检索结果-南通市图书馆

LeDock与pymol软件在天然产物化学课程教学中的应用——以中药防治新冠病毒肺炎(COVID-19)为例

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

化学教育（中英文） 2021年第24期42卷 97-100页

作者：陈雯祺王硕游清徽江西师范大学生命科学学院江西南昌330022

以中药防治新冠病毒肺炎(COVID-19)为例,在天然产物化学课程教学中借助LeDock软件进行天然产物小分子与受体蛋白分子之间的半柔性对接,用pymol软件分析天然产物小分子与受体蛋白分子之间的相互作用,全方位充分展示天然产物分子结构和功... 详细信息

以中药防治新冠病毒肺炎(COVID-19)为例,在天然产物化学课程教学中借助LeDock软件进行天然产物小分子与受体蛋白分子之间的半柔性对接,用pymol软件分析天然产物小分子与受体蛋白分子之间的相互作用,全方位充分展示天然产物分子结构和功能之间的关系。教学围绕我国当前形势展开,让学生在了解事实的同时激发其学习热情,培养学生的逻辑思维能力和动手能力,以此来提高教学质量。

关键词： LeDock pymol 中药活性成分

pymol在药物化学三维结合模式教学中的应用

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国医学教育技术 2023年第4期37卷 468-473页

作者：张茂风张立光刘竺云苏州卫生职业技术学院药学院江苏苏州215009 泰州职业技术学院药学院江苏泰州225309

配体与靶标的三维结合模式是药物化学课程的重要内容;但相关教学内容抽象、教学案例缺乏,导致学生在知识的理解方面存在困难。pymol作为一款显示分子三维结构的软件,将其引入药物化学教学,使教学更加生动形象。该文基于pymol工具设计了... 详细信息

配体与靶标的三维结合模式是药物化学课程的重要内容;但相关教学内容抽象、教学案例缺乏,导致学生在知识的理解方面存在困难。pymol作为一款显示分子三维结构的软件,将其引入药物化学教学,使教学更加生动形象。该文基于pymol工具设计了三个教学案例,分别为抗菌药左氧氟沙星与拓扑异构酶IV、抗高血压药卡托普利与血管紧张素I转化酶以及抗新冠病毒(COVID-19)药物奈玛特韦与3CL蛋白酶的结合模式,同时针对上述案例提供了三维图像绘制操作方法。通过引导学生使用pymol绘制三维结构,将大大提升学生的空间想象力,深化其对知识的理解,培养其创新思维。

关键词： pymol 药物化学教学案例 3D结合模式三维图像

结构生物学实验技能课中应用可视化软件pymol的教学体会

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

生命的化学 2022年第11期42卷 2102-2107页

作者：谢伟中山大学生命科学学院生物化学系广州510275

人们关于蛋白质结构预测的研究取得了突破性进展。从海量结构信息中对兴趣蛋白质进行功能分析及推断是生物学家未来需要探索的重点问题,但前提是需要对已有蛋白质结构的模型具有充分的认识和理解。pymol是蛋白质三维结构可视化最常用的... 详细信息

人们关于蛋白质结构预测的研究取得了突破性进展。从海量结构信息中对兴趣蛋白质进行功能分析及推断是生物学家未来需要探索的重点问题,但前提是需要对已有蛋白质结构的模型具有充分的认识和理解。pymol是蛋白质三维结构可视化最常用的软件之一,其功能多样且强大,深受广大结构生物学工作者的青睐。该文旨在分享作者在本科生结构生物学实验技能课教学中使用pymol软件的经验,深入浅出地讲解该软件的初步使用方法,从而使初学者能够达到查看、展示并进行一般性结构绘图的目的。开设该课程对提高学生对于蛋白质结构信息的理解、激发其科研兴趣等方面均具有较大益处,并且取得了良好的教学效果。

关键词：结构生物学实验技能课 pymol 3D-结构可视化

利用PDB数据库和pymol构建DNA双螺旋三维模型

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

实验教学与仪器 2019年第4期36卷 41-42页

作者：秦孟泽苏凯江苏省盱眙中学江苏淮安211700

模型构建是高中生物学教学中的常用手段之一。从教学效果上看,模型能让学生更加直观、深刻地认识教学内容。PDB数据库是专门收录蛋白质、核酸等生物大分子三维结构的数据库,pymol是一款使用广泛的生物大分子三维结构软件。利用PDB数据库... 详细信息

模型构建是高中生物学教学中的常用手段之一。从教学效果上看,模型能让学生更加直观、深刻地认识教学内容。PDB数据库是专门收录蛋白质、核酸等生物大分子三维结构的数据库,pymol是一款使用广泛的生物大分子三维结构软件。利用PDB数据库和pymol软件,可以构建DNA双螺旋三维模型,其操作可分为获取DNA双螺旋结构文件、构建模型和保存与使用3个步骤。

关键词： PDB数据库 pymol DNA双螺旋三维模型构建

Molecular Docking of the Inhibitory Activities of Triterpenoids of <i>Lonchocarpus cyanescens</i>against Ulcer

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

Journal of Biophysical Chemistry 2017年第1期8卷 1-11页

作者： Isaiah A. Adejoro Sodiq O. Waheed Omolara O. Adeboye Frederick U. Akhigbe Department of Chemistry University of Ibadan Ibadan Nigeria Department of Chemistry and Biochemistry Faculty of Science University of Porto Porto Portugal Department of Chemistry Emmanuel Alayande College of Education Oyo Nigeria

Ulcer is one of the life threatening diseases. It is an open sore on an external or internal surface of the body caused by a break in the skin or mucous membrane which fails to heal. In this work, specific ligands that are suitable for ulcer have been studied computationally. Docking of the triterpenoids of Lonchocarpus cyanescens with target proteins of PDB codes 1AFC, 1AXM and 2AXM were performed using AutoDock Vina and pymol for docking and post-docking analysis, respectively. In this study, the triterpenoid ligands with binding affinity/inhibitory constants -7.2/5.21, -6.5/16.99 and -6.2/28.20 for OH, and -6.7/12.12, -6.3/23.82 and -6.1/33.40 for OCH3 were compared with the standard ligands. Our study indicates that the results corresponding to triterpenoid ligands are close to standard ligands.

关键词： Ulcer Molecular Docking AutoDock Vina pymol Binding Affinity

一例产生抗-D的弱D100型个体的基因突变分析

维普期刊数据库评论

在线全文

维普期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

临床血液学杂志 2024年第4期37卷 279-282页

作者：刘太香薛敏冯晨晨马玲许进明周小玉江苏省血液中心输血研究室南京210042 南京医科大学第一附属医院输血科

目的:对临床送检的一例产生抗-D的RhD变异型个体进行RHD基因分析,预测与分析突变对RhD蛋白的影响,评估该变异D类型的临床意义。方法:采用聚合酶链反应(PCR)直接测序法对RHD基因10个外显子及侧翼序列进行序列分析。采用PCR-序列特异性引... 详细信息

目的:对临床送检的一例产生抗-D的RhD变异型个体进行RHD基因分析,预测与分析突变对RhD蛋白的影响,评估该变异D类型的临床意义。方法:采用聚合酶链反应(PCR)直接测序法对RHD基因10个外显子及侧翼序列进行序列分析。采用PCR-序列特异性引物对患者RHD基因进行合子型分析。使用pymol软件分析突变引起的RhD蛋白三维结构的变化。利用蛋白质变异效应分析、分类非容忍变异和多态性表型分型算法三种在线软件预测突变导致的氨基酸替换对RhD蛋白功能的影响。结果:该变异D个体为RHD(+)/RHD(-)杂合子型。测序结果显示在第5外显子有c.787G>A突变,该突变导致263位甘氨酸被精氨酸替代。pymol分析结果显示,与野生型相比,精氨酸与相邻氨基酸之间的氢键变短、氢键数增加。3种蛋白功能损伤预测软件中,有2种提示p.G263R对RhD蛋白是"有害突变"。结论:该D变异型为弱D100型。c.787G>A突变导致的氨基酸替换可能影响RhD蛋白的正确组装折叠,导致RhD抗原特征的改变。这提示该D变异型被正常D抗原免疫后具有产生抗-D的潜力。

关键词： Rh血型 D变异型弱D100型 pymol 生物信息学分析

全外显子组测序技术用于42例健康个体检测的相关医学发现的研究和F8基因内含子突变c.6430-3C>G导致血友病甲

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

全外显子组测序技术用于42例健康个体检测的相关医学发现的研究和...

作者：夏尊敬浙江大学

学位级别：硕士

第一部分全外显子组测序技术用于42例健康个体检测的相关医学发现的研究背景:全外显子组测序技术在分子诊断、新的致病基因的发现、疾病-基因相关性方面已经成为一种强有力的分析工具。然而,这种方法对于外表健康的人能否提供有用信息... 详细信息

第一部分全外显子组测序技术用于42例健康个体检测的相关医学发现的研究背景:全外显子组测序技术在分子诊断、新的致病基因的发现、疾病-基因相关性方面已经成为一种强有力的分析工具。然而,这种方法对于外表健康的人能否提供有用信息鲜有报导。方法:该全外显子组测序技术应用Illumina测序平台检测了 42例健康中国人的样本。该技术检测了 303种单基因疾病的约1493个基因包括遗传性肿瘤、遗传性心内科类、孕前常见遗传病筛查组合、遗传性代谢系统类疾病、遗传性老年性疾病、遗传性神经肌肉类疾病、遗传性皮肤病类、遗传性眼病类疾病八大类疾病。根据ACMG指南,致病变异(P)、疑似致病变异(LP)、临床意义不明变异(VUS)被报导,同时提供了相应的遗传咨询。结果:在该42例健康个体中发现了家族史相关的两个主要发现。同时有89个致病突变,106个疑似致病突变以及高达925个临床意义不明的变异被发现。其中有132个致病、疑似致病突变与自身健康相关,63个致病、疑似致病突变与后代健康相关(隐性遗传方式)。结论:研究表明对个体进行全外显子组检测能有效发现潜在的致病风险,并促使临床医生及早采取适当措施对受检者进行疾病诊断,做到早发现、早预防、早治疗。同时也可防止潜在疾病遗传给下一代,对后代健康具有指导意义。第二部分F8基因内含子突变c.6430-3C>G导致血友病甲目的:血友病甲是一种由凝血因子Ⅷ蛋白功能失调导致的出血性疾病,相比正常凝血因子活性可将其分为重、中、轻三种类型。大多数的错义、无义突变发生在外显子区域,然而一些内含子区域的变异也会导致疾病,其通常会影响F8mRNA前体的剪接过程。因此研究F8基因内含子区域的变异对于疾病的诊断及分子机制具有重要意义。方法:在患有血友病甲的中国男孩儿中发现了一个F8基因的内含子变异,研究证明男孩的母亲是该突变的携带者。cDNA测序,pSPL3外显子捕获实验以及生物信息学Human Splicing Finder(HSF)分析证实了该内含子突变对F8mRNA前体剪接的影响。结果:我们发现患有血友病甲的男孩儿F8基因的一个突变c.6430-3C>G(IVS 22-3C>G),并且该患者的母亲是该突变的携带者。通过患者母亲的cDNA测序结果和pSPL3外显子捕获实验表明IVS22-3C>G突变导致剪切过程中22号内含子的3'端两个核苷酸突变为外显子从而产生了缺失部分C1结构域和C2结构域的截短的凝血因子Ⅷ蛋白。同时HSF在线分析显示该突变在22号内含子中通过产生一个新的隐藏的受体位点从而影响F8mRNA前体的剪切过程。讨论:突变IVS 22-3 C>G影响F8mRNA前体的剪接从而产生功能缺陷的F8截短蛋白,该截短蛋白通过缺失F8蛋白和vWF载体蛋白的相互作用结构域从而降低了该蛋白复合体的稳定性。

关键词：全外显子组测序技术外表健康个体相关医学发现遗传风险遗传咨询 F8基因内含子突变 cDNA测序 pSPL3载体实验 HSF pymol

将生物信息学与有机化学结合初探酶促反应原理与实践——介绍一个国外本科生实验并讨论其相关问题

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

大学化学 2019年第2期34卷 81-89页

作者：田杰王志鹏马新雨蒋振雄许兵 Department of Biology Texas A&M University College Station Department of Chemistry Texas A&M University College Station Department of Plant Pathology and Microbiology Texas A&M University College Station

21世纪是生命科学与信息科学高速发展的时代,化学作为理科的中心学科与此二者均有紧密的联系。伴随着各种交叉学科的诞生与发展,将信息科学技术整合有机化学方法并用于认知生物大分子进而解决生命科学问题也是大势所趋,而在生物化学与... 详细信息

21世纪是生命科学与信息科学高速发展的时代,化学作为理科的中心学科与此二者均有紧密的联系。伴随着各种交叉学科的诞生与发展,将信息科学技术整合有机化学方法并用于认知生物大分子进而解决生命科学问题也是大势所趋,而在生物化学与化学生物学基础教学中引入相关内容也具有前瞻性与必要性。国外化学本科的基础教育也切合时宜地以一个生物信息学的最常用软件pymol为例设计相关实验,让学生在了解反应中的有机化学机理的基础上,学习酶的三维结构,并探究酶催化该反应的原因。此设计结合了有机化学、生物化学、生物信息学、蛋白质结构生物学等多学科,可以加深学生对多肽与蛋白质的高级结构的认识,并为今后的生物化学学习与研究打下基础,同时有利于培养学生对于化学的兴趣,可谓一举多得。这对于培养交叉学科人才,做出开创性研究极为重要。对国内生物有机化学实验的设计有借鉴作用。

关键词： pymol 生物信息学脱羧酶二磷酸甲瓦龙酸本科生实验

生物分子三维结构资源库的构建及其在生物化学课程教学中的应用

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

教育现代化 2018年第20期5卷 98-101+112页

作者：曹诣斌孙梅好宗宇辛德东蒲首丞徐丽珊浙江师范大学化学与生命科学学院

鉴于生物化学课程授课内容繁多、复杂抽象、学生不易理解等现状,如何将深奥难懂的代谢机理以及错综复杂的代谢反应转变成浅显易懂、形象具体的知识传授给学生,有效提高学生的学习兴趣,是每一位生物化学课程教师不断探索的目标。通过将... 详细信息

鉴于生物化学课程授课内容繁多、复杂抽象、学生不易理解等现状,如何将深奥难懂的代谢机理以及错综复杂的代谢反应转变成浅显易懂、形象具体的知识传授给学生,有效提高学生的学习兴趣,是每一位生物化学课程教师不断探索的目标。通过将构建的生物分子三维结构资源库应用于生物化学及高级生物化学的课程教学,统计分析结果表明生物分子三维结构资源应用可促进学生对相关知识点的掌握,提高学生分析、解决问题的能力,有效培养学生的科学思维能力。

关键词：三维结构生物化学教学分子可视化软件 pymol