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柚cDNA中NBS-Lrr类r基因同源序列的分离

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中国农业科学 2004年第10期37卷 1580-1584页

作者：黄代青王平吕柳新福州350002 福州350007 福建农林大学园艺系福建农林大学园艺系福州350002 福建师范大学生物工程学院

提取柚花柱的总rNA,通过逆转录合成其cDNA,根据已知植物抗病基因(r基因)的NBS保守区设计简并引物,对cDNA进行扩增,获得大小约为500bp的PCr产物,对连接产物进行酶切归类,筛选得到不同类别的克隆12个,并进行了测序。通过序列同源比较分析... 详细信息

提取柚花柱的总rNA,通过逆转录合成其cDNA,根据已知植物抗病基因(r基因)的NBS保守区设计简并引物,对cDNA进行扩增,获得大小约为500bp的PCr产物,对连接产物进行酶切归类,筛选得到不同类别的克隆12个,并进行了测序。通过序列同源比较分析发现,其中有10个片段属于NBS-Lrr类抗病基因的同源序列(rGA),与已知植物r基因相应区段的氨基酸序列的同源性为11.5%～47.1%。

关键词：柚子 r基因 NBS-Lrr类r基因同源序列

利用已知植物r基因对大豆基因组抗病候选基因的预测

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中国油料作物学报 2009年第3期31卷 293-297页

作者：张礼凤李伟陈相艳徐冉王彩洁戴海英阚天君山东省农业科学院作物研究所山东济南250100 山东省农业科学院山东济南250100

用已知的52个抗病基因的全长蛋白质序列在GenBank中对大豆(Glycine maxL.)ESTs进行tb lastn检索,得到的ESTs具备Score≥100和E-value≤10-10作为侯选的抗病基因同源ESTs(r-gene-likeESTs),利用Phrap软件进行聚类拼接,聚类后的un igene在GenBank数据库中通过B lastx来证实其可能的抗病功能。通过该方法,得到403条与抗病基因同源的ESTs,其中有33个推导编码产物含有NBS-Lrr或TIr-NBS-Lrr结构域;102条推导的编码产物含有Lrr或PK/Lrr结构域;254条推导的编码产物含有PK结构域;其它结构域有14条。证明了应用全长序列进行数据库检索的方法是一种快速高效的基因预测方法,得到的rGA数量多类型丰富,为r基因的克隆提供了一种新思路。

关键词：抗病基因大豆基因组 r基因

水稻全基因组r基因鉴定及候选rGA标记开发

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科学通报 2005年第11期50卷 1085-1089页

作者：汪旭升吴为人金谷雷朱军浙江大学农业与生物技术学院生物信息学研究所福建农林大学作物科学学院福州350002 福建农林大学作物科学学院

用45个已知功能的植物抗病(r)基因序列对粳稻全基因组序列进行搜索, 共找出2119个r基因同源序列或类似物(rGA), 表明rGA在水稻基因组中成簇存在, 呈非随机分布. 采用隐马尔柯夫模型(HMM), 将这些rGA按其功能域分成了21类. 将粳稻的rGA... 详细信息

用45个已知功能的植物抗病(r)基因序列对粳稻全基因组序列进行搜索, 共找出2119个r基因同源序列或类似物(rGA), 表明rGA在水稻基因组中成簇存在, 呈非随机分布. 采用隐马尔柯夫模型(HMM), 将这些rGA按其功能域分成了21类. 将粳稻的rGA与籼稻的基因组序列进行比较, 共找到702个两亚种间等位的rGA, 并发现其中有671个(占95.6%)rGA的基因组序列(包括编码区和非编码区)在两亚种间存在长度差异(InDel), 表明水稻rGA在两亚种间存在很高的多态性. 通过在InDel两侧设计引物并进行e-PCr验证, 共开发出402个基于PCr的、表现为共显性的候选rGA标记. 这些候选标记在两亚种间的长度差异在1～742 bp之间, 平均为10.26 bp. 有关数据均可从我们的网站(http://***/rGAs/***)上获得.

关键词： rGA 标记基因鉴定开发隐马尔柯夫模型全基因组序列水稻基因组非随机分布 index 亚种间植物抗病同源序列非编码区行搜索序列对类似物 r基因功能域多态性 PCr 共显性粳稻长度行比籼稻

利用r基因rrS1/rPS4探索水稻原生质体瞬时表达转化体系的研究

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四川农业大学学报 2021年第3期39卷 297-306,315页

作者：李丽赵彦丰吴琪琦黄燕四川农业大学生命科学学院四川雅安625014

【目的】将拟南芥TNL型r基因rrS1/rPS4转入水稻原生质体中,探索瞬时表达转化体系的最佳条件,并分析AtrrS1/AtrPS4对水稻内源ETI下游抗病基因表达的影响,为揭示水稻EDS1是否参与ETI反应途径提供实验依据。【方法】以日本晴两叶一心期幼... 详细信息

【目的】将拟南芥TNL型r基因rrS1/rPS4转入水稻原生质体中,探索瞬时表达转化体系的最佳条件,并分析AtrrS1/AtrPS4对水稻内源ETI下游抗病基因表达的影响,为揭示水稻EDS1是否参与ETI反应途径提供实验依据。【方法】以日本晴两叶一心期幼苗为植物材料,设计不同梯度的PEG浓度(30%、35%、40%)、转化时的质粒浓度(0.5、1、2μg/μL)以及PEG介导的转化温度(0、18、37℃),利用Box-Benhnken设计三因素三水平来分析不同参数组合条件下对转化效果的影响,并对原生质体转化效率进行预测和试验验证。随后,利用该瞬时系统表达拟南芥TNL型r基因rrS1/rPS4,并通过检测水稻内源抗病标志基因的表达水平来揭示其对水稻抗病能力的影响。【结果】经过试验验证得到水稻原生质体转化最佳条件:PEG浓度36.16%、质粒浓度1.72μg/μL、转化温度37℃,该组合条件下转化效率可达75%;利用该优化体系开展的瞬转研究发现拟南芥TNL型r基因/基因对rrS1/rPS4能显著提高水稻原生质体中抗病相关基因的表达。【结论】构建了高效的水稻原生质体瞬时转化系统,并以此为平台,研究揭示了拟南芥TNL型r基因rrS1/rPS4可能通过水稻内源的EDS1去诱导ETI下游抗病免疫反应的发生。

关键词：水稻原生质体瞬时表达 r基因转化体系

ACE基因、AT1r基因多态性与2型糖尿病肾病的关系

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山东医药 2004年第34期44卷 15-17页

作者：黄志刚张永顺曹明耀王雪玲刘春燕张益民河北工程学院医学部河北邯郸056029 中山大学肾脏病研究所

目的研究血管紧张素I转化酶(ACE)基因/D多态及血管紧张素受体1型(AT1r)A1166C多态性与中国汉族人2型糖尿病肾病(DN)的关系。方法运用聚合酶链反应(PCr)和PCr/DdeI酶切技术,检测93例DN患者(DN组)与94例2型糖尿病患者(DM组)ACE基因及AT1r... 详细信息

目的研究血管紧张素I转化酶(ACE)基因/D多态及血管紧张素受体1型(AT1r)A1166C多态性与中国汉族人2型糖尿病肾病(DN)的关系。方法运用聚合酶链反应(PCr)和PCr/DdeI酶切技术,检测93例DN患者(DN组)与94例2型糖尿病患者(DM组)ACE基因及AT1r基因多态基因型。结果DN组ACE基因DD基因型频率(34.4%)、D型等位基因频率(54.3%)较DM组(19.1%,40.4%)均升高(Pr基因A1166C多态基因型频率和等位基因频率分布均无差异(P>0.05);ACE和AT1r基因多态与DN的分层分析显示,同时携带ACE纯合子缺失基因型(DD)和AT1r突变基因型(AC+CC)者发生DN的危险较大,Or值为8.569。结论ACE基因/D多态性与2型DM并发DN有关,携带DD基因型和D型等位基因的2型DM患者是DN的易感人群。ATlr基因A1166C多态性虽与我国汉族人2型DM并发DN无关,但AT1r与ACE基因多态存在协同效应,携带AC+CC与DD基因型的个体有更高的患DN风险。

关键词： DN ACE基因 DM 2型糖尿病肾病 DD基因型携带多态性 r基因等位基因频率酶切

高血压患者颈动脉IMT与AT_1r基因多态性变化的关系

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山东医药 2003年第32期43卷 21-22页

作者：王立启李长玲朱世明济南市中心医院

血管紧张素Ⅱ(AngⅡ)在高血压和动脉粥样硬化形成中有重要作用,AngⅡ的1型受体(AT1r)基因是高血压病研究的重要候选基因[1].2002年8月至2003年9月,本文应用高分辨率彩色多普勒和现代分子生物学技术检测了150例原发性高血压患者颈动脉内... 详细信息

血管紧张素Ⅱ(AngⅡ)在高血压和动脉粥样硬化形成中有重要作用,AngⅡ的1型受体(AT1r)基因是高血压病研究的重要候选基因[1].2002年8月至2003年9月,本文应用高分辨率彩色多普勒和现代分子生物学技术检测了150例原发性高血压患者颈动脉内膜中层厚度(IMT)和AT1r基因频率变化,旨在探讨AT1r基因多态性与原发性高血压颈动脉硬化之间的关系.

关键词： IMT 颈动脉硬化高血压患者多态性颈动脉内膜中层厚度 1型受体血管紧张素Ⅱ(AngⅡ) r基因频率变化候选基因

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东北荷包猪MC4 r基因的多态性分析

安徽农业科学 2008年第34期36卷 14900-14901,14904页

作者：邹剑戎苏玉虹辽宁医学院辽宁锦州121000

[目的]分析荷包猪MC4 r基因TaqI酶切位点多态性,为了解其遗传特点奠定基础。[方法]利用PCr-rFLP技术研究荷包猪保种群体MC4 r基因型分布情况,并与国内外猪种的MC4 r基因频率进行比较。[结果]不同品系猪的MC4 r基因的Asp298Asn突变分布... 详细信息

[目的]分析荷包猪MC4 r基因TaqI酶切位点多态性,为了解其遗传特点奠定基础。[方法]利用PCr-rFLP技术研究荷包猪保种群体MC4 r基因型分布情况,并与国内外猪种的MC4 r基因频率进行比较。[结果]不同品系猪的MC4 r基因的Asp298Asn突变分布差别显著。荷包猪MC4 r基因优势基因型为AA,基因型频率为66.67%,而BB基因型未能检出。荷包猪MC4 r基因型与国内梅山猪、民猪和莱芜猪等稍有不同,与国外汉普夏、大白、皮特兰等差别较大,总体显示国内地方猪种298Asp基因为优势基因,而外种猪基因Asp298Asn突变率显著高于我国地方猪种。[结论]该研究为荷包猪资源保存、品种选育和开发利用提供了科学依据。

关键词： MC4 r基因多态性荷包猪

野生二粒小麦r基因家族的鉴定、表达与进化分析

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野生二粒小麦R基因家族的鉴定、表达与进化分析

作者：李爽西北农林科技大学

学位级别：硕士

野生二粒小麦（Triticum dicoccoides L.）广泛地分布于不同的气候和地理条件的地区,具有良好的抗逆性和适应性以及遗传多样性,可以为改良栽培小麦的抗病和抗逆性提供关键信息。r基因（resistance Gene）是植物体内广泛存在的抗病基因,... 详细信息

野生二粒小麦（Triticum dicoccoides L.）广泛地分布于不同的气候和地理条件的地区,具有良好的抗逆性和适应性以及遗传多样性,可以为改良栽培小麦的抗病和抗逆性提供关键信息。r基因（resistance Gene）是植物体内广泛存在的抗病基因,可以诱导植物响应病原体胁迫,在野生种植资源的抗逆和抗病机制中有着非常重要的作用。关于野生二粒小麦r基因的研究能够丰富栽培小麦抗性基因数据,可以为改良栽培小麦的抗逆性提供非常重要的线索和思路。本研究根据已公布的野生二粒小麦的基因组数据,利用生物信息学手段,对野生二粒小麦r基因家族的成员进行鉴定,并对该家族的候选基因进行序列特征、系统发育及结构和染色体位置等分析。同时,探查了r基因中的重复事件和串联重复基因并利用拟南芥的同源基因进行r基因的蛋白互作网络图构建;最后,对野生二粒小麦r基因中不同组织时期的表达特性与响应逆境的表达情况进行了探究。本研究发现以下结果:1.利用blastp和hmm工具,在野生二粒小麦基因组中鉴定出108个r候选基因;理化性质分析发现,这些r基因蛋白质序列的长度在193aa到1969aa之间,处于野生二粒小麦蛋白质序列的中间值,但总体差异较大,分子量在21621.2Da到222070.6Da之间,理论等电点在5到9.96之间,变化幅度较大;顺式作用元件分析表明野生二粒小麦r基因中存在多个与生长发育,组织分化以及胁迫响应的顺式作用元件,其中包含有622个与光响应相关的顺式作用元件,推测r基因的表达可能与光响应有关。2.利用MEGA软件构建了野生二粒小麦r基因的系统发育树,根据系统进化关系,可将其分为三大类:CNL亚家族、TNL亚家族以及non-NL亚家族,同一亚家族成员具有更相似的内含子-外显子以及保守结构域组成。3.通过对r基因的蛋白互作网络预测分析,发现与r基因互作的基因中,有9个与生长发育相关,有11个与胁迫响应和免疫应答相关,初步明确了r基因的潜在功能。4.进一步,利用转录组数据对野生二粒小麦中的r基因进行时空特异性表达分析,发现多个r基因具有组织表达特异性;其中TrIDC3BG085010等基因在花中有较高的表达量,TrIDC1BG002730等基因则在叶片和根部中大量表达。这说明r基因大量参与了植物的生长发育过程。其中CNL亚家族基因多参与花部的表达和叶片和根部的表达,而TNL亚家族基因不参与花的基因表达,在叶片和根部中表达量有明显增高。通过对赤霉菌胁迫下的转录组数据进行分析发现,在赤霉菌侵染后的48小时,TrIDC6AG002920等基因有差异表达。对候选的4个基因进行表达特性验证发现,r基因的表达会受到白粉菌的诱导。5.结合重测序数据,对这些r基因在117份四倍体小麦材料中的遗传变异进行了分析,发现r基因上存在13000个错义突变位点、26个提前终止突变位点、25个终止密码子缺失突变位点、以及1个起始密码子缺失突变位点。根据系统发育分析和主成性分析,四倍体小麦中r基因位点遗传分化与四倍体小麦群体分化过程相一致,表明r基因的遗传分化是在这些物种分化后形成的。

关键词：野生二粒小麦 r基因抗逆 NBS-Lrr基因生物信息学

AT_1r基因3’-末端CA重复序列多态性与藏族原发性高血压相关联

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云南大学学报（自然科学版） 1999年第S3期21卷 271-272页

作者：周文郁郑勇岑维峻崔超英朱席林卓玛柴旦刘英陈勇庄兰平仁丹刘怡雯邱长春中国医学科学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室北京100005