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r软件包Mtreering在生长轮宽度测量中的应用

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东北林业大学学报 2020年第12期48卷 85-90页

作者：李爽向玮北京林业大学林学院北京100083

介绍了使用r软件包Mtreering自动测量生长轮宽度的方法。Mtreering使用数学形态学和边缘检测方法对数字图像中的生长轮边界进行识别,并且可以校正倾斜生长轮带来的测量误差。此外,Mtreering还提供了具有图形用户界面的小程序,满足了不... 详细信息

介绍了使用r软件包Mtreering自动测量生长轮宽度的方法。Mtreering使用数学形态学和边缘检测方法对数字图像中的生长轮边界进行识别,并且可以校正倾斜生长轮带来的测量误差。此外,Mtreering还提供了具有图形用户界面的小程序,满足了不同编程水平用户的需求。两个针叶树种的对比分析表明,Mtreering测量的生长轮宽度与WinDENDrO无显著差异,自动检测提高了测量效率,图形用户界面也增强了r软件的易用性。相比WinDENDrO等商业工具,Mtreering无需软件成本,生长轮宽度序列可以直接在r软件中进行后续分析,或使用rwl等通用格式导出。

关键词：生长轮宽度 r软件图像处理边缘检测

r软件r2WinBUGS程序包在网状Meta分析中的应用

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中国循证医学杂志 2013年第9期13卷 1137-1144页

作者：曾宪涛张超郭毅湖北医药学院附属太和医院口腔科湖北十堰442000 湖北医药学院附属太和医院循证医学中心湖北十堰442000 武汉大学公共卫生学院流行病学教研室武汉430071 武汉大学病毒学国家重点实验室武汉430071

r软件是一个自由、免费及开放的统计软件,并具有强大的绘图功能,但其处理网状Meta分析数据的代码命令较为复杂,因此易错且不易掌握。WinBUGS软件是基于贝叶斯理论而开发的一款统计软件,具有强大的数据处理功能,在处理网状Meta分析数据时... 详细信息

r软件是一个自由、免费及开放的统计软件,并具有强大的绘图功能,但其处理网状Meta分析数据的代码命令较为复杂,因此易错且不易掌握。WinBUGS软件是基于贝叶斯理论而开发的一款统计软件,具有强大的数据处理功能,在处理网状Meta分析数据时,代码编写易懂且操作方便,但对结果的绘图功能欠佳。为充分发挥r软件与WinBUGS软件各自的优势,开发者在r软件的基础上研发了r2WinBUGS程序包,构建了r软件与WinBUGS软件之间的"桥梁",使网状Meta分析的过程和结果处理方便快捷又美观。本文以实例操作的方式展示使用r软件r2WinBUGS程序包进行网状Meta分析的过程。

关键词： r软件 r2WinBUGS程序包 WinBUGS软件网状Meta分析

r软件BaSTA包在恶性肿瘤患者生存分析中的应用

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中国卫生统计 2019年第6期36卷 943-946页

作者：干晨晨钱夕元华东理工大学理学院

国内对恶性肿瘤患者的生存分析研究大部分是以医院数据为基础的临床生存分析。为了获得恶性肿瘤患者出院后的生存情况,传统的方式是对病人进行随访。由于随访工作普遍存在花费大,时间久,效率低等缺点,寻求更加简便高效的方法成为了一个... 详细信息

国内对恶性肿瘤患者的生存分析研究大部分是以医院数据为基础的临床生存分析。为了获得恶性肿瘤患者出院后的生存情况,传统的方式是对病人进行随访。由于随访工作普遍存在花费大,时间久,效率低等缺点,寻求更加简便高效的方法成为了一个亟待解决的难题。Fernando Colchero等人开发了一种专门用于生存分析的r软件包BaSTA(Bayesian survival trajectory analysis),即贝叶斯生存轨迹分析。该包采用捕获-再捕获方法,利用贝叶斯框架,对种群的年龄别死亡率和生存率进行估计。

关键词：年龄别死亡率生存分析恶性肿瘤患者 r软件出院后贝叶斯框架轨迹分析

r软件调用JAGS软件实现网状Meta分析

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中国循证医学杂志 2014年第2期14卷 241-248页

作者：张超孙凤曾宪涛湖北医药学院附属太和医院循证医学中心湖北十堰442000 北京大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系北京100191 湖北医药学院附属太和医院口腔科湖北十堰442000

JAGS(Just Another Gibbs Sampler)是为弥补BUGS软件无法在Unix或Linux等非Windows系统上运行的缺陷而研发的编程软件,其自身独立拥有一套贝叶斯理论运算函数及公式,具有操作界面简单、与系统兼容好、运行流畅、且与其他编程软件具有良... 详细信息

JAGS(Just Another Gibbs Sampler)是为弥补BUGS软件无法在Unix或Linux等非Windows系统上运行的缺陷而研发的编程软件,其自身独立拥有一套贝叶斯理论运算函数及公式,具有操作界面简单、与系统兼容好、运行流畅、且与其他编程软件具有良好交互性等特点。然而,由于JAGS软件在结果数据读取、解读以及图形绘制方面存在功能性缺失,限制了其推广应用;通过r2jags、rjags及runjags程序包从r中调用JAGS软件则克服了这些缺陷。r2jags、rjags及runjags这3款程序包的工作原理均是在r语言的框架下通过调用JAGS软件来完成相关迭代运算,它们的功能结构基本相似,都具有操作简单、命令简洁、数据读取和结果汇总以及图形绘制功能较完善的特点,但在实践运用中仍存在差异。本文介绍了如何使用r软件通过r2jags、rjags及runjags程序包调用JAGS软件来实现网状Meta分析。

关键词： JAGS软件 r2jags程序包 rjags程序包 runjags程序包 r软件网状Meta分析

r软件gemtc程序包在网状Meta分析中的应用

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中国循证医学杂志 2013年第10期13卷 1258-1264页

作者：张超董圣杰曾宪涛湖北医药学院附属太和医院循证医学中心湖北十堰442000 苏州大学附属第一医院骨科江苏苏州215006 湖北医药学院附属太和医院口腔科湖北十堰442000

r软件相关程序包对于网状Meta分析的理论原理大多是基于贝叶斯统计模型,也有少部分使用广义线性模型。r软件gemtc程序包通过调用对应的rjags程序包、Brugs程序包或r2WinBUGS程序包(软件依次为JAGS、OpenBUGS及WinBUGS)来执行网状Meta分... 详细信息

r软件相关程序包对于网状Meta分析的理论原理大多是基于贝叶斯统计模型,也有少部分使用广义线性模型。r软件gemtc程序包通过调用对应的rjags程序包、Brugs程序包或r2WinBUGS程序包(软件依次为JAGS、OpenBUGS及WinBUGS)来执行网状Meta分析。同时,还可以为GeMTC软件生成相关的数据存储文件。其本质是调用基于MCMC法的软件进行网状Meta分析。本文简要介绍r软件gemtc程序包调用OpenBUGS软件进行网状Meta分析。

关键词： r软件网状Meta分析 gemtc程序包

应用r软件meta程序包实现遗传关联性研究的Meta分析

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中国循证医学杂志 2017年第12期17卷 1471-1477页

作者：李柄辉王朝阳翁鸿郑忠立任学群曾宪涛河南大学淮河医院普外科河南大学淮河医院循证医学与临床研究中心河南大学循证医学中心河南开封475000 武汉大学中南医院循证与转化医学中心武汉大学循证与转化医学中心武汉大学第二临床学院循证医学与临床流行病学教研室武汉430071

单核苷酸多态性与疾病的相关性是遗传关联性研究的典型代表。相对于传统的二分类数据,单核苷酸多态性的数据具有其自身的特点,在开展Meta分析时常使用5种遗传模型。本文通过实例展示如何使用r软件Meta程序包实现单核苷酸多态性数据的Met... 详细信息

单核苷酸多态性与疾病的相关性是遗传关联性研究的典型代表。相对于传统的二分类数据,单核苷酸多态性的数据具有其自身的特点,在开展Meta分析时常使用5种遗传模型。本文通过实例展示如何使用r软件Meta程序包实现单核苷酸多态性数据的Meta分析。

关键词： r软件 Meta程序包遗传关联性研究单核苷酸多态性 Meta分析

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r软件在分析疾病暴发调查数据中的应用

中国卫生统计 2020年第5期37卷 792-794,799页

作者：孙亚军肖伦重庆市九龙坡区疾病预防控制中心 400039

随着大数据时代的到来,r作为擅长统计分析与绘图的一款跨平台开源免费软件,简单易学,因其丰富的扩展包、广泛的应用和强大的功能,迅速成为数据分析行业的新宠。目前r在预防医学与公共卫生领域中的应用,国内已有较多文献报道[1-5],但用... 详细信息

随着大数据时代的到来,r作为擅长统计分析与绘图的一款跨平台开源免费软件,简单易学,因其丰富的扩展包、广泛的应用和强大的功能,迅速成为数据分析行业的新宠。目前r在预防医学与公共卫生领域中的应用,国内已有较多文献报道[1-5],但用于疾病暴发调查数据分析目前尚未见报道。本文以“一起有毒牛肝菌引起食物中毒的调查”为例[6],探索r软件在疾病暴发调查数据分析中的应用,为r软件在卫生应急调查中的应用提供新的思路。

关键词：疾病暴发公共卫生领域卫生应急预防医学 r软件免费软件统计分析文献报道

应用r软件metaplus程序包实现Meta分析

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中国循证医学杂志 2018年第7期18卷 763-768页

作者：郭梓鑫冯雨嘉王清华曾宪涛刘小平武汉大学中南医院/武汉大学第二临床学院武汉430071 武汉大学中南医院循证与转化医学中心武汉430071

r软件是一款具备强大的数据处理和图形绘制功能的免费软件,其在Meta分析中的应用日趋广泛。r软件中有meta、metafor、metaplus等程序包可实现Meta分析。本文以实例对r软件metaplus程序包实现Meta分析的过程和结果进行展示。

关键词： metaplus程序包 Meta分析 r软件离群值检测

r软件调用OpenBUGS软件实现网状Meta分析

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中国循证医学杂志 2014年第4期14卷 492-496页

作者：罗杰张超曾宪涛湖北医药学院附属太和医院循证医学中心湖北十堰442000 湖北医药学院附属太和医院口腔科湖北十堰442000

r软件当前可通过r2OpenBUGS程序包、Brugs程序包和rbugs程序包来调用OpenBUGS程序包实现网状Meta分析。本文分别对这3种程序包实现网状Meta分析的过程进行演示。从结果来看,3种程序包的计算结果相近,但rbugs程序包无绘图功能,仅r2OpenB... 详细信息

r软件当前可通过r2OpenBUGS程序包、Brugs程序包和rbugs程序包来调用OpenBUGS程序包实现网状Meta分析。本文分别对这3种程序包实现网状Meta分析的过程进行演示。从结果来看,3种程序包的计算结果相近,但rbugs程序包无绘图功能,仅r2OpenBUGS程序包能绘制森林图。

关键词： r软件 r2OpenBUGS程序包 Brugs程序包 rbugs程序包网状Meta分析