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FOXM1和pum1在结肠癌组织中的表达及其与患者临床病理特征和预后的关系

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国际消化病杂志 2023年第6期43卷 381-387页

作者：沈家生黄海斌吴康中湖州市第一人民医院普外科 313000

目的探讨pum1、叉头盒蛋白M1(FOXM1)在结肠癌组织中的表达及其与患者临床病理特征和预后的关系。方法选择2017年1月至2019年6月在湖州市第一人民医院接受手术治疗的135例结肠癌患者作为研究对象,记录其临床资料并随访3年。收集患者的结... 详细信息

目的探讨pum1、叉头盒蛋白M1(FOXM1)在结肠癌组织中的表达及其与患者临床病理特征和预后的关系。方法选择2017年1月至2019年6月在湖州市第一人民医院接受手术治疗的135例结肠癌患者作为研究对象,记录其临床资料并随访3年。收集患者的结肠癌组织及癌旁组织,采用免疫组织化学染色法检测组织中FOXM1、pum1表达情况;采用蛋白质印迹法检测组织中FOXM1、pum1表达水平;采用Pearson相关性分析探讨结肠癌组织中FOXM1与pum1表达的相关性;采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线分析结肠癌组织中FOXM1、pum1表达与患者预后的关系;采用多因素Cox回归分析探讨结肠癌患者预后的影响因素。结果结肠癌组织中FOXM1、pum1阳性表达率均显著高于癌旁组织(82.22%比13.33%,74.07%比16.30%,P均1、pum1表达水平均显著高于癌旁组织(P均pum1与FOXM1表达呈正相关(r=0.514,Ppum1、FOXM1表达与有无远处转移、临床分期、分化程度及有无脉管癌栓均有相关性(P均1、pum1阳性表达患者的3年累积生存率均显著低于FOXM1、pum1阴性表达患者(60.36%比79.17%,log-rankχ^(2)=6.216,P=0.013;58.00%比80.00%,log-rankχ^(2)=6.688,P=0.010)。多因素Cox回归分析结果显示,FOXM1、pum1、远处转移、临床分期及分化程度均是患者预后的独立危险因素(P均1、pum1在结肠癌组织中表达均显著升高且呈正相关,两者与有无远处转移、临床分期、分化程度及有无脉管癌栓均有相关性,且均是结肠癌患者预后的独立危险因素。

关键词：结肠癌 pum1 叉头盒蛋白M1 预后临床病理特征

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siRNA干扰pum1基因对胶质瘤细胞增殖、迁移及侵袭的影响

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现代肿瘤医学 2024年第21期32卷 4023-4027页

作者：李京臣孙博葛有志杨亮刘晓鹏冯岩王苑宇河北医科大学第二医院神经外科河北石家庄050000

目的:探讨pum1基因对胶质瘤细胞增殖、迁移及侵袭能力的影响。方法:siRNA干扰pum1在胶质瘤U373和U251细胞中表达;RT-PCR检测siRNA-pum1干扰前后pum1在U373和U251细胞中表达;CCK-8评估siRNA-pum1干扰前后U373和U251细胞增殖能力;TUNEL评... 详细信息

目的:探讨pum1基因对胶质瘤细胞增殖、迁移及侵袭能力的影响。方法:siRNA干扰pum1在胶质瘤U373和U251细胞中表达;RT-PCR检测siRNA-pum1干扰前后pum1在U373和U251细胞中表达;CCK-8评估siRNA-pum1干扰前后U373和U251细胞增殖能力;TUNEL评估siRNA-pum1干扰前后U373和U251细胞凋亡;细胞划痕评估siRNA-pum1干扰前后U373和U251细胞迁移能力;Transwell评估siRNA-pum1干扰前后U373和U251细胞侵袭能力;乳酸试剂盒检测siRNA-pum1干扰前后U373和U251细胞乳酸表达变化;Western blotting检测siRNA-pum1干扰前后U373和U251细胞PKM2和Parkin的表达变化。结果:siRNA-pum1显著降低pum1在U373和U251细胞中表达;siRNA-pum1显著抑制U373和U251细胞增殖、迁移和侵袭能力;siRNA-pum1显著抑制U373和U251细胞糖酵解以及PKM2和Parkin表达。结论:siRNA干扰pum1基因可能通过抑制糖酵解途径抑制胶质瘤U373和U251细胞增殖、迁移及侵袭能力。

关键词： pum1 胶质瘤增殖迁移侵袭糖酵解

RNA结合蛋白的CLIP-seq数据的生物信息学分析流程建立及初步应用

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中国科学：生命科学 2021年第4期51卷 450-461页

作者：谢正尧臧敏李鑫徐宇君南京医科大学生殖医学国家重点实验室南京211166

近年来,紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(UV cross-linking immunoprecipitation followed by high-throughput sequencing, CLIP-seq)成为鉴定RNA结合蛋白(RNA-binding proteins, RBP)的靶标序列和结合位点的新技术,为研究RNA结合蛋白功能、解析其分子机制提供了强有力的工具.尽管国际上已有应用CLIP技术的报道,但是实验方法周期长、技术性强,尤其是后续的数据处理和生物信息学分析令没有计算机基础和专职生物信息分析人员的实验室望而却步.基于2016年Van Nostrand等人优化的CLIP方法,本团队建立并完成了多个RBP在组织和细胞中的CLIP测序及数据的生物信息学分析流程,并验证了其可行性.本研究整合了多家实验室已公开发表的分析软件和脚本,对人前列腺癌DU145细胞系中的pumILIO1(pum1)蛋白CLIP-seq数据进行分析,总结出对于蛋白功能分析更有效的命令和参数,并建立了完整的生物信息学分析流程.运用该流程寻找pum1蛋白在人前列腺癌发展中的潜在机制,本团队识别出pum1在DU145细胞系中的1189个靶标,并发现pum1主要结合其靶标mRNA的3′非翻译区(untranslated region, UTR)和转录终止位点(transcription termination sites, TTS)区域, UGUAHAUA(H代表A/U/C)基序(motif)为pum1蛋白识别的特征性序列. pum1可能通过结合靶标mRNA的3′UTR对靶标进行转录后调控,参与癌细胞的生长、分化等过程以及相关的癌症通路中.本团队还发现, pum1在人前列腺癌细胞系中能够与其他物种或组织中类似的靶标结合,并且结合方式高度一致,这与该家族蛋白在RNA结合功能域和功能上的高度保守性相符合.因此,本文报道的技术方法和生物信息学分析流程可以为有兴趣开展RBP的靶标鉴定的研究人员提供一个一站式的方法学服务平台,也有助于推动转录后调控在疾病和发育中的机制研究和RBP的RNA调控等新兴领域的发展.

关键词： RNA结合蛋白紫外交联免疫沉淀高通量测序生物信息学 pum1 前列腺癌 3′UTR

pumilio1/pumilio2双基因条件性敲除小鼠模型的建立及基因型鉴定

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实验动物科学 2017年第2期34卷 7-10页

作者：杨定张诗坤徐宇君南京医科大学生殖医学国家重点实验室南京211166

目的建立及鉴定pumilio1/pumilio2(pum1和pum2)双基因条件性敲除的小鼠模型,为进一步研究PUF家族在哺乳动物精子发生中的生物学功能奠定基础。方法将构建的pum1条件性敲除和pum2条件性敲除的两个品系小鼠进行交配并繁殖,最终繁殖成功的... 详细信息

目的建立及鉴定pumilio1/pumilio2(pum1和pum2)双基因条件性敲除的小鼠模型,为进一步研究PUF家族在哺乳动物精子发生中的生物学功能奠定基础。方法将构建的pum1条件性敲除和pum2条件性敲除的两个品系小鼠进行交配并繁殖,最终繁殖成功的子代小仔pum1和pum2两个基因均为纯合子。对子代以剪趾方式进行编号,提取子代小鼠脚趾或鼠尾基因组DNA,用PCR法和琼脂糖凝胶电泳鉴定基因型。结果 pum1和pum2双基因条件性敲除的小鼠模型繁殖成功,同时获得更多PUF家族双基因条件性敲除的小鼠。结论成功建立了pum1和pum2双基因条件性敲除的小鼠模型;正确的交配繁殖策略和鉴定方法是获得PUF家族双基因条件性敲除小鼠的有效途径。

关键词： pum1 pum2 条件性敲除小鼠基因型鉴定

哺乳动物PUF家族蛋白pumILIO1的伴侣蛋白研究

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现代生物医学进展 2017年第19期17卷 3606-3609页

作者：丁燕郑子萌赵婷婷石清华徐宇君南京医科大学生殖医学国家重点实验室江苏南京210000

目的:探索NIH3T3和DU145细胞中pum1蛋白的伴侣蛋白。方法:收集NIH3T3和DU145细胞进行免疫沉淀实验,实验组和对照组分别使用抗pum1抗体和抗Goat-Ig G抗体。通过银染实验观察实验组与对照组是否有差异性条带,通过质谱鉴定和Mascot软件对... 详细信息

目的:探索NIH3T3和DU145细胞中pum1蛋白的伴侣蛋白。方法:收集NIH3T3和DU145细胞进行免疫沉淀实验,实验组和对照组分别使用抗pum1抗体和抗Goat-Ig G抗体。通过银染实验观察实验组与对照组是否有差异性条带,通过质谱鉴定和Mascot软件对差异性条带所包含的蛋白进行分析,鉴定pum1蛋白在细胞中发挥作用时的可能互动蛋白。结果:在NIH3T3和DU145细胞银染实验中,实验组凝胶泳道均在约37 KD处出现差异性条带。对NIH3T3细胞中差异性条带进行质谱分析,通过Mascot软件肽质量指纹谱搜索,将有真实差异的蛋白评分最低阈值设为65,Ppum1蛋白在细胞内关联,可能是PUF家族蛋白的伴侣蛋白。

关键词： PUF pum1 NDFIP2 NIH3T3细胞 DU145细胞