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Detection of hepatitis B virus genotypes using oligonucleotide chip among hepatitis B virus carriers in Eastern China

引用

World Journal of Gastroenterology 2007年第13期13卷 1975-1979页

作者： Xiang-Rong Tang Ji-Shen Zhang Hui Zhao Yu-Hua Gong Yong-Zhong Wang Jian-Long Zhao Shanghai Institute of Microsystem and Information Technology CAS Shanghai 200050 China The Third People's Hospital of Zhenjiang Zhenjiang 212003 Jiangsu Province China The Third People's Hospital of Changzhou Changzhou 213001 Jiangsu Province China

AIM： TO determine the genotype distribution of hepatitis B virus （HBV） with a newly oligonucleotide chip assay among the HBV carriers in Eastern China. METHODS： An assay using oligonucleotide chip was developed for detection of HBV genotypes in serum samples from HBV DNA-positive patients in Eastern China. This method is based on the principle of reverse hybridization with Cy5-labeled amplicons hybridizing to type-specific oligonucleotide probes that are immobilized on slides. The results of 80 randomly chosen sera were confirmed by direct sequencing. RESULTS： HBV genotype B, C and mixed genotype were detected in 400 serum samples, accounting for 8.3% （n = 33）, 83.2% （n = 333）, and 8.5% （n = 34）, respectively. The evaluation of the oligonucleotide assay showed 100% concordance with the amplicon phylogenetic analysis except 9 mixed genotype infections undetected by sequencing. CONCLUSION： The study indicates that HBV genotype C and B prevail in the Eastern China. It is suggested that the oligonucleotide chip is a reliable and convenient tool for the detection of HBV genotyping.

关键词： oligonucleotide chip Hepatitis B virus Genotype

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