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石斛的遗传连锁图谱构建及qtl定位研究进展

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分子植物育种 2022年第11期20卷 3730-3736页

作者：夏豫川周胜芳刘钰邓春莉孙蕾任羽西华师范大学生命科学学院南充637009

石斛是重要的观赏植物和药用植物,具有非常好的市场前景。遗传连锁图谱构建及qtl定位是石斛基因组研究中的重要环节,是分子标记辅助育种和目的基因定位与克隆的基础。构建高密度的遗传连锁图谱及高精度的qtl定位可加快石斛育种研究进度... 详细信息

石斛是重要的观赏植物和药用植物,具有非常好的市场前景。遗传连锁图谱构建及qtl定位是石斛基因组研究中的重要环节,是分子标记辅助育种和目的基因定位与克隆的基础。构建高密度的遗传连锁图谱及高精度的qtl定位可加快石斛育种研究进度。本研究对石斛遗传连锁图谱构建方法、选择分子标记类型、作图群体、遗传连锁图谱及qtl定位的研究进展进行了简要概述,探讨了当前研究领域中存在的主要问题,并对今后的研究发展提出了展望。

关键词：石斛(Dendrobium) 遗传连锁图谱 qtl定位

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小麦品种周麦22抗叶锈病的qtl定位

作物杂志 2022年第2期 69-74页

作者：闫晓翠段振盈杨华丽姚占军李在峰河北农业大学植物保护学院/河北省农作物病虫害生物防治工程技术研究中心河北保定071001 河北农业大学农学院/华北作物种质资源研究与利用教育部重点实验室河北保定071001

小麦叶锈病(leaf rust)是对小麦危害最严重的真菌病害之一,原菌群体中新致病菌类型的不断出现导致部分抗叶锈病基因的抗性功能逐步丧失,不断发掘和研究利用新抗源基因、培育种植抗病品种是控制该病害最有效的方法。周麦22在田间成株期... 详细信息

小麦叶锈病(leaf rust)是对小麦危害最严重的真菌病害之一,原菌群体中新致病菌类型的不断出现导致部分抗叶锈病基因的抗性功能逐步丧失,不断发掘和研究利用新抗源基因、培育种植抗病品种是控制该病害最有效的方法。周麦22在田间成株期对叶锈病表现出良好的抗性,为解析周麦22成株期抗叶锈病的遗传基础,将周麦22与铭贤169杂交构建遗传群体,获得255个F;家系群体,经2个年度的大田成株期抗叶锈病鉴定,并利用复合区间作图法对该群体的抗叶锈病qtl进行定位分析。结果显示,该群体成株期检测到2个抗叶锈病qtl位点,分别位于1BL和2BS染色体上,命名为***-1BL和***-2BS,分别解释9.62%~11.88%和16.89%~20.99%的表型变异,该位点对叶锈病抗性表现稳定,均来自抗病品种周麦22。初步的遗传定位结果显示,***-2BS可能为已知抗叶锈病基因LrZH22,而***-1BL是新的抗病qtl。

关键词：小麦叶锈病成株抗性 qtl定位

绿豆遗传连锁图谱加密及生育期相关性状的qtl定位

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江苏农业科学 2022年第21期50卷 27-35页

作者：蔡德宝丁冬会马乐杨树琼孙新颖陈吉宝南阳师范学院/南水北调中线水源区水安全河南省协同创新中心河南南阳473061

生育期是决定绿豆熟性的重要农艺性状,对其产量形成有重要的影响。以VC2917×鹦哥绿绿豆RIL群体为材料,筛选SSR引物,并利用qtl IciMaping V4.0软件对现有绿豆遗传连锁图谱进行补充;利用复合区间作图法,通过1点3年大田试验对生育期相关... 详细信息

生育期是决定绿豆熟性的重要农艺性状,对其产量形成有重要的影响。以VC2917×鹦哥绿绿豆RIL群体为材料,筛选SSR引物,并利用qtl IciMaping V4.0软件对现有绿豆遗传连锁图谱进行补充;利用复合区间作图法,通过1点3年大田试验对生育期相关性状进行qtl定位。结果表明,2个亲本间共筛选出了20对新的多态性引物,分布在除LG4、LG9外的其余9个连锁群上,连锁群总长由原来的1 010.18 cM增加至1417.29 cM,平均图距由原来的3.37 cM增加至4.26 cM。在新的遗传连锁图上共检测到15个生育期性状qtl位点,分布在LG1、LG2、LG6、LG9、LG11,其中LG6上分布最多,检测到5个qtl位点,LG9上分布最少,检测到1个qtl位点,LG1、LG6、LG11各检测到4、2、3个qtl位点。分枝期、始花期、始花期-分枝期、开花期-分枝期qtl位点各1个,贡献率在5.95%~11.61%之间;三叶期、开花期qtl位点各2个,贡献率在10.29%~51.30%;出苗期qtl位点3个,贡献率在6.97%~63.85%之间;成熟期qtl位点4个,贡献率在6.19%~44.76%。这些qtl既可以应用于绿豆育种的分子标记辅助选择,也对深入研究这些性状的遗传奠定了基础。

关键词：绿豆生育期性状 SSR 遗传连锁图谱 qtl定位

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龙眼SNP高密度遗传图谱的构建及单果质量qtl定位

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中国南方果树 2022年第2期51卷 89-96页

作者：张晨晨王佳卉刘丽琴王一承周建男胡小文石胜友华中农业大学园艺林学学院武汉430070 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所/农业部热带果树生物学重点实验室广东湛江524091

以“凤梨朵”×“大乌圆”的杂交后代F_(1)200株(FD群体)作为作图群体,结合父母本,利用RAD-seq技术开发SNP标记,采用Joinmap 4.1软件构建遗传图谱,使用Mergemap进行整合;并采用Mapqtl软件对单果质量进行qtl定位,确定qtl位点的数量、位... 详细信息

以“凤梨朵”×“大乌圆”的杂交后代F_(1)200株(FD群体)作为作图群体,结合父母本,利用RAD-seq技术开发SNP标记,采用Joinmap 4.1软件构建遗传图谱,使用Mergemap进行整合;并采用Mapqtl软件对单果质量进行qtl定位,确定qtl位点的数量、位置。结果表明,使用MergeMap软件对父母本连锁群进行整合,整合图谱共形成15个连锁群,总的遗传距离为2873.39 cM,平均遗传距离为0.36 cM,包含8014个SNP位点。在该图谱上监测到65个与单果质量性状相关的qtl位点,分布于lg1、lg3、lg4、lg5、lg8、lg10、lg14连锁群上。本研究所构建的遗传图谱是目前龙眼上所建立的标记数量最多,密度最高的遗传图谱,为未来龙眼数量性状精细定位、图位克隆以及功能基因挖掘等研究提供了有力的依据。

关键词：龙眼高密度遗传图谱高通量测序 qtl定位连锁群

萱草属植物F1代花部性状遗传分析及qtl定位

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山西农业大学学报（自然科学版） 2022年第1期42卷 51-58页

作者：张玲玲李森刘娟公菲菲高阳侯非凡亢秀萍王艳芳邢国明山西农业大学园艺学院山西太谷030801 山西省设施蔬菜提质增效协同创新中心山西太谷030801 大同黄花产业发展研究院山西大同037004

[目的]探究萱草属植物杂交F1代花部性状的遗传变异规律,为萱草属植物花部性状的分子标记辅助育种提供理论依据。[方法]以黄花菜地方品种‘大同黄花’为母本和萱草品种‘摇篮曲’为父本杂交获得的71株F1群体为研究对象,对亲本和杂交F1群... 详细信息

[目的]探究萱草属植物杂交F1代花部性状的遗传变异规律,为萱草属植物花部性状的分子标记辅助育种提供理论依据。[方法]以黄花菜地方品种‘大同黄花’为母本和萱草品种‘摇篮曲’为父本杂交获得的71株F1群体为研究对象,对亲本和杂交F1群体花朵直径、外瓣长度、外瓣宽度、内瓣长度和内瓣宽度5个花部性状进行统计分析,并基于萱草属种间杂交高密度遗传图谱对5个花部性状进行qtl定位研究。[结果]5个花部性状的变异系数为6.80%~11.63%,其中内瓣宽度变异系数最大,外瓣长度变异系数最小,这些性状大部分都介于父母本之间呈较好的连续性正态分布趋势,具有极显著的中亲杂种优势,但并未形成超亲优势。而花朵直径和外瓣长度相比杂交亲本表现出了一定的退化趋势。5个花部性状的中亲优势值均达到极显著水平(Pqtl定位结果显示,共检测到与5个花部性状相关的15个qtls,分布在8个连锁群上。LOD峰值介于2.06~4.17之间,单个qtl的贡献率为12.5%~23.7%。[结论]本研究结果对萱草属植物种质创新利用与品种改良具有重要意义,为今后萱草属植物花部性状相关基因发掘及候选基因筛选鉴定奠定了基础。

关键词：萱草属植物花部性状杂交F1 杂种优势 qtl定位

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玉米穗位叶快速叶绿素荧光参数及产量相关性状qtl定位

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分子植物育种 2022年第6期20卷 1872-1882页

作者：刘欢欢王艳陈婉莹汪欢毕兴林何永辉印志同扬州大学农学院江苏省作物基因组学和分子育种重点实验室植物功能基因组学教育部重点实验室江苏省作物遗传生理重点实验室扬州225009 扬州大学江苏省粮食作物现代产业技术协同创新中心扬州225009

穗位叶的光合速率是影响玉米产量形成的重要因素,而快速叶绿素荧光参数可动态高效的反映光合生理变化及能量传递情况,因此解析调控穗位叶叶绿素荧光参数的遗传基础对于开展玉米高光效育种具有重要意义。本研究利用LDC-1×YS501衍生的重... 详细信息

穗位叶的光合速率是影响玉米产量形成的重要因素,而快速叶绿素荧光参数可动态高效的反映光合生理变化及能量传递情况,因此解析调控穗位叶叶绿素荧光参数的遗传基础对于开展玉米高光效育种具有重要意义。本研究利用LDC-1×YS501衍生的重组自交系(recombinant inbred line,RIL)群体,结合高密度分子遗传图谱在两个环境条件下对7个叶绿素荧光参数及5个产量相关性状进行qtl(Quantitative trait locus)定位。结果共检测到51个调控荧光参数的qtls,这些qtls在1、2、3、6、10号染色体的部分区段显著富集,且其中5个位点qET2-1、qET10-1、qPI10-1、qTC3-1和qEC2-1在两个环境下均能检测到;共检测到13个产量相关性状的qtls,其中位于1号染色体上qER1-1与调控荧光参数PICS的位点qPI1-2区间重叠。本研究将为后续基因挖掘和开展分子标记辅助育种提供重要基础。

关键词：玉米穗位叶快速叶绿素荧光参数 qtl定位

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黄花菜维生素E含量遗传分析及qtl定位

河北农业大学学报 2023年第4期46卷 38-45页

作者：段春宇熊雄景梦岳高阳侯非凡邢国明李森山西农业大学园艺学院/大同黄花产业发展研究院山西太谷030801

维生素E是黄花菜中重要的营养成分。本研究以黄花菜地方品种‘东庄黄花’和‘冲里花’杂交获得的F1群体为研究对象,对杂交后代连续2年的维生素E含量进行检测分析,结果显示黄花菜F1群体维生素E含量的变异系数为50.44%~54.23%,变异系数较... 详细信息

维生素E是黄花菜中重要的营养成分。本研究以黄花菜地方品种‘东庄黄花’和‘冲里花’杂交获得的F1群体为研究对象,对杂交后代连续2年的维生素E含量进行检测分析,结果显示黄花菜F1群体维生素E含量的变异系数为50.44%~54.23%,变异系数较大,整体呈现正态分布趋势,并出现了含量超过双亲的超亲后代个体;遗传分析显示黄花菜维生素E含量符合2对主基因-加性-显性模型(2MG-AD),第1对基因加性效应更为显著,主基因遗传效率高达95%以上;对黄花菜维生素E含量进行qtl定位,共检测到2个与黄花菜维生素E相关的qtl,分布于8号和10号连锁群上,LOD峰值的范围为2.96~3.60,单个qtl贡献率介于10.80%~13.00%。本研究结果为黄花菜高维生素E含量的新品种选育和品种改良提供了数据基础。

关键词：黄花菜维生素E 遗传分析 qtl定位

以2b-RAD技术构建凡纳滨对虾遗传连锁图谱及生长性状qtl定位

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南方农业学报 2022年第10期53卷 2701-2713页

作者：王怡悦刘红徐姚上海水产养殖工程技术研究中心(上海海洋大学) 上海201306 上海市水产动物良种创制与绿色养殖协同创新中心(上海海洋大学) 上海201306 水产科学国家级实验教学示范中心(上海海洋大学) 上海201306

【目的】构建凡纳滨对虾高密度遗传连锁图谱,并对生长相关性状进行qtl定位,筛选出生长性状相关候选基因,为后续开展凡纳滨对虾分子标记辅助育种、生长相关功能基因精细定位研究等提供理论依据。【方法】以耐低盐选育凡纳滨对虾为父本,... 详细信息

【目的】构建凡纳滨对虾高密度遗传连锁图谱,并对生长相关性状进行qtl定位,筛选出生长性状相关候选基因,为后续开展凡纳滨对虾分子标记辅助育种、生长相关功能基因精细定位研究等提供理论依据。【方法】以耐低盐选育凡纳滨对虾为父本,厄瓜多尔野生凡纳滨对虾为母本,单尾交配,以2个亲本及150个F1代个体为作图群体,通过2b-RAD测序挖掘SNP分子标记并构建遗传连锁图谱;结合生长性状表型数据,使用Mapqtl 6.0在构建的遗传连锁图谱上对体质量、全长、体长、头胸甲长、头胸甲宽、头胸甲高等13个生长相关性状进行qtl定位。筛选qtl区间SNP分子标记附近的基因,经GO功能注释及KEGG信号通路富集分析,挖掘生长相关候选基因;并采用实时荧光定量PCR检测候选基因在凡纳滨对虾不同组织及不同群体间的表达情况。【结果】构建的凡纳滨对虾遗传连锁图谱包括3136个SNPs标记,分布在44个连锁群上;总图谱全长为5430.54 cM,平均图距为1.73 cM。生长性状qtl定位共产生79个生长性状相关qtls,LOD范围为3.00~11.04,可解释的表型变异范围为9.0%~28.8%。根据GO功能注释及KEGG信号通路富集分析结果,最终筛选出4个生长相关候选基因(TOB2、CRAT、CCT6、KLF4)。4个候选基因在凡纳滨对虾各组织中均普遍表达,且CCT6、KLF4和TOB2基因在耐低盐选育家系群体中的相对表达量均高于常规的凡纳滨对虾群体,其中CCT6基因表达差异达显著水平(Pqtls,并筛选出4个与凡纳滨对虾生长性状相关的候选基因(CCT6、KLF4、TOB2和CRAT)。可见,以2b-RAD技术结合qtl定位能高效、快捷挖掘出凡纳滨对虾生长性状相关候选基因,为开展分子标记辅助育种、生长相关功能基因精细定位研究等提供技术支持。

关键词：凡纳滨对虾遗传连锁图谱 qtl定位候选基因 2b-RAD技术

水稻粒型染色体片段代换系Z8的qtl定位与次级代换系选育

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西南大学学报（自然科学版） 2023年第1期45卷 45-54页

作者：毛祖元陈倩邸新晏陈梅王晓菲赵芳明凌英华西南大学水稻研究所/转基因植物与安全控制重庆市重点实验室重庆400715

粒型是水稻重要的农艺性状,由多个基因调控,属于典型的数量性状,与产量密切相关.染色体片段代换系(Chromosomal Segment Substitution Line,CSSL)是研究数量性状的良好材料,能够将复杂的数量性状转化成单个的遗传因子,从而有效分离主效... 详细信息

粒型是水稻重要的农艺性状,由多个基因调控,属于典型的数量性状,与产量密切相关.染色体片段代换系(Chromosomal Segment Substitution Line,CSSL)是研究数量性状的良好材料,能够将复杂的数量性状转化成单个的遗传因子,从而有效分离主效数量性状基因座(Quantitative trait locus,qtl)或关键基因,并准确估算其遗传效应.以粳稻日本晴(Nipponbare)为受体,优良恢复系R225为供体构建的CSSL群体中鉴定到1个水稻长宽粒代换系Z8,其携带14个来自供体亲本R225的染色体片段,平均代换长度8.41 Mb.与受体亲本日本晴相比,Z8的粒长、粒宽、长宽比、株高、一次枝梗数、二次枝梗数、千粒质量、着粒密度和每穗总粒数等性状均增加(pqtl定位,共鉴定到33个qtls,其中粒长、粒宽和长宽比各6个,千粒质量4个,株高和穗长各3个,每穗实粒数2个,一次枝梗数、二次枝梗数与结实率各1个,贡献率在2.04%~88.67%之间.结合qtl定位与分子标记辅助选择(MAS),从F3家系中鉴定到2个含目标性状qtl的双片段代换系,4个三片段代换系,3个四片段代换系,14个五片段及以上代换系.目标性状的qtl定位以及次级代换片段的成功选育,为进一步研究目标性状的遗传机理提供了良好的理论参考和材料支撑.

关键词：水稻粒型染色体片段代换系 qtl定位次级代换系