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多产区川芎内生真菌菌群组成的pcr-dgge分析

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中国中药杂志 2013年第12期38卷 1893-1897页

作者：王海严铸云何冬梅王萌成都中医药大学中药材标准化省部共建教育部重点实验室中药资源系统研究与开发利用省部共建国家重点实验室培育基地四川成都611137

研究采用pcr-dgge和DNA测序技术,探究了四川5个不同产区间川芎内生真菌群的差异性。结果表明川芎内生真菌群落结构存在不同个体、不同产区间的差异,同产区不同个体川芎内生真菌的相似程度较高,不同产区间的相似程度较低;道地产区都江堰... 详细信息

研究采用pcr-dgge和DNA测序技术,探究了四川5个不同产区间川芎内生真菌群的差异性。结果表明川芎内生真菌群落结构存在不同个体、不同产区间的差异,同产区不同个体川芎内生真菌的相似程度较高,不同产区间的相似程度较低;道地产区都江堰市石羊镇川芎的内生真菌群落结构较其他4个产区丰富,同时与其他产区相似度均很低,存在其他产区未见的特有种。综合分析认为在四川5产区中,都江堰市石羊镇的川芎内生真菌种群最为多样且群落结构相对固定,这可能是川芎道地性形成的重要原因。

关键词：川芎内生真菌 pcr—dgge

不同碳源强化生物除磷系统的pcr-dgge分析

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哈尔滨工业大学学报 2007年第4期39卷 589-593页

作者：刘亚男夏圣骥于水利哈尔滨工业大学市政环境工程学院同济大学污染控制与资源化研究国家重点实验室上海200092

实验考察了不同碳源强化生物聚磷系统(EBPR)中的聚磷菌群,对3个不同碳源(1号实际生活污水、2号葡萄糖和3号乙酸钠)的序批式反应器(SBR)强化生物聚磷系统聚磷菌的16S rDNA特异性聚合酶链式反应(pcr)扩增产物进行了变形梯度凝胶电泳(dgge... 详细信息

实验考察了不同碳源强化生物聚磷系统(EBPR)中的聚磷菌群,对3个不同碳源(1号实际生活污水、2号葡萄糖和3号乙酸钠)的序批式反应器(SBR)强化生物聚磷系统聚磷菌的16S rDNA特异性聚合酶链式反应(pcr)扩增产物进行了变形梯度凝胶电泳(dgge)分析.结果表明,以生活污水为碳源的1号反应器具有数量最多的优势种群,而以葡萄糖和乙酸钠为碳源的2号、3号反应器的生物多样性较少.3个反应系统的微生物种群各有异同.具有除磷作用的未被培养细菌(条带3、4,AF527584、AF502204)为3个反应器所共有的生物量较多的优势种群,且其在以生活污水为碳源的1号反应系统中相对生物量最多.

关键词：强化生物除磷碳源 pcr—dgge 聚磷菌 16S rDNA

黄土高原土壤中细菌群落结构多样性的pcr-dgge分析

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生态与农村环境学报 2009年第3期25卷 39-43,48页

作者：潘雪莲黄晟方昊徐军郭晓峰陈旸崔益斌污染控制与资源化研究国家重点实验室/南京大学环境学院江苏南京210093 南京大学地球科学与工程学院江苏南京210093

利用细菌通用引物，对从黄土高原5个地区土壤样品以及西峰剖面26个土壤样品中提取的总DNA进行聚合酶链式反应（pcr）扩增，采用变性梯度凝胶电泳（dgge）技术对pcr产物进行分析，以揭示黄土高原土壤中细菌群落结构的多样性。针对黄土高... 详细信息

利用细菌通用引物，对从黄土高原5个地区土壤样品以及西峰剖面26个土壤样品中提取的总DNA进行聚合酶链式反应（pcr）扩增，采用变性梯度凝胶电泳（dgge）技术对pcr产物进行分析，以揭示黄土高原土壤中细菌群落结构的多样性。针对黄土高原土壤微生物特点进行dgge试验条件优化，获得最佳变性梯度为40％～70％，最佳电泳时间为17h（100V）。对不同深度土壤细菌dgge图谱的聚类分析表明，不同深度土壤细菌呈现2种不同的群落结构，推测其成因可能与季风性气候引起的温湿环境变化及冰期有关。在夏季风加强而冬季风减弱的时期，气候温暖潮湿，风化成壤作用强烈，在dgge图谱中表现为土壤样品条带多而密；反之，风化成壤作用较弱，在dgge图谱中表现为条带少而疏。对洛川、西峰等5个地区土壤细菌Shannon—Weiner指数的测定结果表明，Shannon—Weiner指数受条带亮度及迁移率的影响。

关键词：黄土高原微生物多样性群落结构 pcr—dgge

基于pcr-dgge技术的剑湖湿地湖滨带土壤微生物群落结构多样性分析

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农业环境科学学报 2013年第7期32卷 1405-1412页

作者：刘绍雄王明月王娟杨宇明缪福俊王金华张敬宜熊智西南林业大学西南山地森林资源保育与利用省部共建教育部重点实验室昆明650224 云南省林业科学院国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室云南省森林植物繁育和开发利用重点实验室昆明650204

为了解剑湖湿地湖滨带植物根际土壤中细菌的群落结构特征多样性,应用pcr-dgge技术对剑湖湿地湖滨带4种植物根际土壤细菌的群落结构进行了研究,根据dgge指纹图谱,对它们的遗传多样性进行了分析。结果表明,不同植物群落根际和非根际土壤... 详细信息

为了解剑湖湿地湖滨带植物根际土壤中细菌的群落结构特征多样性,应用pcr-dgge技术对剑湖湿地湖滨带4种植物根际土壤细菌的群落结构进行了研究,根据dgge指纹图谱,对它们的遗传多样性进行了分析。结果表明,不同植物群落根际和非根际土壤细菌多样性指数(H′)、丰度(S)和均匀度(J)均有所不同,根际土壤细菌多样性指数、均匀度、丰富度均高于非根际,其中茭草根际土壤细菌多样性指数、均匀度、丰富度均最高,说明植物群落类型与土壤微生物多样性的关系十分密切;不同植物群落根际土壤细菌群落结构相似性较高,非根际土壤细菌群落结构相似性较低,在82%的相似水平上聚为4大类群,根际土壤细菌和茭草非根际土壤细菌聚为一类,其余非根际土壤细菌各聚为一类,说明植物群落对微生物群落结构具有一定的影响。对dgge的优势条带序列分析,同源性最高的微生物分别属于变形菌门(Proteobacteria)、草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)、紫色杆菌属(Janthinobacte rium)、杜擀氏菌属(Duganella)、埃希氏菌属(Escherichia)和链球菌属(Streptococcus),它们均为未培养微生物。不同植物群落根际土壤氮磷含量均有所差异,其中茭草根际土壤氮磷含量最高,湿地土壤细菌多样性与土壤有机质、总N、总P的含量呈正相关关系,土壤细菌多样性与土壤pH值呈负相关关系。

关键词： pcr—dgge 剑湖湿地根际微生物多样性

利用pcr-dgge技术分析肉牛阴道菌群结构

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中国兽医学报 2016年第1期36卷 35-39,74页

作者：刘畅王军杨雨江吕文发吉林农业大学动物科技学院吉林长春130118

利用pcr-dgge技术明确肉牛阴道菌群结构并比较黄体期和卵泡期肉牛阴道菌群结构差异。选择7头肉牛,分别采集黄体期和卵泡期阴道分泌物,提取细菌总DNA,采用巢式pcr分别对细菌16SrDNA的V3区进行扩增,将pcr产物进行变性梯度凝胶电泳(denatur... 详细信息

利用pcr-dgge技术明确肉牛阴道菌群结构并比较黄体期和卵泡期肉牛阴道菌群结构差异。选择7头肉牛,分别采集黄体期和卵泡期阴道分泌物,提取细菌总DNA,采用巢式pcr分别对细菌16SrDNA的V3区进行扩增,将pcr产物进行变性梯度凝胶电泳(denatured gradient gel electrophoresis,dgge)。对DNA指纹图谱特异性条带切胶回收并进行克隆测序,通过BLAST与已知序列对比,鉴定细菌菌种,分析比较黄体期和卵泡期肉牛阴道菌群结构。结果显示:健康肉牛阴道内存在阴道气球菌(Aerococcus vaginalis str.)、绿色气球菌(Aerococcusviridans str.)、睡眠嗜血杆菌(Haemophilussomnus str.)、多动物链球菌(Streptococcus pluranimalium str.)、嗜冷杆菌(Psychrobactermarincolastr.)、大肠杆菌(Escherichia coli O157:H7str.)和鞘氨醇单胞菌(Sphingomonasroseiflavastr.)等。

关键词：内牛黄体期和卵泡期阴道 pcr—dgge 菌群

内蒙古典型草原细菌群落结构的pcr-dgge检测

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生态学报 2007年第5期27卷 1684-1689页

作者：周小奇王艳芬蔡莹黄祥忠郝彦宾田建卿柴团耀中国科学院研究生院生物系北京100049 中国科学院微生物研究所北京100080

用液氮冻融法和蛋白珠法对内蒙古典型草原土壤基因组DNA进行提取,用pcr-dgge对细菌群落结构进行分析,并对主要的条带进行测序。发现蛋白珠法比液氮冻融法更能反应出实际的微生物群落结构和组成。内蒙古典型草原土壤细菌主要有5个分支:... 详细信息

用液氮冻融法和蛋白珠法对内蒙古典型草原土壤基因组DNA进行提取,用pcr-dgge对细菌群落结构进行分析,并对主要的条带进行测序。发现蛋白珠法比液氮冻融法更能反应出实际的微生物群落结构和组成。内蒙古典型草原土壤细菌主要有5个分支:放线菌门(Actinobacteria),变形菌门(Proteobacteria)的α、β及γ类群,拟杆纲门(Bacteriodetes),芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)和酸杆菌门(Acidobacteria)。与基因库中进行比较后发现有4个序列和已知的细菌种类相似达到了99%以上。

关键词： 16S rDNA pcr—dgge 液氮冻融法蛋白珠法内蒙古典型草原

在pcr-dgge研究土壤微生物多样性中应用GC发卡结构的效应

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生态学报 2003年第10期23卷 2170-2175页

作者：罗海峰齐鸿雁薛凯王晓谊王川张洪勋中国科学院生态环境研究中心环境生物技术研究室北京100085

应用普通细胞裂解法提取 3株实验菌株 (Escherichia coli DH5α,Staphylococcus aureus SA- 1和 A-grobacterium tumerfaciens 1 31 2 9)的基因组 DNA和应用基于高盐和长时高热的细胞裂解法提取 7种不同土壤样品中的微生物的基因组 DNA... 详细信息

应用普通细胞裂解法提取 3株实验菌株 (Escherichia coli DH5α,Staphylococcus aureus SA- 1和 A-grobacterium tumerfaciens 1 31 2 9)的基因组 DNA和应用基于高盐和长时高热的细胞裂解法提取 7种不同土壤样品中的微生物的基因组 DNA,两组不同结构的引物 F3 57GC,R51 8(在正向引物的 5′端有 GC发卡结构 )和 F3 57,R51 8,分别对实验菌株和土壤样品中微生物的 1 6Sr RNA基因 V3区进行扩增 ,均得到了目的片段。比较了不同引物扩增的 1 6S r DNA片段在 dgge中的不同电泳行为 ,结果表明 ,含 GC发卡结构的pcr扩增产物在 dgge中能够得到很好的分离 ,而无 GC发卡结构的 pcr产物则不能在 dgge中获得满意分离。引入 GC发卡结构。

关键词： pcr—dgge 微生物多样性 GC发卡结构

pcr-dgge法解析牛粪厌氧发酵稳定期微生物多样性

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东北农业大学学报 2013年第2期44卷 146-150页

作者：夏吉庆马添翼郑国香王忠江康德福王丽丽东北农业大学工程学院哈尔滨150030

为了研究牛粪两相厌氧溢流发酵系统装置稳定产气阶段的生物菌群的生长状态及特性,使用了pcr-dgge技术对牛粪厌氧发酵中的微生物稳定期细菌种群结构进行了研究。在发酵稳定期不同时间进行了取样,试验结果表明厌氧发酵系统细菌种群丰富,... 详细信息

为了研究牛粪两相厌氧溢流发酵系统装置稳定产气阶段的生物菌群的生长状态及特性,使用了pcr-dgge技术对牛粪厌氧发酵中的微生物稳定期细菌种群结构进行了研究。在发酵稳定期不同时间进行了取样,试验结果表明厌氧发酵系统细菌种群丰富,优势种群明显,群落结构较稳定。菌群具有交替生长特性,有利于系统的持续稳定产气。

关键词： pcr—dgge 厌氧发酵微生物多样性

应用pcr-dgge技术分析泡菜中乳酸菌的多样性

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食品与发酵工业 2005年第12期31卷 103-105页

作者：付琳琳曹郁生李海星陈燕南昌大学中德联合研究院食品科学教育部重点实验室

从泡菜液中抽提总DNA,扩增16S rDNA的V7-V8区,变性梯度凝胶电泳分离pcr片段,发现不同样品间的菌种差异显著。对片段直接测序和克隆测序,进行Blast分析,绘制进化树。结果表明,dgge和克隆技术相结合是研究泡菜中乳酸菌多样性的可行方法。

关键词：泡菜多样性 pcr—dgge 乳酸菌