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oncomine数据库的申请及基因信息挖掘

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中国循证心血管医学杂志 2019年第7期11卷 774-777页

作者：李瑞华田国祥郭晓娟李豹张军吕军西安交通大学第一附属医院肿瘤外科西安710061 西安交通大学医学部公共卫生学院西安710061 解放军总医院第七医学中心北京100700 西安交通大学第一附属医院神经内科西安710061 西安交通大学第一附属医院临床研究中心西安710061

近年来,蛋白组学、转录组学、高通量测序技术得到飞速发展,在肿瘤研究领域产生了大量的基因组学数据。oncomine数据库是目前最丰富的癌基因芯片数据库,也是肿瘤研究领域中的经典数据库。oncomine数据库可进行癌基因信息的整合数据挖掘,... 详细信息

近年来,蛋白组学、转录组学、高通量测序技术得到飞速发展,在肿瘤研究领域产生了大量的基因组学数据。oncomine数据库是目前最丰富的癌基因芯片数据库,也是肿瘤研究领域中的经典数据库。oncomine数据库可进行癌基因信息的整合数据挖掘,可分析肿瘤组织和正常组织中的差异表达基因,进行基因共表达分析及靶基因与肿瘤临床指标的相关性分析等,直接生成可视化图片结果,其高效能的分析能力和大量储存样本保证分析结果具有极大的参考价值。oncomine数据库对广大研究者开放,本文旨在对该数据库的申请方式及基因信息挖掘方法进行介绍。

关键词： oncomine数据库基因信息肿瘤

基于oncomine数据库分析ARID5B基因在卵巢癌中的表达意义及血根碱的干预研究

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实用妇产科杂志 2019年第7期35卷 539-543页

作者：杨艳殷雪琴倪娜张琴杨丽华昆明医科大学第二附属医院妇科

目的:通过挖掘oncomine数据库中的相关数据,分析ARID5B基因在卵巢癌中的表达及临床意义,并探讨血根碱对卵巢癌细胞中ARID5B基因的干预作用。方法:收集oncomine数据库中关于ARID5B研究的信息,对其在卵巢癌的水平变化进行荟萃分析,采用Kap... 详细信息

目的:通过挖掘oncomine数据库中的相关数据,分析ARID5B基因在卵巢癌中的表达及临床意义,并探讨血根碱对卵巢癌细胞中ARID5B基因的干预作用。方法:收集oncomine数据库中关于ARID5B研究的信息,对其在卵巢癌的水平变化进行荟萃分析,采用Kaplan-Meier法分析ARID5B水平与卵巢癌患者生存时间之间的关系,探讨其临床意义。卵巢癌SKOV3细胞,分为对照组和血根碱组,48小时后提取总RNA,用全基因芯片检测基因表达谱,筛选差异基因,探讨血根碱对卵巢癌SKOV3细胞ARID5B基因表达的影响。结果:分析oncomine数据库中收集的卵巢癌和正常卵巢组织ARID5B基因水平的13项研究数据,发现卵巢癌组织中ARID5B基因的表达显著低于正常卵巢组织(P<0.05)。通过生存分析发现低表达ARID5B基因的卵巢癌患者无病生存期(PFS)、总生存期(OS)明显长于高表达者,高表达患者的预后更差(P<0.05)。血根碱显著上调卵巢癌SKOV3细胞ARID5B基因表达丰度,差异有统计学意义(P<0.05)。结论:ARID5B基因在卵巢癌组织中呈现低表达,其表达丰度与卵巢癌患者预后呈负相关,该基因可能是血根碱干预卵巢癌细胞的一个靶点。

关键词：卵巢癌 ARID5B oncomine数据库血根碱

基于oncomine数据库分析电压门控钠离子通道α、β亚基在肺癌中的表达及预后意义

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沈阳药科大学学报 2017年第9期34卷 776-782页

作者：回顾张超琦梁玘欣王亮东刘岩峰沈阳药科大学生命科学与生物制药学院辽宁沈阳110016

目的通过对oncomine数据库的数据挖掘,分析不同类型肺癌患者样本中α、β亚基的表达及预后意义。方法检索oncomine数据库中关于电压门控钠离子通道的所有亚基信息,筛选出Ⅰ型钠通道α亚基(voltage-gated sodium channel,typeⅠ,alpha su... 详细信息

目的通过对oncomine数据库的数据挖掘,分析不同类型肺癌患者样本中α、β亚基的表达及预后意义。方法检索oncomine数据库中关于电压门控钠离子通道的所有亚基信息,筛选出Ⅰ型钠通道α亚基(voltage-gated sodium channel,typeⅠ,alpha subunit,SCN1A)、Ⅳ型钠通道α亚基(voltage-gated sodium channel,typeⅣ,alpha subunit,SCN4A)及Ⅳ型钠通道β亚基(voltage-gated sodium channel,typeⅣ,beta subunit,SCN4B)符合条件,并对数据库中的资料进行二次分析,对其在肺癌中的作用进行荟萃分析。结果在oncomine数据库中关于SCN1A表达有统计学差异的研究结果有6个,SCN1A表达降低的研究有6个(P<0.01)、表达升高的研究无。SCN4A表达有统计学差异的研究结果有4个,SCN4A低表达的研究4个(P<0.05)、高表达的研究无。SCN4B表达有统计学差异的研究结果有5个,SCN4B低表达的研究5个(P<0.01)、高表达的研究无。SCN1A和SCN4B低表达的患者1年内生存率较高,5年内复发率较低,预后较差。SCN4A低表达的患者术后3年内生存率较高,且5年内复发率较低,预后较好。结论初步提出SCN1A mRNA在腺癌(adenocarcinoma,AC)、大细胞癌(large cell carcinoma,LCC)与鳞状细胞癌(squamous cell carcinoma,SCC)组织中低表达,SCN4A mRNA在AC、SCC、肺类癌(lung carcinoid tumor,LCT)与小细胞肺癌(smallcell lung cancer,SCLC)组织中低表达,SCN4B mRNA在AC、LCC与SCC组织中低表达,这些基因可能成为肿瘤药物的重要靶点和肿瘤标记物,并且帮助分析癌症的发生机制与预后监测。

关键词： oncomine数据库肺癌电压门控钠离子通道

基于oncomine数据库分析电压门控钠离子通道α、β亚基的表达与结直肠癌的联系

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沈阳药科大学学报 2019年第1期36卷 71-76页

作者：吴文涛张超琦祁松甘玲佶刘岩峰沈阳药科大学生命科学与生物制药学院辽宁沈阳110016

目的基于使用oncomine数据库中的数据挖掘功能,研究不同类型的结直肠癌患者样本中α、β亚基的表达情况,以及α、β亚基的表达与结直肠癌患者分级、分期、预后之间的关系。方法利用oncomine数据库,查找在结直肠癌细胞中电压门控钠离子... 详细信息

目的基于使用oncomine数据库中的数据挖掘功能,研究不同类型的结直肠癌患者样本中α、β亚基的表达情况,以及α、β亚基的表达与结直肠癌患者分级、分期、预后之间的关系。方法利用oncomine数据库,查找在结直肠癌细胞中电压门控钠离子通道全部亚基信息,选取符合筛选条件芯片个数最多的3个基因,分别为SCN4B、SCN2B、SCN9A,对其在结直肠癌中的作用进行荟萃分析,分级分期及预后分析。结果 oncomine数据库对于SCN4B的表达数据中,8个结果有统计学差异,且均为低表达(P <0. 001)。相比结肠腺癌分级Ⅰ期,分级Ⅱ期和Ⅲ期SCN4B的表达水平均显著降低(P <0. 05)。在结直肠腺癌Ⅲ期SCN4B的表达水平低于Ⅱ期(P=0. 029)。SCN2B表达有统计学差异的研究结果有7个,均为低表达(P <0. 001)。结直肠腺癌分期Ⅲ期SCN2B的表达水平显著低于分期Ⅱ期。(P=0. 008)。SCN2B低表达的患者在术后1年及3年的复发率较高(P <0. 05)。SCN9A表达有统计学差异的研究结果有6个,亦均为低表达(P <0. 01)。结论初步得出SCN4B、SCN2B、SCN9A mRNA在多种结直肠癌亚型中低表达。在某些特定分级和分期的结肠腺癌中,SCN4B的表达水平有差异。SCN2B的表达在结肠腺癌某些特定分期中存在差异,且与结肠腺癌术后患者1年3年预后有关。这三个基因有可能成为治疗肿瘤的重要突破口,有助于对癌症的发生机制与预后监测的研究提出新思路。

关键词： oncomine数据库结直肠癌电压门控钠离子通道

基于oncomine数据库及生物信息学方法分析肝细胞生长因子在多发性骨髓瘤中的表达及作用机制研究

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白血病．淋巴瘤 2021年第6期30卷 329-333页

作者：周美玲程月新沈耀东南通大学第四附属医院盐城市第一人民医院血液科江苏盐城224006

目的基于oncomine数据库的基因信息,探讨肝细胞生长因子(HGF)在多发性骨髓瘤(MM)中的表达及作用机制。方法收集oncomine数据库中关于HGF研究的信息,对MM中HGF的表达水平变化进行分析。应用Genecards数据库收集与HGF基因相关的蛋白,并通... 详细信息

目的基于oncomine数据库的基因信息,探讨肝细胞生长因子(HGF)在多发性骨髓瘤(MM)中的表达及作用机制。方法收集oncomine数据库中关于HGF研究的信息,对MM中HGF的表达水平变化进行分析。应用Genecards数据库收集与HGF基因相关的蛋白,并通过STRING软件绘制HGF相关蛋白网络图,应用DAVID在线工具分析蛋白功能富集的生理过程。通过DRUGSURV数据库及其在线工具分析HGF表达水平与MM患者生存间的关系,探讨其临床意义。结果oncomine数据库中共检索到445项不同肿瘤中关于HGF的研究;其中23项研究显示肿瘤组织与正常组织间HGF表达水平差异有统计学意义(Poncomine数据库中关于MM和正常组织HGF基因差异表达3项研究的4个数据集中,HGF在MM组织中的表达水平均高于正常组织(均P数据库收集到SDC1、YWHAG、RAF1等25个与HGF相关的蛋白;蛋白功能富集分析显示,这些蛋白主要富集在过氧化氢介导的程序性细胞死亡的负调控、突触可塑性调节、死亡域受体对外源性凋亡信号通路的负调控等过程中,与PI3K-AKT及肿瘤相关通路有关。基于DRUGSURV数据库进行的生存分析显示,HGF高表达和低表达的MM患者总生存率差异无统计学意义(P>0.05)。结论HGF基因可能通过PI3K-AKT通路调节MM细胞的凋亡,在MM的发生、发展中发挥作用。HGF可能是一个潜在的MM标志物,但其在预后判断中的价值需要进一步研究论证。

关键词：多发性骨髓瘤肝细胞生长因子 oncomine数据库预后

基于oncomine数据库及生物信息学方法挖掘UBE2C基因在卵巢癌中的表达及作用机制

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天津医药 2019年第6期47卷 609-612页

作者：殷雪琴倪娜张琴冷天艳杨丽华昆明医科大学第二附属医院妇科

目的通过深度挖掘oncomine数据库中的基因信息,分析泛素结合酶E2C(UBE2C)在卵巢癌中的表达及作用机制。方法收集oncomine数据库中关于UBE2C研究的信息,对其在卵巢癌的表达水平变化进行分析。采用Kaplan-Meier法分析UBE2C表达水平与卵巢... 详细信息

目的通过深度挖掘oncomine数据库中的基因信息,分析泛素结合酶E2C(UBE2C)在卵巢癌中的表达及作用机制。方法收集oncomine数据库中关于UBE2C研究的信息,对其在卵巢癌的表达水平变化进行分析。采用Kaplan-Meier法分析UBE2C表达水平与卵巢癌患者生存之间的关系,探讨其临床意义。应用Genecards数据库收集与UBE2C基因相关的蛋白,并通过STRING绘制UBE2C相关蛋白网络图,分析蛋白富集的生理过程。结果在oncomine数据库中共收集14项关于卵巢癌和卵巢正常组织UBE2C基因有差异表达的研究,对其数据进行分析,发现卵巢癌组织中UBE2C基因的表达显著高于卵巢正常组织(P数据库收集到与UBE2C相关的蛋白有RLIM、CBX4、 SIAH2等25个,其相关蛋白富集分析结果显示主要富集在泛素依赖蛋白的分解代谢过程、蛋白质分解代谢过程、蛋白质泛素化、有丝分裂细胞周期中泛素-蛋白连接酶活性的调控、有丝分裂细胞周期的调节、细胞周期等生理过程。结论 UBE2C基因可能通过调节蛋白泛素化过程在卵巢癌发生、发展中发挥作用,高表达时提示卵巢癌患者预后不良,靶向UBE2C可能是一个潜在的肿瘤诊断和治疗工具。

关键词：卵巢肿瘤泛素缀合酶类计算生物学 UBE2C基因 oncomine数据库

ENTPD5在上皮性卵巢癌组织中高表达 ——基于oncomine数据库及生物信息学方法

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ENTPD5在上皮性卵巢癌组织中高表达 —...

作者：王卉南方医科大学

学位级别：硕士

研究背景和目的卵巢癌是妇科三大恶性肿瘤之一,死亡率居妇科恶性肿瘤之首。早期卵巢癌症状不明显,确诊时多为晚期,而晚期卵巢癌患者的5年生存率仅为29%。因此,卵巢癌的早发现、早诊断对提高患者的生存预后至关重要。ENTPD5（ectonucleos... 详细信息

研究背景和目的卵巢癌是妇科三大恶性肿瘤之一,死亡率居妇科恶性肿瘤之首。早期卵巢癌症状不明显,确诊时多为晚期,而晚期卵巢癌患者的5年生存率仅为29%。因此,卵巢癌的早发现、早诊断对提高患者的生存预后至关重要。ENTPD5（ectonucleoside triphosphate dephosphohydrolase 5,又称 CD39L4）是编码内质网的核苷酸水解酶,可以被突变的p53调控进而参与肿瘤的发生、发展和转移过程。ENTPD5被证明在宫颈癌、前列腺癌、乳腺癌、脑肿瘤等疾病中均表达增高。但目前尚未见ENTPD5在卵巢癌中的相关研究报道,基于此本研究通过生物信息学手段收集以oncomine为主的多个数据库信息,挖掘ENTPD5在上皮性卵巢癌中的表达情况并阐述其可能参与的作用机制,再通过临床标本验证ENTPD5在上皮性卵巢癌中的表达情况,这不仅可揭示由ENTPD5介导的遗传信息调控网络,为卵巢癌的早期诊断、早期治疗提供重要分子依据,同时也为肿瘤治疗提供了新的潜在靶点。研究方法1.生物信息学分析（1）oncomine及TCGA数据库对ENTPD5在上皮性卵巢癌中的表达及与患者5年生存率的关系进行分析;（2）UALCAN数据库对ENTPD5表达水平与上皮性卵巢癌患者临床性状相关性进行分析;（3）基因富集分析（GSEA）软件对ENTPD5在上皮性卵巢癌中作用通路进行富集分析;（4）CIBERSORT包对ENTPD5在上皮性卵巢癌中与免疫细胞含量的相关性进行分析;2.基础实验验证（1）RT-qPCR检测23例上皮性卵巢癌组织和15例正常卵巢组织中ENTPD5的表达水平;（2）Western Blot检测23例上皮性卵巢癌组织和15例正常卵巢组织中ENTPD5的表达水平;（3）免疫组织化学染色法检测50例上皮性卵巢癌石蜡样本和6例正常卵巢石蜡样本中ENTPD5的表达水平。研究结果1.生物信息学分析（1）oncomine及TCGA数据库发现ENTPD5在上皮性卵巢癌组织中表达显著增高（P＜0.05）;（2）UALCAN数据库发现ENTPD5表达水平与上皮性卵巢癌患者年龄相关;（3）GSEA软件分析发现:ENTPD5在ABC转运蛋白、WNT信号通路、胰岛素信号通路以及糖降解等过程中高度富集;（4）CIBERSORT分析发现ENTPD5表达水平与NK细胞、肥大细胞及嗜酸性粒细胞的含量呈负相关（P＜0.05）;2.基础实验验证（1）RT-qPCR证实ENTPD5在上皮性卵巢癌中的表达水平（2.592±0.339）显著高于其在正常卵巢中的表达（1.00±0.123）（t=4.312,P＜0.01）;（2）Western Blot证实上皮性卵巢癌中ENTPD5的表达显著高于正常卵巢（P＜0.05）;（3）免疫组织化学染色的方法发现ENTPD5在上皮性卵巢癌组织中高表达（P＜0.05）。结论通过生物信息学手段分析发现ENTPD5在上皮性卵巢癌组织中呈高表达,其有可能通过参与B、T细胞介导的信号通路、ABC转运蛋白介导的信号通路、WNT信号通路、胰岛素信号通路、糖降解过程、肿瘤恶性转化过程以及肿瘤细胞免疫浸润,从而促进卵巢癌的发生、发展。基于生物信息学研究结果,进一步通过RT-qRCP、Western Blot、免疫组织化学染色结果证实ENTPD5在上皮性卵巢癌中高表达,为ENTPD5在卵巢癌中的进一步研究提供基础,并揭示ENTPD5有可能成为卵巢癌早期诊断和治疗的新靶点。

关键词： ENTPD5 卵巢癌 oncomine数据库生物信息学

基于oncomine数据库探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及意义

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生物技术 2022年第6期32卷 715-720,736页

作者：李萍南京医科大学第一附属医院肿瘤科江苏南京210029

[目的]探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及临床意义。[方法]收集oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库中关于COL1A1的信息,对目前数据库中资料再次进行分析,并对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析,使用Kaplan-Meier Plotte... 详细信息

[目的]探究COL1A1基因在胰腺癌中的表达及临床意义。[方法]收集oncomine和NCBI/GEO Profiles数据库中关于COL1A1的信息,对目前数据库中资料再次进行分析,并对其在胰腺癌组织和正常胰腺组织中的表达进行荟萃分析,使用Kaplan-Meier Plotter在线数据库分析该基因是否与胰腺癌患者的预后相关。[结果]oncomine数据库中共收集了400项不同类型的研究。其中COL1A1高表达有86项研究,低表达有6项研究。共有8项研究涉及COL1A1在胰腺癌组织与正常组织中的表达,包括209例样本,与正常组织相比,COL1A1在胰腺癌组织中高表达(P数据库分析发现TGF-β处理48 h后COL1A1表达升高。Kaplan-Meier Plotter数据库分析表明COL1A1高、低表达组胰腺癌患者的总体生存率(OS)无统计学差异(HR=1.4,95%CI:0.92~2.12,P=0.11),但高表达组胰腺癌患者的无复发生存(RFS)明显差于低表达组(HR=5.05,95%CI:1.48~17.24,P=0.0044)。[结论]COL1A1基因在胰腺癌组织中的表达明显高于正常组织,低表达患者的RFS延长。可见靶向COL1A1的药物有望改善胰腺癌患者的预后。

关键词：胰腺癌 COL1A1 oncomine数据库 NCBI/GEO Profiles数据库 Kaplan-Meier Plotter数据库

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基于oncomine数据库及生物信息学方法挖掘FAM20C在宫颈癌中的表达及作用机制

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肿瘤药学 2021年第5期11卷 570-576页

作者：王卉李广刘国炳南方医科大学广东广州510515 南方医科大学南方医院广东广州510515

目的通过深度挖掘oncomine数据库中的基因信息,分析FAM20基因家族在宫颈癌中的表达及其作用机制。方法通过oncomine数据库查找有关于FAM20基因家族的研究信息,并对其在宫颈癌中的表达进行初步分析,根据分析结果,在oncomine数据库中摘录... 详细信息

目的通过深度挖掘oncomine数据库中的基因信息,分析FAM20基因家族在宫颈癌中的表达及其作用机制。方法通过oncomine数据库查找有关于FAM20基因家族的研究信息,并对其在宫颈癌中的表达进行初步分析,根据分析结果,在oncomine数据库中摘录所选取的FAM20家族成员在宫颈癌中的生存信息,使用GraphPad Prism软件进行生存分析,根据结果探讨其临床意义,发现FAM20基因家族中仅FAM20C基因对宫颈癌患者的生存率有意义,再使用TCGA数据库对FAM20C基因在宫颈癌中的表达及生存信息进行验证。用cBioPortal分析FAM20C基因相关蛋白功能及途径富集,通过String构建FAM20C基因的相关蛋白网络图,分析蛋白富集的生理过程。结果在oncomine数据库中共收集33项FAM20家族成员在肿瘤组织及正常组织中表达差异的研究。对不同成员进一步分析发现,FAM20B、FAM20C在宫颈癌中的表达存在差异(Poncomine数据库中的表达情况及生存数据做进一步分析,发现FAM20C高表达时患者生存率降低(P数据库所验证的结果大体相同。通过Genecards数据库收集到FAM20C相关蛋白DMP1、AMELX、AMBN、MEPE、ENAM、FGF23、AMTN、SPP1、AHSG,主要富集于牙齿及骨组织的发育调控、柱状上皮细胞的分化调控以及细胞黏附过程。结论 FAM20C基因可通过影响肿瘤细胞的迁移和侵袭,对宫颈癌患者的生存产生影响。同时,靶向FAM20C基因可能是宫颈癌潜在的诊断和治疗方法。

关键词：宫颈癌 FAM20基因家族 oncomine数据库计算生物学