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Journal of Integrative Plant Biology 2021年第4期63卷 787-801页

作者： Feng Qian Qiu-Yuan Zhao Tie-Nan Zhang Yu-Lu Li Yin-Na Su Lin Li Jian-Hua Sui She Chen Xin-Jian He National Institute of Biological Sciences Beijing 102206China Tsinghua Institute of Multidisciplinary Biomedical Research Tsinghua UniversityBeijing 100084China

Trimethylated histone H3 lysine 27(H3 K27 me3)is a repressive histone marker that regulates a variety of developmental processes,including those that determine flowering time.However,relatively little is known about the mechanism of how H3 K27 me3 is recognized to regulate transcription.Here,we identified BAH domain-containing transcriptional regulator 1(BDT1)as an H3 K27 me3 reader.BDT1 is responsible for preventing flowering by suppressing the expression of flowering genes.Mutation of the H3 K27 me3 recognition sites in the BAH domain disrupted the binding of BDT1 to H3 K27 me3,leading to de-repression of H3 K27 me3-enriched flowering genes and an earlyflowering phenotype.We also found that BDT1 interacts with a family of PhD finger-containing proteins,which we named PhD1–6,and with CPL2,a Pol II carboxyl terminal domain(CTD)phosphatase responsible for transcriptional repression.Pull-down assays showed that the PhD finger-containing proteins can enhance the binding of BDT1 to the H3 K27 me3 peptide.Mutations in all of the PhD genes caused increased expression of flowering genes and an earlyflowering phenotype.This study suggests that the binding of BDT1 to the H3 K27 me3 peptide,which is enhanced by PhD proteins,is critical for preventing early flowering.

关键词： BAH development flowering histone H3K27me3 PhD transcriptional repression

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小麦PhD基因家族鉴定及干旱胁迫应答分析

分子植物育种 2023年第18期21卷 5917-5928页

作者：连娟刘永杰李丹公杰王永波陈现朝张风廷赵昌平高世庆赵宝存河北师范大学生命科学学院石家庄050024 北京杂交小麦工程技术研究中心北京100097

PhD (Plant homeodomain)基因家族是一类编码锌指类转录因子的家族,在调节植物的生长发育过程中起着重要作用。然而,目前对于PhD基因家族如何参与杂交种小麦的干旱胁迫响应的报道较少。本研究利用小麦最新基因组数据鉴定出165个PhD家族... 详细信息

PhD (Plant homeodomain)基因家族是一类编码锌指类转录因子的家族,在调节植物的生长发育过程中起着重要作用。然而,目前对于PhD基因家族如何参与杂交种小麦的干旱胁迫响应的报道较少。本研究利用小麦最新基因组数据鉴定出165个PhD家族基因,这些PhD基因分布在21条染色体上,且在这些基因中存在7对片段重复。外显子/内含子结构和蛋白基序分析发现每个分支中的基因均具有相似的结构。Gene ontology (GO)分析表明,大部分PhD蛋白主要在细胞核内发挥作用,参与多种结合过程、表观遗传、植物生长发育及逆境胁迫响应等生物学过程。通过抗旱转录组及组织表达数据,共筛选出7个PhD基因与干旱胁迫耐受相关。进一步使用干旱处理前后的小麦杂交种‘JM6’及其父母本为材料,对筛选出的7个PhD基因进行实时荧光定量PCR验证,发现TaPhD-D18、TaPhD-D23、TaPhD-A44和TaPhD-B57基因可能参与了杂交种‘JM6’的抗旱过程。综上所述,本研究从小麦PhD家族中筛选出4个参与杂交种小麦‘JM6’抗旱候选基因,为进一步深入研究小麦PhD家族基因在杂交种小麦中的抗旱性提供重要的线索。

关键词：小麦 PhD 生物信息学分析干旱胁迫

雷蒙德氏棉和亚洲棉Alfin-like PhD finger家族的生物信息学分析

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分子植物育种 2018年第3期16卷 724-732页

作者：马盼盼赵曾强叶春秀孙国清谢宗铭新疆农垦科学院生物技术研究所作物种质创新与基因资源利用兵团重点实验室石河子832000 中国农业科学院生物技术研究所北京100081

Alfin-like PhD finger是植物中特有的一类转录调控因子,在调控植物生长发育、非生物胁迫响应及抗病反应等过程中起重要作用。为全面了解Alfin-like PhD finger基因家族在雷蒙德氏棉和亚洲棉基因组中的数目、分布情况及家族各成员间的关... 详细信息

Alfin-like PhD finger是植物中特有的一类转录调控因子,在调控植物生长发育、非生物胁迫响应及抗病反应等过程中起重要作用。为全面了解Alfin-like PhD finger基因家族在雷蒙德氏棉和亚洲棉基因组中的数目、分布情况及家族各成员间的关系,进而研究和揭示Alfin-like PhD finger在棉花抵抗逆境胁迫中的作用。运用生物信息学的方法在雷蒙德氏棉(D5)和亚洲棉(A2)全基因组中分别鉴定出12个和10个Alfin-like PhD finger基因家族成员,并对家族成员的基因结构、染色体定位、保守结构域及进化关系等方面进行分析。结果表明,雷蒙德氏棉和亚洲棉中Alfin-like PhD finger转录因子具有高度保守的DUF3594结构域和PhD结构域,两个二倍体棉花中该家族基因成员之间为一对一关系;雷蒙德氏棉中的12个成员基因分布在5条染色体上,亚洲棉中的10个成员基因也分布在5条染色体上;亚细胞定位预测发现,该家族的基因分别定位于细胞核、叶绿体基质、过氧化物酶体和细胞质基质;根据结构域差异和系统发育分析结果,将Alfin-like PhD finger转录因子家族分为3个进化分支。上述结果为分离鉴定棉花中新的逆境胁迫响应基因提供参考。

关键词： Alfin-like PhD finger 雷蒙德氏棉亚洲棉生物信息学

益气活血、软坚散结法干预PhD-HIF-hepcidin信号轴防治肾性贫血的作用机制研究

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益气活血、软坚散结法干预PHD-HIF-hepcidin信号轴防治肾性贫血的...

作者：耿芳天津中医药大学

学位级别：硕士

目的:通过观察益气活血、软坚散结法对肾性贫血大鼠的肾功能、血常规、铁代谢、相关炎症因子的指标变化情况,并比较肾组织中PhD-HIF信号通路的相关蛋白的表达,初步探讨益气活血、软坚散结法防治肾性贫血的作用机制。方法:将32只雄性SPF... 详细信息

目的:通过观察益气活血、软坚散结法对肾性贫血大鼠的肾功能、血常规、铁代谢、相关炎症因子的指标变化情况,并比较肾组织中PhD-HIF信号通路的相关蛋白的表达,初步探讨益气活血、软坚散结法防治肾性贫血的作用机制。方法:将32只雄性SPF级大鼠,体重170-180g/只,随机分为对照组、模型组、中药组与罗沙司他组4组,每组8只。适应性喂养1周后对除对照组以外的各组大鼠进行单侧肾切除手术法造模。术后恢复性饲养2周后,模型组及各治疗组开始腺嘌呤灌胃,灌胃剂量按照1ml/100g进行给药,对照组大鼠予以同等剂量的去离子水进行灌胃,各治疗组大鼠在手术后3周开始进行药物治疗,中药组按照18.2g/kg/d剂量灌胃,罗沙司他组按照27mg/kg/d剂量灌胃,给药持续12周。12周后采用股动脉取血,检测大鼠血红细胞(Red Blood Cell,RBC)、血红蛋白(Hemoglobin,Hb)、红细胞压积(Red Blood Cell Specific Volume,HCT)、尿素氮(Blood Urea Nitrogen,BUN)、血清肌酐(Serum Creatinine,Scr)、血清铁、总铁结合力、铁蛋白水平。用Elisa法检测大鼠肾组织IL-6(Interleukin-6)、TNF-α(Tumor Necrosis Factor-α)指标和铁调素;用Western Blot法检测脯氨酸羟化酶(Prolyl Hydroxylase,PhD)、低氧诱导因子(Hypoxia Inducible Factor,HIF)蛋白在肾脏中表达情况。并运用SPSS22.0软件对上述数据进行统计分析。结果:1.造模完成后,检查对照组与模型组的Scr、BUN、Hb指标,模型组的血肌酐、尿素氮水平较对照组明显升高,血红蛋白水平较对照组明显降低,差异均有统计学意义(P0.05);与模型组相比,罗沙司他组RBC、Hb、HCT显著升高,差异有统计学意义(P0.05)。3.与对照组相比,模型组、中药组、罗沙司他组血肌酐、尿素氮水平均明显升高,差异有统计学意义(P0.05);与中药组相比,罗沙司他组肾功能指标明显下降,差异有统计学意义(P0.05);与中药组相比罗沙司他组血清铁、转铁蛋白显著升高,铁调素下降,差异有统计学意义(P0.05)。5.与对照组相比,模型组及各治疗组IL-6、TNF-α均显著上调,差异有统计学意义(PPhD-2蛋白显著上调,HIF-2α蛋白显著下降,差异有统计学意义(PPhD-2下调无统计学意义(P>0.05),但存在下降趋势;与模型组相比,罗沙司他组PhD-2蛋白显著下调,HIF-2α蛋白显著升高,差异有统计学意义(p<0.01);罗沙司他组与中药组比较,二者均有统计学差异(P<0.01)。结论:本研究表明益气活血、软坚散结法具有纠正肾性贫血并改善肾功能的疗效,其机制可能与调节HIF-铁调素信号及降低IL-6、TNF-α水平以改善微炎症状态有关。

关键词：益气活血、软坚散结法肾性贫血 PhD HIF 铁调素

Reading and Interpreting the Histone Acylation Code

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Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2016年第6期14卷 329-332页

作者： Jelly H.M.Soffers Xuanying Li Susan M.Abmayr Jerry L.Workman Stowers Institute Jor Medical Research Kansas CityMO 64111USA Department of Anatomy and Cell Biology University of Kansas Medical CenterKansas CityKS 66160USA

Decades of research has explored the epigenetic control of gene expression and the impact of histone post-translational modifications(PTMs),such as acetylation,on chromatin remodeling.Indeed,the writers,readers,and erasers of lysine acetylation are increasingly well understood.Recent studies have added crotonylation,butyrylation,and

关键词： PhD Reading and Interpreting the Histone Acylation Code

A novel variable-lag probability hypothesis density smoother for multi-target tracking

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Chinese Journal of Aeronautics 2013年第4期26卷 1029-1037页

作者： Li Yue Zhang Jianqiu Yin Jianjun Department of Electronic Engineering Fudan University

It is understood that the forward-backward probability hypothesis density (PhD) smoothing algorithms proposed recently can significantly improve state estimation of targets. However, our analyses in this paper show that they cannot give a good cardinality (i.e., the number of targets) estimate. This is because backward smoothing ignores the effect of temporary track drop- ping caused by forward filtering and/or anomalous smoothing resulted from deaths of targets. To cope with such a problem, a novel PhD smoothing algorithm, called the variable-lag PhD smoother, in which a detection process used to identify whether the filtered cardinality varies within the smooth lag is added before backward smoothing, is developed here. The analytical results show that the proposed smoother can almost eliminate the influences of temporary track dropping and anomalous smoothing, while both the cardinality and the state estimations can significantly be improved. Simulation results on two multi-target tracking scenarios verify the effectiveness of the proposed smoother.

关键词：平滑算法多目标跟踪滞后密度概率目标状态估计可变 PhD

Convolution Kernels Implementation of Cardinalized Probability Hypothesis Density Filter

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Acta Mathematicae Applicatae Sinica 2013年第4期29卷 739-748页

作者： Yue MA Jian-zhang ZHU Qian-qing QIN Yi-jun HU School of Mathematics and Information Sciences North China University of Water Resources and Electric Power School of Mathematics and Statistics Wuhan University State Key Laboratory of Information Engineering in Surveying Mapping and Remote SensingWuhan University

The probability hypothesis density(PhD) propagates the posterior intensity in place of the posterior probability density of the multi-target state. The cardinalized PhD(CPhD) recursion is a generalization of PhD recursion, which jointly propagates the posterior intensity function and posterior cardinality distribution.A number of sequential Monte Carlo(SMC) implementations of PhD and CPhD filters(also known as SMCPhD and SMC-CPhD filters, respectively) for general non-linear non-Gaussian models have been proposed.However, these approaches encounter the limitations when the observation variable is analytically unknown or the observation noise is null or too small. In this paper, we propose a convolution kernel approach in the SMC-CPhD filter. The simulation results show the performance of the proposed filter on several simulated case studies when compared to the SMC-CPhD filter.

关键词：概率密度滤波器卷积核强度函数 PhD 目标状态蒙特卡洛高斯模型

芪参益气滴丸对肺心病患者肺动脉压及血清炎性细胞因子的影响

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芪参益气滴丸对肺心病患者肺动脉压及血清炎性细胞因子的影响

作者：秦晗河北工程大学

学位级别：硕士

目的:观察芪参益气滴丸对肺心病(Pulmonary Heart Disease,PhD)急性加重期患者的肺动脉压以及血清中炎性细胞因子,如肿瘤坏死因子-α(Tumor Necrosis Factor-α,TNF-α)、白介素-6(Interleukin-6,IL-6)、超敏C反应蛋白(hypersensitive c-reactive protein,hs-CRP)、脑钠肽(Brain Natriuretic Peptide,BNP)的影响,从而探讨芪参益气滴丸对改善PhD患者机体炎性反应、肺动脉压及心功能等的可行性,为临床提供参考。方法:选取自2017年12月至2018年12月于我院收治的50-85岁的PhD急性加重期患者80例,依据入院顺序分为对照组和治疗组,其中对照组40例,男性29例,女性11例,年龄(69.8±7.7)岁(51-84)岁。治疗组40例,其中男性32例,女性8例,年龄(70.4±8.8)岁(50-85)岁。两组患者的性别、年龄经计算在统计学上无显著差异(P>0.05),具有可比性。所有患者常规询问病史、行化验及辅助检查,排除其他器质性心血管疾病。对照组采用常规药物治疗,治疗组在常规药物治疗的基础上,加用芪参益气滴丸0.5g 3/日口服,连续应用2周。治疗前后通过多普勒超声诊断仪测定患者的肺动脉压力,抽血测定TNF-α、IL-6、hs-CRP、BNP水平,同时评估两组患者在临床治疗上的有效率并随访药物安全性,不良反应情况。记录数据,最终综合对比、分析。结果:本研究共计70例PhD急性加重期病人,其中对照组33例,治疗组37例,两组患者的性别、年龄、心功能分级等一般情况,差异无统计学意义;两组治疗前后肺动脉压力的比较:两组患者治疗前肺动脉压力比较无统计学意义(P>0.05);经治疗后肺动脉压力均较前有所下降,差异有统计学意义(P0.05)。两组治疗前后TNF-α、IL-6、hs-CRP以及BNP表达水平比较:两组患者治疗前TNF-α、IL-6、hs-CRP及BNP水平比较无统计学意义(P>0.05);两组患者治疗后TNF-α、IL-6、hs-CRP及BNP水平都明显降低,与治疗前比较有统计学意义(P0.05)。结论:芪参益气滴丸对治疗PhD急性加重期患者的疗效是值得肯定的,可以有效降低血清炎性因子(TNF-α、IL-6、hs-CRP、BNP)水平,很好地改善心功能,临床总有效率明显提高,疗效显著,无明显的不良反应,安全性可靠。需指出的是本实验由于研究时间短,芪参益气滴丸对于PhD急性加重期患者的肺动脉压力尚未见明显影响,但是,多项研究表明多种中药单体、单味中药及中药复方制剂对肺动脉高压的治疗有一定的疗效,因此,可以推测长时间口服芪参益气滴丸对降低肺动脉压力可能有作用,还需进一步临床实验验证。

关键词： PhD 芪参益气滴丸血清炎性细胞因子肺动脉压

Is the Mortality Trend of Ischemic Heart Disease by the GBD2013 Study in China Real?

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Biomedical and Environmental Sciences 2017年第3期30卷 204-209页

作者： WAN Xia YANG Gong Huan Institute of Basic Medical Sciences Chinese Academy of Medical Sciences School of Basic Medicine Peking Union Medical College

To determine the reason for the different mortality trends of ischemic heart disease(IHD) for China between Global Burden of Disease(GBD) 2010 and GBD2013, and to improve garbage code(GC) redistribution. All data were obtained from the disease surveillance points system, and two proportions for assigning chronic pulmonary heart disease(PhD) as GC to IHD were from GBD2010 and GBD2013, which were different for years before 2004. By using the GBD2013 approach, the age-standard mortality rate(ASMR) increased by 100.21% in 1991, 44.81% in 1996, and 42.47% in 2000 in comparison with the GBD2010 approach. The different methods of chronic PhD redistribution impacted the trend of IHD mortality, which elevated it in the earlier 1990 s by using the GBD2013 approach. Thus, improving the redistribution of GC as a key step in mortality statistics is important.

关键词： IHD PhD Is the Mortality Trend of Ischemic Heart Disease by the GBD2013 Study in China Real

观测型水下机器人控制系统设计及导航定位方法研究

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观测型水下机器人控制系统设计及导航定位方法研究

作者：孙陶莹江苏科技大学

学位级别：硕士

近年来,美国、加拿大、欧盟等国家先后开始制定并实施海洋立体观测系统计划来降低海洋灾害程度、保护国家海洋国土安全、开发利用海洋资源。作为海洋空间站勘探、开发、科考研究的主要工具,水下机器人发挥着不可或缺的作用,适用于多种... 详细信息

近年来,美国、加拿大、欧盟等国家先后开始制定并实施海洋立体观测系统计划来降低海洋灾害程度、保护国家海洋国土安全、开发利用海洋资源。作为海洋空间站勘探、开发、科考研究的主要工具,水下机器人发挥着不可或缺的作用,适用于多种环境进行长期的探索,具有可操作性强、续航能力好、活动范围广、安全性高等特点。在完成任务过程中,水下机器人的导航定位方法发挥着重要作用,好的导航定位方法可以有效降低导航过程中误差累计,提高导航定位数据的精度,从而提高水下机器人工作性能。本文研究并设计了一款用于海洋水下结构物检测和海底地形观测的小型水下机器人控制系统,主要完成上位机Arduino平台对控制台信号的采集和基于LabVIEW监控系统的设计,实现了运动控制、数据采集、视频拍摄、航迹地图显示和报警灯提示等;同时,本文针对LabVIEW监控界面上航迹地图,研究了基于随机有限集的自主导航方法,提出了基于随机有限集SLAM的一种新方法。本文研究内容包括以下几个方面:首先,本文设计并研制了水下机器人上位机控制系统。主要采用基于LabVIEW监控系统和Arduino平台进行设计,应用LabVIEW多任务多循环的架构、灵活实用的界面系统以及Arduino IDE,完成即时可靠的水下数据和图像采集、控制命令、故障报警、水下摄像等,实现了水下机器人上位机有效地控制和显示。其次,针对海洋背景噪声和水声传感器测量噪声大、信噪比低所导致的水下机器人导航定位精度低的问题,本文采用一种基于随机有限集的同步定位与地图构建(simultaneous localization and mapping,SLAM)方法,有效解决了复杂的数据关联问题,并在此基础上结合平方根无迹变换、衰减记忆滤波提出一种新方法,有效地提高水下机器人概率假设密度(probability hypothesis density,PhD)SLAM方法精度。最后,本文对水下机器人进行装配,通过多次陆上调试、水池实验和湖泊实验,完成了进退、转艏、定深、定航等多种运动以及有效数据、图像的采集,验证了该水下机器人的运动控制、数据采集和视频拍摄等功能,实验结果表明,该水下机器人能够完成海洋水下结构物检测、海底地形观测等任务,具有性能稳定、运动灵活等优点。

关键词：水下机器人自主导航 LabVIEW 同步定位与地图构建随机有限集 PhD