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多重pcr引物在Xp11.2易位/TFE3基因融合中的应用

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中华病理学杂志 2019年第12期48卷 970-973页

作者：叶胜兵李锐夏秋媛王小桐王璇章如松时姗姗马恒辉陆珍凤饶秋解放军东部战区总医院(原南京军区南京总医院)病理科南京210002

目的对Xp11.2易位/TFE3基因不同融合类型设计多重pcr引物,证实多重pcr联合Sanger法测序的可行性,旨在探讨引物设计的重要性.方法选取已通过高通量RNA-Seq测序证实TFE3融合类型的标本23例,其融合类型包括PSF-TFE3 3种,PRCC-TFE3 3种,AS... 详细信息

目的对Xp11.2易位/TFE3基因不同融合类型设计多重pcr引物,证实多重pcr联合Sanger法测序的可行性,旨在探讨引物设计的重要性.方法选取已通过高通量RNA-Seq测序证实TFE3融合类型的标本23例,其融合类型包括PSF-TFE3 3种,PRCC-TFE3 3种,ASPL-TFE3 2种, FUBP1-TFE3 1种,NONO-TFE3 2种,RBM10-TFE3 1种,MED15-TFE3 1种以及MATR3-TFE3 1种共计14种,对其用设计好的多重pcr引物进行pcr扩增并联合Sanger法测序进行验证,该次实验分4个多重pcr反应,包括14条不同基因的正向引物以及4条TFE3反向引物.结果 23例标本均与高通量RNA-Seq测序结果完全一致,可见所设计的引物通过多重pcr联合Sanger法测序是可行的.结论该方法的优势在于利用4个多重pcr反应便可确定是否存在上述14种TFE3融合类型阳性,并通过反向测序便可确定具体融合类型.因此从试剂成本方面考虑,尤其在大批量标本的TFE3融合类型筛查过程中,该方法较高通量RNA-Seq测序有很大的优势.

关键词：多重pcr 反向引物引物设计 pcr引物正向引物

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焦磷酸测序中pcr引物与测序引物的设计

分析化学 2013年第5期41卷 744-748页

作者：叶卉刘云龙邹秉杰武海萍周国华中国药科大学生命科学与技术学院南京大学医学院临床学院(南京军区南京总医院)药理科华东医学生物技术研究所

利用焦磷酸测序技术进行核酸序列测定时,测序信号过低或非特异性信号过高均会导致测序失败。因此,pcr引物与测序引物的设计十分重要。本研究以rs8175347为例,通过设计具有不同多聚酶亲和指数(PPI)的pcr引物,并运用焦磷酸测序测定其扩增... 详细信息

利用焦磷酸测序技术进行核酸序列测定时,测序信号过低或非特异性信号过高均会导致测序失败。因此,pcr引物与测序引物的设计十分重要。本研究以rs8175347为例,通过设计具有不同多聚酶亲和指数(PPI)的pcr引物,并运用焦磷酸测序测定其扩增产物,考察了PPI值对扩增效率以及测序信号的影响;以rs914232、rs671位点为例,对比不同测序方向以及dNTP的推注顺序,考察了两者对测序结果的影响。结果表明,提高pcr引物的PPI值有助于增强扩增效率与测序结果的信号峰强度,测序方向和dNTP推注顺序的不合理选择会严重干扰部分SNP测序结果的判断。因此,在设计pcr引物时,应将多聚酶亲和指数理论与传统基于解链温度值的引物设计思路相结合,为焦磷酸测序提供高质量的测序模板;在进行定量测序时,还要综合考虑待测位点(SNP)两侧的序列,选择合适的测序方向以及dNTP的推注顺序,使测序结果更加准确。

关键词：焦磷酸测序 pcr引物测序引物

不同引物对比较分析健康/根腐病黄连根际土壤细菌群落变化

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分子植物育种 2024年

作者：宋旭红秦云卓梅鹏颖李隆云重庆市中药研究院

为了全面评估健康与根腐病黄连根际土壤细菌群落结构及多样性的变化，应用Ion S5高通量测序平台，使用引物对515F/806R及799F/1193R分别对黄连根际土壤细菌进行扩增。UPGMA聚类分析表明，两引物对均可用来区分健康与罹患根腐病的样本。... 详细信息

为了全面评估健康与根腐病黄连根际土壤细菌群落结构及多样性的变化，应用Ion S5高通量测序平台，使用引物对515F/806R及799F/1193R分别对黄连根际土壤细菌进行扩增。UPGMA聚类分析表明，两引物对均可用来区分健康与罹患根腐病的样本。相近的辛普森指数则表明，两引物对均能很好地检出优势菌群。515F/806R引物对扩增得到的OTUs及特有的OTUs、ACE和chao1数值要明显高于799F/1193R引物对扩增的数值，而香农指数要明显低于799F/1193R引物对扩增的数值，上述结果说明，515F/806R引物对扩增能获得更多的黄连根际土壤细菌群落组成特征，该引物对能更多覆盖低丰度的细菌种群，并可以更好地检出群落的丰富度。物种组成及多样性分析表明，采用以515F/806R引物对扩增为主，799F/1193R引物对扩增为辅的分析策略，可更全面地展示健康及罹患根腐病的黄连根际土壤细菌群落的组成及多样性。

关键词：高通量测序黄连根腐病土壤细菌种群 pcr引物

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例析pcr引物的设计原则问题

中学生理科应试 2022年第10期 55-56页

作者：陈兆亮张英锋李长江康珍河北省秦皇岛市第一中学 066006 河北省经济开发区燕山大学附属中学 066004

pcr技术是一项能在生物体外根据DNA半保留复制的原理,对目的基因的核苷酸序列进行大量复制的技术,能在短短的几个小时内,实现DNA分子百万份拷贝的复制.该技术常用于遗传病的诊断、古生物学物种亲缘关系的鉴定、DNA序列鉴定、刑事案件犯... 详细信息

pcr技术是一项能在生物体外根据DNA半保留复制的原理,对目的基因的核苷酸序列进行大量复制的技术,能在短短的几个小时内,实现DNA分子百万份拷贝的复制.该技术常用于遗传病的诊断、古生物学物种亲缘关系的鉴定、DNA序列鉴定、刑事案件犯罪嫌疑人DNA比对分析、定点诱变基因、cDNA文库的构建等多个方面.近年来,随着基因工程技术的更新发展,高考试题中对于pcr引物的考查成为了一个亮点.

关键词：半保留复制基因工程技术定点诱变刑事案件高考试题古生物学 pcr引物遗传病

鉴别紫芝菌株的pcr引物筛选及其序列比对验证

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福建农业学报 2020年第7期35卷 725-730页

作者：钟礼义陈体强刘新锐应正河杨驰福建武平县食用菌技术推广服务站福建武平364300 福建省农业科学院食用菌研究所福建福州350014 福建农林大学菌物研究中心福建福州350002

【目的】紫芝S2(品种名:武芝2号)是近年来在福建及周边省份推广应用的紫芝栽培新品种,为了避免与遗传背景不同的栽培菌株混杂而建立有效的分子标记。【方法】采用pcr扩增筛选条带清晰稳定、呈现多态性的引物,根据菌株间UPMGA聚类构建系... 详细信息

【目的】紫芝S2(品种名:武芝2号)是近年来在福建及周边省份推广应用的紫芝栽培新品种,为了避免与遗传背景不同的栽培菌株混杂而建立有效的分子标记。【方法】采用pcr扩增筛选条带清晰稳定、呈现多态性的引物,根据菌株间UPMGA聚类构建系统发生树,通过遗传距离确定主要栽培菌株间的亲缘关系,并与菌株间的拮抗反应结果相映证,进而与‘紫芝S2’基因组序列进行比对验证。【结果】筛选得到能清晰且稳定地扩增出特异性或多态性条带的2个RAPD-pcr引物和3个ISSR-pcr引物,比对发现这5个引物短序列与‘紫芝S2’基因组序列完全匹配上的位点与数目不同。【结论】基于紫芝S2基因组序列比对,确认其中3个引物(ISSR13、 S1326和S1506)可以有效地用于紫芝栽培菌株鉴定。

关键词：紫芝栽培菌株分子标记 pcr引物序列比对

利用特异pcr引物进行分子标记辅助选择的研究

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种子 2005年第7期24卷 15-18页

作者：徐如宏任明见张庆勤贵州大学麦作研究中心贵阳550025

利用与抗白粉病基因相连锁的RAPD分子标记和控制1Dy10基因序列的特异pcr引物对贵农775的杂交组合后代进行了分子标记辅助选择。在50株F2植株中,初步筛选到具有抗白粉病基因标记和5+10亚基特异标记的9株;有抗白粉病基因标记和2+12亚基特... 详细信息

利用与抗白粉病基因相连锁的RAPD分子标记和控制1Dy10基因序列的特异pcr引物对贵农775的杂交组合后代进行了分子标记辅助选择。在50株F2植株中,初步筛选到具有抗白粉病基因标记和5+10亚基特异标记的9株;有抗白粉病基因标记和2+12亚基特异标记的24株;有抗白粉病基因标记,同时具有5+10亚基和2+12亚基特异标记的5株。本研究说明分子标记是检测抗病基因和辅助选择育种的有效手段。

关键词：分子标记辅助选择 pcr引物 RAPD分子标记 5+10亚基杂交组合后代抗白粉病基因基因标记辅助选择育种基因序列抗病基因植株 F2

PYTHIUM SYLVATICUM鉴定及其专一性pcr引物

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菌物学报 2004年第3期23卷 356-365页

作者：楼兵干张炳欣浙江大学生物技术研究所杭州310029

从杭州采集的水稻、棉花和大豆猝倒苗中分离到国内新记录腐霉种Pythium sylvaticum.该腐霉为异宗配合种,菌丝膨大体球形或柠檬形,雄器异丝生,藏卵器光滑,每个藏卵器上1～3个雄器,雄器常在接近藏卵器处形成二叉状分枝,卵孢子不满器.测定... 详细信息

从杭州采集的水稻、棉花和大豆猝倒苗中分离到国内新记录腐霉种Pythium sylvaticum.该腐霉为异宗配合种,菌丝膨大体球形或柠檬形,雄器异丝生,藏卵器光滑,每个藏卵器上1～3个雄器,雄器常在接近藏卵器处形成二叉状分枝,卵孢子不满器.测定了该种4个菌株的核糖体内转录间隔区(ITS)的序列,根据与59种腐霉ITS序列的比较,设计了P. sylvaticum种专一性引物PSF1和PSR2.实际结果表明:该引物能从11种共14株腐霉DNA中特异性地扩增P.sylvaticum,从而与其它10种腐霉区分.

关键词：核糖体内转录间隔区序列腐霉种菌丝膨大体雄器卵孢子 pcr引物

不同pcr引物对多种海洋生境沉积物中的有孔虫DNA扩增效能的比较研究及应用

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不同PCR引物对多种海洋生境沉积物中的有孔虫DNA扩增效能的比较研...

作者：沈阳阳中国科学院大学(中国科学院海洋研究所)

学位级别：硕士

不同的底栖有孔虫特异性引物对其DNA样品的扩增效能是不同的。在分子生物学实验中如果使用不合适的引物对很可能会导致扩增效能极低或者无法获得pcr产物,这将会导致后期的分子数据分析结果不理想甚至不准确。为了探索不同沉积物类型的... 详细信息

不同的底栖有孔虫特异性引物对其DNA样品的扩增效能是不同的。在分子生物学实验中如果使用不合适的引物对很可能会导致扩增效能极低或者无法获得pcr产物,这将会导致后期的分子数据分析结果不理想甚至不准确。为了探索不同沉积物类型的底栖有孔虫18S rDNA(18S Rinbosomal RNA)扩增的有效引物,本实验从青岛湾潮间带,胶州湾近岸浅水,黄海离岸大陆架再到东太平洋和西北太平洋深海等不同沉积物类型的15个站位中,分别采集了底栖有孔虫沉积物样品。在提取环境样品的总DNA之后,使用比较常用的pcr引物对不同类型沉积物的底栖有孔虫的18S rDNA进行pcr扩增。通过比较不同的特异引物的凝胶电泳图以及凝胶条带的灰度值,得到了每种沉积物类型的底栖有孔虫pcr扩增最有效的特异性引物对。为了探索底栖有孔虫特异性引物在不同沉积物海域有孔虫中的使用规律,我们对底栖有孔虫的分子数据进行了多样性分析得到了不同的沉积物中底栖有孔虫的群落组成信息,具体的实验结果如下:1.不同海域沉积物类型的底栖有孔虫DNA样品扩增的最适引物对通过凝胶电泳图灰度值比较,我们发现对于潮间带沉积物类型,使用s14F3/s17能够对该海域的底栖有孔虫DNA样品进行有效扩增;对于近岸浅海沉积物的底栖有孔虫DNA样品,使用s14F1/s17引物对能够进行有效扩增;对于离岸陆架沉积物类型中的底栖有孔虫DNA样品,使用s14F3/s15ROTEX引物对能够进行有效扩增;对于深海泥质沉积物底栖有孔虫DNA样品,使用s14F3/s17引物对进行扩增较为有效;对于金属结核区沉积类型的底栖有孔虫样品,使用引物对s14F1/s15ROTEX进行扩增更为有效。2.不同海域沉积物类型的底栖有孔虫分子多样性应用通过使用上述的引物对不同海域的底栖有孔虫18S rDNA样品进行扩增并且进行多样性分析,得到了不同海域底栖有孔虫的群落组成信息。青岛湾潮间带海域和胶州湾近岸浅水海域以及东太平洋海域的底栖有孔虫主要以玻璃质壳为主,而黄海海域以及西北太平洋海域以胶结质底栖有孔虫为主。研究结果显示,由于不同水深沉积物、沉积物自身特性以及有孔虫种类组成存在差异,扩增有孔虫18S rDNA应该根据不同的沉积物类型选取合适的pcr引物,以提高有孔虫遗传物质的扩增效能。本研究结果可为涉及不同海域沉积物类型的底栖有孔虫分子多样性等研究提供有效的技术方法参考。

关键词：底栖有孔虫不同沉积物类型 pcr引物分子多样性分子生物学实验技术

pcr引物用于鉴定具有雄性不育诱导的Ogu—INRA细胞质的油菜籽中混入的有正常

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国外作物育种 1998年第2期17卷 59-62页

作者： TINC.,C 雷波