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新疆申克孢子丝菌pcr-rapd基因分型研究

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新疆申克孢子丝菌PCR-RAPD基因分型研究

作者：张萍新疆医科大学

学位级别：硕士

目的:采用pcr-rapd法对新疆地区固定型孢子丝菌病和皮肤淋巴管型孢子丝菌病致病菌进行基因分型,并与北京地区和哈尔滨地区固定型孢子丝菌病致病菌和肤淋巴管型孢子丝菌病致病菌的基因型比较,探讨基因型与菌种来源及临床表现的相关性。方... 详细信息

目的:采用pcr-rapd法对新疆地区固定型孢子丝菌病和皮肤淋巴管型孢子丝菌病致病菌进行基因分型,并与北京地区和哈尔滨地区固定型孢子丝菌病致病菌和肤淋巴管型孢子丝菌病致病菌的基因型比较,探讨基因型与菌种来源及临床表现的相关性。方法:采用3个随机单核苷酸引物OPB 07、OPAA 11和OPD 18,用pcr-rapd法对来自新疆、北京和哈尔滨的18株不同临床类型的申克孢子丝菌进行随机扩增DNA多态性分析。结果:引物OPB 07和OPAA 11的pcr-rapd结果显示新疆的固定型孢子丝菌病致病菌有独特的基因型,而淋巴管型孢子丝菌病致病菌与北京和哈尔滨的菌株有同样的基因型。引物OPD 18扩增结果所有被试菌株无基因差异。结论:①新疆的固定型孢子丝菌病致病菌的基因型有显著的地区差异,②淋巴管型孢子丝菌病致病菌的基因型无地区差异,③新疆地区孢子丝菌病致病菌的基因型和临床类型有相关性。④引物OPB 07和OPAA 11结合pcr-rapd法是申克孢子丝菌基因分型的可行性方法之一。

关键词：申克孢子丝菌基因型 pcr-rapd

pcr-rapd技术在医学蠕虫研究中的应用进展

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中国病原生物学杂志 2009年第12期4卷 952-954页

作者：张辉杨毅梅云南省大理学院基础医学院寄生虫学教研室云南大理671000

pcr-rapd技术是建立在pcr基础上的一种随机引物扩增技术,已广泛应用于种系鉴定、遗传分析、连锁图的构建、疾病诊断和基因分离等众多领域。近年来该技术在寄生虫研究中应用较广,本文介绍了国内外有关吸虫、绦虫和线虫等蠕虫方面的应用... 详细信息

pcr-rapd技术是建立在pcr基础上的一种随机引物扩增技术,已广泛应用于种系鉴定、遗传分析、连锁图的构建、疾病诊断和基因分离等众多领域。近年来该技术在寄生虫研究中应用较广,本文介绍了国内外有关吸虫、绦虫和线虫等蠕虫方面的应用报道。

关键词： pcr-rapd 吸虫线虫绦虫综述

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Genomic variability of Helicobacter pylori isolates of gastric regions from two Colombian populations

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World Journal of Gastroenterology 2017年第5期23卷 800-809页

作者： Andrés Jenuer Matta Alvaro Jairo Pazos Javier Andrés Bustamante-Rengifo Luis Eduardo Bravo Registro Poblacional de Cáncer de Cali Department of PathologySchool of MedicineUniversidad del Valle Department of Biology Universidad de Narino

AIMTo compare the genomic variability and the multiple colonization of Helicobacter pylori (H. pylori) in patients with chronic gastritis from two Colombian populations with contrast in the risk of developing gastric cancer (GC): Túquerres-Nariño (High risk) and Tumaco-Nariño (Low risk).METHODSFour hundred and nine patients from both genders with dyspeptic symptoms were studied. Seventy-two patients were included in whom H. pylori was isolated from three anatomic regions of the gastric mucosa, (31/206) of the high risk population of GC (Túquerres) and (41/203) of the low risk population of GC (Tumaco). The isolates were genotyped by pcr-rapd. Genetic diversity between the isolates was evaluated by conglomerates analysis and multiple correspondence *** proportion of virulent genotypes of H. pylori was 99% in Túquerres and 94% in Tumaco. The coefficient of similarity of Nei-Li showed greater genetic diversity among isolates of Túquerres (0.13) than those of Tumaco (0.07). After adjusting by age, gender and type of gastritis, the multiple colonization was 1.7 times more frequent in Túquerres than in Tumaco (P = 0.05).CONCLUSIONIn Túquerres, high risk of GC there was a greater probability of multiple colonization by H. pylori. From the analysis of the results of the pcr-rapd, it was found higher genetic variability in the isolates of H. pylori in the population of high risk for the development of GC.

关键词： Helicobacter pylori Pathogenicity islet cag cagA vacA Multiple colonization pcr-rapd

利用RCR-rapd法和同功酶分析法日本柳杉无性系的识别方法研究

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湖北林业科技 2000年第C00期29卷 78-82页

作者：宋丛文川上铁也古川成治湖北省林木育种中心日本福岛县林业试验场

以日本福岛县林业试验场日本柳杉种子园的２４个无性系为材料，利用ＰＣＲ—ＲＡＰＤ法和同功酶分析法对日本柳杉无性系的识别方法进行了比较研究。结果显示：同功酶法和由７个标记构成的ＲＡＰＤ分析法不能完全识别２４个无性系，用... 详细信息

以日本福岛县林业试验场日本柳杉种子园的２４个无性系为材料，利用ＰＣＲ—ＲＡＰＤ法和同功酶分析法对日本柳杉无性系的识别方法进行了比较研究。结果显示：同功酶法和由７个标记构成的ＲＡＰＤ分析法不能完全识别２４个无性系，用１７个和２７个标记构成的ＲＡＰＤ分析法识别这２４个无性系是可能的；同功酶标记是一种基因型标记，具有稳定性高的特点，适合于分析遗传构造的相似程度，特别适合于群体遗传分析，但是，由于能获得清晰话带的同功酶种类有限，在用于个体识别上比较困难；ＲＡＰＤ标记是一种显性标记，稳定性较差，但只要反应体系和条件稳定，利用ＲＡＰＤ标记正确进行无性系识别是完全可能的。

关键词：日本柳杉无性系识别方法 pcr-rapd 同功酶

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云南省6地域带绦虫形态学及分子鉴定分析研究

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云南省6地域带绦虫形态学及分子鉴定分析研究

作者：张辉大理学院

学位级别：硕士

目的：运用形态学和分子生物学方法,鉴定云南省怒江、迪庆、大理、临沧、楚雄和西双版纳6地域带绦虫的种类,计算遗传距离并构建系统发育树;了解三种带(?)虫在云南省的分布情况;为亚洲带绦虫具体的分类定位提供参考依据;为带绦虫病和囊... 详细信息

目的：运用形态学和分子生物学方法,鉴定云南省怒江、迪庆、大理、临沧、楚雄和西双版纳6地域带绦虫的种类,计算遗传距离并构建系统发育树;了解三种带(?)虫在云南省的分布情况;为亚洲带绦虫具体的分类定位提供参考依据;为带绦虫病和囊虫病的防治提供科学依据。方法：(1)形态学鉴定：对采自云南省6地域的14株带绦虫的头节和成节进行盐酸卡红染色,孕节进行孔雀绿染色,进行形态学鉴定,与猪带绦虫和传统牛带绦虫比较,初步判断带绦虫的种类;并结合亚洲带绦虫标准株(大理株)的头节电镜图,探讨亚洲带绦虫头节形态。(2)带绦虫基因组DNA pcr-rapd分析：在形态学鉴定的基础上取14株带绦虫标本株,2株亚洲带绦虫标准株(大理株和都匀株)和1株牛带绦虫标准株的成节或孕节节片,提取总DNA,随机选择12条引物进行pcr-rapd分析,SPSS软件计算不同地理株的遗传距离,并构建系统发育树状图。(3)带绦虫mtDNA COXI基因序列测定分析：以14株带绦虫标本株总DNA为模板,分别pcr扩增mtDNA COXI区段,并做序列测定,结合GenBank中已知的猪带绦虫、牛带绦虫、亚洲带绦虫mtDNA COXI序列,经DNA MAN软件处理后计算遗传距离,并构建系统发育树状图。结果：(1)形态学鉴定显示：DL1头节呈球形,具有顶突和2圈小钩,成节卵巢分为3叶,孕节分支不整齐,每侧分支约为7～13支,多基部分叉,属猪带绦虫;NJ1～NJ4及DQ1～DQ3共7株标本头节方形,有微小突起,无小钩,成节卵巢分2叶,孕节分支整齐,每侧分支约15～25支,属亚洲带绦虫;DL2～DL4、LC1、CX1和BN1头节呈方形,无顶突和小钩,成节卵巢分2叶,孕节分支整齐,每侧分支约15～28支,不能断定为传统牛带绦虫或亚洲带绦虫。(2)带绦虫基因组DNA pcr-rapd分析显示：12条随机引物共扩增片段134个(以相同bp数为依据),单条引物扩增片段范围为3～22个,平均扩增片段在11.17个。P1～9和P11可扩增出特异条带。亲缘关系树状图显示：NJ1～4、DQ1～3、DL2～4与BZl和BZ3汇为一支,属于亚洲带绦虫;LC1、BN1、CX1和BZ2汇为一支,属于传统牛带绦虫;两支结合后与DL1结合。(3)带绦虫mtDNA COXI基因序列测定分析显示：NJ4、NJ1和DQ2的遗传距离为0.002,DL4和NJ3的遗传距离为0.005,NJ2和DQ3的遗传距离为0.012,DL2与GB3的遗传距离为0.017,而与GB2的遗传距离较远,为0.037;NJ1～4、DL2～3及DQ1～3共10株标本株与GB3聚为一支,属于亚洲带绦虫;BN1、CX1、LC1与GB2聚为一支,属于传统牛带绦虫：两支交汇后再与由DL1和GB1聚合的一支汇合。结论：(1)云南省存在三种带绦虫的流行,其中怒江和迪庆为亚洲带绦虫,西双版纳,楚雄和临沧为牛带绦虫,大理存在三种带绦虫的重复流行;(2)云南亚洲带绦虫头节存在有顶突和无顶突两种形态,传统形态学方法很难将无顶突的亚洲带绦虫和传统牛带绦虫区分。(3)pcr-rapd技术和mtDNA COXI片段序列的测定分析均可以弥补形态学鉴定的不足,为三种带绦虫的鉴定提供可靠的分子依据;(4)pcr-rapd技术和mtDNA COXI片段序列的测定分析可用于带绦虫的遗传多态性研究,为亚洲带绦虫具体的分类定位提供参考依据。(5) pcr-rapd技术可以筛选出特异的基因片段用于带绦虫的分类鉴定

关键词：带绦虫分类 pcr-rapd mtDNA COXI 鉴定

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松材线虫分子生物学检测技术研究进展

湖南林业科技 2004年第2期31卷 1-3页

作者：王明旭湖南省森林病虫害防治检疫总站湖南长沙410007

概述松材线虫分子生物学检测技术的基础,介绍了DNA探针技术、基于pcr的检测技术和卫星DNA技术等分子生物学检测方法,并对pcr-rapd、pcr-RFLP和pcr-SSCP技术进行了比较。

关键词：松材线虫分子生物学检测技术 DNA探针技术 pcr-rapd pcr-RFLP pcr-SSCP

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实验动物皮肤病原真菌核酸鉴定方法的建立

实验动物皮肤病原真菌核酸鉴定方法的建立