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Genome-wide profiling of circular rNAs,alternative splicing,and r-loops in stem-differentiating xylem of Populus trichocarpa

引用

Journal of Integrative Plant Biology 2021年第7期63卷 1294-1308页

作者： Xuqing Liu Yubang Gao Jiakai Liao Miao Miao Kai Chen Feihu Xi Wentao Wei Huihui Wang Yongsheng Wang XiXu Anireddy S.N.reddy Lianfeng Gu Basic Forestry and Proteomics research Center College of ForestryFujian Provincial Key Laboratory of Haixia Applied Plant Systems BiologyFujian Agriculture and Forestry UniversityFuzhou 350002China Basic Forestry and Proteomics research Center College of Life ScienceFujian Agriculture and Forestry UniversityFuzhou 350002China Department of Biology and Program in Cell and Molecular Biology Colorado State UniversityFort CollinsColorado 80523USA

Circular rNAs(circrNAs)are a recently dis-covered type of non‐coding rNA derived from pre‐mrNAs.r‐loops consist of a DNA:rNA hybrid andthe associated single‐stranded ***-dopsis thaliana,circrNA:DNA r‐loops regulatealternative splicing(AS)ofSEPALLATA3(SEP3).However,the occurrence and functions ofcircrNAs and r‐loops inPopulus trichocarpaarelargely ***,we performed circrNA‐enriched sequencing in the stem‐differentiatingxylem(SDX)*** identified 2,742distinct circrNAs,including circ‐CESA4,circ‐IrX7,and circ‐GUX1,which are generated from genesinvolved in cellulose,and hemicellulose biosyn-thesis,*** investigate the roles ofcircrNAs in modulating alternative splicing(AS),we detected 7,836 AS events using PacBio Iso‐Seq and identified 634 circrNAs that overlappedwith 699 AS ***,using DNA:rNAhybrid immunoprecipitation followed by se-quencing(DrIP‐seq),we identified 8,932 r‐looppeaks that overlapped with 181 circrNAs and 672AS ***,several SDX‐related circrNAsoverlapped with r‐loop peaks,pointing to theirpossible roles in modulating AS in ***,overexpressing circ‐IrX7increased the levels ofr‐loop structures and decreased the frequency ofintron retention in *** provides a valuable r‐loop atlas resourceand uncovers the interplay between circrNAs andAS in SDX ***.

关键词： alternative splicing circular rNA r‐loop Populustrichocarpa stem‐differentiating xylem

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