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Dock-able linear and homodetic di, tri, tetra and pentapeptide library from canonical amino acids: SARS-CoV-2 Mpro as a case study

引用

Journal of Pharmaceutical Analysis 2023年第5期13卷 523-534页

作者： Sarfraz Ahmad Muhammad Usman Mirza John F.Trant Department of Chemistry and Biochemistry University of WindsorWindsor N9B 3P4OntarioCanada Binary Star Research Services LaSalle N9J 3X8OntarioCanada

Peptide-based therapeutics are increasingly pushing to the forefront of biomedicine with their promise of high specificity and low *** noncanonical residues can always be used,employing only the natural 20 residues restricts the chemical space to a finite dimension allowing for comprehensive in silico *** this goal,the dataset comprising all possible di-,tri-,and tetra-peptide combinations of the canonical residues has been previously ***,with increasing computational power,the comprehensive set of pentapeptides is now also feasible for screening as the comprehensive set of cyclic peptides comprising four or five ***,we provide both the complete and prefiltered libraries of all di-,tri-,tetra-,and penta-peptide sequences from 20 canonical amino acids and their homodetic(N-to-C-terminal)cyclic *** FASTA,simplified molecular-input line-entry system(SMILES),and structure-data file(SDF)-three dimension(3D)libraries can be readily used for screening against protein *** also provide a simple method and tool for conducting identity-based *** to this dataset will accelerate small peptide screening workflows and encourage their use in drug discovery *** a case study,the developed library was screened against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(SARS-CoV-2)main protease to identify potential small peptide inhibitors.

关键词： Dipeptides Tripeptides Tetrapeptides pentapeptides N-to-C-terminal cyclic peptides Peptide library

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