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Recognizing parallel-stranded g-quadruplex by cyanine dye dimer based on dual-site binding mode

Chinese Chemical Letters 2015年第6期26卷 705-708页

作者： Li-Jia Yu Wei gai Qian-Fan Yang Jun-Feng Xiang Hong-Xia Sun Qian Li Li-Xia Wang Ai-Jiao guan Ya-Lin Tang Beijing National Laboratory for Molecular Science Center for Molecular ScienceState Key Laboratory for Structural Chemistry for Unstable and State SpeciesInstitute of ChemistryChinese Academy of Sciences University of Chinese Academy of Sciences

g-quadruplexes （g4s） play important roles in biological systems, such as telomere maintenance, replication, and transcription. Based on the DNA sequence, loop geometry, and the local environments, g4s can be classified into different conformations. It is important to detect different types of g4s to monitor the diseases related with g4s. Most ligands bind to g4s based on end-stacking modes, while rare ligands bind to g4s through groove binding modes. We have found that a cyanine dye DMSB interacts with parallel g4 by end-stacking and groove simultaneous binding mode. In this article, we found that DMSB could simply discriminate parallel g4s from other DNA motifs by using UV-vis spectrum. These results give some clues to develop high specificity g4 probes.

关键词： parallel-stranded g-quadruplex cyanine dye dual-site binding modec-myc

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