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福建省北部地区鼠类钩端螺旋体感染状况及分离株分子特征研究

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中国人兽共患病学报 2022年第9期38卷 807-812页

作者：刘维俊王加熊肖方震韩腾伟刘菁曾志伟徐国英福建省疾病预防控制中心福建省人兽共患病研究重点实验室福州350012 福建医科大学公共卫生学院福州350122

目的了解福建省北部地区鼠类钩端螺旋体(钩体)感染状况及分子特征。方法对捕获的鼠类进行信息登记,采集鼠肾进行PCR检测,确定其感染状况。EMJH培养基用于鼠肾标本的钩端螺旋体菌株分离。应用MAT方法对分离株进行血清群鉴定。分别采用16S... 详细信息

目的了解福建省北部地区鼠类钩端螺旋体(钩体)感染状况及分子特征。方法对捕获的鼠类进行信息登记,采集鼠肾进行PCR检测,确定其感染状况。EMJH培养基用于鼠肾标本的钩端螺旋体菌株分离。应用MAT方法对分离株进行血清群鉴定。分别采用16S rRNA、MLST和PFGE的方法对分离株进行分子分型。结果共捕获鼠类227只,检出感染钩端螺旋体的鼠类27只,检出率为11.89%,野栖鼠检出率高于家栖鼠,雄性鼠检出率高于雌性鼠。共分离到4株钩端螺旋体分离株,分离率为1.76%(4/227)。血清学分群显示4株分离株均为黄疸出血群。基因种分型显示4株分离株均为Leptospira interrogans。MLST分型将4株分离株分为2个ST型,PC29、PC30为ST1型,JY19、JY37为ST17型。4株分离株呈现2种PFGE带型,其中,PC29、PC30与黄疸出血群参考株带型一致,JY19、JY37与波摩那群带型具有较高相似度,聚类关系相对较近。结论福建省北部地区的鼠类中存在钩端螺旋体感染。黄疸出血群和Leptospira interrogans分别为福建省北部地区钩端螺旋体的优势血清群和优势基因种,具有不止一种的ST型和PFGE带型,且ST型与PFGE带型呈现地域差异。

关键词：钩端螺旋体鼠类血清群基因种 MLST PFGE

乳源凝固酶阴性葡萄球菌的PFGE分型及耐药性研究

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中国食品学报 2016年第9期16卷 33-41页

作者：许女史改玲陈旭峰李雅茹杜立红王俊东山西省生态畜牧与环境兽医学重点实验室山西农业大学山西太谷030801 山西农业大学食品科学与工程学院山西农业大学山西太谷030801

对分离自隐性乳房炎乳样中的25株凝固酶阴性葡萄球菌（CNS）进行脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型，结果表明不同牛场流行的CNS种类和基因型有所不同，即使来自同一牛场的相同菌种也表现出完全不同的流行克隆型．证明了菌种基因型的多样性。... 详细信息

对分离自隐性乳房炎乳样中的25株凝固酶阴性葡萄球菌（CNS）进行脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型，结果表明不同牛场流行的CNS种类和基因型有所不同，即使来自同一牛场的相同菌种也表现出完全不同的流行克隆型．证明了菌种基因型的多样性。MIC测定结果显示所有菌株都表现出三重以上耐药，且耐药程度高（36％～96％）。携带最多的耐药基因是ermC（96．55％）和tetK（89．66％）基因，然后是ermB（82．76％），tetM（82．76％），msrA（86．21％），msrB（82．76％）和lnuA（72．41％）基因，mph的基因含量最少，为41.38％。另外，本文还检测出4株恍cA基因阳性菌株，即超级耐药菌-MRCNS.MTP和刚果红试验结果显示88％的菌株都具有产生物被膜的能力。并且其多重耐药性显著高于不产生物被膜的菌株。综上所述，目前，乳源及食品动物源细菌耐药形式极其严峻，多重耐药菌及耐药基因的传播，给食品安全及公众健康造成了巨大风险，急需出台一系列的用药规定,加大科研力度，研究安全、绿色、高效新药物。

关键词：凝固酶阴性葡萄球菌 PFGE 耐药

一起由空肠弯曲菌所致食源性疾病暴发事件的流行病学及病原学溯源分析

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中国人兽共患病学报 2022年第11期38卷 1012-1017页

作者：章乐怡楼辉煌李毅胡玉琴林谦阁周珊慧符彬李晟恺温州市疾病预防控制中心温州325000 龙湾区疾病预防控制中心温州325000 温州医科大学温州325000

目的对一起空肠弯曲菌所致的食源性疾病暴发事件进行流行病学及溯源分析。方法对突发事件进行现场流行病学调查,采集粪便样本、环境涂抹样本、食品样本等进行快速PCR检测和病原菌分离。对分离菌株进行PFGE分子分型和全基因组测序分析,... 详细信息

目的对一起空肠弯曲菌所致的食源性疾病暴发事件进行流行病学及溯源分析。方法对突发事件进行现场流行病学调查,采集粪便样本、环境涂抹样本、食品样本等进行快速PCR检测和病原菌分离。对分离菌株进行PFGE分子分型和全基因组测序分析,并进行药敏试验。结果从7份病例样本和2份环境涂抹样本中分离出空肠弯曲菌。PFGE分析和cgMLST聚类结果表明其中3份病例样本和环境涂抹样本(蒸柜容器把手涂抹)分离的菌株克隆聚集成簇,ST型别为ST11105;另2份病例样本和环境涂抹样本(刀具砧板涂抹)分离的菌株属同一克隆株,ST型别为ST2031。还有2份病例样本分离的菌株ST型为ST11106和ST7533。药敏结果表明,分离株对四环素类和喹诺酮类耐药率较高,分别为77.8%、55.6%。基因组测序结果发现最多的耐药基因为bla_(OXA-193),gyrA、tet(O),其中gyrA基因86位点发生T-I突变。分离株共获得168个毒力基因,涉及多种致病机理。结论采用快速PCR法、PFGE分子分型技术、全基因组测序技术等可对突发事件进行快速、准确的溯源分析。

关键词：空肠弯曲菌食源性暴发事件 PFGE 全基因组测序

The Survey of Cronobacter spp.(formerly Enterbacter sakazakii) in Infant and Follow-up Powdered Formula in China in 2012

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Biomedical and Environmental Sciences 2016年第2期29卷 99-106页

作者： PEI Xiao Yan YAN Lin ZHU Jiang Hui LI Ning GUO Yun Chang FU Ping JIA Hua Yun ZHANG Xiu Li YANG Xiao Rong YANG Da Jin China National Center for Food Safety Risk Assessment Beijing 100022 China Hunan Province Center for Disease Control and Prevention Changsha 410000 Hunan China Henan Province Center for Disease Control and Prevention Zhengzhou 450000 Henan China Sichuan Province Center for Disease Control and Prevention Chengdu 610000 Sichuan China

Objective To determine Cronobacter spp. contamination in infant and follow-up powdered formula in China. Methods All of 2282 samples were collected from the retail markets in China from January 2012 to December 2012, and analyzed for Cronobacter spp. by the Chinese National Food Safety Standard. Characterization of the isolates was analyzed by pulsed-field gel electrophoresis（PFGE） with XbaI and Spe I restriction enzymes. Results Cronobacter spp. strains were isolated from 25 samples, and the positive rates in infant powdered formulas and follow-up powdered formulas were 0.90%（10/1011） and 1.18%（15/1271）, respectively. Analysis of variable data regarding different purchasing store formats, seasonality, and production locations as well as comparison of infant versus follow-up formulas did not reveal statistically significant factors. During the sampling period, one of six surveillance zones did exhibit a statistically significant trend towards higher positive rate. PFGE characterization of Cronobacter spp. to elucidate genetic diversity revealed only three pairs of Cronobacter spp. out of 25 having the same PFGE patterns. Conclusion The current investigation indicated a lower positive rate of Cronobacter spp. in the powdered formula in China. This evidence suggested contamination originating from multiple different sources during the manufacturing process.

关键词： Cronobacter spp Contamination PFGE Powdered formula

河南省人源产ESBLs鼠伤寒沙门菌单相变异株的分子特征研究

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中国人兽共患病学报 2022年第12期38卷 1093-1097页

作者：穆玉姣宋威蓉胡晓张白帆赵嘉咏马红霞黄学勇郭万申河南省疾病预防控制中心传染病预防控制所河南省医学病原生物学重点实验室郑州450016

目的分析河南省腹泻病例粪便标本中产超广谱β内酰胺酶(ESBLs)的鼠伤寒沙门菌单相变异株耐药情况,并研究其分子学特征。方法对河南省腹泻粪便中分离的124株鼠伤寒沙门菌单相变异株沙门菌,通过肉汤稀释法进行抗生素敏感性试验并筛选产ES... 详细信息

目的分析河南省腹泻病例粪便标本中产超广谱β内酰胺酶(ESBLs)的鼠伤寒沙门菌单相变异株耐药情况,并研究其分子学特征。方法对河南省腹泻粪便中分离的124株鼠伤寒沙门菌单相变异株沙门菌,通过肉汤稀释法进行抗生素敏感性试验并筛选产ESBLs菌株;PCR方法检测β-内酰胺酶编码基因携带情况,采用质粒接合试验分析耐药基因的水平转移情况,应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行亲缘关系分析。结果124株鼠伤寒沙门菌单相变异株沙门菌耐药严重,其中有16株为产ESBLs菌株。16株产ESBLs菌株均携带CTX-M型耐药基因,并检测出OXA型和TEM型耐药基因;其中9株菌可将CTX-M基因通过质粒转移到大肠埃希菌J53,药敏分析发现其他抗生素的耐药性可以发生共转移。16株产ESBLs鼠伤寒沙门菌单相变异株沙门菌经XbaⅠ酶切后共分为14种带型,无明显的优势带型。结论检出产ESBLs的鼠伤寒沙门菌单相变异株沙门菌基因型具有多样性,耐药基因可通过接合性质粒在不同菌属间播散。

关键词：鼠伤寒沙门菌单相变异株沙门菌 ESBLs PFGE 水平转移

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东北地区貉源大肠杆菌多重耐药性的研究

东北地区貉源大肠杆菌多重耐药性的研究

作者：王东阳东北林业大学

学位级别：硕士

近年来,貉子养殖业在中国的发展越来越快,已经成为中国不可忽视的产业。貉子毛皮的经济价值很高,这也使得貉子毛皮在毛皮行业中占有举足轻重的地位。大肠杆菌是普遍存在于自然界中的一种革兰氏阴性细菌,是人类和动物体内十分重要和常见... 详细信息

近年来,貉子养殖业在中国的发展越来越快,已经成为中国不可忽视的产业。貉子毛皮的经济价值很高,这也使得貉子毛皮在毛皮行业中占有举足轻重的地位。大肠杆菌是普遍存在于自然界中的一种革兰氏阴性细菌,是人类和动物体内十分重要和常见的一种肠道微生物,也是重要的共生细菌。大肠杆菌的耐药性通常被用作环境中抗菌素压力强度的指标,也是耐药基因的潜在储存库。随着人们对抗菌药物的深入研究,抗菌药物逐渐开始被应用于畜牧业。抗菌药物一般用于临床上细菌感染性疾病的治疗,但是也会被作为添加剂投放到动物的饲料中,用来预防疾病的发生。随着抗菌药物投入使用的范围加大,大肠杆菌的耐药性也开始随之加强,以至于出现了多重耐药的情况。这不仅对貉子的养殖业具有很大影响,而且对人类也构成了潜在的威胁。在本研究中,从中国东北地区5个貉子养殖场中共采集到健康貉粪便155份,从中总共分离鉴定出150株貉源大肠杆菌,分离率为96.77%。采用世界卫生组织(World Health Organization,WHO)推荐的K-B药敏纸片扩散法对150株貉源大肠杆菌进行体外抗菌药物敏感性试验。研究结果表明150株大肠杆菌对氨苄西林(AMP)和四环素(TE)表现出较高的耐药性,分别为92%和84.67%,对阿米卡星(AK)的耐药率为0,而对阿米卡星(AK)和亚胺培南(IPM)的敏感率分别为92.67%和89.33%。多重耐药菌株的数量达到了83.99%。整合子是大肠杆菌中潜在的一种移动端遗传元件,携带有抗生素抗性决定簇,能够捕获外源基因盒并整合到自身基因组中。在150株试验菌株中,I型整合酶基因int I1的检出率为72%。II型整合酶基因int I2检出率为9.33%。未发现III型整合酶基因int I3。I型整合子的阳性结果数量为51株,占全部菌株的34%,其中有27株携带基因盒,占全部菌株的18%。空整合子的检出率为28.67%,没有检出II型整合子的阳性菌株。I型整合子携带8种基因盒,具有5种不同的组合方式,分别为aad A2、dfr A5、dfr A1-aad A1、dfr A17-aad A5、lnu(F)-aad A。在本研究中,使用PCR的方法对150株貉源大肠杆菌进行Beta-内酰胺类、氨基糖苷类、磺胺类、四环素类、喹诺酮类、氯霉素类和多粘菌素类的相应的耐药基因的检测。Beta-内酰胺类:OXA耐药基因的阳性率为8%;TEM基因的阳性率为32.67%;CTX-M耐药基因的阳性率为15.33%;SHV基因未检测出阳性样本。氨基糖苷类:aac(3)-II耐药基因的阳性率为14.67%;aac(3)-IV耐药基因的阳性率为9.33%;aph A1基因的阳性率为42%。磺胺类:sul1基因的阳性率为29.33%;sul2耐药基因的阳性率为19.33%;sul3耐药基因的阳性率为18.67%。四环素类:tet A基因的阳性率为41.33%;tet B耐药基因的阳性率为27.33%;tet C耐药基因的阳性率为3.33%;tet M耐药基因的阳性率为2.67%;tet D和tet E基因未检测出阳性样本。喹诺酮类:qnr B耐药基因的阳性率为0.67%;qnr S耐药基因的阳性率为24%;oqx A耐药基因的阳性率为26.67%;oqx B耐药基因的阳性率为40%;aac(6’)-Ib-cr基因的阳性率为46%;Gyr A耐药基因的阳性率为11.33%;Gyr B耐药基因的阳性率为60%;Par C耐药基因的阳性率为36.67%;Par E基因的阳性率为61.33%;qnr A和qep A基因未检测出阳性样本。氯霉素类:cml A耐药基因的阳性率为13.33%;flo R基因的阳性率为17.33%;cat耐药基因的阳性率为10.67%。多粘菌素类:mcr-1基因检测出1株阳性样本。Gyr A基因突变情况为Ser83→Leu、Asp87→Asn;Par C基因突变情况为Thr178→Ala、Lys200→Arg和Asn304→Ser;Gyr B和Par E基因无突变情况。脉冲场凝胶电泳(Pulsed Field Gel Electrophoresis,PFGE)分型技术经常应用于分析菌株之间的相关性,是细菌分型的黄金方法。在本试验中,12株大肠杆菌中有10株具有分型的能力。其中有四株的同源系数大于85%,其他均小于85%,10株试验菌株有8种PFGE分型,说明试验菌株之间具有复杂的基因型。在本实验中,通过研究貉源大肠杆菌的耐药表型、PFGE分子分型,耐药基因以及整合子-基因盒系统的携带情况和QRDR基因的突变,旨在为控制耐药基因的传播提供理论依据和基础研究,为减少和预防大肠杆菌耐药性提供数据参考,同时为中国东北地区貉子养殖场的日常用药情况提供参考和指导。

关键词：貉大肠杆菌耐药整合子 PFGE

PFGE与MLVA在福建地区肠炎沙门菌分子分型中的应用与评价

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中国病原生物学杂志 2021年第9期16卷 1047-1051,1068页

作者：黄梦颖陈建辉杨劲松罗朝晨徐海滨李曲文邱玉锋福建省疾病预防控制中心福建福州350001 福建省人兽共患病研究重点实验室

目的比较和评价脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)和多位点可变数目串联重复序列分析技术(MLVA)在福建地区肠炎沙门菌分子分型中的应用价值。方法采用PFGE和MLVA技术对福建地区88株肠炎沙门菌分离株进行分子分型,结合流行病学资料分析比较分型... 详细信息

目的比较和评价脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)和多位点可变数目串联重复序列分析技术(MLVA)在福建地区肠炎沙门菌分子分型中的应用价值。方法采用PFGE和MLVA技术对福建地区88株肠炎沙门菌分离株进行分子分型,结合流行病学资料分析比较分型效果。结果88株肠炎沙门菌经PFGE分型后,相似度系数为43.9%~100.0%,得到46个PFGE型别(PT 0001~PT 0046)、2个优势型别簇(cluster A~B),分辨系数(D值)为0.9459。PT 0002、PT 0011、PT 0013和PT 0029为优势PFGE;经MLVA分型后,遗传关联度介于26.8%~100%之间,得到40个MLVA型别(MT 0001~MT 0040)、2个优势基因簇(cluster 1~2),分辨系数(D值)为0.9235。MT 0005、MT 0004和MT 0014为优势MLVA型别。结论PFGE分辨力略高,与流行病学背景资料更吻合;MLVA在分析菌株之间亲缘关系和遗传相关性方面更具优势。

关键词：肠炎沙门菌 PFGE MLVA 分子分型

济南市腹泻患者沙门氏菌PFGE分子分型及耐药特征研究

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中国人兽共患病学报 2021年第10期37卷 893-897,902页

作者：李娜刘辉李健刘铭姜慧钰陈潇关恒云刘岚铮张京云济南市疾病预防控制中心济南250000 中国疾病预防控制中心传染病预防控制所北京102206

目的对2017-2020年济南市哨点医院腹泻患者中分离到的沙门氏菌进行病原学分析,了解济南市腹泻患者沙门氏菌的血清型分布特征、分子分型特征及耐药情况。方法分别利用血清检测试剂盒和脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)对来自济南市各医院腹泻门... 详细信息

目的对2017-2020年济南市哨点医院腹泻患者中分离到的沙门氏菌进行病原学分析,了解济南市腹泻患者沙门氏菌的血清型分布特征、分子分型特征及耐药情况。方法分别利用血清检测试剂盒和脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)对来自济南市各医院腹泻门诊病人的的90株沙门氏菌进行血清分型和分子分型分析,酶切电泳图谱导入BioNumerics软件进行聚类分析;利用微量肉汤稀释法对40株沙门氏菌进行耐药性检测。结果90株沙门氏菌可分为27个血清型,鼠伤寒沙门氏菌和肠炎沙门氏菌为优势血清型,分别占总数的47.78%和17.78%。PFGE电泳后产生的带型具有多态性,以鼠伤寒沙门氏菌和肠炎沙门氏菌的带型最为集中;药敏结果显示,沙门氏菌对氨苄西林耐药率最高,为72.50%,多重耐药率达67.50%。结论济南地区沙门氏菌具有血清型多样化和遗传多样性特征,对抗生素的高耐药和多重耐药现象严重,应加强济南地区耐药检测。

关键词：沙门氏菌 PFGE 药敏

福氏志贺菌PFGE和MLVA分子分型方法的应用与评价

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中国人兽共患病学报 2019年第3期35卷 245-249,253页

作者：杨劲松陈爱平陈建辉罗朝晨林杰郑恩惠福建省疾病预防控制中心福州350001 福建省人兽共患病研究重点实验室福州350001

目的比较和评价脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)和多位点可变数目串联重复序列分析技术(MLVA)在福建地区福氏志贺菌研究中的应用。方法运用PFGE和MLVA技术对43株分离自福建地区的福氏志贺菌进行分子分型,结合流行病学资料分析比较分型效果。结... 详细信息

目的比较和评价脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)和多位点可变数目串联重复序列分析技术(MLVA)在福建地区福氏志贺菌研究中的应用。方法运用PFGE和MLVA技术对43株分离自福建地区的福氏志贺菌进行分子分型,结合流行病学资料分析比较分型效果。结果 43株福氏志贺菌经PFGE分型后相似度在61.70%～100%之间,按照100%的相似水平可分为36个PFGE型,没有优势PFGE型别,分辨系数为0.992 2,存在4个优势簇(G1～G4);福氏志贺菌经MLVA分型后,按照100%的相似水平可分为41个MLVA型别,遗传关联度介于6.207%～100%之间,没有优势MLVA型别,分辨系数为0.997 8,得到5个优势基因群(Cluster1～5)。在最小生成树上,部分F4c与Fx亲缘关系较近,并都由F2a和F1a分支而来,表现出一定的遗传关系。结论两种分型方法的分辨率基本一致,PFGE分型结果与流行病学背景资料及血清型别基本吻合,MLVA在分析菌株种群进化关系上更具优势。

关键词：福氏志贺菌 PFGE MLVA 遗传进化