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Travelling Wave Solution of the Fisher-Kolmogorov Equation with Non-Linear Diffusion

Applied Mathematics 2013年第8期4卷 148-160页

作者： Muhammad Shakeel Department of Mathematics Air University Islamabad Pakistan

In this paper we study one-dimensional Fisher-Kolmogorov equation with density dependent non-linear diffusion. We choose the diffusion as a function of cell density such that it is high in highly cell populated areas and it is small in the regions of fewer cells. The Fisher equation with non-linear diffusion is known as modified Fisher equation. We study the travelling wave solution of modified Fisher equation and find the approximation of minimum wave speed analytically, by using the eigenvalues of the stationary states, and numerically by using COMSOL (a commercial finite element solver). The results reveal that the minimum wave speed depends on the parameter values involved in the model. We observe that when diffusion is moderately non-linear, the eigenvalue method correctly predicts the minimum wave speed in our numerical calculations, but when diffusion is strongly non-linear the eigenvalues method gives the wrong answer.

关键词： Fisher-Kolmogorov Equation Non-Linear Diffusion Travelling Wave Wave Speed pulled Front Pushed Front

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Identification of microRNA precursors with new sequence-structure features

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Journal of Biomedical Science and Engineering 2009年第8期2卷 626-631页

作者： Ying-Jie Zhao Qing-Shan Ni Zheng-Zhi Wang 不详

MicroRNAs are an important subclass of non-coding RNAs (ncRNA), and serve as main players into RNA interference (RNAi). Mature microRNA derived from stem-loop structure called precursor. Identification of precursor microRNA (pre-miRNA) is essential step to target microRNA in whole genome. The present work proposed 25 novel local features for identifying stem- loop structure of pre-miRNAs, which captures characteristics on both the sequence and structure. Firstly, we pulled the stem of hairpins and aligned the bases in bulges and internal loops used ‘―’, and then counted 24 base-pairs (‘AA’, ‘AU’, …, ‘―G’, except ‘――’) in pulled stem (formalized by length of pulled stem) as features vector of Support Vector Machine (SVM). Performances of three classifiers with our features and different kernels trained on human data were all superior to Triplet-SVM-classifier’s in po- sitive and negative testing data sets. Moreover, we achieved higher prediction accuracy through combining 7 global sequence-structure. The result indicates validity of novel local features.

关键词： MicroRNA Precursor MicroRNA Local Features pulled Stem Stem-Loop SVM

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小鼠桑椹胚OPS管内解冻和直接移植

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中国农业大学学报 2006年第6期11卷 23-26页

作者：刘满清杨其恩索伦刘霖牛晔朱士恩中国农业大学动物科学技术学院北京100094

本实验对昆明白系小鼠的桑椹胚实施OPS法玻璃化冷冻，研究不同管内解冻程序对胚胎体内外发育的影响，旨在为小家畜胚胎冷冻、解冻和移植提供技术参数。采用OPS冷冻两步法（10％（体积分数）EG＋10％（体积分数）DM9：）溶液中平衡30S，... 详细信息

本实验对昆明白系小鼠的桑椹胚实施OPS法玻璃化冷冻，研究不同管内解冻程序对胚胎体内外发育的影响，旨在为小家畜胚胎冷冻、解冻和移植提供技术参数。采用OPS冷冻两步法（10％（体积分数）EG＋10％（体积分数）DM9：）溶液中平衡30S，移入EDFS30平衡25s）保存小鼠桑椹胚。一步法解冻是将OPS直接插到盛有0．5mol／L蔗糖的离心管中分别平衡1、2、3、4、5和6min，解冻后经体外培养结果丧明，平衡2-4min组耍胚发育率（93．58％～97．2296）与对照组（100％）无显著差异（P〉0.05）；实施两步法解冻时将OPS先后插入0．5和0．25mol／L蔗糖中，体外培养结果显示，先后平衡3和2min组囊胚发育率（100％）最佳，同对照组无显著差异（P〉0．05）。将以上方法管内解冻最佳组的胚胎用OPS管作移植导管，直接移植到受体子宫角中，其船娠产仔率（38．57％）和管外解冻组（42．8696）及新鲜对照组（51．19％）均无显著性差异（P〉0．05）。证明OPS玻璃化冷冻的小鼠桑椹胚可以进行管内解冻和直接移植，为小家畜胚胎移植提供了模型。

关键词：玻璃化冷冻管内解冻昆明白小鼠桑椹胚 OPS(open pulled straws) 直接移植

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