技术对选育世代间的纵向追溯、以及选育良种群体与其它养殖品系间的横向鉴别有较好应用前景。

关键词：新吉富品系尼罗罗非鱼 rapd-scar标记追溯鉴别

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与黄独(Dioscorea bulbifera)性别相关的rapd-scar标记研究

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植物资源与环境学报 2007年第2期16卷 1-5页

作者：王筱璐杭悦宇周义峰吴宝成江苏省.中国科学院植物研究所(南京中山植物园)江苏省植物迁地保护重点实验室江苏南京210014

对黄独(Dioscorea bulbiferaL.)14个居群42个单株的总DNA进行rapd分析,并根据测序结果合成1对特异的scar引物,即5′-GGCTTCTGTCACTACATGGG-3′和5′-GGCTTCTGTCCAGTGCATCT-3′,对42个单株的总DNA进行检测,扩增到1条长681 bp的与雄性相关的特异片段。除形态上有一定变异的4个单株外,这个与雄性相关的rapd-scar标记在黄独原变种的29个单株中验证准确,在可能为其变种的9个单株中部分验证准确,表明该rapd-scar标记能够准确标记黄独的原变种及一些变种的雄性性别。

关键词：黄独变种雄性性别 rapd-scar标记

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松江鲈不同种群间的分子标记和遗传多样性分析

松江鲈不同种群间的分子标记和遗传多样性分析

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作者：曾珍上海海洋大学

学位级别：硕士

一个物种遗传多样性的高低与其对环境适应能力、生存能力和进化潜能紧密相联。因此，了解已是濒危物种的松江鲈群体遗传多样性，对其保护与管理策略的制定具有重要意义。现有报道尚难以全面、客观地反映中国现有松江鲈的遗传多样性现状... 详细信息

一个物种遗传多样性的高低与其对环境适应能力、生存能力和进化潜能紧密相联。因此，了解已是濒危物种的松江鲈群体遗传多样性，对其保护与管理策略的制定具有重要意义。现有报道尚难以全面、客观地反映中国现有松江鲈的遗传多样性现状。本研究以松江鲈(Trachidermus fasciatus)鸭绿江(YL)、滦河(LR)、山东黄河入海口(YR)、富春江(FR)等4个群体为研究对象，利用rapd-scar标记、微卫星DNA和细胞色素b基因序列，分别从核基因和细胞质基因角度分析松江鲈群体的遗传多样性、遗传结构和种群分化，研究结果将为松江鲈种质资源的保护与利用、种群鉴别提供分子生物学上的基础资料主要研究结果如下：1、松江鲈群体遗传多样性的rapd分析和scar标记的转化首先，从294条10个碱基随机引物中，筛选出32条多态性引物，对富春江、黄河、滦河和鸭绿江等4个松江鲈群体共120尾个体进行rapd分析。结果表明，松江鲈群体的遗传多样性较丰富，其主要表现在：①在扩增得到的591个位点中，有515个(87.14%)位点呈现多态性，群体间多态位点比率(P)的大小顺序为：富春江群体89.17%>黄河群体87.99%>鸭绿江群体86.63%>滦河群体83.25%。②松江鲈群体间的Shannon信息指数(I)和Nei’s遗传多样性指数(H)分别在0.3393～0.3566和0.2157～0.2279间，滦河群体的值较其他3群体稍低;若作为一个整体，则总的Shannon信息指数(I)和Nei’s遗传多样性指数(H)分别为0.3710±0.2153和0.2336±0.1643。③虽然群体间基因流值(Nm)在5.76103～19.84497间，显示各地理群体间存在程度不同的基因交流，但分子方差分析(AMOVA)结果却表明，各群体间存在显著(Prapd条带中,成功地由S1225605bp、S1225841bp条带分别转化出scar01560bp、scar02443bp的scar标记。这两个标记的出现频率，在鸭绿江群体最高(96.67%和93.33%)、富春江群体其次(83.33%和90%)、黄河群体再其次（56.67%和66.67%)、滦河群体最低(13.33%和20%)。因此，scar01560bp、scar02443bp可作为鉴别松江鲈滦河群体与其他3群体的分子标记。2、松江鲈微卫星标记的开发及群体遗传变异分析(1)应用生物素-磁珠富集法，开发松江鲈的微卫星分子标记。共挑选222个克隆，经菌液PCR检测后得到158个为阳性克隆。经测序后得到129条微卫星序列，其中完美型占45.74%（59），非完美型占45.74%（59），混合型占8.52%（11）。选取两端侧翼序列足够长且重复次数大于7的微卫星序列，用软件PrimerPremier3.0设计引物，共60对。经YR群体和YL群体各30尾样本检测后，发现其中的19对引物表现出多态性，表现在：等位基因数在10～20之间，观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）分别为0.8000～1.000和0.8513～0.9497，多态信息含量（PIC）在0.8230～0.9300（P>0.5）之间。表明这19个微卫星标记适合作为检测松江鲈群体遗传变异的分子标记。(2)利用19对微卫星引物，对FR、YR、LR和YL等4个松江鲈群体的遗传变异进行分析。结果表明，所有位点均表现为高度多态性，PIC值在0.7179～0.9300之间（PIC>0.5），4个群体的平均等位基因数（Na）为13.9474～14.8421，平均有效等位基因数（Ne）为9.3877～9.9143，平均观测（Ho）和期望杂合度（He）分别为0.8668～0.9117和0.8966～0.9111，说明4个松江鲈群体的遗传多样性较丰富。虽然群体间存在一定的基因交流（Nm为9.36412～15.94901)，但是分子方差分析（AMOVA）的结果却显示，4群体间存在极显著的遗传分化（P<0.01）。遗传偏离指数（D）表明，4群体间普遍存在杂合子缺失和过剩的现象。UPGMA聚类分析表明，黄河群体首先和鸭绿江群体相聚，再与富春江群体聚为一支，最后和单独为一支的滦河群体相聚，表明LR群体与其它3个群体的遗传距离较远。3、基于线粒体C

关键词：松江鲈遗传多样性 rapd-scar标记微卫星标记细胞色素b基因

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