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nuMap: A Web Platform for Accurate prediction of Nucleosome Positioning

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2014年第5期12卷 249-253页

作者： Bader A.Alharbi Thamir H.Alshammari Nathan L.Felton Victor B.Zhurkin Feng Cui Thomas H. Gosnell School of Life Sciences Rochester Institute of Technology B. Thomas Golisano College of Computing & Information Sciences Rochester Institute of Technology Information Technology Services Rochester Institute of Technology Laboratory of Cell Biology National Cancer Institute National Institutes of Health

Nucleosome positioning is critical for gene expression and of major biological interest. The high cost of experimentally mapping nucleosomal arrangement signifies the need for computational approaches to predict nucleosome positions at high resolution. Here, we present a web-based application to fulfill this need by implementing two models, YR and W/S schemes, for the translational and rotational positioning of nucleosomes, respectively. Our methods are based on sequence-dependent anisotropic bending that dictates how DNA is wrapped around a histone octamer. This application allows users to specify a number of options such as schemes and param- eters for threading calculation and provides multiple layout formats. The nuMap is implemented in Java/Perl/MySQL and is freely available for public use at http：//***. The user manual, implementation notes, description of the methodology and examples are available at the site.

关键词： Nucleosome rotational posi-tioning Sequence-dependent DNAanisotropy prediction of nucteosomepositioning Sequence patterns Web server

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